쟁점주식 양도가 창업자 등에의 출자에 대한 과세특례 대상인지 여부

「조세특례제한법」 제14조 는 개인이 특수관계 없는 창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대하여 출자한 주식으로 그 출자일로부터 5년이 경과한 후 양도하는 경우에 적용하여야 할 것이나, 청구인은 쟁점법인 설립 당시 및 쟁점주식 취득 이후에도 발기인이자 감사로서 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제1호의 규정에 따른 쟁점법인과 특수관계에 있는 자로 보이는 점 등에 비추어 쟁점주식은 「조세특례제한법」제14조 에 따른 양도소득세 과세특례 적용 대상에 해당되지 않는 것으로 보이므로 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가.청구인은 2002.6.27. 주식회사 OOO(청구인의 부친 OOO가 설립하여 개인사업자 형태로 운영하다가 2001.9.4. OOO으로부터 벤처기업 인증을 받았으며 2002.6.27. 법인전환됨,2013.4.2. 주식회사 OOO으로 상호변경,이하 “쟁점법인”이라한다) 설립 당시 발기인이자 감사로 참여하면서 3,000주(지분율 10%)를 최초로 출자한 후 아래 <표1>과 같이 쟁점법인 주식을 추가로 취득하여 1,748,750주의 쟁점법인 주식을보유하던 중 2012.10.31. 이 중 1,031,250주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 양도하고, 2013.2.28. 2012년 귀속 양도소득세 OOO신고·납부하였다.

나. 청구인은 2014.5.27. 쟁점주식 중 2007.1.17. 유상증자로 취득한 주식(60,000주)과 동 주식의 액면분할(2.5:1)로 인하여 증가된 주식(90,000주) 합계 150,000주를 제외한 881,250주(1,031,250주-150,000주)는 「조세특례제한법」 제14조제1항 제4호 규정에 따라 창업자 등에의 출자에 대한 과세특례 적용대상이므로 기 신고납부한 2012년 귀속 양도소득세 중 OOO환급하여 달라는 취지로 경정청구하였으나 2014.7.24. 처분청은 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2014.9.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법 시행령」(2002.6.25. 대통령령 제17633호로 개정되기전의 것) 제12조 제1항 제2호의 규정에 따라 창업 벤처기업 출자에 대한 과세특례 적용대상에서 제외되는 특수관계자 여부는 법인 설립 이후 출자에 대해 적용되어야 할 것으로 청구인이 쟁점주식 중 2002.6.27. 최초 취득한 주식 3,000주는 쟁점법인 설립을 위한 것으로 청구인이 쟁점법인의 특수관계자의 지위에서 출자한 것으로 볼 수는 없고, 2004.8.17. 유상증자로 취득한 주식 9,000주 또한 쟁점법인 창업 후 3년 이내의 출자로 특수관계자의 지위에서 출자한 것이 아니라 최초 법인 설립 당시 출자의 연장선상에서 모든 주주가 기존 지분비율대로 추가 출자를 한 것이며, 그 이후 주식배당, 무상증자, 액면분할 등으로 추가 취득한 주식은 자본항목 내의 계정 재분류에 불과한 것으로 기존 주식의 분할에 불과한 점 등에 비추어 쟁점주식1,031,250주중 쟁점법인 설립 이후 3년이 지난 시점인 2007.1.17. 유상증자로 취득한 주식 60,000주 및 2012.7.31. 동 주식의 액면분할로 추가 취득한 주식 90,000주 합계 150,000주를 제외한 881,250주는「조세특례제한법」(2002.8.26. 법률 제6705호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항 제4호 규정에 따라 창업자 등에의 출자에 대한 과세특례 적용대상에 해당되는데도 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인의 쟁점주식 취득은 「조세특례제한법」(2002.8.26. 법률 제6705호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항 제4호의 규정에 따라 벤처기업에 출자하여 취득한 주식으로 과세특례 적용대상이라고 주장하나, 청구인의 부친 OOO쟁점법인의 80% 지분을 출자한 최대주주이자 대표이사로서 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 쟁점법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자이므로 OOO아들인 청구인은 「법인세법」(2002.12.30. 법률 제6852호로 개정되기 전의 것) 제87조 제1항 제1호의 규정에 따라 쟁점법인의 특수관계자에 해당하므로 쟁점주식 중 청구인이 쟁점법인 설립 당시 출자로 취득한 주식은 「조세특례제한법 시행령」(2002.6.25. 대통령령 제17633호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제2호의 규정에 따라 과세특례 적용대상에 해당하지 아니하고, 그 이후 유상증자, 무상증자, 주식배당, 액면분할로 취득한 쟁점주식 또한 같은 사유 또는 벤쳐기업 설립 후 3년이 경과한 시점의 취득이므로 과세특례 적용대상에 해당되지 아니하므로 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식 양도가 창업자 등에의 출자에 대한 과세특례 대상인지 여부

