쟁점심판결정으로부터 특례제척기간을 적용하여 과세한 처분의 당부

쟁점심판결정은 임대소득의 귀속 변경이라는 새로운 사실관계를 확정한 것이 아니라, 모친의 납세의무를 승계하여 부과될 처분을 청구인의 본래 소득과 구분하지 않고 합산한 것이 잘못된 처분에 해당한다고 사실관계를 확인한 것에 불과한 것이고, 모친의 임대소득 재차 과세처분은 당초의 처분과 별개인 새로운 처분으로, 쟁점판결이 있는 날로부터 1년 이내에 할 수 있는 것이므로, 국세부과의 제척기간 및 특례제척기간이 도과한 뒤 과세된 이 건 처분은 잘못이 있음

1. 처분개요

가. 청구인과 청구인의 동생 A 및 B(이하 “상속인들”이라 한다)은 부친인 C이 2013.11.26. 사망함에 따라 서울특별시 노원구 OOO 토지 및 그 위에 소재한 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 모친 D(이하 “모친”이라 한다)와 함께 공동으로 상속(상속지분비율은 모친 9분의 3, 청구인·A·B 각각 9분의 2임)받았고, 이후 청구인을 대표 공동사업자로 하여 모친(D)과 상속인들은 쟁점부동산에 대한 임대사업자로 등록한 후 부동산임대업을 영위하였으며, 상속지분 비율에 따라 소득금액을 분배하여 각각 2013～2019년 귀속 종합소득세를 신고·납부하였다.

나. 이후 모친이 2019.4.29. 사망함에 따라, 쟁점부동산에 대한 모친의 지분을 상속받은 상속인들은 쟁점부동산의 지분을 각각 3분의 1씩 보유하게 되었고, 이에 각자의 지분비율에 따라 쟁점부동산의 임대소득에 대하여 2019～2022년 귀속 종합소득세를 신고·납부하였다.한편, 청구인은 B, A을 상대로 쟁점부동산에 대한 상속재산분할이 잘못되었으므로, 쟁점부동산의 지분에 대한 소유권을 확인하고 정산금을 지급할 것을 요구하는 내용으로 민사소송을 제기하였고, 이에 법원은 2023.7.6. 쟁점부동산에 대한 A·B의 지분을 청구인에게 이전하고(변경된 지분비율은 청구인 1,000분의 996, A 1,000분의 4, B 1,000분의 0임), B은 청구인에게 OOO원을 정산금으로 지급하라는 판결[서울북부지방법원 2023.7.6. 선고 OOO(본소) 판결 및 OOO(반소) 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다]을 하였다.

다. A은 2023.10.4. 강남세무서장에게 쟁점판결에 따라 쟁점부동산의 지분이 변경되어, 쟁점부동산의 임대소득이 과다하게 신고되었으므로 기 납부한 2013～2022년 귀속 종합소득세를 감액하여 환급하여 줄 것을 내용으로 하는 경정청구를 제기한 후 2023.11.30. 이를 취하하였다.B은 2023년 9월 성동세무서장에게 쟁점판결에 따라 쟁점부동산 임대소득을 정산금으로 청구인에게 지급하였으므로 기 납부한 2013～2022년 귀속 종합소득세를 감액하여 환급하여 줄 것을 내용으로 하는 경정청구를 제기하였으나, 성동세무서장은 B의 경정청구를 거부하였고, B은 이에 불복하여 서울지방국세청장에게 이의신청을 제기하였으며, 서울지방국세청장은 B의 이의신청을 인용하여 해당 경정청구 거부처분을 취소하는 결정(이의-서울청-2024-205, 2024.9.27.)을 하였다.

라. 처분청은 B의 경정청구를 검토하던 성동세무서장으로부터 쟁점판결에 따라 쟁점부동산에 대한 청구인의 지분이 증가한 사실에 대한 과세자료를 통보받아 확인하고, 처분청은 2024.6.27. 쟁점판결에 따라 청구인에게 2013～2018년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을, 2025.1.2. 청구인에게 2019～2022년 귀속 종합소득세 합계 OOO원(2019년 귀속분 OOO원, 2020년 귀속분 OOO원, 2021년 귀속분 OOO원 및 2022년 귀속분 OOO원)을 경정·고지하였다.

마. 청구인은 2013～2018년 귀속 종합소득세 합계 OOO원의 부과처분에 불복하여 2024.8.28. 심판청구를 제기하였고, 이에 우리 원은 위 부과처분은 청구인이 모친의 납세의무를 승계하여 부과받은 것임에도 청구인 본래의 소득과 구분하지 않고 합산하여 부과한 잘못된 처분에 해당한다고 보아 청구주장을 인용하는 결정(조심 2024서4938, 2025.4.1.으로 이하 “쟁점심판결정”라 한다)을 하였다.

바. 이에 처분청은 상속에 따른 납세의무자를 청구인으로 하여, 2025.12.2. 모친의 2014~2019년 귀속 종합소득세 합계 OOO원(2014년 귀속분 OOO원, 2015년 귀속분 OOO원, 2016년 귀속분 OOO원, 2017년 귀속분 OOO원, 2018년 귀속분 OOO원, 2019년 귀속분 OOO원)을 청구인에게 각 경정·고지하였다.

사. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 이 건의 쟁점은, 주위적 청구로 모친에 대한 이 건 처분 자체가 허용되는지 여부 및 예비적으로 위 과세 처분의 이유가 타당한지 여부인바, 주위적 청구와 관련하여 「국세기본법」 제26조의 2 제6항 제1호(이하 ‘제1호’라고 한다)의 특례제척기간 규정을, 조세심판을 제기한 당사자가 아닌 제3자인 모친에 대한 재처분에 대하여 적용하는 것이 허용되는지, 당초 처분보다 증액 결정을 하는 재처분이 허용되는지 여부를 중점적으로 검토하고자 한다.(가) 주위적 청구와 관련하여 청구인의 모친에 대한 이 건 처분은, ㉠ 위 제1호의 특례제척기간을 적용한 것이고 , ㉡ 조세심판을 청구한 자가 아닌 제3자인 모친에 대한 재처분 이유는, 조세심판원에서 납세의무자가 청구인이 아니라 제3자인 모친으로 변경되었기 때문이며(처분청의 답변서 참조) ㉢ 이 건 처분은 당초 처분과 다른 새로운 처분으로 당초 처분보다 세액을 증액한 증액 결정 처분이다.(나) 그러나, 확립된 대법원 판례는, 위 제1호에 의하여 허용되는 재처분의 범위에 대하여, 이의신청이나 조세심판 등을 제기한 자(즉, 결정의 청구인 내지 판결의 당사자)에 한하고 제3자에 대한 재처분은 불허되며(재처분의 인적 범위), 동일한 당사자에 대한 처분이라도 새로운 결정이나 증액 경정 결정은 불허된다라고 일관하여 판시하고 있다(재처분의 물적 범위).(다) 과세 실무 역시, 위 판례에 따라, “조세심판에서 청구인 외의 자가 적법한 납세의무자로 확인된 경우, 적법한 납세의무자로 확인된 자에 대하여 위 조세심판 결정을 이유로 「국세기본법」 제26조의 2 제6항 제1호에 따른 특례부과제척기간이 적용되지 않음”(서면-2024-법규기본-1269) 이라 명시하고 있다.

＜확립된 판례의 입장으로 대법원 OOO 판결, 대법원 OOO 판결 이래 OOO 등 반복하여 판시함＞

＜판시사항＞

국세기본법 제26조의2 제2항에 의하여 과세제척기간 이후 판결·결정에 따른 후속조치로서 할 수 있는 경정결정 등의 물적·인적 범위

＜판결요지＞

“구 국세기본법(1993.12.31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제2항은 그 문언상, 과세권자로서는 당해 판결 등에 따른 경정결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 등이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 당해 판결 등에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니며, 또한 납세의무가 승계되는 등의 특별한 사정이 없는 한, ‘당해 판결 등을 받은 자로서’ 그 판결 등이 취소하거나 변경하고 있는 과세처분의 효력이 미치는 납세의무자에 대하여서만, 그 판결 등에 따른 경정처분 등을 할 수 있을 뿐이고, 그 취소나 변경 대상이 되고 있는 과세처분의 효력이 미치지 아니하는 제3자에 대하여서까지 위 규정을 적용할 수 있는 것은 아니다.”

(라) 요컨대, 판례는, 확정된 판결 등의 기판력이 미치는 범위인, 쟁송대상이 되었던 인적·물적 과세단위를 기준으로 하여, 별개의 인적·물적 과세 단위에 대한 과세 처분의 경우 위 제1호 소정의 특례제척기간의 적용을 불허한다. 따라서 판례는 납세 의무자를 변경하는 재처분의 경우 [즉, “납세의무자가, A(심판 청구인)이 아니라 B(제3자)이다”는 재처분의 경우], 예외 없이, 위 제1호의 적용을 부정하는바,

① 공동상속인 중 1인에게 부과된 상속세 및 방위세를 각 취소하는 경우‘각 취소하는 데 필요한 처분을 할 수 있을 뿐이지, 위와 같이 취소된 상속세 및 방위세의 일부를 그 취소판결의 효력이 미치지 아니하는 원고들(다른 공동상속인)에게 추가로 부과하는 처분을 할 수 없다’고 하고(대법원 OOO 판결),

② 망인과 원고(자식)간 부담부 증여의 경우, ‘피고가 재처분의 근거로 들고 있는 위 국세심판원의 결정은 원고(자식)가 제기한 증여세 부과처분에 대한 것으로서, 이는 위 원고에 대한 증여세를 변경하는 효력을 가질 뿐, 망인이 부담할 이 건 양도소득세에 대하여까지 효력을 미칠 수는 없는 것이어서 결국 위 증액처분은 제척기간이 도과한 무효의 처분이라 할 것이다’라고 하고(대법원 OOO 판결)

③ ‘원심이, 소외인(공동상속인 중 1인)에 대한 상속세 부과처분을 취소하는 판결이 확정되었다고 하더라도 피고는 그 판결에 따라 소외인에게 부과된 상속세를 취소하는 데 필요한 처분을 할 수 있을 뿐이지 취소의 대상이 된 과세처분의 효력이 미치지 아니하는 원고들(다른 공동상속인들)에게 추가로 상속세를 부과하는 처분을 할 수는 없다고 판단한 것은 정당한 것’이라 하고(대법원 OOO 판결)

