쟁점주식 양도시기를 2022년으로 보아 과세한 처분의 당부

1차·2차양도는 게약대상, 당사자 및 조건이 상이하므로 쟁점주식의 양도는 여러 번에 걸쳐 양도하는 경우에 해당한다고 보이므로 「소득세법 시행령」제162조 제1항 제10호에 따라 주식등의 합계약이 100분의 50 이상 양도된 때를 양도시기로 보아 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 경기도 용인시 OOO에 본점을 두고 임대업을 영위하는 법인으로서, 토지 및 건물 가액이 법인 자산총액의 100분의 50 이상을 차지한다. 청구인과 청구인의 부친 B, 자녀 C·D·E(이들을 모두 합하여 이하 “청구인등”이라 한다)은 2021.1.6. 현재 쟁점법인의 발행주식(이하 “쟁점주식”이라 한다) 100%를 보유하는 과점주주이다.

나. 청구인등은 2021.1.6. 주식회사 F(이하 “매수법인”이라 한다)에 쟁점주식 1,998,970주(72.79%)를 매도하는 계약(이하 “당초계약”이라 한다)을 체결하였다가

① 매수법인의 대표이사 G 및 H(이하 “매수인”이라 한다)에게 쟁점주식 1,345,728주(48.99%)를 양도하는 것으로 계약을 변경(이하 “변경계약”, 이에 따른 양도를 “1차양도”라 한다)하였다.

② 이후 2022.1.20. 쟁점주식 653,242주(23.79%)를 추가 양도(이하 “2차양도”라 한다)하는 것으로 당사자 간 합의하였다.

다. 청구인은 1차양도에 대하여 2021.8.30. 중소기업 주식 양도세율 25%를 적용하여 예정신고하였으며, 2차양도에 대하여 2022.5.28. 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목에 따른 주식등(이하 “특정주식”이라 한다)의 양도로 보아 기본세율 45%를 적용하여 예정신고하였다. 그리고 같은 날, 2021년 귀속 양도소득세에 대하여 기본세율 45%를 적용하여 확정신고하였다.

라. 처분청은 2차양도일에 쟁점주식 전체가 양도된 것으로 보아 1차·2차양도를 합산하여 2026.1.12. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점주식의 양도는 잔금지급이 지연되었을 뿐 단일의 매매계약에 따른 양도인바, 「소득세법 시행령」 제158조 제2항 및 제162조 제1항 제10호가 적용되지 않으므로 1차·2차양도를 합산하지 않고 각 2021년 및 2022년 귀속 양도소득세로 보아야 한다.

(2) 「소득세법 시행령」 제158조 제2항의 “여러 번에 걸쳐 양도”라 함은 매매의 계약시점, 매매 주체, 매매조건, 대금지급시기 등 별건의 매매거래사건이 여러 번 이루어지는 경우를 의미하는 것이지 1회의 거래에 대금지급이 여러번에 걸쳐 이루어진 경우를 의미하는 것은 아니다. 대전고등법원도 같은 취지로 「소득세법 시행령」 제158조 제2항 및 제162조 제1항 제10호가 정하는 양도시기는 과점주주가 주식 등을 ‘수회에 걸쳐 양도’하는 때에 과점주주 중 1인이 주식 등을 양도하는 날부터 소급하여 3년 내에 과점주주가 양도한 주식 등을 합산하는 경우에 대한 것으로서 과점주주가 주식 등을 일괄하여 양도한 경우에는 적용되지 않는다고 봄이 타당하다고 판시한 바 있다(대전고등법원 2017.10.18. 선고 2017누11099 판결 참조). 따라서 일괄 양도의 경우에는 일반 규정인 「소득세법」 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제2호가 적용되어야 한다.

