쟁점주택이 「조세특례제한법」제97조 소정의 ‘장기임대주택’에 해당하는지 여부(기각)

청구인은 쟁점주택 양도 당시 임대주택을 5호 이상 임대하고 있는 경우가 아니므로, 청구인의 감면 주장은 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 2008.9.22. OOO에게 OOOOO OOO OOO OOOOOO OO OOOOO OOOO(건물 44.2㎡, 토지 17.92㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도한 후, 2009.5.31. 기준시가 및 일반세율을 적용하여 양도소득세 4,999,672원을 확정신고·자진납부 하였다.

나.처분청은 청구인이 1세대 2주택자인 사실을 확인한 후, 기준시가적용을 부인하고 양도가액과 취득가액을 실지거래가액인 180,000,000원과51,017,695원으로, 세율을 50%로 하여, 2009.12.1. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 65,895,420원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.12.17. 이의신청(이의신청 결과2009.1.22. 세액 10,350,944원이 감액되었다)을 거쳐 2010.2.5. 심판청구를제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점주택은 2002.12.30.「도시 및 주거환경 정비법」이 제정되기 전의 「도시저소득주민의 주거환경 개선을 위한 임시조치법」에 따라 신축한 주택으로, 「도시저소득주민의 주거환경 개선을 위한임시조치법 시행령」 제8조의 별표 3이 규정한 요건을 충족하고 있어 ‘장기임대주택’에 해당하므로,「조세특례제한법」제97조제1항 단서가 적용되어 쟁점주택에 대한 양도소득세는 감면되어야 한다.

(2) 앞서 본 바와 같이 쟁점주택이 ‘장기임대주택’에 해당하여「소득세법 시행령」 제167조의3제1항 제2호 다목, 제167조의5 제1항 제1호 및 제154조 제1항 제1호의 각 규정의 요건을 충족하고 있으므로, 청구인을 1세대 1주택자로 보아 양도소득세가 감면되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1)「조세특례제한법」 제97조의 규정은 5호 이상의 주택을 임대하는 거주자의 경우에만 적용되는 것인데, 청구인은 쟁점주택이 속한 다세대주택 301호 및 401호에서 실제 거주하고 있어 5호 이상의 임대주택을 임대한 사실이 없으므로 위 규정을 적용하기 어렵다.

(2) 청구인은 자신에게 1세대 1주택 비과세 규정이 적용되어야 한다는 취지로 주장하고 있으나, 이와 관련된「소득세법」 제89조및「소득세법 시행령」 제154조등의 규정은 거주자가 구성하고 있는1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하는 경우에 한하여 적용하는것이어서, 쟁점주택 양도 당시 별도의 거주주택을 보유한 청구인은 적용대상이 아닌 것으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점주택이「조세특례제한법」제97조소정의 ‘장기임대주택’에 해당하는지 여부

② 1세대 1주택 비과세 규정의 적용 여부

나. 관련법령

(1) 쟁점

① 관련(가) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 동법에 의한 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택②「소득세법」 제89조제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간의 계산 기타 필요한사항은 대통령령으로 정한다.(나) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로개정되기 전의 것) 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제97조 제1항 각호외의 부분 본문에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다.

② 법 제97조 제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는「소득세법 시행령」 제32조제3항 및 제4항의 규정을 준용한다.(다)임대주택법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “임대주택”이란 임대 목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다.

2. “건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 말하며, 그 종류는 대통령령으로 정한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택나.「주택법」 제9조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은법제16조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사때까지 분양되지 아니한 주택으로서 제6조에 따른 임대사업자 등록을마치고 국토해양부령으로 정하는 바에 따라 임대하는 주택(이하 생략)제6조【임대사업자의 등록】

① 대통령령으로 정하는 호수(戶數) 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하려면 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 국토해양부령으로 정하는 경미한사항은 신고하지 아니하여도 된다.