④ ‘제2차 납세의무자에 대한 부과처분을 주된 납세의무자에 대한 납세고지 절차의 하자 등을 이유로 취소하는 판결이 확정되었다고 하더라도, 주된 납세의무자에 대한 부과제척기간에 관하여는 구 「지방세법」제30조의4 제2항에 따른 특례가 적용될 수 없다’ 라고 판시하였다(대법원 OOO 판결).(마) 학설 역시 일반적으로, “대법원은 ‘과세단위의 동일성’을 기준으로 특례제척기간 규정의 적용 여부를 판단한다”고 보고 특히 조세심판으로 납세의무자가 청구인이 아닌 제3자로 변경되는 경우, 이론 없이 위 특례제척기간의 적용을 부정하고 있다.학설은 위 판례들을 유형화하여, ‘선행처분의 과세단위 밖에서 재처분’이 이루어진 경우로서, “본 건의 경우처럼”, 선행처분은 A라는 사람에 대한 것이었지만 선행처분이 취소되자 과세관청이 역시 동일한 소득이 B에게 귀속되는 것으로 보아 종합소득세를 부과하는 재처분을 ‘인적 과세단위의 변경’의 예로 들면서, 이러한 인적 과세단위 변경의 경우, “대법원 OOO 판결 이래, 대법원 OOO, 대법원 OOO 판결 등에서 특례제척기간을 이용한 재처분이 불가능하다는 것이 하나의 판례로 정립되어 있다”고 보는 반면, 후술하는바 “처분청이 제시하는 심판 결정례의 경우처럼” 선행처분이나 후행처분이나 모두 A라는 동일인에 대한 것으로서 세액 산출 근거 누락 등 절차적인 하자만 보완하여 재처분한 경우에는 위 특례제척기간 적용을 긍정하고 있다.(바) 과세 실무 역시, 판결 등에 따라 납세의무자가 변경된 경우, 위 제1호의 특례제척기간을 적용할 수 없다는 판례의 입장을 충실히 따르는바, 동일한 예규 등 해석 사례가 반복되고 있다.

① ‘부동산신탁계약의 위탁자가 청구한 부가가치세 취소 심판에서 부가가치세 납세의무자가 위탁자가 아니라 수탁자라는 이유로 과세처분이 취소된 경우, 「국세기본법」제26조의2 제6항 제1호에 따른 특례제척기간을 적용하여 수탁자에게 부가가치세를 과세할 수 있는지 여부’에 대하여, ‘조세심판에서 청구인 외의 자가 적법한 납세의무자로 확인된 경우, 적법한 납세의무자로 확인된 자에 대하여 위 조세심판 결정을 이유로 「국세기본법」제26조의2 제6항 제1호에 따른 특례부과제척기간이 적용되지 않고’(서면-2024-법규기본-1269, 2024.10.14.),

② ‘A회사의 심판청구 또는 행정소송에 대한 결정 또는 판결이 확정된 경우에 적용되는 「국세기본법」제26조의2 제2항 제1호의 부과제척기간 특례 규정이 불복하지 않은 B회사에게도 적용될 수 있는지 여부’에 대하여, ‘행정처분에 대한 심판 청구 또는 행정소송에 대한 결정 또는 판결의 효력은 당해 청구인 또는 소송을 제기한 자에게만(즉, 결정, 판결의 당사자에게만) 미치는 것이므로, 동일한 사항이라 하여 제3자가 이를 원용하여 「국세기본법」제26조의2 제2항 제1호의 부과제척기간 특례규정을 적용받을 수 없는 것이며’(징세과-180, 2009.10.15.),

③ 납세의무자가 A법인이 아니라 B법인이라는 판결이 확정된 경우 및 법원의 판결에 따라 종합부동산세 납세의무자가 변경된 경우, 「국세기본법」제26조의2 제6항 제1호에 따른 특례부과제척기간을 적용할 수 없는 것이다(법규과-990, 2024.4.25.).(사) 처분청이 제시하는 조심 2017중2692 및 조심 2023인7487에 대하여, 위 심판원 결정례들은, 당초 처분의 당사자(심판청구인)와 재처분의 당사자가 동일한 경우로서, 누락한 절차상 하자를 보완하여 동일한 당사자에게 경정처분을 한 경우이고(인적 범위), 또한 증액 결정의 재처분이 아니라 감액 결정의 재처분을 한 경우(물적 범위) 위 특례제척기간을 적용한 경우이다. 즉, 위 결정례상의 재처분은, 판례의 위 제1호의 허용 범위에 관한 인적·물적 한계 내에서 이루어진 것이고, 본건과 무관한 것들이다.

1) 반면에, 이 건은 납세의무자가 A(청구인)가 아니라 B(제3자)이다라는 납세의무자 변경 취지의 재처분으로서, 위 판례상의 재처분의 인적 범위를 위반하고, 이에 더하여 증액 결정 처분(당초 처분은 OOO원에서 재처분은 OOO원으로 증액 결정)으로서, 위 판례상의 재처분의 물적 범위를 정면으로 위반한 것으로 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞

정리 표

구분

인적 과세 단위

물적 과세 단위

이 건 재처분 내용

납세의무자가, A(청구인)이 아니라 B(제3자, 모친)이다 : 납세의무자의 변경(= 당초 처분과 당사자 변경)

증액경정 결정

위 결정례상 재처분 내용

납세의무자가, A(청구인)으로 동일.(=당초처분과 당사자 동일) 다만 절차 위법(세액 산출근거 누락 등) 보완

감액경정 결정

2) 처분청이 제시하는, 조심 2017중2692에 관한 살펴보면,

① 당초 처분 당사자(심판청구인)과 동일한 당사자에 대한 재처분, 즉 납세의무자의 동일 및 세액 산출근거 등 절차 하자를 보완한 재처분에 대하여는 아래와 같다.

1. 처분개요

(중략)

라. 심판청구를 거쳐 행정소송을 제기한 결과, 법원은 2015.9.10. 처분청이 1차 경정고지를 하면서 각 납세고지서에 가산세의 종류와 산출근거를 기재하지 아니한 사실을 인정할 수 있어 부과처분 전체를 취소하여야 한다는 취지로 ‘청구법인’ 승소를 선고하였다(대법원 2015.9.10. 선고 OOO판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다).

