주거지역편입일까지 발생한 양도소득에 대하여만 양도세 감면을 적용함은 부당하다는 청구주장의 당부(기각)

「조세특례제한법」제69조 제1항 단서규정에 의하여 취득일로부터 주거지역 편입일까지 발생한 양도소득에 대하여만 감면규정을 적용한 처분은 정당함

1. 처분개요

가.청구인은 경기도 OOO OOO OOO OOOOO O O,OOOO(이하 “쟁점농지”라 한다)를 1989.12.5. 취득·보유하다가 2006.7.12. OOOOOO에 1,083,148,350원에 양도하고, 실거래가액으로 양도차익을 산정하고「조세특례제한법」제69조자경농지에 대한 양도소득세 감면규정 및 같은 법 제133조 규정에 의한 감면한도액 1억원을 감면하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

나.처분청은「조세특례제한법」제69조제1항 단서규정에 의하여 취득일로부터 주거지역 편입일까지 발생한 양도소득에 대하여만 감면규정을 적용하여 2008.12.11. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 60,212,120원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2009.2.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 세대를 구성하는 가족이 함께 1980년 4월경부터 쟁점농지와 동일한 면단위 행정구역인 OOO에 전입하여 거주한 이래 경기도 OOO OOO OOO OOOOO, OOO 등 같은 행정구역(시·군·구) 내에서 양도일까지 줄곧 거주하여 왔고, 거주기간 중이던 1989.12.5. 쟁점농지를 취득하여 직접 경작하여 왔으며, 양도 당시까지 농지로 사용하여 왔다.쟁점농지는 OOOOOO가 「택지개발촉진법」에 의해 시행하는 OOOOOOO OOOOOOO의 시행으로 인하여 종전의 농업지역에서 주거지역으로 편입되었고, 2003.7.29. 택지개발예정지구로 지정되었으며, 그 사업시행지역의 사업시행면적은 10,837,004㎡로서,「조세특례제한법 시행규칙」제27조 제3항에 정하는 기준인 10만㎡ 이상임이 명백할 뿐 아니라, 단계적으로 사업시행이 이루어지고 보상(2006.11.17. 보상금 수령)이 지연됨에 따라 3년이 지나게 된 이상, 쟁점농지는「조세특례제한법 시행령」 제66조제4항 제1호 단서규정에 해당되어 감면대상이 되는 농지에 해당한다.

따라서 청구인이 쟁점농지 소재지에 거주하며 취득일로부터 양도일까지 8년 이상 자경해 온 사실이 분명하므로 양도소득세 감면요건에 해당하고, 「조세특례제한법 시행령」제66조제4항 제1호 단서규정에 해당되어 감면대상에서 제외되는 농지에 해당하지 않으므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점토지는 2005.1.5. 건설교통부고시 OOOOOOOOOOOOO OO지구 택지개발사업에 대하여「택지개발촉진법」제8조및 제9조의 규정에 의거 택지개발계획 승인변경 및 실시계획을 승인을 받아 주거지역으로 편입된 사실이 확인되므로「조세특례제한법」제69조제1항 단서규정에 의하여주거지역에 편입된 날까지 발생한 소득에 대해서만 양도소득세 감면을 적용하는 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점농지는 8년 이상 자경한 농지이고,「조세특례제한법 시행령」제66조제4항 제1호 단서규정에 해당되어감면대상에서 제외되는 농지에 해당하지 않으므로 주거지역편입일까지 발생한 양도소득에 대하여만 감면을 적용하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것)제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② (생 략)

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.제133조 【양도소득세 감면의 종합한도】

① 개인이 제33조, 제34조, 제41조, 제43조, 제69조，제70조, 제77조 또는 이 법 부칙 제29조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

(2)조세특례제한법 시행령제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서“농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

② 법 제69조 제1항 본문에서"대통령령이 정하는 법인" 이라 함은 「농업ㆍ농촌기본법」 제15조의 규정에 의한 영농조합법인 및동법 제16조의 규정에 의한 농업회사법인을 말한다.

③ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금”이라 함은 「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」 제3조의 2의 규정에 의한 경영이양보조금을 말한다.