③ 제1항과 제2항에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(라)임대주택법 시행령 제7조【임대사업자의 범위 및 등록 기준등】

① 법제6조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 호수”란 다음 각 호의 구분에 따른 호수(戶數) 또는 세대를 말한다.

1. 건설임대주택의 경우: 단독주택은 2호, 공동주택은 2세대

2. 매입임대주택의 경우: 단독주택은 1호, 공동주택은 1세대

(2) 쟁점

② 관련(가) 소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것)제89조【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. (생략)2의

3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)양도소득과세표준의 100분의 602의

5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택양도소득과세표준의 100분의 50(나) 소득세법 시행령(2008.10.7. 대통령령 제21062호로 개정되기전의 것) 제154조【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. 「임대주택법」에 의한 건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 당해 건설임대주택의 임차일부터 당해 주택의 양도일까지의 거주기간이 5년 이상인 경우

⑧ 제1항의 규정에 의한 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 다음 각 호의 기간을 통산한다.

1. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ도괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에대한 거주기간 및 보유기간제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다)소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. (생 략)

2. 법 제168조에 의한 사업자등록과「임대주택법」 제6조에 의한 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록 등" 이라 한다)을 한거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각목의 어느 하나에해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재「임대주택법」 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년6월 30일까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는「임대주택법」 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다.

가. 같은 시(특별시 및 광역시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군에서 5호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 10년 이상 임대한 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 취득 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록 등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 취득당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택다. 「임대주택법」에 의하여 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대하거나 분양전환(동법에 의하여 임대사업자에게 매각하는경우를 포함한다)하는 주택. 이 경우 당해 주택 및 이에 부수되는토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시 및 감정평가에관한 법률」에 의한 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 취득 당시 6억원을 초과하지 아니하는 주택을 말한다.

라. (생 략)3.「조세특례제한법」 제97조ㆍ제97조의 2 및 제98조의 규정에 의하여양도소득세가 감면되는 임대주택으로서 5년 이상 임대한 국민주택(이하 이 조에서 “감면대상장기임대주택”이라 한다)(이하 생략)제167조의5【양도소득세가 중과되는 1세대2주택에 해당하는주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 5에서 “대통령령이 정하는1세대2주택에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 2개(제1호에해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다)소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 제167조의3 제1항 제1호에 해당하는 주택

2. 제167조의3 제1항 제2호 내지 제8호 및 제8호의 2 중 어느 하나에 해당하는 주택3.～

9. (생 략)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제167조의 3 제2항 내지 제7항의 규정을 준용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 부동산등기부등본, 주민등록등본, 이의신청결정서 및 국세통합전산망(TIS) 자료 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 확인된다. (가)청구인은 1988.9.2. OOOO OOO으로부터 쟁점주택의소재지인 OOOOO OOO OOO OOOOOO 대지 89.6㎡(당시 지상 건물34.98㎡ 포함)를 취득하였다. (나)청구인은 1997.7.1. 쟁점주택 소재지 지상에 지하1층(쟁점주택), 지상 4층, 연면적 274.28㎡의 다세대주택(이하 “다세대주택”이라 한다)을 신축하였는데, 동 소재지는1995년 주거환경사업지구로 지정되었다. (다)청구인은 2001.10.16. 다세대주택 중 101호를, 2006.6.23. 201호를양도하였는데, 101호의 경우 3,300만원(기준시가)을 양도가액으로, 201호의 경우 4,200만원(기준시가)을 양도가액으로 하여 양도소득세 신고를하였다. (라)청구인은 2008.9.22. 쟁점주택을 1억 8천만원에 양도하였으나, 2009.5.31. 양도소득세 확정신고시에는 양도가액을 6,400만원(기준시가)으로 하여 이를 신고하였다. (마) 처분청은 2009.11.2. 청구인에게 양도가액을 실지거래가액 180,000,000원으로, 취득가액을 환산가액 39,586,874원으로 하고, 1세대3주택자에 대한 세율 60%를 적용하여 산정한 양도소득세 95,840,539원의과세예고통지를 하였고, 이에 청구인은 2009.11.6. 과세전적부심사를청구하였는데, 당시 청구인의 주장 중 청구인이 1세대 2주택자인 사실(공부상 2주택이나 복층으로 실질상 1주택)과 주택신축시 추가 필요경비가 소요된 사실이 인정되었다.

