당초 사용실적(고유목적사업비)에 포함한 건물증축 및 의료기기 취득자금을 쟁점토지의 취득자금으로 대체하는 것으로 하여 제기한 경정청구의 당부

청구법인은 쟁점토지 취득 당시 쟁점토지 취득자금을 의료발전회계로 구분경리한 후 이를 사용실적에 계상하지 아니하였는바, 처분청이 쟁점토지를 취득한 당시 의료발전회계로 구분경리하지 않았다는 이유로 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 1981.10.1.OOO을 소재지로 하여 설립된 후 보건업 및 사회복지서비스 등을 영위하는 비영리법인으로서, 2011～2013사업연도에 건물증축 및 의료기기 취득금액 합계 OOO원을 고유목적준비금 조정명세서상 고유목적사업비(이하 “사용실적”이라 한다)에 포함하고 이를 청구법인의 의료발전회계에 구분경리하였으며, 2012.11.8. 청구법인의 제2병원 신축용으로 취득한 OOO 소재 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)의 취득자금 OOO원은 사용실적에 포함하지 아니하여 해당 법인세를 신고하였다가,2015.7.23. 당초 사용실적에 포함한 건물증축 및 의료기기 취득자금을 쟁점토지의 취득자금으로 대체하는 것으로 하여 다음 <표1>과 같이 경정청구를 제기하였다.OOO나. 처분청은 2015.11.26. 당초 신고된 사용실적을 임의로 변경할 수 없고, 쟁점토지는 취득 당시 의료발전회계에 구분경리 되어있지 아니하여 사용실적에 포함시킬 수 없다는 취지로 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.2.22. 이의신청을 거쳐 2016.7.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 병원 건물을 신축하기 위해 쟁점토지를 취득하였고, 취득시점에는 관련 예규가 명확하지 아니하여 사용실적에 포함시키지 못하였으나, 병원 건물을 신축하기 위한 토지 취득금액은 그 지출하는 시점에 사용실적에 포함될 수 있음이 조세심판원 결정에 의해 명확해져 당초에 제출한 사용실적을 변경하여 법인세 과세표준을 경정할 것을 청구한 것이다.

(2)「법인세법」제29조제1항은 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 한하여 세법상 한도액의 범위 내에서 손금으로 인정할 수 있고,「법인세법 시행령」제56조제6항 제3호는 의료업을 영위하는 의료법인이 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출한 금액으로 본다고 각 규정하고 있으며, 같은 조 제10항(이하 “쟁점시행령”이라 한다)에서는 제6항 제3호의 규정을 적용받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 기획재정부령이 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다고 규정하고 있다.

(3) 처분청은 위 법령에 비추어 취득한 고정자산을 사용실적에 계상하기 위해서는 자산을 취득한 당해 사업연도에 의료발전회계로 구분하여 경리하여 당해 사업연도에 신고하여야 한다고 판단하여 청구법인의 경정청구를 거부한 것으로 보인다.그러나 쟁점시행령에서 의료기기 등 고정자산에 대하여 의료발전회계로 구분경리하여 사용실적으로 계상할 것을 규정한 이유는 사용실적에 포함되어 이미 손금으로 인정된 고정자산이 비용(감가상각비 등) 등의 이유로 이중으로 손금산입되는 것을 방지하는데 그 목적이 있는 것이고, 쟁점시행령은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 기획재정부령이 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다고 규정하고 있을 뿐이지 구분 경리하는 기한을 제한한 것은 아니므로 경정청구기간 내에는 언제든지 납세자는 취득한 고정자산을 의료발전회계로 구분 경리하거나 기왕에 구분 경리된 자산의 내용을 변경하여 경리한 후 사용실적을 수정하여 경정청구를 할 수 있다.

(4) 납세자는 당초 신고한 과세표준 및 세액이 최적의 의사결정에 따른 과세표준 및 세액보다 많은 경우에도 경정청구가 허용되고, 이를 제한하기 위해서는「조세특례제한법」 제121조의2제6항 및 제10항,「법인세법」제72조제2항 및「법인세법 시행령」제99조제2항과 같이 신고기한을 명시하거나 경정청구 등에 의해 과세표준에 포함시킬 수 없다는 규정이 명시적으로 존재하여야 하나, 쟁점시행령에는 그와 같은 규정이 존재하지 아니하는 바, 당해 사업연도 법인세 신고시에 제출한 사용실적을 경정청구 기간 내라고 하더라도 변경할 수 없다고 하며 이 건 경청청구를 거분한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 건물증축 및 의료기기 취득금액을 사용실적에서 제외하는 한편 쟁점토지 취득금액을 사용실적에 포함하여 법인세 과세표준을 경정할 것을 청구하였으나,「법인세법」제29조제1항,동법 시행령 제56조제6항 제3호 및 제10항을 종합하여 살펴보면 취득한 고정자산을 고유목적사업준비금 사용실적에 계상하기 위해서는 자산을 취득한 당해 사업연도에 의료발전회계로 구분 경리하여야 하고 이후 사업연도에 회계처리를 임의로 변경할 수 없다.