마. 처분청은 1차 경정고지 및 1차 소득금액변동통지를 결정·취소한 후 가산세 오류를 정정하고 각 납세고지서에 과세표준 및 세액의 산출근거 등을 정상적으로 기재하여 2016.2.22.‘청구법인’에게 2005～2009사업연도 법인세 합계 OOO원(2005사업연도분 OOO원, 2006사업연도분 OOO원, 2007사업연도분 OOO원, 2008사업연도분 OOO원 및 2009사업연도분 OOO원)을 각 경정·고지(이하 “2차 경정고지”라 한다)하는 한편, 일용노무비 부당계상액 합계 OOO원(2007년 귀속분 OOO원 및 2008년 귀속분 OOO원)을 대표이사에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지(이하 “2차 소득금액변동통지”라 한다)를 하였다.

② 감액 경정의 재처분을 다툼에 대하여는 아래와 같다.

청구법인은 재조사결정에 따른 감액경정시 세액산정에 오류가 있다고 주장하나, 청구법인이 감액경정세액이라고 주장하는 OOO원과 처분청이 산정한 OOO원과의 차액 OOO원은 처분청이 이 건 감액경정을 하면서 당초 기납부세액에 반영되어 있던 소급공제법인세 고지세액 OOO원을 제외하고 각 사업연도 소득에 대한 법인세 고지세액 OOO원만을 기납부세액으로 공제하여 차감고지세액을 산정함으로써 발생한 것이고, 소급공제 법인세 고지세액은 소급공제 법인세액 환급결정(경정) 결의에 반영한 것이라 세액계산에 오류가 있다고 할 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점판결 확정일로부터 1년 내에 당초의 위법한 처분을 취소하고 그 잘못을 바로잡아 다시 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3) 처분청이 제시하는, 조심 2023인7487에 관한 살펴보면,

① 당초 처분 당사자(심판청구인)과 동일한 당사자에 대한 재처분, 즉 납세의무자의 동일 및 세액 산출근거 등 절차 하자를 보완한 재처분에 대하여는 아래와 같다.

1. 처분개요

가. 청구인은, 부친(父親) 망(亡) A(이하 “피상속인”이라 한다)이 사망(2020.10.16.)한 후인 2020.11.23. 피상속인이 중고자동차 매매업을 주업으로 영위하던 B(이하 “쟁점사업장”이라 한다)에 대하여 상속에 따른 대표자 변경을 사유로 사업자등록정정을 하고, 쟁점사업장을 운영해 왔다.

나. 처분청은, 피상속인이 조사대상기간 동안에 중고자동차 매출액 OOO원, 알선수수료 수입금액 OOO원 및 중고자동차 매입액 OOO원을 각각 신고누락한 것으로 보고,「국세기본법」제24조에 따라 2022.5.27. 상속으로 인한 납세의무 승계자인 청구인에게 아래 ＜표1＞과 같이 2017년 제1기~2018년 제2기 부가가치세 합계 OOO원 및 2016년~2018년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 각각 경정ㆍ고지(이하 “당초 처분”이라 한다)하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2022.7.28. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2022.12.13. 처분청이 상속으로 인한 납세의무 승계에 따라 종전 처분과 관련 납세고지를 함에 있어 납세의무 승계자인 공동상속인들의 성명은 물론 공동상속인별로 상속분에 따라 안분하여 계산한 세액으로 부과세액을 특정함과 아울러 반드시 산출근거 내지 계산명세를 기재하거나 첨부하였어야 함에도 그렇게 하지 아니하고 피상속인이 납부할 부가가치세 및 종합소득세 총액을 청구인에게 부과한바, 이는 부과징수 절차상 중대한 하자에 해당한다는 취지로 종전 처분을 취소하는 결정(조심 2022인7211, 2022.12.13.)을 하였다.

라. 처분청은 위 심판결정에 따라 종전 처분을 취소하고, 종전 처분의 하자를 치유하기 위하여 피상속인에 대한 상속세 조사 시 확인된 상속인들의 상속재산을 한도로 공동상속인별로 상속분에 따라 안분하여 계산한 세액으로 부과세액을 특정하여,「국세기본법」제26조의2 제6항 제1호[심판청구에 대한 결정이 확정된 날(2022.12.13.)부터 1년 내에 경정 등 필요한 처분]에 따라 2023.1.12. 청구인(상속지분 33.2%) 및 모친(母親) C(상속지분 66.8%)에게 OOO와 같이 2017 년 제1기~2018년 제2기 부가가치세 합계 OOO원 및 2016년~2018년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 각각 경정·고지(이하 “경정 처분”이라 한다)하였다.

② 이 건은 감액 경정의 재처분을 다툼으로 한 상속으로, 납세의무의 승계는 당연히 연대채무자인 공동상속인들에게 상속분에 따라 안분배당하여 고지되어야 하는바, 처분청이 ‘당초 처분’으로서 청구인에 대하여 총액(100%)만 고지하여 조세 심판에서 취소된 경우, ‘재처분’으로서 동일한 청구인에게 세액을 안분배당하여 33.2%로 감액하여 재처분하자 청구인이 이를 판례의 물적 허용범위 밖의 ‘새로운 처분’이라고 다툰 사안이다.

