쟁점주택에 대하여 1세대1주택 양도소득세 비과세 특례가 적용될 수 있는지 여부

처분청이 쟁점양도에 대하여 1세대1주택 비과세를 배제하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인 BBB은 2015.12.7. 취득한 OOO(이하 “쟁점직전주택”이라 한다)를 보유하고 있던 중, 2017.4.20. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 2019.4.26. 청구인 AAA에게 쟁점주택의 2분의 1 지분을 증여하였고, 2019.4.19. 청구인 AAA과 공동(각 2분의 1 지분)으로 OOO(이하 “거주주택”이라 한다)를 취득하였다. 이후 청구인 BBB은 쟁점직전주택을 2021.1.13. 양도하였고, 청구인들은 쟁점주택을 2021.11.26. 양도(이하 “쟁점양도”라 한다)한 후 2021.12.8. 쟁점양도에 대하여 1세대1주택 비과세 규정을 적용하여 2021년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 2019.2.12. 개정된 구 「소득세법 시행령」 제154조 제5항 단서(이하 “쟁점단서”라 한다)에 따르면, 다주택소유자의 1세대1주택 보유기간(2년 이상)은 쟁점주택의 원래취득일(2017.4.20. 또는 2019.4.26.)이 아닌 최종 1주택이 된 날(쟁점직전주택의 양도일인 2021.1.13.)부터 기산되므로, 쟁점양도 당시 쟁점주택의 보유기간은 2년을 초과하지 않아 비과세가 적용될 수 없는 것으로 보아 2022.5.6. 청구인들에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원(청구인 BBB) 및 OOO원(청구인 AAA)을 각 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 2022.7.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 청구인들은 일시적 1세대 2주택자로서 「소득세법 시행령」제155조 제1항의 비과세 요건을 모두 충족하였다. ＜표1＞ 비과세 요건 충족 검토표

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(2) 「소득세법 시행령」(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부 개정된 것, 이하 같다) 제154조 제5항에서 주택의 보유기간 계산은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 하되, 쟁점단서에서 2주택 이상(제155조에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않음)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하도록 하고 있다. 청구인들은 3주택을 보유하고 있다가 그 중 1주택을 처분하여 일시적 2주택자에 해당하게 되었고, 1주택 외의 주택을 모두 처분한 후 신규주택을 취득한 바도 없으므로 쟁점단서의 적용대상에 해당하지 않는다.

(3) 기획재정부는 2020.12.31. 이전에 세 번째 주택(C주택)을 취득하여 2021.1.1. 현재 3주택을 보유 중인 1세대가 2021.1.1. 이후 1주택(A주택)을 양도하여 남은 일시적 2주택 중 먼저 취득한 주택(B주택)을 양도하는 경우 양도하는 주택(B주택)의 보유기간 기산일을 직전 주택(A주택)의 양도일로 보는 것으로 해석(재산세제과-953, 2021.11.2., 이하 “쟁점해석”이라 한다)하면서, 동 해석은 해당 회신일(2021.11.2.) 이후 양도하는 분부터 적용하도록 하였다. 그러나 쟁점해석은 법적 근거가 없는 무리한 해석이다. 즉, 쟁점단서에서 일시적 2주택자에 대해서는 그 적용을 배제하도록 하였고, 이에 따라 과세관청도 쟁점해석 이전에는 3주택 보유 세대가 1주택을 양도한 후 남은 주택이 일시적 2주택이 된 상태에서 종전주택을 양도할 경우, 종전주택의 취득일부터 보유기간을 기산하는 것으로 일관되게 해석하여 왔다(기획재정부 재재산-194, 2020.2.18., 사전-2021-법령해석재산-404, 2021.4.12. 등). 또한, 쟁점단서는 2주택 이상을 보유하던 자의 마지막 1주택에 대한 보유기간 기산일을 규정하고 있는데, 쟁점해석은 마지막 2주택 중 먼저 양도되는 종전주택에 대해서도 해당 단서가 적용되는 것으로 해석하여 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점단서가 신설되면서 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하도록 하였고, 관련 부칙에서 위 규정은 2021.1.1.부터 적용하도록 하였다.