(2) 따라서 청구법인이 당초에 의료발전회계로 구분하여 경리하지 아니한 쟁점토지를 사용실적에 포함하고, 의료발전회계에 구분 경리 되어 사용실적에 포함되었던 건물 증축 및 의료기기 취득금액을 제외하여 법인세 과세표준을 경정하여 달라는 청구주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

당초 사용실적(고유목적사업비)에 포함한 건물증축 및 의료기기 취득자금을 쟁점토지의 취득자금으로 대체하는 것으로 하여 제기한 경정청구의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법제3조【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

4. 제56조에 따른 미환류소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것2.「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득3.「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입6.「소득세법」 제94조제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.1.「소득세법」 제16조제1항 제1호부터 제10호까지의 규정에 따른 이자소득의 금액2.「소득세법」 제17조제1항 제1호·제2호·제5호 및 제6호의 배당소득의 금액. 다만,「상속세 및 증여세법」 제16조또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.

3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다.제113조【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)이 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액과 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액

⑨ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 제6항 제3호의 규정을 적용받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 기획재정부령이 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다.

(3) 법인세법 시행규칙제29조의2【의료기기 등의 범위】

① 영 제56조 제6항 제3호에서 “의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 고정자산”이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

1. 병원 건물 및 부속토지

2. 「의료기기법」에 따른 의료기기

3. 「보건의료기본법」에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비

② 영 제56조 제6항 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 연구개발사업”이란 「조세특례제한법 시행령」 별표6 제1호 가목에 따른 자체연구개발사업과 같은 호 나목에 따른 위탁 및 공동연구개발사업을 말한다.

③ 영 제56조 제10항에서 “기획재정부령이 정하는 의료발전회계”라 함은 고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2011～2013사업연도에 건물증축과 의료기기를 취득하고 이를 사용실적에 포함하여 다음 <표2>와 같이 신고한 사실이 나타난다.OOO

(2) 청구법인은 법인세법 기본통칙 29-56···6【의료발전회계의 처리방법】에 따라 회계처리하였다고 주장하고 있고, 법인세법 기본통칙상에 나타난 세무상 처리방법은 다음과 같다.OOO

(3) 청구법인은 2011∼2013사업연도의 고유목적사업비에 포함되었던 건물 및 의료기기 등에 대한 감가상각비를 계상한 후 이에 상당하는 의료발전준비금을 환입하는 회계처리를 하였고 주요내역은 다음 <표3>과 같다.OOO

(4) 청구법인은 제2병원 건립부지로 사용하기 위해 쟁점토지를 이사회결의를 통해 취득하였고, OOO구청장에게 의료시설(종합병원) 신축과 관련하여 건축·대수선·용도변경 허가신청을 하였으며, 위 신청에 따라 건축허가를 받은 사실이 이사회 회의록(2012.11.6.) 및 의사록(2012.11.14.), 건축·대수선·용도변경 허가신청서(2014.11.4.), 건축·대수선·용도변경 허가서(2014.12.2.)에 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인은 자산의 취득당시 의료발전회계로 구분경리하지 아니하였다고 하더라도 경정청구 기간 중에 언제든지 이를 구분경리하여 사용실적에 계상할 수 있다는 주장이다. (나)「법인세법」은 법인을 영리법인과 비영리법인으로 구분하여 영리법인에 대하여는 소득 발생 원천을 가리지 아니하고 모든 소득에 대하여 법인세 납세의무를 지우지만 비영리법인에 대하여는 같은 법 제3조 제3항 각 호에서 정한 특정한 발생원천에서 생긴 소득에 한하여 납세의무를 지우고 있다. 또한 같은 법 제29조는 비영리내국법인은 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 일정한 한도액 범위 내에서 이를 손금산입대상으로 정하고 있고, 같은 법 제113조는 비영리법인이 영위하는 수익사업에서 생긴 소득에 대한 과세를 위하여 비영리법인으로 하여금 자산·부채 및 손익을 수익사업에 속하는 것과 비수익사업에 속하는 것으로 구분경리하도록 요구하고 있다. 한편「법인세법」제29조제1항, 같은 법 시행령 제56조 제6항 제3호, 제9항 및 제10항에서는 의료업을 영위하는 의료법인의 경우 의료산업의 발전을 위해 수익사업에 사용되는 고정자산의 경우에도 의료발전회계로 구분하여 경리하고 사용실적에 계상하는 경우에는 고유목적사업에 사용한 것으로 본다고 규정하고 있다. 위 각 규정은 의료법인에게 특별한 혜택을 주는 것인바, 자산을 취득한 당해 연도에 의료법인의 선택에 따라 의료발전회계로 구분 경리하고 사용실적에 계상하는 경우에 한해 고유목적 사업에 사용되었다고 보는 것으로 엄격하게 해석하여야 한다.

(다) 청구법인은 쟁점토지 취득 당시 쟁점토지 취득자금을 의료발전회계로 구분경리한 후 이를 사용실적에 계상하지 아니하였는바, 처분청이 쟁점토지를 취득한 당시 의료발전회계로 구분경리하지 않았다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.