마. 청구인은 이에 불복, 경정 처분 중에서 청구인의 상속지분(33.2%)에 해당하는 2017년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2016년 귀속 종합소득세 OOO원(이하 “쟁점처분”이라 한다)은 위 심판결정과 달리 새로운 처분으로서 국세의 부과제척기간이 도과되었으므로 취소대상이라는 청구취지로 하여 2023.3.31. 심판청구를 제기하였다.

즉, 위 재처분은, 납세의무자 변경(납세의무자가 A가 아니라 B이다) 및 증액 결정 취지의 본건의 재처분과 본질적인 차이가 있다.(아) 따라서, 위 제1호 특례제척기간을 적용하여 부과한 모친에 대한 본건 재처분은, 당초 처분의 당사자(청구인)가 아닌 제3자인 모친에 대한 처분이라는 점에서 위 제1호의 허용범위에 관한 위 판례의 인적 한계에 반하고, 당초 처분에 비하여 증액 경정 처분이라는 점에서 위 판례의 물적 한계에도 반하는 것이다. 당연하게도 청구인은 사망하지 않았고, 모친이 「민법」제1000조에 따른 청구인의 상속인(승계인)도 아닌바, 청구인의 납세의무가 모친에게 승계되는 특별한 사정도 없는바, 결국 모친에 이 건 재처분은 통상의 제척기간을 도과한 무효인 처분이라 할 것이다.또한 ‘처분청이 제시한 위 심판원의 결정례들’은, 당초 처분의 당사자(즉, 심판청구인)과 재처분의 당사자가 동일한 경우이고, 또한 증액 결정의 재처분이 아니라 감액 결정의 재처분을 한 경우로서 판례의 위 제1호의 허용 범위내에서 이루어진 것이고, 이 건과는 무관한 것입니다.결론으로서, 모친에 대한 본 건 처분은 제척기간을 도과한 무효인 처분이고, 따라서 모친의 유효한 조세 채무의 존속을 전제로 이에 대한 청구인의 승계를 이유로 하여 청구인에게 부과한 과세처분 역시 당연 무효라 할 것이다.

(2) 예비적 주장과 관련하여 A의 임대수익을 모친에게 중복 과세한 부당성에 대하여 살펴본다.(가) 우선 중복 과세의 점에 대하여, A의 임대수익금에 관한 모친에 대한 과세는, 동일한 과세표준(쟁점부동산의 2014~2019년 사이의 동일한 임대료 수익)에 대하여 동일한 세목(종합소득세)로 모친에게도 중복하여 과세한 것이다(나) 영구적 중복 과세의 점에 대하여, 경정청구 기간 및 제척 기간 도과와 소관청의 경정 및 환급 권한이 소멸되었다.

1) A은, 쟁점판결문에 기하여 소관청인 강남세무서장에게 경정청구를 하였으나, 강남세무서장의 부당이득 반환 여부 등에 대한 공문을 받고, 이를 반환하지 않아서 즉시 경정청구를 철회하였고 이후 경정청구 기간이 도과하여, 이에 대한 취소 쟁송의 가능성조차 없다.

2) 나아가 A에 대한 환급처분의 소관청인 강남세무서장은 제척기간이 도과한바, 이 경우 강남세무서로서는 경정처분은 물론 어떠한 환급처분도 불가능하다. 즉, 판례는 제척기간을 도과하여 한 과세처분은 당연 무효이고(대법원 OOO 판결 등) 따라서 제척기간 도과 이후에는 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없다는 입장이며(대법원 OOO 판결 등 및 조심2008중612 결정례 등 참조) 세무행정의 실무도 동일하다[서울세제-11082(20160803) 재산세환급관련 질의 회신].요컨대, 현재 동일한 과세표준(쟁점부동산의 2014~2019년 사이의 동일한 임대료 수익)에 대하여 동일한 세목(종합소득세)으로 중복 과세 및 징수되어, 적법한 징수액의 두 배 상당이 국고에 있는바, 이 건 처분이 취소되지 않는 한 향후 중복과세의 위법 상태를 벗어날 가능성도 전혀 없다는 점에서(영구적 중복 과세), 이는 근대 국가의 세무 행정으로서 용납되기 어려운 법적 상태라 할 것이다.(다) 처분청의 무답변에 대하여, 처분청은 오로지 B의 임대수익분에 대하여만 “이의 신청을 거쳐 흥우빌딩 임대수입 관련 종합소득세를 환급받았으므로 중복과세에 해당하지 않는다”라고 답변할 뿐, A의 경우에는 아무런 답변이 없고, A의 경우 ‘이의 신청도 없었고, 경청청구 기간 및 제척 기간 도과로 향후 쟁송 가능성도 없으며, 가사 쟁송이 가능하더라도 영구히 기납부 종합소득세를 환급받을 수 없는 법 상태’인바, 위 처분청의 답변에 의하더라도 A의 경우에는 중복과세에 해당함을 부인할 수 없다 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 부과제척기간 도과 후의 처분이라는 청구주장(주위적 청구)에 대하여, 청구인은 이 건 처분이 모친의 2014∼2019년 귀속 종합소득세에 대한 부과제척기간이 도과된 후에 이루어졌기 때문에 위법한 처분이라고 주장하나, 조세심판원은 국세의 부과제척기간이 경과하였더라도 심판청구에 대한 결정, 행정쟁송의 결정이나 판결이 확정된 날로부터 1년 내에 과세관청이 행한 후속 처분이 행정쟁송 등의 결정·판결 등의 취지를 수용하는 것이라면 동 처분은 결정·판결 등에 따른 처분이라 할 수 있어 「국세기본법」제26조의2 제6항에 적합한 것이라 여러 차례 판시한 바 있는데(조심 2023인7487, 2024.3.25., 조심 2017중2692, 2017.9.21. 등),이 건 처분은 쟁점부동산의 임대수입의 귀속자를 모친으로 본 쟁점심판결정례의 취지를 수용하여 쟁점부동산의 임대수입 실제 귀속자인 모친에게 이루어진 처분이므로 「국세기본법」제26조의2 제6항에 따른 부과제척기간(결정 또는 판결이 확정된 날로부터 1년)이 적용되는 것이다. 따라서 모친의 종합소득세에 대한 부과제척기간은 심판결정일로부터 1년 후인 2026.3.31. 도과되고, 이 건 처분은 부과제척기간이 도과되기 전(2025.12.2.)에 이루어진 처분이므로 적법한 처분이다.

