공업지역 편입일로부터 수용일까지의 개별공시지가 상승분에 대하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

청구인이 용역대금으로

○○○

에게 입금한 금액이 즉시

○○○

의 계좌로 이체되었고, 청구인이 선박 임가공용역을 제공받은 증빙의 제시가 부족하여 쟁점세금계산서를 정당한 세금계산서로 인정하기는 어려우나, 청구인이 선박임가공업을 실제 영위하였고, 청구인 명의의 계좌에서

○○○

명의의 계좌로 「조세특례제한법 시행령」제66조 제7항의 타당성을 높이기 위해서는 취득시와 양도시 및 편입시의 각 기준시가는 그 각 시점이 속하는 연도의 개별공시지가를 적용하는 것이 바람직한 점, 「소득세법 시행령」제164조 제3항은 취득시 또는 양도시에 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 않은 경우 그 직전연도의 개별공시지가를 적용하도록 한 규정이고 편입시에 대하여는 별도로 규정하지 아니한 점, 이 건 산식을 적용하는 경우 편입시보다는 양도시가 항상 나중에 오게 되고 편입시에 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 않았더라도 양도시에는 그 연도의 개별공시지가가 고시되어 있다면 개별공시지가가 고시되지 않은 경우와는 달리 볼 수 있는 점, 편입시와 양도시가 같은 연도에 속하는 경우에는 편입시와 양도시 사이에 기준시가 상승분 상당의 양도소득이 발생한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 편입시와 양도시가 같은 연도에 속하고 공익사업법에 따라 그 같은 연도의 기준시가를 기초로 보상가액이 산정된 쟁점토지의 양도소득금액 계산에 있어 이 건 산식 중 편입시의 기준시가는 양도시의 기준시가와 같은 20**.*.**. 고시된 개별공시지가를 적용하는 것이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO에 OOO 양도(수용)하고 8년 이상 자경한 농지 및 농지대토에 해당한다고 하여 2010년 귀속 양도소득세 OOO원 전액을 감면신청하였다.

나. 처분청은 청구인이 8년 이상 자경농지로 양도소득세 감면신청한 위OOO합계 2,553㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가OOO 공업지역에 편입된 사실을 확인하고 「조세특례제한법 시행령」(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제66조 제7항에서 규정한 산식(이하 “이 건 산식”이라 한다)에 따라 공업지역 편입일부터 양도일까지의 개별공시지가 상승분에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 OOO 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 이 건 산식에 따라 감면되는 양도소득금액을 계산하면서 양도 당시의 기준시가는 2010.5.31. 공시된 개별공시지가를 적용하고 공업지역 편입일의 기준시가는 2009.5.29. 공시된 개별공시지가를 적용하는 것은 주거지역 등 편입에 따른 가치상승분에 대하여 감면을 배제하고자 한「조세특례제한법」제69조제1항 단서의 입법취지에 반하므로, 공업지역 편입일의 기준시가도 2010.5.31. 공시된 개별공시지가를 적용하여야 한다(대법원 2012.8.30. 선고 2010두26841 판결 같은 뜻임).

(2) 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 “공익사업법”이라 한다) 제70조 제4항에서 사업인정고시일을 토지보상의 기준점으로 하고 있고,「조세특례제한법 시행령」제66조 제7항에서 양도 당시 기준시가를 보상금 수령시기와 관계없이 보상금 산정의 기준이 되는 개별공시지가를 적용하도록 규정하여, 사업인정고시일이 보상과 과세의 기준이라고 할 수 있고, 사업인정고시일과 공업지역 편입일이 동일한 시점이므로 다른 기준시가를 적용하여 양도소득세 감면을 일부 배제하는 것은 잘못이다.

나. 처분청 의견

대법원 판례에 따르면 공업지역 편입일의 기준시가는 2010.5.31.에 공시된 개별공시지가를 적용할 수 있겠지만, 그 동안 대법원 판례에 따른 법령개정이나 유권해석 등의 변경이 없었고, 2015.2.3.「조세특례제한법 시행령」제66조 제7항 후단에 “새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다”라는 문구를 추가하여 2009.5.31. 공시된 개별공시지가 적용이 타당함을 명확히 하였으므로 이 건 양도소득세 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

공업지역 편입일로부터 수용일까지의 개별공시지가 상승분에 대하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 답변서 및 청구인의 심판청구이유서 등 심리자료에 의하면, 쟁점토지는 2010.3.3. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 공업지역으로 편입된 후OOO가 시행하는 OOO(이하 “사업”이라 한다) 부지로 수용된 사실이 나타난다.

