GovBrief 국세자주 묻는 질문양도소득세

입주권의 공제와 양도가액은 어떻게 정하는가?

국세청 공식 회신문서번호 서면인터넷방문상담5팀-758회신일 2006.11.09세목 양도소득세회신 후 개정
1. 질문입주권의 공제와 양도가액은 어떻게 정하는가?2. 공식 회신국세청 · 2006.11.093. 다툰 결과0건 직접 · 0건 조문 연결4. 현행 조문7개 근거 링크
한 줄 답 · 국세청 회신 2006.11.09

공제는 기존부동산 보유기간에 따라 양도차익에서 하고, 양도가액은 실제 거래가액으로 한다.

조합원입주권 양도 시 장기보유특별공제와 양도가액의 적용 방법을 물었다. 공제는 기존부동산 보유기간에 따라 양도차익에서 하고, 양도가액은 실제 거래가액으로 한다. 실제 거래가액이 불분명하면 매매사례가액 또는 감정가액을 적용한다.

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 소득세법 시행령(2026.07.01 시행), 소득세법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

법제처 시행일별 원문 대조 · 2026.09.10 기준

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 7곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

문구 변경·이동 7 · 문구 동일 0 · 비교 불가 1
  1. 문구 변경회신 당시 시행본 2006.09.25 → 현재 시행본 2026.07.01

    소득세법 시행령 제166조: 회신 당시 11개 문장·단위에서 현재 26개로 바뀌었다(수정 9개 · 신설 15개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ①법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ①법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

  2. 문구 변경회신 당시 시행본 2006.09.25 → 현재 시행본 2026.07.01

    소득세법 제95조 제1항: 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 1개로 바뀌었다(수정 1개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ①양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "讓渡價額"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "讓渡差益"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

  3. 삭제·이동 확인회신 당시 시행본 2006.09.25 → 현재 시행본 2026.07.01

    소득세법 제95조 제2항 제3호: 회신 당시 인용 단위가 현재 조문에는 없다.

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    해당 문구 없음

  4. 문구 변경회신 당시 시행본 2006.09.25 → 현재 시행본 2026.07.01

    소득세법 제155조: 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 1개로 바뀌었다(수정 1개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    제155조(원천징수의 배제) 제127조제1항 각호의 소득으로서 그 발생된 소득이 지급되지 아니함으로써 소득세가 원천징수되지 아니한 당해 소득이 종합소득에 합산되어 종합소득에 대한 소득세가 과세된 경우에 당해 소득을 지급하는 때에는 소득세를 원천징수하지 아니한다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    제155조(원천징수의 배제) 제127조제1항 각 호의 소득으로서 발생 후 지급되지 아니함으로써 소득세가 원천징수되지 아니한 소득이 종합소득에 합산되어 종합소득에 대한 소득세가 과세된 경우에 그 소득을 지급할 때에는 소득세를 원천징수하지 아니한다.

  5. 같은 번호의 규정 교체회신 당시 시행본 2006.09.25 → 현재 시행본 2026.07.01

    소득세법 제156의2조: 회신 당시 제목은 ‘비거주자의 국내원천소득중 비과세등을 적용받는 경우 비과세등의 신청’이지만 현재 같은 번호의 제목은 ‘비거주자에 대한 조세조약상 비과세 또는 면제 적용 신청’이다. 같은 번호라도 다른 규정이므로 옛 회신 근거로 연결하지 않는다.

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    제156조의2 (비거주자의 국내원천소득중 비과세등을 적용받는 경우 비과세등의 신청) 제119조의 규정에 의한 국내원천소득(동조제5호 및 제6호의 규정에 의한 소득을 제외한다)에 대하여 조세조약에 따라 비과세 또는 면제를 적용받고자 하는 비거주자는 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 그 비과세 또는 면제신청을 하여야 한다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    제156조의2(비거주자에 대한 조세조약상 비과세 또는 면제 적용 신청) ① 제119조에 따른 국내원천소득(같은 조 제5호에 따른 국내원천 사업소득은 제외한다)의 실질귀속자인 비거주자가 조세조약에 따라 비과세 또는 면제를 적용받으려는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비과세ㆍ면제신청서 및 국내원천소득의 실질귀속자임을 증명하는 서류(이하 이 조에서 "신청서등"이라 한다)를 국내원천소득을 지급하는 자(이하 이 조에서 "소득지급자"라 한다)에게 제출하고, 해당 소득지급자는 그 신청서등을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ② 제1항을 적용할 때 해당 국내원천소득이 국외투자기구를 통하여 지급되는 경우에는 그 국외투자기구가 대통령령으로 정하는 바에 따라 실질귀속자로부터 신청서등을 제출받아 이를 그 명세가 포함된 국외투자기구 신고서와 함께…

  6. 삭제·이동 확인회신 당시 시행본 2006.09.25 → 현재 시행본 2026.07.01

    소득세법 제96조 제2항 제2호: 회신 당시 인용 단위가 현재 조문에는 없다.

