쟁점주식의 양도에 대하여 「조세특례제한법」 제14조 제1항 제4호에서 규정한 양도소득세 과세특례를 적용할 수 있는지 여부

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□은 일반기업으로 창업한 후 벤처기업으로 전환 또는 확인받은 기업에 해당되고 창업 당시 출자하여 취득한 쟁점주식 중 79,000주는 ‘창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자’에 의하여 취득한 주식에 해당하지 않는 것으로 보이고 청구인의 출자에 의하여 취득한 주식에 대하여 쟁점과세특례를 적용할 수 없다고 보는 이상 이를 기초로 무상증자로 취득한 주식의 양도에 대하여도 쟁점과세특례를 적용할 수 없는 것으로 보임

1. 처분개요

가. 청구인은 비상장주식회사 OOO시스템(업종 : 소프트웨어개발업, 이하 “OOO시스템”이라 한다)의 발기인으로, 2010.2.25. OOO시스템의 최초 발행주식 79,000주를 취득하고 아래 <표1>과 같이 유무상증자를 통하여 총 426,600주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 보유하던 중 2014.9.16. 42,660주를 양도한 후 2014.11.26. 2014년 귀속 양도소득세를 예정신고(납부세액 OOO원)하였고 2015.2.4. 나머지 383,940주를 양도한 후 2015.4.17. 2015년 귀속 양도소득세를 예정신고(납부세액 OOO원)하였다가, 2015.5.20. 처분청에 쟁점주식이「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제14조 규정에 따른 ‘벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식’으로서 양도소득세 과세특례 대상(이하 “쟁점과세특례”라 한다)에 해당하므로 2014년2015년 귀속 양도소득세 합계 OOO원을 환급해 달라는 취지의 경정청구를 하였다. <표1> 청구인의 OOO시스템 발행주식 취득 내역 OOO 나. 처분청은 2015.7.8. 청구인이 OOO시스템 설립 당시 발기인 및 최대주주(설립시 지분율 79%)로서 OOO시스템과는 특수관계에 해당하므로 쟁점과세특례 적용요건을 충족하지 아니하였다고 보아 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2015.9.3. 이의신청을 거쳐 2016.3.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 OOO시스템(2010년 2월 설립되어「벤처기업 육성에 관한 특별조치법」에 의해 벤처기업으로 확인된 법인이다) 설립시에 자본금을 납입하는 방법, 법인이 설립된 후 7년 이내의 유상증자시 증자대금 납입·잉여금의 자본전입 등의 방법을 통해 쟁점주식을 취득하였고, 창업 후 3년 이내인 OOO시스템에 출자하여 그 출자일부터 3년이 경과된 후 양도하였으며, 특히, 청구인은 OOO시스템 설립시 출자자로서 출자 당시에는 OOO시스템과 특수관계가 없었는바, 쟁점주식은 조특법 제14조 규정에 따른 ‘벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식’으로서 쟁점과세특례 대상에 해당하므로 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 OOO시스템에 출자할 당시 OOO시스템과 특수관계가 없었다고 주장하나, OOO시스템의 발기인대표이사 및 최대주주로서 OOO 시스템과는 특수관계에 해당하는바, 쟁점주식은 조특법 제14조 규정에 따른 쟁점과세특례 대상에 해당하지 아니하므로 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식을 ‘벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식’ 으로 보아 조특법상쟁점과세특례를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

(2) 조세특례제한법 제13조【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】

② 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정을 적용할 때 출자는 중소기업창업투자회사, 벤처기업출자유한회사·신기술사업금융업자 또는 기금운용법인 등이 직접 또는 창투조합등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업자·신기술사업자 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것 으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법

2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입하는 방법

4. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법 제14조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호·제2호·제2호의2·제3호· 제4호 및 제6호 에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당 한다) 의 양도에 대해서는 「소득세법」 제94조 제1항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득 ( 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제13조 에 따른 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득 하는 경우를 포함한다) 한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

(3) 조세특례제한법 시행령 (2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제13조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】

① 법 제14조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분”이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득 한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 3년이 경과된 것 을 말한다.