(2) 쟁점토지의 개별공시지가 공시현황을 보면 아래 <표>와 같이 2009.1.1. 기준 개별공시지가는 2009.5.31. 공시되고, 2010.1.1. 기준 개별공시지가는 2010.5.31. 공시된 것으로 나타난다.<표> 쟁점토지 개별공시지가 공시현황

(3) OOO 주식회사가 작성한 쟁점토지 등 사업부지 평가가액 산출근거 및 그 결정에 관한 의견을 보면, 쟁점토지는 OOO을 공시기준일로 하는 표준지를 비교표준지로 선정하여 보상가액을 산정한 것으로 나타난다.

(4)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은2015.2.3.「조세특례제한법 시행령」제66조 제7항 후단에 새로운 기준시가가 고시되기 전에 주거지역 등에 편입된 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다는 규정이 신설되었으므로 이 건 산식에서 주거지역 등에 편입된 날의 기준시가도 직전의 기준시가(2009.5.29. 공시)를 적용하여야 한다는 의견이나 2015.2.3. 개정된 법령을 2010.12.9. 양도분에 소급하여 적용할 수는 없는 점,「조세특례제한법 시행령」제66조제7항에 규정된 이 건 산식은 전체 양도소득금액을 ‘취득시부터 양도시까지의 기준시가 상승분’ 중 ‘취득시부터 주거지역 등에 편입된 날(이하 “편입시”라 한다)까지의 기준시가 상승분’이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 면제대상인 취득시부터 편입시까지의 양도소득금액을 추산하는 것이므로 그 타당성을 높이기 위해서는 취득시와 양도시 및 편입시의 각 기준시가는 그 각 시점이 속하는 연도의 개별공시지가를 적용하는 것이 바람직한 점, 「소득세법 시행령」(2010.12.30. 대통령령 제22580호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제164조 제3항은 취득시 또는 양도시에 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 않은 경우 그 직전연도의 개별공시지가를 적용하도록 한 규정이고 편입시에 대하여는 별도로 규정하지 아니한 점, 이 건 산식을 적용하는 경우 편입시보다는 양도시가 항상 나중에 오게 되고 편입시에 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 않았더라도 양도시에는 그 연도의 개별공시지가가 고시되어 있다면 개별공시지가가 고시되지 않은 경우와는 달리 볼 수 있는 점, 편입시와 양도시가 같은 연도에 속하는 경우에는 편입시와 양도시 사이에 기준시가 상승분 상당의 양도소득이 발생한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 편입시와 양도시가 같은

연도에 속하고 공익사업법에 따라 그 같은 연도의 기준시가를 기초로 보상가액이 산정된 쟁점토지의 양도소득금액 계산에 있어 이 건 산식 중 편입시의 기준시가는 양도시의 기준시가와 같은 2010.5.31. 고시된 개별공시지가를 적용하는 것이 타당하다고 판단된다(대법원 2012.8.30. 선고 2010두26841 판결 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지>

관련 법령

(1) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것)제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면]

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세 과세대상[비과세·감면 및 소액부징수(少額不徵收) 대상을 포함한다]이 되는 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2)조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ⑦법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란「소득세법」 제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 다음 산식 중 양도당시의 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 한다.양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가) － (취득당시의 기준시가)

(3) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것) 제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면]

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란「소득세법」 제95조제1항에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다) 중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

(4) 소득세법(2010.12.27. 법률 제10408호로 개정되기 전의 것)제94조[양도소득의 범위]

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득(이하 생략)제96조[양도가액]

① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 그 자산의 양도 당시의 기준시가에 따른다.(이하 생략)제97조[양도소득의 필요경비 계산]

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것제99조[기준시가의 산정]

① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물가. 토지「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.

(5) 소득세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22580호로 개정되기 전의 것)제164조[토지·건물의 기준시가 산정]

③ 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다.