쟁점주택의 양도를 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

청구인들은 쟁점주택을 양도할 당시 쟁점주택 이외에 장기임대주택 및 대체주택을 소유하고 있었던 점, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점주택을 포함하고 있지 아니하는 점, 같은 항 본문에서 ‘장기임대주택’을 주택 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없고, 해당 조문상 대체주택 취득으로 일시적으로 2주택에 해당하게 되는 경우 실질적인 주택수를 감안하여 이를 1개의 주택으로 본다는 규정이 없으므로 같은 항 제10호를 적용하기도 어려운 점 등에 비추어 쟁점주택을 조정대상지역 내 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로 봄이 타당하다 할 것임

1. 처분개요

가. 청구인 AAA 및 청구인 BBB(AAA의 배우자이고, 이하 함께 “청구인들”이라 한다)은 2014.11.24. 공동(각 2분의1 지분)으로 취득한 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2019.11.25. OOO원에 양도하고 1세대 1주택(일시적 2주택자)인 고가주택으로 보아 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여 2020.1.31. ＜표1＞과 같이 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 신고ㆍ납부하였다.

＜표1＞

청구인들의 양도소득세 신고 내역(단위 : 천원)OOO나. 처분청은 청구인들의 세대가 쟁점주택 양도일 현재 쟁점주택 외에도 OOO 소재 4층 주택(이하 “임대주택”이라 한다) 및 OOO 소재 4층 주택(이하 “대체주택”이라 한다)을 보유하고 있는 사실을 확인하고, 청구인들이 조정대상지역내 1세대 3주택 이상자에 해당하여 장기보유특별공제 적용이 배제되고, 일반세율에 20%를 더한 중과세율 적용대상이므로 양도소득세를 수정신고할 것을 안내하였으며, 청구인들은 이에 따라 2021.4.21. ＜표2＞와 같이 장기보유특별공제를 배제하고, 중과세율을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 수정신고하였다.

＜표2＞

청구인들의 수정신고 내역(단위 : 천원)OOO다. 청구인들은 2021.5.4. 쟁점주택은 1세대 1주택으로 의제되는 주택이므로 장기보유특별공제 및 일반세율이 적용되어야 한다며 수정신고한 세액의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.6.15. 이를 거부하였다.

라. 청구인들은 이에 불복하여 2021.9.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주택은 1세대 1주택으로 의제되는 주택이므로 장기보유특별공제 및 일반세율이 적용되어야 한다.

(1) 쟁점주택을 1세대 1주택으로 보면서 동시에 1세대 3주택으로 볼 수는 없다.(가) 청구인들은 등록된 장기임대주택과 2년 이상 거주한 쟁점주택을 함께 소유한 상태에서 쟁점주택을 양도하였으므로 쟁점주택은 ‘장기임대주택 특례’에 해당하여 1세대 1주택으로 보는 주택이다(「소득세법 시행령」 제155조제20항). 또한 청구인들이 쟁점주택을 취득한 날부터 1년 이상 지난 후 대체주택을 취득하였고, 대체주택을 취득한 날로부터 3년 이내에 종전의 쟁점주택을 양도하였으므로 쟁점주택은 ‘일시적 2주택 특례’에 해당하여 1세대 1주택으로 보는 주택이다(「소득세법 시행령」 제155조제1항).

＜표3＞

1세대 1주택으로 보는 특례

장기임대주택 특례

쟁점주택 + 장기임대주택 → 쟁점주택을 1주택으로 간주

( 「소득세법 시행령」 제155조 제20항)

일시적 2주택 특례

쟁점주택 + 신규주택 → 쟁점주택을 1주택으로 간주

( 「소득세법 시행령」 제155조 제1항)

따라서 쟁점주택은 특례 규정의 요건을 모두 충족하여 1세대 1주택으로 의제되는 주택이 되었으므로 청구인들이 실제로 1세대에 3주택을 소유하고 있더라도 쟁점주택을 1주택으로 보는 것이 당연하다. 쟁점주택이 1세대 1주택으로 간주되면서 동시에 1세대 3주택일 수는 없기 때문이다.(나) 처분청은 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 현행「소득세법 시행령」 제167조의3제1항 제13호에 ‘1세대 1주택으로 보는 경우 1세대 3주택으로 보지 않는다’는 명시적인 규정이 신설된 이후의 양도 주택에 대해서만 3주택 중과세가 제외된다는 입장을 취하고 있다.그러나 신설 규정은 그 문언상 아래에서 보듯 ‘1세대 1주택이면서 동시에 1세대 3주택일 수는 없다’는 지극히 논리필연적인 법리를 확인한 규정에 불과하므로 해당 규정이 신설되기 이전에 양도된 경우에도 특례 규정의 요건을 충족한다면 1세대 1주택으로 간주되어야 하는바, 쟁점주택에 대한 3주택 중과세는 위법하다.

