쟁점비용이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인지 여부

처분청이 청구법인의 연구소 소속이 아닌 품질관리팀, 품질보증팀에 소속된 신차개발 전담인력의 인건비와 해당 팀에서 지출한 쟁점비용이「조세특례제한법 시행령」별표6 제1호 가목 2)에 규정하는 연구전담부서 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용할 견본품 등의 구입비용에 해당하는지 여부와, 청구법인이 제시한 2015~2020사업연도 연구개발비 지출 관련 증빙서류 등에 대한 재조사를 실시한 후, 그 결과에 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 자동차 내장 부품의 제조 및 판매를 주요 목적사업으로 하여 1997년 5월 설립된 법인으로, 현재 국내에 3개의 공장OOO을 보유하고 있고, OOO에게 청구법인의 생산제품을 공급하고 있다.

나. 청구법인은 2015~2020사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 연구 및 인력개발비(이하 “연구개발비”라 한다) 세액공제 대상금액에

① 연구전담요원(기신청분)에 대한 4대 보험 사용자 부담분 및 신청 누락 연구전담요원의 인건비, 신차개발 전담인원의 인건비와

② 외주용역비·외주해석비·외주시험비·외주제작비(설계도면 작성, 시제품 자체 조립, 금형 외주제작) 등 시제품 제작원가 비용 합계 OOO을 포함하지 아니하였다.

다. 청구법인은 2020.9.3. 2015~2020사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시 연구개발비에 포함하지 아니한 위 ①~②의 비용이 연구개발비 세액공제 대상에 해당한다고 주장하며, 증액분기준에 따라 직전 2개년 평균금액을 반영하여 산정한 공제대상 세액에서 기세액공제분을 차감한 OOO을 환급세액으로 하여 경정청구를 제기하였다.

라. 처분청은 경정청구 대상 항목인 시제품 제작 원가비용 OOO 중 청구법인의 연구소 소속이 아닌 품질관리팀, 품질보증팀에 소속된 신차개발 전담인력의 인건비와 해당 팀에서 지출한 시제품 외주시험비등 합계 OOO(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 세액공제 대상 연구개발비에서 제외하고, 나머지 비용 OOO은 아래 ＜표1＞과 같이 세액공제 대상 연구개발비로 보아 증가분방식이 아닌 당기분방식을 적용하여 2015~2020사업연도 법인세를 경정OOO한 후, 2020.11.5. 청구법인에게 아래 ＜표2＞와 같이 경정청구 처리결과를 통지하였다.

＜표1＞

경정청구 대상금액 및 쟁점비용 등 내역＜표2＞ 경정청구 처리결과 통지 내역마. 청구법인은 이에 불복OOO하여 2021.1.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점비용은 청구법인이 앞서 제기하였던 2014사업연도 경정청구 거부처분 관련 항목과 동일한 것으로서, 2015~2020사업연도 경정청구도 동일한 사유로 거부처분되었는바, 현재 2014사업연도 연구개발비의 경우 조세심판원의 재조사 결정(조심 2020전8006, 2020.12.22.)에 따라 처분청의 재조사가 진행되고 있으므로, 이 건 심판청구도 재조사 결정이 되어야 한다.청구법인은 2020.3.27. 2014사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고 시 연구 및 인력개발비에 포함하지 아니한

① 연구전담요원(기신청분)에 대한 4대보험 사용자 부담분 및 신청 누락 연구전담요원의 인건비, 신차개발전담인력의 인건비와

② 외주용역비, 외주해석비, 외주시험비, 외주제작비(설계도면 작성, 시제품 자체 조립, 금형 외주제작) 등 시제품 제작원가가 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당한다고 주장하며 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2020.6.26. 경정청구 대상 항목인 시제품 제작원가 비용 중 쟁점비용을 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 금액에서 제외하고, 나머지 비용은 세액공제 대상 금액으로 보아 법인세를 경정한 후, 경정청구 처리결과를 통지하였으며, 청구법인이 이에 불복하여 2020.9.2. 제기한 심판청구에 대하여 조세심판원은, 처분청이 신차개발전담인력의 인건비와 시제품 외주시험비 등이 조특법 시행령 별표6 제1호 가목 2)에 규정하는 연구전담부서 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용할 견본품 등의 구입비용에 해당하는지 여부와, 청구법인이 제시한 2010~2013 사업연도 연구개발비 지출 관련 증빙서류 등에 대한 재조사를 실시한 후, 그 결과에 따라 연구 및 인력개발비 세액공제액을 재계산하여 과세표준 및 세액을 경정하도록 결정·통지하였는바, 사실관계가 동일한 2015~2020사업연도의 쟁점비용에 대해서도 처분청이 재조사를 실시하여 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

