비상장중소기업의 대주주가 양도한 주식의 양도소득세 세율을 20%로 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

「소득세법」(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령(2017.2.3. 법령 제27829호로 개정되기 전의 것) 제157조 제4항에서 대통령령으로 정하는 대주주의 범위를 규정하면서 제3장 전체에서 모두 동일한 뜻으로 해석되도록 정하였는바,대주주의 범위에 주권비상장법인도 포함된 것으로 보이는 점,청구인은 「소득세법 시행령」제157조 제4항 제1호에서 규정한 대주주의 요건(지분율 1% 이상)을 충족하였으므로 같은 법 제104조 제1항 제11호 다목에 따라 20%의 세율을 적용하는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주식의 양도소득세율을 20%로 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 소재에서 의료폐기물수집운반 및 폐기물처리업을 영위하는 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)의 발행주식 OOO(비상장주식으로 지분율 30%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2017.1.19. OOO에 양도하고, 양도소득세율을 10%로 적용하여 양도소득세 OOO을 예정신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토하여, 중소기업의 대주주가 주식을 양도하는 경우 양도소득세율 20%를 적용하는 것으로 보아 2017.11.6. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2017.11.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)「소득세법 시행령」제167조의8(대주주 및 중소기업의 범위)은 2017.2.3. 개정 당시 대주주의 범위를 추가하였고, 관련 부칙(대통령령 제27829호) 제1조와 제2조 제2항은 “이 영을 공포한 날로부터 시행하되 양도소득에 대한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다”고 규정하고 있는바, 청구인은「소득세법 시행령」제167조의8이 개정되기 전에 쟁점주식을 양도하였으므로, 관련 부칙 및 소급과세의 금지 원칙에 따라 개정된 규정을 적용할 수 없다.

(2) 쟁점주식의 양도 당시 규정에 따르면,「소득세법」제94조제1항 제3호 가목에서 위임한 대주주의 범위(주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주)를 같은 법 시행령 제157조 제4항(법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호 어느 하나에 해당하는 자)에서 규정하고 있고, 이는주권상장법인의 대주주만을 뜻하는 것이므로 비상장법인 대주주의 범위에 대해서는 어디에도 규정된 것이 없다.기획재정부에서 2016년 9월에 발행한 ‘조세개요’에 따르면, 주식 양도시 양도소득세 과세대상을 주권상장법인 주식과 주권상장법인이 아닌주식으로 명확하게 구분하였고, 국세청 국세공무원교육원에서 2016년 5월에 발행한 ‘양도소득세 실무해설’에 따르면, 대주주의 범위를 유가증권·코스닥·코넥스시장의 상장주식으로 한정하고 있을 뿐이다.한편, 2017.2.3.「소득세법 시행령」제167조의8이 개정되어 주권상장법인과 비상장법인의 대주주의 범위를 다르게 규정하고 있는 것을 보더라도개정 전 법령에서 주권비상장법인의 대주주에 대한 요건이 규정되어 있지 않음을 확인할 수 있다.

(3) 따라서, 청구인이 양도한 쟁점주식은상장법인의 주식이아님에도 불구하고개정법령을 소급적용하여 양도소득세율을 20%를 적용하는 것은 부당하고,「소득세법」제104조제1항 제11호 나목에 따라 10%의 세율을 적용하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 2015.12.15. 개정된「소득세법」제104조제1항 제11호 나목의 개정이유는 중소기업 주식에 대한 양도소득 과세시 대주주를 우대하여야 할 필요성이 낮은 점을 고려하여 중소기업의 대주주에게 적용되던 양도소득세율을 10%에서 20%로 조정한 것이고, 2017.2.3. 개정된「소득세법 시행령」제167조의8의 개정이유는비상장주식 양도시 주주 여부를 판단하는 지분율 기준을 100분의 4로 상향조정하고, 시가총액 기준은 상장주식 대주주와 동일하게 합리적으로 조정한 것에 불과하다.