(3) 청구인은 2021년에 1차양도(48.99%)에 대해 명의개서를 하여 새로운 주주명부를 매수인에게 교부하였으며, 이는 금융감독원에 제출한 2021년 귀속 감사보고서에도 확인이 된다. 세법은 대금청산일 이전에 명의개서된 경우에는 명의개서된 연도에 귀속되도록 규정하고 있으므로 1차양도의 귀속시기는 2021년이다.특정주식의 양도를 규율하는 취지는 그 실질이 부동산의 양도와 같음에도 주식 양도를 통해 양도소득세를 회피하는 행위를 방지하기 위함인바, 특정주식의 양도시기도 부동산의 양도시기에 준하여 판단하는 것이 형평에 맞다. 부동산 양도의 경우 원칙적으로 대금청산일을 양도시기로 보나, 조세회피 목적 없이 대금 지급이 완료되지 않았음에도 지급된 부분에 대하여 지분 등기를 한 경우에는 그 지분에 대해 등기접수일을 양도시기로 본다. 이 건의 경우 매수인 대금지급이 지연되었고, 계약에 따라 명의개서를 한 것인바 조세회피 목적이 없다. 따라서 2021년 및 2022년 각각에 대해 양도소득세를 신고한 것은 정당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「소득세법 시행령」 제158조 제2항에 따라 과점주주가 3년 내 수회에 걸쳐 주식을 양도하여 그 합계가 50% 이상이 되는 경우 특정주식의 양도에 해당하고, 제162조 제4항은 과점주주의 지배력 이전이라는 특수성을 고려한 특례로서 특정주식의 양도시기를 “주식 합계액의 100분의 50 이상이 되는 날”로 규정하고 있다.

(2) 쟁점주식은 2021년에 1차양도(48.99%)되었고, 2022년에 2차양도(23.79%)되어 총 72.79% 양도되었는바, 2022년 2차양도로 50% 이상의 주식이 양도되었으므로 양도시기는 2022년이다. 청구인은 쟁점주식 양도가 단일거래로서 일괄 양도되었으므로 수회에 걸친 양도가 아니라고 주장하나, 서로 다른 과세연도에 걸쳐 주식이 이전된 이상 실질적으로 수회에 걸친 양도에 해당한다고 보아야 한다.

(3) 설사 청구인의 주장대로 단일 거래라 하더라도, 특정주식의 합산 요건이 충족된 시기가 2022년이라는 점은 변하지 않는다. 특정주식은 50% 이상 양도 시 요건이 충족되므로 1차양도 당시에는 특정주식 자체가 존재하지 않았다. 대법원도 과세기간과 과세대상이 다른 경우 기존 신고를 특정주식의 신고로 볼 수 없고, 특정주식이 되는 순간 그 전체 합산 분에 대한 확정신고 의무가 발생하는 것이며 이를 이행하지 않았다면 무신고에 해당하는 것으로 판시하였다(대법원 2024.7.11. 선고 2021두46445 판결 참조). 따라서 2차양도로 특정주식 요건이 충족된 2022년에 비로소 특정주식의 양도에 대한 양도소득세를 신고할 의무가 발생하는 것이다.한편, 청구인이 인용한 판례(대전고등법원 2017.10.18. 선고 2017누11099 판결)는 각 과점주주 거래를 단일거래로 보아 귀속시기를 최종 양도시기로 본다는 내용으로, 특정주식 양도시기를 합산요건 충족일로 정한 「소득세법 시행령」 제162조 제4항을 부정한 판례가 아니며 특정주식 합산 요건 충족 이후 귀속시기를 나눌 수 있다는 내용도 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식의 양도시기를 2022년으로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제94조 (양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득다. 법인의 자산총액 중 다음의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인의 과점주주(소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주를 말하며, 이하 이 장에서 “과점주주”라 한다)가 그 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 해당 과점주주 외의 자에게 양도하는 경우(과점주주가 다른 과점주주에게 양도한 후 양수한 과점주주가 과점주주 외의 자에게 다시 양도하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우를 포함한다)에 해당 주식등1) 제1호 및 제2호에 따른 자산(이하 이 조에서 “부동산등”이라 한다)의 가액2) 해당 법인이 직접 또는 간접으로 보유한 다른 법인의 주식가액에 그 다른 법인의 부동산등 보유비율을 곱하여 산출한 가액. 이 경우 다른 법인의 범위 및 부동산등 보유비율의 계산방법 등은 대통령령으로 정한다.제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(2) 소득세법 시행령 제158조(과점주주의 범위)

① 법 제94조 제1항 제4호 다목 1)·2) 외의 부분에서 “소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주”란 법인의 주주 1인과 주권상장법인기타주주 또는 주권비상장법인기타주주가 소유하고 있는 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50을 초과하는 경우 그 주주 1인과 주권상장법인기타주주 또는 주권비상장법인기타주주(이하 “과점주주”라 한다)를 말한다.