(2) 예비적 청구인 중복과세에 대하여, 종합소득세는 물건 자체를 과세대상으로 삼는 것이 아니라 소득을 과세물건으로 하는 조세로, 과세물건인 소득을 얻은 개인이 납세의무자가 되고, 특히, 공동으로 영위하는 부동산 임대소득의 경우 발생한 임대소득을 실제로 임대사업에 관여한 공동사업자들에게 지분비율대로 분배하므로 공동사업자들은 임대수입에 대한 납세의무자가 되는 것이며, 부동산 지분비율이 변경되면 당연히 납세의무자 또한 변경되는 것이다.조세심판원은 쟁점심판결정문에서 쟁점부동산의 임대수입에 관한 직접적인 이익의 귀속자는 모친으로 보인다고 명시한 바, 이에 따라 위 임대수입의 귀속자 및 납세의무자가 모친으로 변경되는 것이고, 쟁점부동산의 임대수입과 관련하여 B은 성동세무서로부터 종합소득세 경정청구 거부처분을 받았으나 이의신청을 거쳐 최종적으로 쟁점부동산의 임대수입 관련 종합소득세를 환급받았으므로 중복과세에 해당하지 않으며, 만약 모친에게 종합소득세가 과세되지 않는다면 귀속자가 모친으로 확인된 쟁점부동산의 임대수입에 대해서는 아무도 납세의무를 부담하지 않는 불합리한 상황이 벌어질 것이므로, 이 건 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적 청구) 특례제척기간을 적용하여 과세한 처분의 당부

② (예비적 청구) 이 건 처분이 실질과세 원칙을 위반한 중복과세라는 청구주장의 당부나. 관련 법률

(1) 국세기본법(2025.3.14. 법률 제20774호로 개정된 것)제14조[실질과세]

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.제24조[상속으로 인한 납세의무의 승계]

① 상속이 개시된 때에 그 상속인[「민법」제1000조, 제1001조, 제1003조 및 제1004조에 따른 상속인을 말하고, 「상속세 및 증여세법」제2조 제5호에 따른 수유자(受遺者)를 포함한다. 이하 이 조에서 같다] 또는 「민법」제1053조에 규정된 상속재산관리인은 피상속인에게 부과되거나 그 피상속인이 납부할 국세 및 강제징수비를 상속으로 받은 재산의 한도에서 납부할 의무를 진다.제26조의2[국세의 부과제척기간]

① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우 : 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년1의

2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 조정이 필요한 경우 : 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날로부터 1년

(2) 소득세법(2014.1.1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것)제2조의2[납세의무의 범위]

① 제43조에 따라 공동사업에 관한 소득금액을 계산하는 경우에는 해당 공동사업자별로 납세의무를 진다. 다만, 제43조 제3항에 따른 주된 공동사업자(이하 이 항에서 "주된 공동사업자"라 한다)에게 합산과세되는 경우 그 합산과세되는 소득금액에 대해서는 주된 공동사업자의 특수관계인은 같은 조 제2항에 따른 손익분배비율에 해당하는 그의 소득금액을 한도로 주된 공동사업자와 연대하여 납세의무를 진다.

② 제44조에 따라 피상속인의 소득금액에 대해서 과세하는 경우에는 그 상속인이 납세의무를 진다.제3조[과세소득의 범위]

① 거주자에게는 이 법에서 규정하는 모든 소득에 대해서 과세한다. 다만, 해당 과세기간 종료일 10년 전부터 국내에 주소나 거소를 둔 기간의 합계가 5년 이하인 외국인 거주자에게는 과세대상 소득 중 국외에서 발생한 소득의 경우 국내에서 지급되거나 국내로 송금된 소득에 대해서만 과세한다.제43조[공동사업에 대한 소득금액 계산의 특례]

① 사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 공동사업[경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 대통령령으로 정하는 출자공동사업자(이하 "출자공동사업자"라 한다)가 있는 공동사업을 포함한다]의 경우에는 해당 사업을 경영하는 장소(이하 "공동사업장"이라 한다)를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다.

② 제1항에 따라 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당 공동사업을 경영하는 각 거주자(출자공동사업자를 포함한다. 이하 "공동사업자"라 한다) 간에 약정된 손익분배비율(약정된 손익분배비율이 없는 경우에는 지분비율을 말한다. 이하 "손익분배비율"이라 한다)에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다.

③ 거주자 1인과 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인이 공동사업자에 포함되어 있는 경우로서 손익분배비율을 거짓으로 정하는 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 제2항에도 불구하고 그 특수관계인의 소득금액은 그 손익분배비율이 큰 공동사업자(손익분배비율이 같은 경우에는 대통령령으로 정하는 자로 한다. 이하 "주된 공동사업자"라 한다)의 소득금액으로 본다.제44조[상속의 경우의 소득금액의 구분 계산]

① 피상속인의 소득금액에 대한 소득세로서 상속인에게 과세할 것과 상속인의 소득금액에 대한 소득세는 구분하여 계산하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건과 관련한 사실관계를 일자별로 정리하면 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞

사실관계 내역

구분

일자

내용

부친 C 사망 및 상속개시

2013.11.26.