1. 창업 후 3년 이내인 벤처기업( 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것

2. 개인이 그와 「소득세법 시행령」제98조 제1항 또는「법인세법 시행령」제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계(이하 이 항에서 “특수관계”라 한다)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제13조 의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것. 이 경우 「법인세법 시행령」제87조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제6호 중 “100분의 50”은 각각 “100분의 30”으로 본다.

(4) 법인세법 시행령 제87조【특수관계자의 범위】

① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대 하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」 제401 조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료를 보면, 청구인은 OOO시스템의 발기인으로 OOO시스템의 최초 설립시 출자 및 유무상증자를 통하여 보유하던 쟁점주식을 양도한 후 양도소득세를 신고·납부하였다가, 처분청에 쟁점주식이 조특법 제14조 규정에 따른 ‘벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식’으로서 쟁점과세특례 대상에 해당하므로 납부한 양도소득세를 환급해 달라는 취지의 경정청구를 하였고, 처분청은 청구 인이 OOO시스템 설립 당시 발기인 및 최대주주로서 OOO시스템과 ‘특수관계’에 해당하므로 쟁점과세특례 적용요건을 충족하지 아니한다고 보아 이 건 경정청구 거부처분을 한 사실이 나타난다.

(2) 조특법 제14조 제l항 제4호가 규정하는 쟁점과세특례는 벤처기업이 창업자금 및 신기술사업화 자금 등을 원활하게 공급받을 수 있도록 벤처기업에 투자하는 모험자본에 대해 과세특례를 부여함으로써 벤처기업을 육성하고 지원함에 목적이 있는데, 벤처기업의 특수관계인은 벤처기업의 내부정보를 공유하는 등 편법을 이용하여 위험 부담 없이 벤처기업 출자에 대한 비과세특례를 적용받을 가능성이 있고 그로 인해 세부담 없는 부의 창출이 가능해지므로 이를 방지하기 위하여 같은 법 시행령 제13조 제1항 제2호에서는 법인의 특수관계인에 대하여는 위 특례를 적용하지 아니하도록 정하고 있는바, 이 건 거 부처분 당시 조특법 제13조 제2항, 제14조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제13조 제1항에 따라 벤처기업 출자주식에 대한 쟁점과세특례의 적용을 받으려면 창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업으로서 출자자와 「법인세법 시행령」제87조 에서 정하는 특수관계가 없는 벤처기업일 것, 주식은 설립시 자본금으로 납입하거나 당해 기업의 설립 후 7년 이내에 유상증자, 잉여금의 자본전입, 채무의 자본전환에 의하여 취득할 것, 주식은 출자일로부터 3년이 경과한 후에 양도하였을 것이라는 요건이 충족되어야 한다.

(3) 청구인이 제시한 벤처기업 확인서 2매(발급처: 기술보증기금 이사장, 발급일자: 2011.12.14.·2013.12.20., 유효기간: 2011.12.14.∼2015. 12.13.)를 보면, 기술보증기금 이사장이 OOO시스템을「벤처기업 육성에 관한 특별조치법」에 의한 벤처기업으로 확인하고 있는 사실이 나타난다.

(4) OOO시스템의 정관 및 창립총회 의사록, 법인 등기부등본 등을 보면, 청구인은 OOO시스템의 발기인이자 이사로 확인되고 OOO 시스템의 ‘사업자 기본사항’의 주요내용은 다음 <표2>와 같으며 대표자 변경이력은 없는 것으로 나타난다. <표2> OOO시스템의 사업자 기본사항 OOO

(5) 청구인은 2014.9.16., 2015.2.4. 쟁점주식을 2회에 걸쳐 특수관계 없는 제3자에게 양도한 후 다음 <표3>과 같이 양도소득세를 신고납부하였다. <표3> 청구인의 양도소득세 신고내역 OOO

(6) OOO시스템이 법인세 신고시 제출한 대차대조표·자본금과 적립금 조정명세서·주식변동 상황명세서 등에 의하면, OOO시스템의 주주현황과 자본금 변동현황은 다음 <표4>와 같다. <표4> OOO시스템의 주주현황 및 자본금 변동현황 OOO