나. 관련 법령

(1)조세특례제한법(2002.8.26. 법률 제6705호로 개정되기 전의 것)제14조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는「소득세법」 제94조제1항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제13조에 따른 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

(2) 조세특례제한법 시행령(2002.6.25. 대통령령 제17633호로 개정되기 전의 것) 제12조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】

① 법 제14조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 주식 또는출자지분”이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 5년이 경과된 것을 말한다.

1. 창업 후 3년 이내인 벤처기업(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것

2. 개인이 그와「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는「법인세법 시행령」 제87조제1항의 규정에 의한 특수관계(이하 이 항에서 “특수관계”라 한다)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것. 이 경우「법인세법 시행령」 제87조제1항의 규정을 적용함에 있어서 동 항 제6호 중 “100분의 50”은 각각 “100분의 30”으로 본다.

(3) 소득세법(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제94조【양도소득의 범위】①양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

(4) 법인세법 시행령(2002.12.5. 대통령령 제17791호로 개정되기 전의 것) 제87조【특수관계자의 범위】

① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.1.임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」 제401조의2제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주 등(소액주주를 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

3. 법인의임원·사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인 외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 쟁점법인의 사업자등록 현황은 다음과 같다.(나) 청구인은 OOO이 「벤처기업육성에관한특별조치법」 제25조의 규정에 따라 쟁점법인이 벤처기업이라는 사실을 확인하여 준 ‘벤처기업확인서’를 제시하였는바, 쟁점법인이 「조세특례제한법」(2002.8.26. 법률 제6705호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항 제4호의 규정의 과세특례 적용대상 벤처기업이라는 사실에 대해서는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다.

(2) 쟁점법인 설립 당시 주주명부는 아래 <표3>과 같고, 청구인은당시 발기인으로 참여하면서 이사(법인등기부상 2002.6.27. 이사 취임,2005.6.27. 중임, 2008.3.28. 사임 및 취임하였다가 2010.3.26. 사임)이었다.

(3) 쟁점주식의 취득 순서 및 환급세액 계산내역은 다음과 같다.(나) 경정청구시 2012년 귀속 양도소득세 환급청구 내역

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,「조세특례제한법」 제13조·제14조 및 같은 법 시행령 제12조에서 중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세는 기관투자자가 특수관계 없는 벤처기업의 육성·발전을 위하여 직접 행한 벤처기업의 자본금을 증가시키는 신규 출자에 대하여만 과세특례를 주고자 하는 것이 입법목적인 점, 동 과세특례는 개인이 특수관계 없는 창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대하여 출자한 주식으로 그 출자일로부터 5년이 경과한 후 양도하는 경우에 적용하여야 할 것이나, 청구인은 쟁점법인 설립 당시(2002.6.27.) 및 쟁점주식 취득(2002.6.27.) 이후에도 발기인이자 감사로서 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어「법인세법 시행령」 제87조제1항 제1호의 규정에 따른 쟁점법인과 특수관계에 있는 자로 보이는 점 등에 비추어 쟁점주식은「조세특례제한법」 제14조제1항 제4호 규정에 따른 양도소득세 과세특례 적용대상에 해당되지 않는 것으로 보여 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2013구2642, 2013.9.3. 외 다수 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.