(2) 국세청은 3주택 보유세대가 1주택을 양도하여 남은 주택이 일시적 2주택이 된 상태에서 종전주택을 양도한 경우 보유기간 기산일은 당해 주택 취득일로 한다고 해석(사전-2021-법령해석재산-404, 2021.4.12.)하였으나, 기획재정부가 쟁점해석을 통해 2021.11.2. 이후 양도분부터 3주택 보유세대가 1주택을 양도하여 남은 주택이 일시적 2주택이 된 상태에서 종전주택을 양도하는 경우, 종전주택 보유기간 기산일은 직전주택 양도일부터 기산하는 것이라고 유권해석을 변경하였고, 그에 따라 위 국세청 예규는 삭제되었다.

(3) 따라서 기획재정부 예규 회신일(2021.11.2.) 이후 양도한 청구인들의 쟁점주택은 일시적 1세대 2주택 비과세 특례규정을 위한 종전주택 보유기간 요건(2년)을 충족하지 못하였으므로, 쟁점양도에 대하여 비과세 특례 규정의 적용을 배제한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택에 대하여 1세대1주택 양도소득세 비과세 특례가 적용될 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조【양도소득금액】

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(2) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 일부개정된 것) 제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년)이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2 주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경( 「건축법」 제19조 에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다] 한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다. 제155조【1세대1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호ㆍ제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수 되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. 다만, 신규 주택의 취득일현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규 주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 다음 각 목의 기간을 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규 주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.

가. 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고 「주민등록법」 제16조 에 따라 전입신고를 마친 경우 나. 신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우 부칙 ＜제29523호, 2019.2.12.＞ 제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정 규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

3. 제154조 제5항의 개정규정 : 2021년 1월 1일 제2조【일반적 적용례】

② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들의 주택 취득.양도 현황 및 흐름은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 청구인들의 주택 취득 및 양도 현황

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(2) 「소득세법 시행령」 제ㆍ개정이유에 의하면, 2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 「소득세법 시행령」제154조 제5항은 다주택을 보유한 기간은 1세대 1주택 보유기간에서 제외하여 다주택자의 투기적 주택수요를 완화하기 위하여 1세대가 2주택 이상을 보유한 경우 다른 주택들을 모두 양도하고 최종적으로 1주택만 보유하게 된 날로부터 보유기간을 기산하고, 다만 기존 다주택자가 1주택자로 된 세대의 신뢰이익을 보호하고 매물잠김 현상을 최소화하기 위하여 2년간 적용을 유예하여 2021.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용(부칙 제29523호, 2019.2.12. 제1조 제3호)하도록 하였다.

(3) 쟁점해석의 주요내용은 다음과 같다.

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(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 쟁점양도에 대해 양도당시 2주택 소유상태에서 1주택을 양도한 것이므로, 일시적 2주택 양도로 보아 1세대1주택 비과세가 적용될 수 있다고 주장하나, 쟁점단서는 1세대1주택 비과세요건 중 보유기간 판정에 있어, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하되, 일시적 2주택, 상속 및 동거봉양 등 부득이한 사유에 해당하는 경우에는 적용을 제외한다고 규정하고 있는바, 청구인들은 3주택 소유자가 된 다음 1주택을 양도하여 2주택 소유상태에서 1주택(쟁점주택)을 양도한 것으로, 1주택 소유자가 주거이전 등을 이유로 부득이하게 일시적으로 2주택 소유상태가 된 것과는 차이가 있어 쟁점단서의 적용이 배제되는 경우로 보기 어렵고, 쟁점해석 또한 마찬가지 취지이므로, 처분청이 쟁점양도에 대하여 1세대1주택 비과세를 배제하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.