청구인이 3주택을 보유한 상태에서 그 중 2주택을 순차적으로 양도한 경우, 쟁점주택의 일시적 1세대 2주택 비과세특례 적용시 그 보유기간을 1주택을 보유하게 된 날부터 기산한 처분의 당부

청구인은 3주택 중 종전주택을 처분하고 2주택이 된 상태에서 쟁점주택을 처분하였으므로 쟁점주택의 1세대 1주택 비과세 보유기간은 1주택을 보유하게 된 날부터 산정되어야 함

1. 처분개요

가. 청구인은 2018.1.19. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를, 2019.4.11. 배우자 AAA와 공동으로 OOO(이하 “신규주택”이라 한다)을, 2020.12.31. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 각 취득하여 보유하다가, 2021.5.10. 종전주택을, 2022.4.1. 쟁점주택을 각 양도하였으며, 2022.6.28. 쟁점주택에 대한 양도소득세 예정신고 시 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고.납부하였다.

나. 청구인은 2022.9.6. ‘쟁점주택 양도 당시 신규주택만을 보유하고 있는 일시적 2주택자로서 「소득세법」제89조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제155조 제1항에 따른 비과세 대상에 해당하므로 기 납부한 양도소득세를 환급하여야 한다’는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2022.10.24. 청구인이 1세대 1주택 비과세요건 중 보유기간 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2022.11.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인 세대는 3주택을 보유하고 있다가 종전주택을 처분하여 일시적 2주택자에 해당하게 되었고, 쟁점주택을 취득한 2018.1.19.부터 2년 이상을 보유하다가 2022.4.1. 양도하였으므로, 쟁점주택은 일시적 2주택 양도소득세 비과세 특례 적용 대상에 해당한다.

(2) 「소득세법 시행령」(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제154조 제5항 본문에서 주택의 보유기간의 계산은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 하되, 단서(이하 “쟁점단서규정”이라 한다)에서 2주택 이상( 「소득세법」제155조 에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않음)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다고 규정하고 있으나, 청구인의 경우 3주택을 보유하고 있다가 그 중 1주택을 과세양도로 처분하여 일시적 2주택자에 해당하게 되었고 일시적 2주택 요건에 따라 1주택 외의 주택을 모두 처분한 후 신규주택을 취득한 바도 없으므로 쟁점단서규정이 적용되지 않는다. 따라서 청구인은 일시적 2주택자에 해당하므로 「소득세법」제154조 제5항에 따라 자산의 보유기간을 계산함에 있어서 그 자산의 취득일부터 기산하여 계산하여야 한다.

(3) 처분청이 제시한 기획재정부 예규(재산세제과-953, 2021.11.2., 이하 “쟁점예규”라 한다)는 3주택을 보유하고 있는 1세대가 2021.1.1. 이후 1주택(A주택)을 양도하여 2주택을 보유하게 된 후 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 양도하는 주택의 보유기간 기산일을 A주택의 양도일로 본다고 해석하였으나, 이는 법률상 근거가 없는 행정편의적인 확장해석에 불과하다.

(4) 설령 처분청과 같이 해석한다 하더라도 2022.5.31. 대통령령 제32654호로 개정된 「소득세법 시행령」제154조 제5항의 입법 경위와 취지 등을 고려할 때 쟁점예규대로 해석하는 것은 타당하지 않다. 정부는 1995.12.30. 이래로 ‘1세대 1주택의 보유기간에 대하여 「소득세법」 제95조 제4항의 요건’에 따르도록 하였으나, 2019.2.12.부터 약 3년 정도의 기간 동안 복잡한 쟁점단서규정을 두었다가 2022.5.31. 다시 과거의 문언과 대동소이한 형태로 간소하게 개정하였는데, 이는 쟁점단서조항의 법문언이 거듭 추가·수정됨으로써 당초 입법을 통해 규율하고자 했던 목적에 맞지 않는 부정적 결과만을 초래하고 법령해석의 명료함까지 해치는 등 국민의 재산권을 과도하게 제한하고 있다는 반성적 차원에서, 법률상 요건 외의 추가적 요건을 삭제하는 방향으로 개정된 것이라 하겠는바, 이는 개정이유에서도 확인할 수 있다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점예규에 의하면, 2021.1.1. 현재 3주택을 보유 중인 1세대가 1주택을 양도한 후 남은 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우로서 「소득세법 시행령」 제155조 제1항에 따른 일시적 2주택에 해당하는 경우, 양도하는 주택의 「소득세법 시행령」 제154조 제1항에 보유기간 기산일은 직전주택의 양도일이고, 위 예규 회신일(2021.11.2.) 이후로 양도하는 분부터 적용된다고 명시하고 있다.

(2) 청구인과 같이 2021.1.1. 이후 2주택 이상을 보유한 1세대가 쟁점주택을 양도하는 경우, 일시적 2주택자의 보유기간 기산일은 먼저 양도한 종전주택의 양도일인 2021.5.10.이므로, 쟁점주택은 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택 양도에 대하여 일시적 2주택 비과세 요건을 충족하였다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조(양도소득금액)

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

(2) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위)

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서 생략)

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경( 「건축법」 제19조 에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다. 제155조(1세대1주택의 특례)

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

(3) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위)

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다. ＜부칙＞ 대통령령 제29523호, 2019.2.12. 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정 규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

3. 제154조 제5항의 개정규정 : 2021년 1월 1일 제2조(일반적 적용례)

② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 등기사항전부증명서 등에서 확인된 청구인 세대의 주택 취득 및 양도내역은 OOO와 같다.

(2) 처분청이 제시한 일시적 2주택자의 비과세 보유기간 기산일에 대한 쟁점예규 내용은 OOO와 같다OOO.

(3) 2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 「소득세법 시행령」에 의하면 제154조 제5항에 쟁점단서규정을 신설하여 1세대 1주택 양도소득세 비과세 보유기간 요건을 강화면서 그 시행시기를 2021.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용하도록 하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2019.2.12. 개정된 「소득세법 시행령」 제154조 제5항에서 제1항에 따른 1세대 1주택의 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따르되, 단서에서 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2 주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다고 규정하면서 부칙에서 그 시행시기를 2021.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용하도록 하였는바, 청구인은 2021.5.10. 청구인이 소유하고 있었던 3주택 중 1주택(종전주택)을 처분하고 2주택(신규주택 및 쟁점주택)이 된 상황에서 2022.4.1. 쟁점주택을 처분하였으므로 종전주택을 처분하여 1주택을 보유하게 된 날인 2021.5.10.부터 보유기간을 계산하여야 하고, 이 날부터 2년을 경과하지 아니한 상태에서 쟁점주택을 양도하여 1세대 1주택 양도소득세 비과세 보유기간 요건(2년 이상)을 충족하지 아니하였으므로 처분청이 쟁점주택 양도에 대하여 1세대 일시적 2주택 비과세대상에 해당하지 않는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다OOO.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.