② 법 제94조 제1항 제4호 다목은 과점주주가 주식등을 과점주주 외의 자에게 여러 번에 걸쳐 양도하는 경우로서 과점주주 중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급해 3년 내에 과점주주가 양도한 주식등을 합산해 해당 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 양도하는 경우에도 적용한다. 이 경우 법 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는지는 과점주주 중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급하여 그 합산하는 기간 중 최초로 양도하는 날 현재의 해당 법인의 주식 등의 합계액 또는 자산총액을 기준으로 한다.

③ 법 제94조 제1항 제4호 다목 1)·2) 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 과점주주가 해당 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 과점주주 외의 자에게 양도한 주식등 중에서 양도하는 날(여러 번에 걸쳐 양도하는 경우에는 그 양도로 양도한 주식등이 전체 주식 등의 100분의 50 이상이 된 날을 말한다)부터 소급해 3년 내에 해당 법인의 과점주주 간에 해당 법인의 주식등을 양도한 경우를 말한다. 이 경우 제2항을 준용한다.제162조(양도 또는 취득의 시기)

① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

10. 제158조 제2항의 경우 자산의 양도시기는 주주 1인과 주권상장법인기타주주 또는 주권비상장법인기타주주가 주식등을 양도함으로써 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50 이상이 양도되는 날. 이 경우 양도가액은 그들이 사실상 주식등을 양도한 날의 양도가액에 의한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사 과정에서 청구인과 I(실무 담당 세무사) 대상으로 작성한 문답서를 제출하였는바, 주요 내용은 아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞와 같다.

＜표1＞

청구인 대상 문답서(요약)

○○○

＜표2＞ I 대상 문답서(요약)

○○○

(2) 이 건 양도와 관련된 계약서 등에 대해 제출된 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 당초계약에 관한 계약서 상 주요 내용은 아래 ＜표3＞과 같으며, 주주별 양도 조건은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표3＞

당초계약 주요 내용

○○○

＜표4＞ 주주별 양도 조건

○○○

(나) 변경계약에 관한 계약서 상 주요 변경 내용은 아래 ＜표5＞와 같으며, 주주별 양도 조건은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표5＞

변경계약 주요 변경 내용

○○○

＜표6＞ 변경계약의 주주별 양도 조건

○○○

(다) 청구인등은 2022년 1월, G·H과 2차양도에 대한 합의서를 체결하였는바, 이에 따르면 아직 G·H에게 이전되지 않은 쟁점주식(23.79%)에 대해 아래 ＜표7＞과 같이 합의하였다.

＜표7＞

합의서 주요 내용

○○○

(3) 청구인은 매수인의 대금지급이 지연되는 등 양도 지연에 귀책이 없다는 취지로 2021.11.8. 내용증명서를 제출하였는바, 2021.10.20. 및 2021.10.29. 주식매매계약의 이행을 최고하는 공문을 보냈음에도 매수인이 의무를 이행하지 않고 있어 2021.11.15.까지 이행하지 않을 경우 민·형사상 조치를 취할 예정임이 주요 내용이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제10호는 같은 령 제158조 제2항에 따라 특정주식을 ‘여러 번에 걸쳐 양도’하는 경우의 귀속시기를 규정하고 있어 단일의 매매계약에 따른 양도에는 적용되지 않는다고 주장하나,이 건의 경우 1차·2차양도는 계약대상, 당사자 및 조건이 상이한 점, 위 ＜표2＞ I 대상 문답서를 통해 확인되듯이 48.99%만 1차양도한 이후 부동산 가치를 높여 다시 양도하겠다는 매수인측의 요청이 있는 점, 2차양도는 청구인이 보유주식에 대해 유상감자를 적법하게 완료하는 등의 조건이 부가되어 있는 점, 청구인 스스로도 1차양도분 48.99%에 대해서만 명의개서를 했다고 주장한 점 등에 비추어, 쟁점주식의 양도는 특정주식을 여러 번에 걸쳐 양도하는 경우에 해당한다고 보이므로 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제10호에 따라 주식등의 합계액이 100분의 50 이상 양도된 2022년을 양도시기로 보아 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.