보상금이 최종으로 지급되는 때를 양도시기로 보아 고가주택의 양도차익을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부(경정)

토지와 주택의 최종보상금을 수령한 시기를 양도시기로 보아 2007년 귀속으로 하여 납세의무를 이행한 것으로 보이므로 쟁점 토지의 양도시기를 당초 신고한 2007년 귀속으로 보아 과세표준과 세액을 경정함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO OOO OOO OOO OOOOO 대지 330㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 위 지상 주택 265.65㎡를 보유하던 중 쟁점토지는 2006.12.20. 764,060,000원에, 주택은2007.12.11. 242,674,790원에 OOOOOO에 양도하고,쟁점토지와 건물을 2007.12.11. 양도한 것으로 하여 2008.2.28. 양도소득세예정신고 및 납부(53,810,020원)를 하였다.

나. 처분청은 쟁점토지가 2006.12.20. 공공용지의 협의취득을 원인으로 소유권이 이전되었음에도 2008.2.28. 주택과 함께 신고하였으므로 청구인이 2008.2.28. 신고한 분은 환급하고 2009.1.9. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 90,370,460원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.4.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청의견

가. 청구인 주장

청구인은 1세대 1주택 비과세 고가주택에 해당되어「토지와 건물이 시차를 두고 수용되는 경우에 보상금이 최종 지급된 때를 기준으로 양도시기를 판단한다」는 국세청예규(OOOOOOOOO 2007.1.11. 외 다수)를 신뢰하여 건물이 최종적으로 보상된 2007.12.11.을 양도시기로 하여 양도소득세를 신고하였다.그런데, 처분청은「고가주택(1세대 1주택) 및 그 부수토지에 대한 보상금이 시차를 두고 지급되고 그 대금을 청산하기 전에 부수토지에 대한 소유권이전등기를 하는 경우 등기부에 기재된 등기접수일을 그 부수토지의 양도시기로 보는 것이며, 건물의 양도가액은 예상보상금액으로 하여 신고하되, 당해 주택에 대한 보상금 잔액을 수령하여 보상금액이 증감되는 경우 수정신고를 한다」라는 새로운 세법해석(OOOOOOOOO, 2007.5.11.)을 적용하여청구인에게 양도소득세를 부과한 것은 소급과세로 부당한 처분이며, 국세청의 기존 세법해석을 신뢰하여 납세의무를 이행하였으나 새로운 해석에 의하여 과세하는 경우 납세의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유에 해당되므로 가산세를 부과한 처분은 부당한 것이다.

나. 처분청의견

「소득세법」상의 양도시기는 소유권이전등기일(소득세법 제94조)이며, 청구인의 경우 토지와 주택을 각각 별개로 양도하였으므로 별개의 양도소득세 부과처분대상(OOOOOOOOOO, 1997.12.26)이며, 이에 따라 쟁점토지는 2006.12.20. 공공용지의 협의취득을 원인으로 소유권을 이전하였으므로 소유권이전등기접수일인 2006.12.20.이 양도일이 되는 것이다.청구인은 이 건 과세가 변경된 예규에 따른 소급과세라고 주장하고 있으나 청구인이 주장하는 예규(OOOOOOOOOO 2006.12.14.외)는 소유권이전등기가 먼저 되었다는 전제없이 보상금을 시차를 두고 지급한 경우 적용되는 예규이어서, 청구인이 이를 근거로 쟁점토지의 양도시기가 주택이 수용된 2007.12.11.이라고 주장하는 것은 타당하지 아니하므로 이 건 양도소득세 및 가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 고가주택의 부수토지가 먼저 양도되고 주택이 다음해 양도되는 경우 보상금이 최종으로 지급되는 때를 양도시기로 보아 고가주택의 양도차익을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부(처분청의 처분이 종전예규에 배치되는 소급과세인지 여부)

② 이 건 과세를 납세의무성립일 이후의 새로운 해석에 의하여 과세하는 경우로 보아 가산세를 부과한 처분이 부당한지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는것을 말한다) 또는 건물(괄호 생략)의 양도로 인하여 발생하는 소득제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.제105조【양도소득과세표준예정신고】①제94조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득과세표준을 다음 각호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월(이하생략)제106조【예정신고자진납부】①거주자가 예정신고를 하는 때에는 제107조의 규정에 의하여 계산한 산출세액에서 「조세특례제한법」기타 법률에 의하여 감면되는 세액과 제108조의 규정에 의한 예정신고납부세액공제를 한 세액을(중략)납세지 관할세무서ㆍ한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.제110조【양도소득과세표준 확정신고】

① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(중략) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

④예정신고를 한 자는 제1항의 규정에 불구하고, 당해 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 소득세법 시행령제162조【양도 또는 취득의 시기】①법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(중략)을 청산한 날로 한다.2.대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된등기접수일