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 먼저 쟁점주식 중 청구인의 출자로 취득한 79,000주의 양도에 관하여 본다. 조특법 제14조 제1항 제4호는 ‘벤처기업에 출자함으로써 취득한 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분’의 양도로 인하여 발생하는 소득을 양도소득세의 과세대상에서 제외하는 쟁점과세특례를 규정하고 있고 그 위임에 따른 조특법 시행령 제12조 제1항은 “법 제14조 제1항 제4호에서 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분이라 함은 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 5년이 경과된 것을 말한다”고 규정하면서, 제1호에서 ‘창업 후 3년 이내인 벤처기업( 「벤처육성특별법」제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다) 또는 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것’을 들고 있다. 위 규정의 문언과 체계, 입법 취지 등을 보면 조특법 시행령 제12조 제1항 제1호의 ‘창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자’란 ‘벤처기업으로 창업한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자’를 의미하고, OOO시스템과 같이 일반기업으로 창업한 후 벤처기업으로 전환 또는 확인받은 기업에 창업 당시 출자하여 취득한 쟁점주식은 위 규정에서 말하는 ‘창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자’에 의하여 취득한 주식에 해당하지 않는 것으로 보이는 점(대법원 2015.1.15. 선고 2014두11250 판결 같은 뜻임) 등에 비추어 쟁점주식 중 청구인의 출자로 취득한 79,000주의 양도에 대하여는 조특법 제14조 제1항 제4호에서 정한 쟁점과세특례를 적용할 수 없다고 봄이 상당하다 하겠다(조심 2016중3557, 2017.10.30., 같은 뜻임).

다음으로 쟁점주식 중 무상증자로 취득한 주식( 2013.10.28. 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상증자분 268,600주, 2011.12.31. 이익잉여금의 자본전입에 따른 무상증자분 39,500주)의 양도에 관하여 본다. 주식발행초과금의 자본전입에 따라 무상주가 발행되더라도 주주의 입장에서는 원칙적으로 그가 가진 주식의 수만 늘어날 뿐이고 그가 보유하는 총 주식의 자본금에 대한 비율이나 실질적인 재산적 가치에 차이가 없어 무상증자로 취득한 주식은 주주가 기존에 가지고 있던 주식과 동일성이 인정된다고 할 것이므로 무상증자분의 비과세 요건 충족 여부는 그와 동일성을 유지하는 설립시 출자분과 동일하게 판단되어야 하는 점, 이익잉여금의 자본전입은 장부상 계정의 대체(동일한 자본 항목인 잉여금 계정에서 자본금 계정으로의 장부상 대체)에 불과하여 회사의 자본항목의 구성내용에 변동을 가져올 뿐 회사의 순자산에는 아무런 증감이 없으므로 구주의 실질적 가치가 줄고 그것이 신주의 형태로 바뀐 것에 불과하여 이익잉여금의 자본전입에 따라 배정받은 무상주는 종래 주식의 변형물에 지나지 아니하는 점 등에 비추어 볼 때 청구인의 출자에 의하여 취득한 주식에 대하여 쟁점과세특례를 적용할 수 없다고 보는 이상 이를 기초로 무상증자로 취득한 주식의 양도에 대하여도 쟁점과세특례를 적용할 수 없다고 판단된다. 마지막으로 쟁점주식 중 유상증자로 취득한 39,500주의 양도에 관하여 본다.

벤처기업의 특수관계인은 벤처기업의 내부정보를 공유하는 등 편법을 이용하여 위험부담 없이 벤처기업 출자에 대한 비과세특례를 적용받을 가능성이 있고 그로 인해 세부담 없는 부의 창출이 가능해지므로 이를 방지하기 위하여 당해 벤처기업의 특수관계인에 대하여는 쟁점과세특례를 적용하지 아니하도록 정하고 있는바, 청구인은 OOO시스템 설립시 출자로 주식을 취득하여 최대주주 및 대표자가 되어 OOO시스템과 특수관계자의 지위가 이미 성립된 이후 수권자본의 한도 내에서 자신이 사실상 임의로 신주발행을 결정할 수 있는 유상증자를 통하여 주식을 취득하였던 점 등에 비추어 쟁점주식 중 유상 증자로 취득한 주식의 양도에 대하여 쟁점과세특례를 적용할 수 없다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점주식 양도에 대하여 쟁점과세특례 적용요건을 충족하지 아니하였다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은정당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법 」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.