＜개정세법해설＞

OOO

(2) 이 건 처분은 국세청 유권해석에 어긋난다.국세청은 2015.3.13. ‘장기임대주택을 소유하고 있는 경우에도 2년 이상 거주한 거주주택을 양도하는 경우에는 일시적 2주택 특례를 적용받을 수 있으며(즉 장기임대주택까지 포함하여 3주택), 해당 거주주택이 고가주택이면 장기보유특별공제 및 일반 누진세율을 적용할 수 있다고 판단한 바 있다(서면-2015-부동산-0195, 2015.3.13.). 따라서 처분청의 이 건 처분은 국세청 유권해석의 명백한 입장에도 어긋나는 위법한 처분이다.

나. 처분청 의견

청구인들이 쟁점주택을 포함하여 3주택 이상의 주택을 소유하고 있으므로「소득세법」 제95조제2항에 따라 장기보유특별공제를 배제하고 같은 법 제104조 제7항에 따라 중과세율을 적용하여 처분한 이 건은 정당하다.

(1)「소득세법」 제104조제7항 제3호에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도시 중과세율을 적용하도록 규정하고 있는 바, 쟁점주택은 양도당시 조정대상지역에 있는 주택인 반면에 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 각호에서 열거하는 주택에 해당되지 아니한다.같은 조 각 호 외의 본문 및 이외의 조항에서 대체주택과 임대주택 등「소득세법 시행령」 제155조에 따른 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받는 주택을 주택수에서 배제하도록 명시한 규정이 없다.

(2) 또한「소득세법」 제95조제2항에서 조정지역내의 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 포함하여 같은 법 제104조 제7항 각호의 자산에 대하여 장기보유특별공제를 배제하도록 명확히 규정하고 있어 양도주택이 그 양도당시 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당되는 것으로 본 이상 장기보유특별공제의 적용이 배제됨이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택의 양도를 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택이상에 해당하는 주택의 양도’로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 일부개정된 것)제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산제55조 제1항에 따른 세율

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

(2) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 일부개정된 것)제154조【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에「주택법」 제63조의2제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

② 제1항에서 조정대상지역을 적용할 때 2017년 8월 3일부터 2017년 11월 9일까지의 기간에는 다음 표의 지역을 조정대상지역으로 한다.

따라서 쟁점주택은 특례 규정의 요건을 모두 충족하여 1세대 1주택으로 의제되는 주택이 되었으므로 청구인들이 실제로 1세대에 3주택을 소유하고 있더라도 쟁점주택을 1주택으로 보는 것이 당연하다. 쟁점주택이 1세대 1주택으로 간주되면서 동시에 1세대 3주택일 수는 없기 때문이다.(나) 처분청은 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 현행「소득세법 시행령」 제167조의3제1항 제13호에 ‘1세대 1주택으로 보는 경우 1세대 3주택으로 보지 않는다’는 명시적인 규정이 신설된 이후의 양도 주택에 대해서만 3주택 중과세가 제외된다는 입장을 취하고 있다.그러나 신설 규정은 그 문언상 아래에서 보듯 ‘1세대 1주택이면서 동시에 1세대 3주택일 수는 없다’는 지극히 논리필연적인 법리를 확인한 규정에 불과하므로 해당 규정이 신설되기 이전에 양도된 경우에도 특례 규정의 요건을 충족한다면 1세대 1주택으로 간주되어야 하는바, 쟁점주택에 대한 3주택 중과세는 위법하다.

＜개정세법해설＞

OOO

(2) 이 건 처분은 국세청 유권해석에 어긋난다.국세청은 2015.3.13. ‘장기임대주택을 소유하고 있는 경우에도 2년 이상 거주한 거주주택을 양도하는 경우에는 일시적 2주택 특례를 적용받을 수 있으며(즉 장기임대주택까지 포함하여 3주택), 해당 거주주택이 고가주택이면 장기보유특별공제 및 일반 누진세율을 적용할 수 있다고 판단한 바 있다(서면-2015-부동산-0195, 2015.3.13.). 따라서 처분청의 이 건 처분은 국세청 유권해석의 명백한 입장에도 어긋나는 위법한 처분이다.

나. 처분청 의견청구인들이 쟁점주택을 포함하여 3주택 이상의 주택을 소유하고 있으므로「소득세법」 제95조제2항에 따라 장기보유특별공제를 배제하고 같은 법 제104조 제7항에 따라 중과세율을 적용하여 처분한 이 건은 정당하다.

(1)「소득세법」 제104조제7항 제3호에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도시 중과세율을 적용하도록 규정하고 있는 바, 쟁점주택은 양도당시 조정대상지역에 있는 주택인 반면에 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 각호에서 열거하는 주택에 해당되지 아니한다.같은 조 각 호 외의 본문 및 이외의 조항에서 대체주택과 임대주택 등「소득세법 시행령」 제155조에 따른 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받는 주택을 주택수에서 배제하도록 명시한 규정이 없다.