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(「지방자치법」제3조제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지⑤·

⑥ (생 략)

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서"대통령령이 정하는 소득"이라 함은「소득세법」 제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.(주거지역 등에 편입되거나 (취득당시의환지예정지 지정을 받은 － 기준시가)날의 기준시가)양도소득금액 ×───────────────────────(양도당시의 기준시가)―(취득당시의 기준시가)(3)조세특례제한법 시행규칙제27조 【농지의 범위 등】

③ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제6항 제1호 나목에서 “재정경제부령이 정하는 규모”라 함은 100만 제곱미터로 하되, 「택지개발촉진법」에 의한 택지개발사업 또는 「주택법」에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만 제곱미터로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 쟁점농지를 1989.12.5. 취득·보유하다가 2006.7.12. OOOOOO에 1,083,148,350원에 양도하고, 실거래가액으로 양도차익을 산정하고「조세특례제한법」제69조자경농지에 대한 양도소득세 감면규정 및 같은 법 제133조 규정에 의한 감면한도액 1억원을 감면하여 양도소득세를 신고·납부하였으나,처분청은「조세특례제한법」제69조제1항 단서규정에 의하여 취득일로부터 주거지역 편입일까지 발생한 양도소득에 대하여만 감면규정을 적용하여 2008.12.11. 청구인에게 이 건 경정·고지한 사실이심리자료에 나타난다.

(2)청구인은쟁점농지 소재지에 거주하며 취득일로부터 양도일까지 8년 이상 자경해 온 사실이 분명하므로 양도소득세 감면요건에 해당하고, 「조세특례제한법 시행령」제66조제4항 제1호 단서규정에 해당되어 감면대상에서 제외되는 농지에 해당하지 않으므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

(3) 청구인이 쟁점농지를 취득한 때부터 양도할 때까지 8년 이상 자경한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(4) 청구인은 택지개발예정지구로 고시한 2003.7.29.을 쟁점농지가 주거지역으로 편입한 날인것 처럼 주장하고 있으나, 택지개발예정지구로 고시한다고 해서 주거지역으로 편입되는 것이 아니라 택지개발계획 승인변경 및 실시계획 승인이 나와야 주거지역으로 편입되는 것으로서 2005.1.5. 건설교통부장관고시 OOOOOOOOOOO OO OOOO 택지개발사업에 대하여「택지개발촉진법」제8조및 제9조의 규정에 의거 택지개발계획 승인변경 및 실시계획을 승인되어 동일자로 쟁점농지가 주거지역으로 편입된 사실이 확인된다.

(5)「조세특례제한법」 제69조제1항 단서 규정에서, “다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역 등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.“고 규정하고 있고, 주거지역에 편입된 날까지 발생한 양도소득금액의 산출공식을 같은법 시행령 제66조 제7항에서 다음과 같이 규정하고 있고,처분청도 같은법 시행령 제66조 제7항에서 규정하고 있는 산출공식에 의거 감면세액을 다음과 같이 산출한 것이 나타난다.

(6) 살펴보면,청구인은 쟁점농지는「조세특례제한법 시행령」 제66조제4항 제1호 단서규정에 해당되어 감면대상이 되는 대규모개발사업지역내 농지로서, 2003.7.29. 택지개발예정지구로 지정되어 보상금 수령일인 2006.11.17.까지의 기간이 3년이 지났기 때문에 감면대상이라는 주장을 하고 있으나, 주거지역으로 편입된 날은 2003.7.29.이 아니라 2005.1.5.로서 양도일 2006.7.12.까지 3년이 지나지 않았으며 쟁점농지가 대규모 개발사업지역에 해당되는지 여부에 불구하고 감면대상이나 주거지역편입일까지 발생한 소득에 대하여 감면을 적용하는 것이며, 설령, 대규모 개발사업지역에 해당되어 사업시행 또는 보상지연으로 3년이 지났다 해도 100%감면을 적용하는 것이 아니라 주거지역편입일까지 발생한 소득에 대하여 감면을 적용하는 것이며, 또한, 쟁점농지의 경우「지방자치법」제3조제4항 및「도농복합형태의 시설치에 따른 행정특례등에 관한법률」에 의거 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역에 소재하는 농지로서 설령 주거지역편입일로부터 3년이 지나 양도를 했어도 감면을 배제하지 않고 주거지역 편입일까지 발생한 소득에 대하여는「조세특례제한법」제69조제1항 단서 및 제133조 제1항 규정에 의하여 양도소득세를 1억원의 한도내에서 감면하는 것이 잘못이 없는 것으로 판단된다.

따라서 처분청이 「조세특례제한법」제69조제1항 단서규정에 의하여 취득일로부터 주거지역 편입일까지 발생한 양도소득에 대하여만 감면규정을 적용한처분은잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.