1세대 1주택 비과세 요건을 갖추지 못한 종전주택에 대한 관리처분계획인가로 취득한 조합원입주권을 주택으로 보아 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부(기각)

1세대 1주택 비과세 요건을 갖추지 못한 종전주택에 대한 관리처분게획인가로 취득한 조합원입주권을 주택으로 보아 소득세법 제95조 제2항 표2의 장기보유특별공제율을 적용하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 2003.4.28. OOO동 400-4 대지 79㎡ 및 위 지상 건물 56.1986㎡(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중, 종전주택 지역에 재건축 사업이 시행되어 2008.5.23. 관리처분인가에 따른 조합입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다)을 받았다.그리고, 청구인은2010.11.26. 쟁점입주권을 양도하고 2011년 1월 종전주택에 대한 장기보유특별공제만 적용(「소득세법」제95조제2항표1의 공제율 적용)하여 양도소득세를 예정신고납부하였다가, 2011.2.11. 관리처분인가일부터 양도일까지의 입주권 보유기간도 종전주택의 보유기간에 합산하여 장기보유특별공제가 적용(「소득세법」제95조제2항 표2의 공제율 적용)되어야 하므로 청구인이 예정신고시 납부한 2010년 귀속 양도소득세 47,424,520원 중에서 28,004,710원을 환급하라는 내용의 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 쟁점입주권은 1세대1주택 비과세 요건을 갖추지 못한 1조합입주권이므로「소득세법」제95조제2항 표1에 규정한 보유기간별 공제율을 적용하여야 한다고 보아 2011.4.11. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.4.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 종전주택에 거주한 사실이 없어 관리처분계획의 인가일 현재 종전주택이 1세대1주택 비과세 대상은 아니나,「소득세법 시행령」제155조제17항에 1세대1주택자인 재건축조합원이 기존주택을 제공하고 당해 조합을 통하여 취득한 입주권은 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 이를 1세대1주택으로 본다고 규정되어 있으므로, 양도일 현재 다른 주택이 없는 쟁점입주권에 대하여 이를 1세대1주택으로 보아 종전주택의 취득일부터 쟁점입주권의 양도일까지의 기간을 통산하여 장기보유특별공제를 적용(「소득세법」제95조제2항 표2의 공제율 적용)하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 종전주택에 거주한 사실이 없어 쟁점입주권은 1세대1주택 비과세 요건을 갖추지 못한 1조합입주권이므로「소득세법」제95조제2항 표1에 규정한 보유기간별 공제율을 적용하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

1세대 1주택 비과세 요건을 갖추지 못한 1조합입주권의 양도에 대하여 종전주택에 대한 장기보유특별공제만 적용(「소득세법」제95조제2항 표1)하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법제89조 【비과세 양도소득】

② 대통령령으로 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

(2) 소득세법 시행령제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및「택지개발촉진법」 제3조에 따라 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.제155조 【1세대 1주택의 특례】<17> 법 제89조 제2항 본문에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권" 이라 한다)을 1개 소유한 1세대[「도시 및주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재제154조 제1항에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다]가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목에도 불구하고 제154조 제1항에 따른 1세대1주택으로 본다. 다만, 제2호의 경우에는 당해 1주택을 취득한 날부터 2년 이내에 당해 조합원입주권을 양도하는 경우에 한한다.

1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우

2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우제159조의2 【장기보유특별공제】 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면, 청구인은 종전주택에 거주한 사실이 없어 종전주택은 관리처분계획의 인가일 현재 1세대1주택 비과세 적용대상은 아니고, 청구인은 쟁점입주권의 양도일 현재 다른 주택이 없는 것으로 나타난다.

(2) 청구인이 신고 및 경정청구한 내용은 아래 <표>와 같다.<표> 신고 및 경정청구 내용 (단위 : 원)

구분

양도가액

취득가액

장기보유특별공제

납부할 세액

당초신고

334,300,000

98,436,052

49,231,484

47,424,527

경정청구

334,300,000

98,436,052

132,244,945

19,419,815

(3) 살피건대,「소득세법 시행령」제155조(1세대 1주택의 특례) 제17항에 법 제89조 제2항 본문에 따른 조합원입주권을 1개 소유한 1세대[「도시 및주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조 제1항에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다] 고 규정되어 있는 바, 거주요건을 충족하지 못하여 관리처분계획의 인가일 현재「소득세법 시행령」제154조제1항(1세대1주택 비과세)의규정에 해당하지 아니하는 종전주택을 소유하다가 취득한 쟁점입주권은「소득세법 시행령」제155조제17항 및 제159조의2의 규정에 의한 1세대1주택에 해당하지 아니하여「소득세법」제95조제2항 단서의 규정(표 2에 규정된 보유기간별 공제율)을 적용받을 수 없으므로 관리처분인가일부터 양도일까지의 입주권 보유기간도 종전주택의 보유기간에 합산하여 장기보유특별공제가 적용되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(국심 2007서4886, 2008.4.24. 같은 뜻임)

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.