(2) 또한「소득세법」 제95조제2항에서 조정지역내의 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 포함하여 같은 법 제104조 제7항 각호의 자산에 대하여 장기보유특별공제를 배제하도록 명확히 규정하고 있어 양도주택이 그 양도당시 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당되는 것으로 본 이상 장기보유특별공제의 적용이 배제됨이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택의 양도를 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택이상에 해당하는 주택의 양도’로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 일부개정된 것)제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산제55조 제1항에 따른 세율

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

(2) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 일부개정된 것)제154조【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에「주택법」 제63조의2제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

② 제1항에서 조정대상지역을 적용할 때 2017년 8월 3일부터 2017년 11월 9일까지의 기간에는 다음 표의 지역을 조정대상지역으로 한다.제155조【1세대 1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

(20) 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 바목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). (단서 생략)

10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)제167조의10【양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제7항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

8. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우(3년이 지난 경우로서 제155조 제18항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함한다)에 한정한다]

(3) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부개정된 것)제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

13. 제155조 또는 「조세특례제한법」에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택(2021.2.17. 신설)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들은 2014.11.24. 각 2분의1 지분으로 취득한 OOO를 2019.11.25. OOO원에 양도하였다.

(2) 청구인들 세대의 주택 보유현황은 ＜표4＞와 같고, 청구인 BBB은 임대주택을 증여받아 2017.9.29. OOO청장에 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대사업자등록을 한 것으로 나타나며, 청구인들 세대가 보유한 아래 임대주택이「소득세법 시행령」 제167조의3제1항 제2호의 장기임대주택에 해당한다는 사실에 대해서는 다툼이 없다.

＜표4＞

청구인들 세대의 주택 보유 현황OOO

(3) 청구인들은 쟁점주택의 양도에 대하여 9억원 이하분은 1세대 1주택 비과세를 적용하고, 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 쟁점주택의 양도가 조정대상지역 내 3주택이상의 주택의 양도로서 장기보유특별공제를 배제하고, 일반세율(6%∼42%)에 가산세율 20%를 더한 중과세율(26∼62%)을 적용하여 양도소득세 수정신고할 것을 안내하였고, 청구인들은 2021.4.21. 처분청의 안내에 따라 장기보유특별공제를 배제하고, 중과세율을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 수정신고하였다가, 2021.5.4. 수정신고한 세액의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

＜표5＞

청구인들의 각 양도소득세 신고 내역(단위 : 천원)OOO* 청구인들은 쟁점주택을 1/2지분씩 보유하여 신고.납부세액이 동일함

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 「소득세법」 제95조제2항 및 같은 법 제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도의 경우, 장기보유특별공제를 배제하고, 양도소득세율을「소득세법」 제55조제1항에 따른 일반세율에 20%를 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있으며,「소득세법 시행령」 제167조의3제1항에서 “법 제104조 제7항 제3호에서 ‘대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’이라 함은 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다”고 규정하면서 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제2호 등에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 일반 주택을 각각 들고 있다. 청구인들은 쟁점주택이 장기보유특별공제 및 일반세율이 적용되는 일시적 2주택(1세대 1주택)에 해당한다고 주장하나, 청구인들은 쟁점주택을 양도할 당시 쟁점주택 이외에 장기임대주택 및 대체주택을 소유하고 있었던 점, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는「소득세법 시행령」 제167조의3제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점주택을 포함하고 있지 아니하는 점, 같은 항 본문에서 ‘장기임대주택’을 주택 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없고, 해당 조문상 대체주택 취득으로 일시적으로 2주택에 해당하게 되는 경우 실질적인 주택수를 감안하여 이를 1개의 주택으로 본다는 규정이 없으므로 같은 항 제10호를 적용하기도 어려운 점 등에 비추어 쟁점주택을 조정대상지역내 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로 봄이 타당하다 할 것이다.

또한 청구인들은 쟁점주택이 일시적 2주택에 해당하여 9억원 이하분에 대해 1세대 1주택 비과세를 적용하고 있는바, 9억원 초과분에 대해서도 장기보유특별공제와 일반세율을 적용해야 한다는 취지로 주장하나, 비과세를 정하고 있는 규정(「소득세법」 제89조및 같은 법 시행령 제155조)과 조정대상지역 다주택자에 대한 장기보유특별공제 배제 및 중과세율을 정하고 있는 규정(「소득세법」 제95조· 제104조 및 같은 법 시행령 제167조의3)이 동일하지 아니하고, 쟁점주택을 일시적 2주택으로 보아 장기보유특별공제와 일반세율을 적용하는 경우, 조정대상지역 이외에 다주택과 세효과가 동일한바, 청구주장과 같이 해석하는 것은 조정대상지역에 있는 다주택의 양도에 한하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하는 현행 법령상 중과규정의 입법취지에 부합하지 않는 것으로 판단된다.

따라서 처분청이 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.