「국세기본법」제80조에서 심판청구의 결정은 관계 행정청을 기속한다고 하고 있는바, 이 건 심판청구는 청구법인이 앞서 제기하여 재조사로 결정된 후, 현재 처분청에서 재조사를 진행하고 있는 2014사업연도 경정청구 건과 동일한 쟁점으로서, 2015~2020사업연도의 쟁점비용도 처분청이 재조사를 통해 추가적인 입증서류를 확인하여 연구개발비 여부를 판단함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점쟁점비용이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인지 여부

나. 관련 법령 등

(1)조세특례제한법 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액1) 중소기업인 경우 : 100분의 252) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 다음의 구분에 따른 비율가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 15나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 103) 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우 : 100분의

84) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우 : 다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다)해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2)조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의 2에 따른 연구개발출연금 등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체,「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액

⑤ 법 제10조 제2항에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다)×해당 과세연도의 개월 수/12【별표 6】 (2020. 2. 11. 개정)연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조 제1항 관련)

1. 연구개발가. 자체연구개발1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서 등”이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.가)「소득세법」제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액나)「소득세법」제29조및「법인세법」제33조에 따른 퇴직급여충당금다)「법인세법 시행령」제44조의 2제2항에 따른 퇴직연금등의 부담금 및「소득세법 시행령」제40조의 2제1항 제2호에 따른 퇴직연금계좌에 납부한 부담금2) 전담부서 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(「문화산업진흥 기본법」제2조제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제10조 제1항에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용(3)국세기본법 제80조【결정의 효력】

① 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)한다.

② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 나타난 청구법인의 경정청구 및 처분청의 거부처분 등 이 사건 주요 경위는 다음과 같다.(가) 청구법인이 2020.9.3. 처분청에 제출한 2015~2020사업연도 법인세 경정청구서에 의하면, 당초 2015~2020사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시조특법 제10조에 따른 연구개발비 세액공제 대상금액에 포함하지 아니한 연구전담요원(기신청분)에 대한 4대 보험 사용자 부담분 및 신청 누락 연구전담요원의 인건비, 신차개발 전담인원의 인건비와 외주용역비·외주해석비·외주시험비·외주제작비(설계도면 작성, 시제품 자체 조립, 금형 외주제작) 등 시제품 제작원가 비용 합계 OOO에 대하여 세액공제 대상금액에 포함하여 연구개발비 세액공제OOO를 해 줄 것을 청구한 것으로 나타난다.(나) 이에 대하여 처분청은 청구법인의 연구소 소속이 아닌 품질관리팀, 품질보증팀에 소속된 신차개발 전담인력의 인건비와 해당 팀에서 지출한 시제품 외주시험비 등 합계 OOO은 세액공제 대상 연구개발비에서 제외하고, 나머지 비용 OOO은 세액공제 대상으로 보아 2015~2020사업연도 법인세를 경정OOO한 후, 2020.11.5. 청구법인에게 위 처분개요 ＜표2＞와 같이 경정청구 처리결과를 통지한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 이 건 심판청구 사건의 쟁점이 조세심판원에서 2020.12.22. 결정한 청구법인의 2014사업연도 경정청구 관련 심판청구 사건과 동일하므로 이 건도 동일하게 재조사 결정이 이루어져야 한다고 주장하며 조세심판결정서(조심 2020전8006, 2020.12.22.)를 제시하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 이 건 심판청구는 현재 처분청에서 조세심판결정(조심 2020전8006, 2020.12.22.)에 따라 재조사를 진행하고 있는 청구법인의 2014사업연도 경정청구 건과 동일한 쟁점인바, 동일한 취지로 처분청이 청구법인의 연구소 소속이 아닌 품질관리팀, 품질보증팀에 소속된 신차개발 전담인력의 인건비와 해당 팀에서 지출한 시제품 외주시험비등 합계 OOO이 조특법 시행령 별표6 제1호 가목 2)에 규정하는 연구전담부서 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용할 견본품 등의 구입비용에 해당하는지 여부와, 청구법인이 제시한 2015~2020사업연도 연구개발비 지출 관련 증빙서류 등에 대한 재조사를 실시한 후, 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.