-부친 C의 사망으로 상속개시

-쟁점부동산을 모친 D(3/9), 청구인(2/9), A(2/9), B(2/9)로 공동상속

공동사업자로 쟁점부동산 임대사업 영위

2013년～

-쟁점부동산에 대한 임대사업을 D, 상속인들이 공동으로 영위

-상속지분비율과 동일하게 소득금액 분배 후 종합소득세 신고

모친 D 사망 및 상속개시

2019.4.19.

-모친 D 사망으로 상속개시

-쟁점부동산의 D 지분(3/9)을 청구인, A, B이 동일한 비율로 상속(청구인, A B 각 1/3)

쟁점판결 선고

2023.7.6.

-상속재산분할 합의에 따른 상속비율을 다시 산정하여, A, B의 쟁점부동산 지분을 청구인에게 이전할 것

* 쟁점판결 후 지분비율 : 청구인 996/1000, B, 0/1000, A 4/1000)

-B은 청구인에게 정산금으로 174백만원을 지급할 것(A에 대한 별도의 정산금 지급 판결은 없음)

A의 경정청구

2023.10.4.

-A이 쟁점부동산 임대업의 사업소득을 쟁점판결에 따른 변경된 지분비율에 따라 경정할 것을 요구하는 2013～2022년 귀속 종합소득세 경정청구 제기(성동세무서장)

A 경정청구 취하

2023.11.30.

-A은 경정청구를 취하

B의 경정청구

2023.9.27.

-B이 쟁점부동산 임대업의 사업소득을 쟁점판결에 따른 변경된 지분비율에 따라 경정할 것을 요구하는 2013～2022년 귀속 종합소득세 경정청구 제기(성동세무서장)

B 경정청구 거부처분

2024.4.24.

-성동세무서장 B의 경정청구를 거부

B 이의신청 결정

2024.9.27.

-서울지방국세청장은 B의 경정청구를 거부한 처분을 취소하는 내용으로 이의신청 결정을 함

처분청, 청구인에게 과세처분

①

2024.6.27.

- 처분청, 쟁점판결에 따라 변경된 지분비율에 맞춰 청구인에게 2013～2018년 귀속 종합소득세 부과처분

처분청, 청구인에게 과세처분

②

2025.1.2.

-처분청, 쟁점판결에 따라 변경된 지분비율에 맞춰 청구인에게 2019～2022년 귀속 종합소득세 부과처분

청구인 ①에 대한 심판청구 제기 및 결정쟁점심판결정)

2024.8.28.

2025.4.1.

-청구인, 처분청의 2013～2018년 귀속 종합소득세 부과처분에 불복하여 이 건 심판청구 제기

- 우리 원, 청구인이 모친의 납세의무를 승계하여 부과받은 것임에도 청구인 본래의 소득과 구분하지 않고, 합산하여 부과한 잘못된 처분으로 봄(인용)

청구인 ②에 대한 심판청구 제기 및 결정(조심 2025서1870·지1252 병합)

2025.3.29.

2026.3.4.

-청구인, 처분청의 2019～2022년 귀속 종합소득세 부과처분에 불복하여 심판청구 제기

- 우리 원, 확정된 쟁점부동산 임대소득에 대한 과세표준을 변경한 위법한 처분 및 중복과세로 위법한 처분에 해당하지 않음(기각)

처분청, 모친에게 이 건 과세처분

2025.12.2.

-처분청, 쟁점심판결정에 따라 모친에게 2014～2019년 귀속 종합소득세 부과처분(청구인은 상속에 따른 납세의무자로 이를 승계함)

청구인 이 건 심판청구 제기

2025.12.22.

-청구인, 처분청의 2014～2019년 귀속 종합소득세 부과처분에 불복하여 이 건 심판청구 제기

(2) 쟁점판결에 따르면, 청구인의 부친 C의 사망으로 개시된 상속에서, C이 사망하기 전 청구인, A, B은 C으로부터 사전증여로 받은 재산 등이 있어서, 모친(D), 청구인, A 및 B은 상속재산분할협의의 내용에 따라 사전증여로 받은 해당 재산을 특별이익으로 하여 이를 포함한 후 법정상속비율에 따라 쟁점부동산의 상속분할을 하였어야 하나, 특별이익을 제외하여 쟁점부동산을 법정상속비율로 상속하였다. 이후 모친 D는 사망 전인 2013.12.24. 자필증서에 의한 유언의 방식으로 자신의 재산을 청구인에게 포괄적으로 유증하였고, 이에 따라 청구인, A, B은 C으로부터 사전증여로 받은 부동산과 현금 등 특별이익이 있어서, C의 사망으로 인한 상속에서 사전증여로 받은 특별이익을 반영할 경우, A, B은 쟁점부동산의 지분을 거의 상속받지 못하고, 모친(D)과 청구인이 C으로부터 쟁점부동산의 지분을 대부분을 상속받게 되는 것으로 계산되었다. 따라서 청구인은 D로부터 D의 재산을 포괄유증으로 받았으므로, 모친이 보유한 쟁점부동산의 지분이 모친의 사망으로 전부 청구인에게 상속되어 청구인은 쟁점부동산 지분의 거의 대부분(996/1000)을 보유하도록 소유권을 이전하는 내용이 나타난다.또한, 쟁점판결의 판결문에 따르면, 쟁점판결 전까지 D, 청구인, A 및 B은 아래 ＜표3＞와 같이 쟁점부동산에서 발생한 수익금을 배분한 것으로 나타난다.

