지하철 건설공사와 관련하여 청구인 보유토지에 구분지상권을 설정하고 그 대가로 수령한 쟁점보상금이 부가가치세 과세대상인지 여부 등

청구인은 ▣▣▣▣▣▣과 도시철도건설사업을 운영하는데 필요한 사업장 토지에 대해 구분지상권을 설정하기로 계약하였고, 그 존속기간도 서울도시철도 존속시까지이므로 이는 청구인이 ◎◎◎◎◎에게 지상권의 존속기간까지 사업장 토지에 대한 임대용역을 사실상 계속적ㆍ반복적으로 제공하기로 약정한 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO(이하 3필지의 토지를 “사업장 토지”라 한다)에서 부동산임대업을 영위하는 자로 OOO 건설공사와 관련하여 위 사업장 토지에 대해 OOO에 구분지상권을 설정해 주었고, OOO으로부터 지상권설정에 따른 보상금 합계 OOO(이하 “쟁점보상금”이라 한다)을 일시불로 수령하여 기타소득으로 종합소득세를 신고하였으나 부가가치세는 신고하지 않았다.

나. 처분청은 쟁점보상금을 부가가치세 과세대상으로 보아 OOO 청구인에게 각 사업장별로 2012년 제2기 부가가치세 합계 OOO을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 부가가치세 납세의무자는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자이므로 일시적으로 토지를 사용하게 하고 그에 대한 대가를 받는 경우에는 사업성이 없어 부가가치세 과세대상에 해당되지 않는다.

(2) (예비적청구①) 설령 토지를 계속적으로 사용하게 하고 그에 대한 대가를 일시에 받은 것으로 본다면, 쟁점보상금 전체를 하나의 과세기간에 과세할 것이 아니라「부가가치세법」 제29조제10항 제3호 및 같은 법 시행령 제65조 제5항에 따라 임대용역이 제공되는 과세기간동안 쟁점보상금을 안분하여 과세표준을 계산하여야 한다.

(3) (예비적청구②) OOO으로부터 받은 쟁점보상금은「조세특례제한법」 제105조제1항 제3호 가목에서 규정하는 도시철도건설용역에 포함되어 부가가치세 영세율 적용대상이다.

나. 처분청 의견

(1)「부가가치세법」 제7조에서 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다고 정하였고, 청구인은 OOO이 도시철도건설사업을 운영하는데 사용하게 할 목적으로 사업장 토지에 대한 구분지상권을 설정해 주었으며 그 존속기간이 OOO 존속시까지로 장기간이므로, 청구인이 지상권 존속기간까지 계속하여 반복적으로 사업장 토지의 임대용역을 제공한 것으로 보아야 한다.

(2) (예비적청구

① 관련)「부가가치세법」 제9조제2항 및 같은 법 시행령 제22조 제2호에서 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 규정하고 있다. 청구인이 OOO과 체결한 구분지상권 설정계약서상 계약존속기간은 ‘이 계약 체결일로부터 도시철도 존속시까지’로 계약종료기간이 불분명하여 쟁점보상금을 임대기간으로 안분하여 과세표준을 계산하는 것이 불가능하므로 쟁점보상금을 수령한 2012년 제2기 부가가치세 과세기간에 과세한 처분은 타당하다.

(3) (예비적청구

② 관련)「조세특례제한법」 제105조제1항 제3호는 국가 및 지방자치단체에게 직접 공급하는 도시철도건설용역에 대하여 영세율을 적용하도록 한 규정이므로 시행사인 OOO으로부터 OOO 건설에 대하여 공사 수주를 받아 건설용역을 제공한 시공사에게 영세율을 적용한다는 의미이고, 건설용역의 해당 여부는 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의하는 것이므로 청구인이 OOO에게 사업장 토지의 임대용역을 제공한 것은 영세율 적용대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적청구) 지하철 건설공사와 관련하여 청구인 보유토지에 구분지상권을 설정하고 그 대가로 수령한 쟁점보상금이 부가가치세 과세대상인지 여부

② (예비적청구①) 쟁점보상금을 토지사용기간으로 안분하여 부가가치세를 과세하는 것이 타당하다는 청구주장의 당부

③ (예비적청구②) 쟁점보상금이 조세특례제한법상 영세율 적용대상이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2013.1.1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것)제1조[과세대상]

① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

③ 제1항에서 "용역"이란 재화 외의 재산 가치가 있는 모든 역무(役務) 및 그 밖의 행위를 말한다.제2조[납세의무자]

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 "사업자"라 한다)제7조[용역의 공급]

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.제9조[거래 시기]

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

④ 제1항과 제2항에 따른 공급 시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제13조[과세표준]

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가

(2) 부가가치세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것)제22조[용역의 공급시기] 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의2 제1항·제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일(이하 생략)제48조[과세표준의 계산]

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다.