(바)처분청이 2009.12.1. 청구인에게 이 건 양도소득세 65,896,420원을경정·고지하자, 청구인은 2009.12.17. 이의신청을 하였고, 이 과정에서청구인의 토지취득계약서가 확인됨에 따라 2009.1.22. 세액 10,350,940원이 감액되었다. (사)한편,청구인의 임대소득 신고내역은 1998년 수입금액 13,050천원(소득금액 3,915천원), 2000년 수입금액 8,437천원(소득금액 3,796천원)과 같고,청구인이 작성하여 처분청에 제출한 ‘1999년 귀속주택보유명세서’의 기재내역과 다세대주택 ‘전세계약서’에 따른 청구인의임대내역은 각각 아래 <표1>, <표2>와 같다.

(2) 쟁점①에 대하여 살펴본다.(가) 청구인은,쟁점주택이 2002.12.30.「도시 및 주거환경 정비법」이제정되기 전의 「도시저소득주민의 주거환경 개선을 위한 임시조치법」에따라 신축한 주택으로, 「도시저소득주민의 주거환경 개선을 위한 임시조치법 시행령」 제8조의 별표 3에 규정된 ‘장기임대주택’에 해당하므로,「조세특례제한법」제97조제1항 단서가 적용되어 쟁점주택에대한 양도소득세는 감면되어야 하고, 근거법령으로 「도시 및 주거환경정비법」제3조, 제6조, 제7조, 「도시저소득층주민의 주거환경개선을위한임시조치법」제10조, 「도시저소득층주민의 주거환경개선을위한임시조치법 시행령」제8조등이 적용되어야 한다는 취지의 주장을하고 있다.(나) 그러나 쟁점주택이 ‘장기임대주택’으로서 양도소득세 감면 대상이 되기 위해서는「조세특례제한법」 제97조제1항이 규정하고 있는 감면요건을 충족하여야 할 것인 바,「조세특례제한법」제97조제1항은 ‘대통령령이 정하는 거주자’에 대하여 감면혜택을 부여하는것으로 규정하고 있고, 이에 대하여 「조세특례제한법 시행령」제97조제1항은 “임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다”고 규정하고있으나, 청구인은 쟁점주택 양도 당시 임대주택을 5호 이상 임대하고 있는 경우가 아니므로, 청구인의 위 감면 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 살펴본다.(가) 청구인은「소득세법 시행령」제167조의3제1항 제2호 다목 및 제167조의5 제1항 제1호 또는「소득세법 시행령」제154조제1항제1호가 적용되어야 하므로 청구인에 대한 양도소득세 과세가 부당하다는 취지의 주장을 하고 있다.(나) 그러나「소득세법 시행령」제154조제1항 제1호는 그 취지가‘「임대주택법」에 의한 건설임대주택’을 임차하여 거주하여 오던 거주자가 이를 취득하여 양도하는 경우, 만약 실제 소유기간이 짧은 경우에도 감면을 인정하기 위한 규정이어서, 청구인의 경우 적용이없는 것으로 보이고,「소득세법 시행령」제167조의3제1항 제2호다목 및 제167조의5 제1항 제1호의 규정 또한 그 취지가 「소득세법」 및「임대주택법」에 의한 사업자등록을 마치고 주택임대사업을 영위하여오던 사업자가, 자기 보유(거주) 주택을 양도하는 경우 임대주택 보유에따른 주택수 산정의 불이익을 배제하기 위한 규정이어서, 청구인의 경우 적용이 없는 것(기본적으로 청구인은 「소득세법」 및 「임대주택법」에 의한 사업자등록을 마치지도 아니하였다)으로 보이므로, 청구인의 위 감면 주장 역시 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.