＜표3＞

쟁점판결의 판결문 상 쟁점부동산 임대수익금 배분내역

ㅇ

ㅇ

ㅇ

(3) B은 2023.10.4. 성동세무서장에게 쟁점판결에 따른 지분율의 변경 및 임대수익을 청구인엑 정산금으로 지급한 사실을 이유로, 2013년～2022년 귀속 종합소득세를 감액경정하는 내용의 경정청구를 제기하였고, 성동세무서장은 이를 거부하였으며, B은 이에 불복하여 서울지방국세청장에게 이의신청을 제기하였고, 서울지방국세청장은 2024.9.27 아래와 같이 B의 이의신청에 대하여 인용결정을 하였다(이의 서울청 2024-0205, 2024.9.27.).

＜B이 제기한 이의신청결정＞

「소득세법」 제43조 제2항에서는 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당 공동사업을 경영하는 각 거주자 간에 약정된 손익분배비율(약정된 손익분배비율이 없는 경우에는 지분비율을 말한다)에 의하여 분배되거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다고 규정하고 있고, 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호에서는 ‘과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날로부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다’고 규정하고 있다. 여기서 말하는 후발적 경정청구 사유 중 법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’는 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2017.9.7. 선고 OOO 판결).

이 건의 경우, 성동세무서장은 ‘쟁점판결은 상속재산분할 및 이에 따른 정산금 판결이지 쟁점부동산 임대수입의 귀속자에 대한 판결이 아니므로 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다’는 의견이나, 쟁점판결의 판결문에서는 ‘이 사건 협의는 상속재산분할에 관한 협의이므로, 그 효력은 상속개시 시에 소급하여 발생함이 원칙이고, 따라서 쟁점부동산에서 이미 발생한 수익금에 대한 정산의 경우에도, 앞서 인정한 특별수익에 따른 쟁점부동산 지분조정의 결과에 따라 B의 지분은 OOO으로 보아야 한다’고 판시하여 쟁점부동산 임대소득의 귀속자에 대한 판단이 있었던 것으로 보이는 점, 부친 C의 사망 후 B과 다른 상속인들은 쟁점부동산 임대사업을 정상적으로 공동 영위하면서 임대소득에 대하여 지분비율대로 분배받아 신고납부하여 왔으나 쟁점판결로 상속개시 당시로 소급하여 임대 공동사업장의 소유지분 변경이 확인되었으므로, 이의 당연한 결과로 각 공동사업자에게 소급변동된 지분비율에 상응하는 임대소득이 분배되는 것이 합당한 점 등을 고려하면, 쟁점판결은 B이 당초 신고한 부동산임대소득에 대한 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 ‘부동산임대 공동사업자 간 손익분배비율’에 변동을 주어 다른 것으로 확정한 경우로서 「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 봄이 타당하다.

따라서 처분청이 쟁점판결을 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다는 사유로 B의 2013～2022년 귀속 종합소득세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(4) 쟁점심판결정(2024서4938, 2025.4.1.)의 주요 요지에 따르면, 쟁점판결문 내용에 동생들의 OOO 지분이 모친에게 반환되어야 함을 전제로 모친의 상속지분 전부를 청구인이 상속받기로 하여 이에 동생들의 지분을 청구인에게 이전해야 한다는 판결로 보이는바, 이로 인한 임대소득에 관한 직접적인 이익의 귀속자는 청구인이 아닌 모친으로 보이는 점, 「소득세법」 제44조는 피상속인의 소득금액에 대한 소득세로서 상속인에게 과세할 것과 상속인의 소득금액에 대한 소득세는 구분하여 계산하여야 한다고 규정하고 있는데, 설령 앞서 본 내용의 임대소득에 대해 납세의무자가 변경된다고 하더라도 처분청이 모친이 아닌 청구인을 본래의 납세의무자로 하여 이 건 임대소득 변동금액의 과세표준을 합산한 후 세액을 계산한 것으로 보이는바, 이는 종합소득세의 과세요건 중 본래의 납세의무자를 구분하지 않고 과세표준, 세율 등을 잘못 적용한 것으로 판단된다는 내용이 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 먼저 주위적 청구에 대하여 살피건데, 처분청은 쟁점심판결정에 따라 임대소득의 귀속이 청구인이 아닌 모친으로 바뀌었으므로, 결정이 있는 날로부터 1년 이내에 이 건을 과세할 수 있다는 의견이나, 쟁점심판결정은 임대소득의 귀속 변경이라는 새로운 사실관계를 확정한 것이 아니고, 쟁점판결에 의한 당초 부과처분이 모친의 납세의무를 승계하여 부과받은 것임에도 청구인 본래의 소득과 구분하지 않고 합산·부과한 것은 잘못된 처분에 해당한다고 본 것(사실관계를 확인함)인바, 이에 모친의 임대소득에 대한 과세는 쟁점판결이 있는 날로부터 1년 이내에 할 수 있는 것이고, 재차 하게 된 이 건 과세처분은 당초 과세처분과는 별개의 새로운 처분인 점, 모친의 임대소득에 대한 과세인 이 건(2014~2019년 귀속)은 국세부과제척기간 5년도 경과한 점 등에 비추어 처분청이 한 이 건 과세처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.다음으로 예비적 청구는 주위적 청구의 인용으로 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.