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    2. 제94조제1항제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리인 경우

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    해당 문구 없음

  7. 문구 변경회신 당시 시행본 2006.09.25 → 현재 시행본 2026.07.01

    소득세법 제100조: 회신 당시 4개 문장·단위에서 현재 5개로 바뀌었다(수정 3개 · 신설 1개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ①양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조제5항의 규정에 의하여 賣買事例價額ㆍ鑑定價額이 적용되는 경우 당해 賣買事例價額ㆍ鑑定價額 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조제5항의 규정에 의하여 賣買事例價額ㆍ鑑定價額ㆍ換算價額이 적용되는 경우 당해 賣買事例價額ㆍ鑑定價額ㆍ換算價額 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

  8. 비교 불가회신 당시 시행본 2006.09.25 → 현재 시행본 2026.07.01

    소득세법 제155의2조: 회신일 당시 법령 버전에서 해당 조문을 정확히 찾지 못했다.

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.

사실관계

2005. 5. 30. 이전에 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원이 조합원입주권을 양도하는 경우이다.

질의요지

장기보유특별공제는 부동산의 보유기간(취득일부터 사업시행인가일까지)에 따라 기존부동산의 양도차익에서 공제할 수 있음.

본문(원문)

1. 2005. 5. 30. 이전에「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원이 조합원입주권을 양도할 경우 당해 조합원의 양도차익은「구 소득세법 시행령」제166조(2005. 5. 31. 개정되기 전)의 규정을 적용하여 산정하는 것이며, 이 경우「소득세법」제95조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간(취득일부터 사업시행인가일까지)에 따라 기존부동산의 양도차익에서 공제할 수 있는 것입니다.

2. 「소득세법」 제95조 제2항 제3호 단서 규정에서 양도차익의 100분의 45가 적용되는 1세대 1주택이라 함은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의 2ㆍ제156조의 2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말하는 것입니다.

3. 조합원입주권의 양도가액은 「소득세법」 제96조 제2항 제2호 규정에 의하여 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액이며, 실제로 거래한 가액이 불분명한 경우에는 「소득세법」 제100조 규정의 매매사례가액 또는 감정가액으로 하는 것입니다.

정제 정리

질의

조합원입주권 양도 시 장기보유특별공제와 양도가액의 적용 방법.

회답

1. 2005. 5. 30. 이전 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원이 입주권을 양도하면 「구 소득세법 시행령」 제166조를 적용하여 양도차익을 산정함. 장기보유특별공제는 취득일부터 사업시행인가일까지의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서 공제함.

2. 양도차익의 100분의 45가 적용되는 1세대1주택은 양도일 현재 국내에 1주택을 소유한 경우의 그 주택을 말함.

3. 조합원입주권의 양도가액은 양도자와 양수자 사이의 실제 거래가액으로 하며, 불분명하면 매매사례가액 또는 감정가액으로 함.

관련 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 서면인터넷방문상담5팀-758 (2006.11.09 회신), "입주권의 공제와 양도가액은 어떻게 정하는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000030499/

출처·편집 정보

원문
국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000030499)
원 제목
조합원 입주권 양도시 장기보유특별공제 및 양도가액 적용 방법
공개 등급
공개 후보 · 검색 색인 대상
편집
질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신
2026-09-10
원문 출처: 국가법령정보센터(법제처)·국세청·조세심판원. 법령해석 요약은 원문에서 선별한 문장이고, 심판결정은 공식 주문·재결요지·이유를 그대로 싣는다. 현행성 표시는 인용 법령의 개정·폐지 여부를 법령 DB와 대조한 결과다. 편집 가공물은 법적 효력이 없다. · 전문가 연결 문의 · llms.txt · RSS · sitemap