(3) 국세기본법제15조【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 ①에 대하여 본다. (가) 청구인은 종전에는 토지와 건물이 수용되는 경우에 보상금이 최종 지급된 때를 기준으로 양도시기를 판단(OOOOOOOOOO 2006.12.14.외 다수)하였으나, 처분청은 국세청의 새로운 해석(OOOOOOOOOO 2007.5.11.)에 의하여토지소유권이 먼저 이전되는 경우에 소유권이전등기접수일을 양도시기로 판단하여 이 건 양도소득세를 과세하였는바 이는 소급과세로 부당한 처분이라고 주장한다. (나) 청구인이 제출한 수용(협의매수)확인서(OOOOOO OO지역본부장 2007.6.5. 발행) 및 쟁점주택에 대한 등기부등본, 일반건축물대장 및 보상금내역서 등을 보면, 쟁점토지는 2006.12.20. 보상가액 764,060,000원에, 쟁점주택은 2007.12.11. 보상가액 242,674,790원에 OOOO공사에 공공용지의 협의취득을 원인으로 각각 소유권이전 등기된 것으로 나타나고, 청구인은 쟁점토지와 건물을 2007.12.11. 함께 양도한 것으로 하여 2008.2.28. 양도소득세예정신고 및 납부(53,810,020원)를 한 사실이 심리자료에 나타난다.

(다) 처분청은 국세청장 해석(OOOOOOOOO, 2007.5.11.)에 의하여 “고가주택(1세대1주택) 및 그 부수토지에 대한 보상금이 시차를 두고 지급되고 그 대금을 청산하기 전에 부수토지에 대한 소유권이전등기를 하는 경우 등기부에 기재된 등기접수일을 그 부수토지의 양도시기로 보는 것이며, 상기 주택과 그 부수토지에 대한 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액 및 취득가액은 실지거래가액에 의하는 것이고 부수토지의 양도차익은「소득세법 기본통칙」95-1【고가주택의 양도차익 계산】의 계산방법에 따라 계산하되, 「건물의 양도가액」은 당해 주택의 “예상보상 금액”으로 하는 것이며, 당해 주택에 대한 보상금 잔액 수령시 보상금액이 증감이 되는 경우에는「국세기본법」제45조의 규정에 따라 수정신고를 하는 것”이라는 해석에 근거하여 쟁점토지의 양도시기를 2006년으로 보아 청구인이 쟁점토지의 양도시기를 2007년으로 보아 청구인이 신고·납부한 양도소득세는 환급하고 이 건2006년 귀속 양도소득세를 결정·고지한 것으로 나타난다.

(라) 그런데, 청구인이 쟁점토지를 양도한 시기(2006.12.20.)에 국세청장은 “1세대 1주택인 고가주택이「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 수용되는 경우로서 당해 주택과 그 부수토지에 대한 보상금이 시차를 두고 지급되는 경우에는 당해 주택과 그 부수토지에 대한 보상금이 최종 지급되는 때를 기준으로「소득세법 시행령」제162조규정을 적용”한다고 해석(OOOOOOOO, 2007.1.29. ; OOOOOOOO, 2007.1.11. ; OOOOOOOOO,2006.12.14. ; OOOOOOOOO, 2006.7.6. ; OOOOOOOOO, 2006.7.5. ; OOOOOOOOO, 2005.12.26. ; OOOOOOOO, 2005.6.10. ; OOOOOOOO, 2004.4.6. ; OOOOOOOOO, 2006.12.14.)하고 있다. (마)「국세기본법」제15조및 제18조 제3항의 규정을 보면, 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 하며, 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다고 규정하고, 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있다.

(마) 그렇다면,청구인은 쟁점토지를 양도한 시점의기존의 국세청의 해석을 신뢰하여토지와 주택의 최종보상금을 수령한 시기를 양도시기로 보아 2007년 귀속으로 하여납세의무를 이행한 것으로 보이는 점,처분청의 처분은2006년 쟁점토지 수용당시 쟁점주택이 양도되지 아니하여쟁점주택분에 대한양도소득금액이 실제 발생하지 아니하고 동 소득금액이 청구인에게 귀속되지 않았음에도 예상주택보상가액을 기준으로 쟁점주택분에 대하여 미리 양도소득세를 부과하게 되는 결과가 초래되는 점과새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하여야 함에도 이를 적용하지 아니하여「국세기본법」제18조제3항 및「국세기본법」제15조에 규정된 세법해석의 기준 및 신의·성실의 원칙에도 위반되는 처분으로 보이는 점 등을 고려하여 보면, 이 건 양도소득세 부과처분은 쟁점토지의 양도시기를 청구인이 당초 신고한 2007년 귀속으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

(2) 쟁점 ②는 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.