(2) 2017.2.3. 개정 전 법령에 의하면,대주주의 범위는「소득세법」제94조제1항 제3호 및 이에 근거한 같은 법 시행령 제157조 제4항에 규정되어 있고,해당 대주주에는 비상장법인의 대주주가 포함되는 것으로 해석되어 왔으며,대법원 판례에서도“상장주식이나 비상장주식의 양도소득을 과세대상으로 하고 있는 입법목적은 상장주식이나 비상장주식을 이용한 변칙증여 방지와 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세형평에 있는 점, 비상장주식이라고 하더라도 상장주식 양도에 대한 양도소득세 부과와 마찬가지로 발생할 수 있는 주식시장에 대한 부정적인 영향을 고려하여 그 적용범위의 유연한 대응과 기업공개를 유도하기 위하여 과세대상 제외사유 등을 인정하여야 할 경제 정책적 필요가 있는 점에 비추어 볼 때,「소득세법 시행령」제157조제4항 및 제5항 제2호에서상장주식이나 비상장주식의 양도소득 과세대상과 관련하여 ‘대주주 등’의 개념 및 기준을 동일하게 적용하는 것으로 입법이 이루어졌다고 하여, 이를 조세법률주의에 위반하여 무효라고 할 수는 없다”(대법원 2007.11.29. 선고 2006두18041 판결)라고 판단하였다.

(3) 따라서, 청구인은 비상장 중소기업이 발행한 주식의 30%를 보유한 대주주로서 2017.1.19. 쟁점주식을 양도한 것에 대하여 「소득세법」제104조 제1항 제11호 다목의 세율인 20%를 적용한 것은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

비상장중소기업의 대주주가 양도한 주식의 양도세율을 20%로 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO이 2016사업연도 법인세 신고시 제출한 주식등변동상황명세서상 주주현황은 아래 <표>와 같고, 한국거래소 홈페이지 조회결과 OOO은 양도일 현재 비상장법인으로 확인된다.<표> 2016사업연도 말 OOO의 주주현황

(2) 청구인이 제출한 양도소득세 예정신고서 및 주식양수도 계약서에 의하면, 청구인은 2017.1.19. OOO에게 쟁점주식을 OOO에 양도하고 양도소득세율을 10%를 적용하여 양도소득세 OOO을 예정신고·납부한 것으로 나타난다.

(3) 쟁점주식의 양도소득세 신고와 관련된 법령 개정사항은 다음과 같다.(가) 2016.12.20. 개정된「소득세법」 제94조및 제104조의 개정 전후 법률 및 관련 부칙은 다음과 같다.(나) 2017.2.3. 개정된「소득세법 시행령」 제157조및 제167조의8의 개정 전후 법령 및 관련 부칙은 다음과 같다.

(4) 2015년 및 2016년 기획재정부가 발간한 개정세법 해설에 나타나는 관련 법령 개정 내용 및 개정이유는 각 다음과 같다.

<2015년 개정세법 해설>

<2016년 개정세법 해설>

(5) 청구인은 쟁점주식을 양도할 당시 양도소득세는 대주주의 범위를 상장주식으로 한정하고 있다고 주장하며, 조세개요(2016, 기획재정부) 및 양도소득세 실무해설(2016, 국세공무원 교육원)을 제출하였고, 관련 내용은 다음과 같다.