⑫ 사업자가 제22조 제5호에 따라 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 용역을 제공하고 그 대가를 선불로 받는 경우에는 해당 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 해당 계약기간의 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 해당 계약기간의 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다.제49조의2[부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례]

④ 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 해당 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 제48조 제12항 후단을 준용한다.

(3) 조세특례제한법제105조[부가가치세 영세율의 적용]

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. (후단 생략)

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역가. 국가 및 지방자치단체나. 「도시철도법」의 적용을 받는 도시철도공사(지방자치단체의 조례에 따라 도시철도를 건설할 수 있는 경우로 한정한다)다. 「한국철도시설공단법」에 따른 한국철도시설공단라. 「사회기반시설에 대한민간투자법」 제2조제7호에 따른 사업시행자3의

2. 「사회기반시설에 대한민간투자법」 제2조제7호에 따른 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 할 목적으로 같은 법 제4조 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 같은 법에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역

다. 사실관계 및 판단

(1) 사업장 토지의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인 소유의 사업장 토지에 OOO 소유를 목적으로 하는 구분지상권이 설정되었고, 지상권자는 OOO, 존속기간은 도시철도 존속시까지로 되어 있다.

(2) 청구인이 제출한 구분지상권 설정계약서(3건)에 따르면, 청구인은 OOO과 사업장 토지 일부에 대해 구분지상권 설정계약을 각각 체결하였고, 구분지상권의 목적은 도시철도시설의 소유로서 그 존속기간은 ‘이 계약체결일로부터 도시철도 존속시까지’이며, OOO은 이러한 토지사용에 대한 보상금으로 청구인에게 합계 OOO(원천징수 전)을 일시불로 지급하는 것으로 되어 있다.

(3) 청구인이 제출한 OOO의 공문에 따르면, OOO은 청구인에게 OOO 건설공사 손실보상금에 대한 OOO의 부가가치세 부과와 관련하여 사업시행자OOO의 의견조회 결과를 송부하였고, OOO은 OOO에게 쟁점보상금이「조세특례제한법」 제105조제1항에 따라 부가가치세 영세율 적용대상이라고 회신한 것으로 확인된다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 「부가가치세법」상 용역의 공급은 계약상ㆍ법률상 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 규정하고 있는바, 청구인은 OOO과 도시철도건설사업을 운영하는데 필요한 사업장 토지에 대해 구분지상권을 설정하기로 계약하였고, 그 존속기간도 OOO 존속시까지이므로 이는 청구인이 OOO에게 지상권의 존속기간까지 사업장 토지에 대한 임대용역을 사실상 계속적·반복적으로 제공하기로 약정한 것으로 보이는 점, 청구인과 OOO간에 체결한 구분지상권 설정계약서에 따르면, 쟁점보상금은 도시철도 존속시까지의 사업장 토지 사용에 대한 보상금으로 나타나는 점, OOO 및 OOO는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제71조 제1항에 따라 토지사용자로부터 지급받는 토지사용보상금 등이 부가가치세 과세대상이라는 입장을 계속 유지하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점보상금을 사업장 토지의 임대용역에 대한 대가로 보아 청구인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(5) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점보상금을 구분지상권 설정계약서에 명시되어 있는 지상권의 존속기간 동안 안분하여 부가가치세 과세표준을 계산하여야 한다고 주장하나, 구분지상권 설정계약서상 계약종료일은 ‘도시철도 존속시까지’로 예측이 불가능하여 쟁점보상금을 지상권의 존속기간으로 안분할 수 없고, 「부가가치세법 시행령」(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제22조 제2호에서 공급단위 등을 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 규정하고 있으므로 쟁점보상금을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(6) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대,「조세특례제한법」 제105조제1항 제3호는 국가 및 지방자치단체 등에게 직접 공급하는 도시철도건설용역에 대하여 영세율을 적용하도록 규정한 것이므로 청구인이 OOO에게 사업장 토지의 임대용역을 제공한 것은 영세율 적용대상이 아니어서 청구 주장을 인정하기 어렵다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.