청구법인이 「조세특례제한법 시행령」상 중소기업에 해당하는지 여부

지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업이 특수관계자와 합산하여 종속기업의 주식 등을 30% 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 지배ㆍ종속의 관계가 성립하는 관계기업에 해당한다 할 것인바, 청구법인의 지배기업에 해당하는 ㈜＊＊＊ 및 그 출자자인 ??? 등이 청구법인의 주식 60.71%를 소유하고 있으므로, 청구법인을 「조세특례제한법 시행령」상 중소기업의 범위에 해당되지 아니한다고 보아 관련 세액공제를 배제하고 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 1993.1.1. 충청북도 OOO에서 OOO 가공업을 영위하는 법인으로「조세특례제한법 시행령」제2조제11항 제3호에 따른 중소기업에 해당하는 것으로 세액공제를 적용하여 2012사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

나. OOO은 주식회사 OOO 등이 청구법인의 주식을 OOO를 소유하고 있어 관계기업에 해당되므로 청구법인이 독립성 기준에 의한 중소기업에 해당되지 아니한다고 보아 연구 및 인력개발비세액공제, 고용창출세액공제, 기업의어음제도개선을 위한 세액공제 등의 적용을 배제하라는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2013.11.4.청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.1.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인의 최다출자자는 청구법인의 주식 14.29%를 보유한 OOO가 아니라 39.29%를 보유한 청구법인의 OOO이므로 청구법인과 OOO는 관계기업에 해당되지 아니함에도 중소기업 관련세액공제를 배제하여 과세한 처분은 부당하다.설령, 청구법인이 중소기업에 해당하지 않는 것으로 보더라도 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도와 그 다음 3개 사업연도까지 중소기업으로 의제되어야 할 것이다.

나. 처분청 의견

청구법인은 OOO 및 그 출자자 함영준 등이 청구법인이 발행한 주식을 60.71%를 보유하고 있어 관계기업에 해당되어 독립성 기준에 의한 중소기업에 해당되지 아니한다고 보아 연구 및 인력개발비세액공제, 고용창출세액공제, 기업의어음제도개선을위한세액공제 등을 배제하여 과세한 처분은 정당하다.중소기업유예를 규정한「조세특례제한법 시행령」제2조제5항에는「중소기업기본법 시행령」제3조제1항 제2호, 별표1 및 별표2의 개정되는 경우로 규정되어 있어 같은 법 시행령 제3조2 제1항에 열거되어 있지 아니하므로 중소기업유예를 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이「조세특례제한법 시행령」상 중소기업에 해당되는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법 시행령제2조【중소기업의 범위】①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업(중 략) 신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」에 따른 신ㆍ재생에너지 발전사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

3. 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우「중소기업기본법 시행령」제3조제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 "「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이「중소기업기본법 시행령」제3조제1항 제2호, 별표1 및 별표2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

(2) 중소기업기본법제2조【중소기업자의 범위】

① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.1.다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것2.「사회적기업 육성법」제2조제1호에 따른 사회적기업 중에서 대통령령으로 정하는 사회적기업

② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(小企業)과 중기업(中企業)으로 구분한다.

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

(3) 중소기업기본법 시행령제3조【중소기업의 범위】①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업라. 직전 3개 사업년도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업제3조의2【지배 또는 종속의 관계】

① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업년도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 “지배기업”이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 “ 종속기업”이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.

1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30이상 소유하면서 최다출자자인 개인나. 가목에 해당하는 개인의 친족제3조의2【지배 또는 종속의 관계】(2011.12.28. 대통령령 제22653호로 일부 개정되기 전의 것)

① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업년도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 “지배기업”이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 “ 종속기업”이라 한다)의 관계를 말한다.

1. 지배기업, 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 단독으로 또는 합산하여 종속기업의 의결권 있는 발행주식 총수 또는 출자총액(이하 “주식등”이라 한다)의 100분의 50 이상을 소유하는 경우가. 지배기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 자로서 그 지배기업의 최대주주 또는 최다지분 소유자(“이하 최다출자자”라 한다)나. 가목에 해당하는 자의 친족[배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다), 8촌 이내의 혈족 및 4촌 이내의 인척을 말한다]

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실들이 나타난다.(가) 청구법인이 2012사업연도 법인세 신고 시 제출한 중소기업 등 기준검토표에 의하면 종업원 수 211명, 자본금 OOO원으로 기준 적합하며,「중소기업기본법 시행령」제3조제1항 제2호의 기준에 따른 실질적 독립성 요건을 충족한 것으로 신고하였다.(나) 2012사업연도 청구법인 및 OOO의 주식보유 현황은 아래 <표1>·<표2>와 같다.(다) 중소기업청에서는 2012년도에 발행한「알기 쉽게 풀어 쓴 중소기업 범위해설」책자에 의하면 최다출자자는 특수관계자와 합산하여가장 많은 지분을 소유한 자(다수 집단)로 다음과 같이 해석하였다.

지배·종속 관계의 단순구조는 지배기업의 종속기업의 주식 등을 30% 이상 소유하면서 최다출자자인 경우입니다. 이 때 지배기업이 종속기업에 대한 직접적인 주식 등 소유비율이 30% 미만이거나 최다출자자가 아니더라도, 지배기업의 특수관계자 또는 자회사가 종속기업의 주식 등을 우회적으로 소유하고 있는 경우에는 이를 모두 합산하여 30% 이상이면서 최다출자자인지를 판단합니다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 중소기업청의 중소기업 범위 해설책자에서 지배·종속 관계의 단순구조는 지배기업이 종속기업의 주식 등을 30% 이상 소유하면서 최다출자자인 경우인데 이 때 지배기업이종속기업에 대한 직접적인 주식 등 소유비율이 30% 미만이거나최다출자자가 아니더라도, 지배기업의 특수 관계자또는 자회사가종속기업의 주식 등을 우회적으로 소유하고 있는 경우에는 이를 모두합산하여 30% 이상이면서 최다출자자라고 해석하고 있는 점, 청구법인의 지배기업에 해당하는 OOO의 출자자 OOO 등이 청구법인의 주식을 OOO를 소유하고 있는 점,「조세특례제한법 시행령」제2조제5항에서 주된 업종별 평균매출액등의 중소기업 규모기준과 관계기업의 평균매출액 등의 산정기준이 개정되는 경우 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다는 규정에 청구법인이 해당되지 않는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인을「조세특례제한법 시행령」상 중소기업의 범위에 해당하지 아니한다고 보아 관련 세액공제 적용을 배제하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.