<조세개요, 107쪽>

<양도소득세 실무해설, 321쪽>

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주식 양도 당시 법령에서 대주주란 주권상장법인의 대주주만을 규정하고 있으므로「소득세법」제104조제1항 제11호 나목에 따라 10%를 적용함이 타당하다고 주장하나, 「소득세법」(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령(2017.2.3. 법령 제27829호로 개정되기 전의 것) 제157조 제4항에서 대통령령으로 정하는 대주주의 범위를 규정하면서 제3장 전체에서 모두 동일한 뜻으로 해석되도록 정하였는바, 대주주의 범위에 주권비상장법인도 포함된 것으로 보이는 점(조심 2017광2556, 2017.7.6., 같은 뜻임), 청구인은 OOO의 발행주식 30%를 소유하여「소득세법 시행령」 제157조제4항 제1호에서 규정한 대주주의 요건(지분율 1% 이상)을 충족하였으므로 같은 법 제104조 제1항 제11호 다목에 따라 20%의 세율을 적용하는것이 타당한 점, 또한, 개정된 「소득세 시행령」(2017.2.3. 법령 제27829호로개정된 것) 제167조의8 제1항 제2호에 따라 변경된 대주주의 지분율(지분율 4% 이상)을 적용하더라도 청구인은 대주주 요건을 충족하는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점주식의 양도소득세율을 20%로 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지>

관련 법령(1)소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 것)제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득가.주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등1) 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등2) 1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등나.주권비상장법인의 주식등제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산가. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 아닌 자가 양도하는 주식등으로서 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다)의 주식등 : 양도소득 과세표준의 100분의 10나. 대주주가 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등 : 양도소득 과세표준의 100분의 30다.그 밖의 주식등 : 양도소득 과세표준의 100분의 20

※ 부칙 <법률 제14389호, 2016.12.20.>제1조(시행일) 이 법은2017년 1월 1일부터 시행한다.제2조(일반적 적용례)

② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다.

(2)소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것)제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 : 양도소득 과세표준의 100분의 30나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) : 양도소득 과세표준의 100분의 10다. 그 밖의 주식등 : 양도소득 과세표준의 100분의 20

(3) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정된 것)제157조【증권예탁증권 및 대주주의 범위】

④ 법 제94조 제1항 제3호 가목 1)에서 "대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조 및 제167조의8에서 "주권상장법인대주주"라 한다)를 말한다.

1. 주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 조 및 제167조의8에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

가. 주주 1인 및 그와「법인세법 시행령」 제43조제8항 제1호에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 "주주 1인등"이라 한다)의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우 : 다음의 어느 하나에 해당하는 자1)「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자2)「국세기본법 시행령」 제1조의2제3항 제1호에 해당하는 자나. 주주 1인등의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대가 아닌 경우 : 다음의 어느 하나에 해당하는 자1) 직계존비속2)「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항 제3호 또는 제4호에 해당하는 자3)「국세기본법 시행령」 제1조의2제3항 제1호에 해당하는 자

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액(이하 이 조 및 제167조의8에서 "시가총액"이라 한다)이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주가.2018년 3월 31일까지 주식등을 양도하는 경우 : 25억원나. 2018년 4월 1일부터 2020년 3월 31일까지의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우 : 15억원다. 2020년 4월 1일 이후 주식등을 양도하는 경우 : 10억원제167조의8【대주주 및 중소기업의 범위】

① 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 주권상장법인대주주

2. 주권비상장법인의 주주로서제157조 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주주.다만, 대주주 여부를 판단할 때 소유주식의 비율은 100분의 4 이상으로 하고, 시가총액은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조 제1항에 따라 거래되는「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항에 따른 벤처기업의 주식등에 한정하여 40억원 이상으로 한다.

※ 부칙 <대통령령 제27829호, 2017.2.3.>제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.(단서 생략)제2조(일반적 적용례)

② 이 영 중 양도소득에 관한 개정규정은이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.제9조(대주주 및 중소기업의 범위에 관한 적용례) 제167조의8 제1항 제2호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 주식을 양도하는 분부터 적용한다.

(4) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것)제157조【증권예탁증권 및 대주주의 범위】

④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

가. 주주 1인 및 그와「법인세법 시행령」 제43조제8항 제1호에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 "주주 1인등"이라 한다)의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자1)「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자2)「국세기본법 시행령」 제1조의2제3항 제1호에 해당하는 자나. 주주 1인등의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대가 아닌 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자1) 직계존비속2)「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항 제3호 또는 제4호에 해당하는 자3)「국세기본법 시행령」 제1조의2제3항 제1호에 해당하는 자

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주