원천징수의무자에게 소득금액변동통지한 처분한 당부

청구법인은 원천징수의무자로, 원천징수대상 소득은 소득자에 고지하기에 앞서, 우선적으로 원천징수의무자에게 소득금액변동통지하여 원천징수하도록 함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 2003.3.13. 개업한 묘지관리 및 수목장업 등 수익사업을 영위하는 법인으로 보는 단체로 승인된 종교법인으로, 2013.6.7. 경상남도 밀양시장으로부터 종교단체(A) 자연장지(수목장림) 조성 허가를 받아 B(이하 “쟁점수목장”이라 한다)을 운영하다가 2019월 4월부터 C(이하 “쟁점운영자”라 한다)이 위 수목장을 위탁받아 운영하고 있다.

나. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.3.15.부터 2023.8.24.까지 청구법인에 대한 2019~2021사업연도 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점수목장과 관련하여 매출누락액 등 OOO원을 익금산입하는 한편, 그 대응원가 등 OOO원을 손금산입하여 청구법인에게 2019~2021사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였고, 위 익금산입액 중 수입금액 누락액, 사적채무변제액 및 가지급금 인정이자에서 모집수수료를 차감한 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 귀속이 불분명한 것으로 보아 쟁점운영자에 대한 상여로 소득처분하여 2023.9.11. 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

다. 이후 청구법인이 위 소득금액변동통지에 따라 쟁점금액에 대하여 쟁점운영자에게 근로소득세를 원천징수하지 아니함에 따라 처분청은 2024.5.9. 청구법인에게 원천징수분 근로소득세 합계 OOO원(2020년 2월 귀속분 OOO원, 2021년 2월 귀속분 OOO원 및 2022년 2월 귀속분 OOO원)을 각 결정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.10. 이의신청을 거쳐 2024.11.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점운영자는 쟁점수목장의 실질적 운영자로서 2013.1.1.경부터 쟁점수목장을 실제 운영하고 있고, 이러한 사실은 창원지방검찰청 밀양지청의 「조세범 처벌법」 위반 사건(OOO)의 조사과정 등에서 밝혀져 현재 기소되어 공판이 진행되고 있는바, 청구법인이 쟁점금액에 대하여 쟁점운영자로부터 근로소득세를 원천징수하지 아니하였으나, 이 건 처분은 쟁점운영자 개인이 부담할 세금을 청구법인에게 부담하게 하는 것으로서 부당하므로 쟁점금액에 대한 과세는 쟁점운영자에게 이루어져야 한다.

(2) 「법인세법」상 인정상여는 각 사업연도 소득금액계산 시 세무조정(익금산입, 손금불산입) 금액이 사외로 유출되어 직원 또는 임원에게 귀속되었음이 분명한 경우에 행하는 소득처분을 말한다고 규정하고 있고, 소득이 사외로 유출되었으나 그 귀속이 불분명한 경우(기타사외유출로 처분하는 경우 제외)에는 대표자에게 귀속된 것으로 보아 상여로 소득처분하여야 하는바, 쟁점운영자는 청구법인의 직원 또는 임원이 아님이 분명하고, 그 귀속이 불분명한 경우에 해당하지 아니하여 인정상여로 처분할 수도 없으므로 청구법인에 대한 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 사업현황 및 쟁점운영자와의 관계에 대하여 살펴보면, 쟁점수목장은 청구법인이 종교단체 자연장지(수목장림)로 허가받은 사업장이고, 쟁점운영자는 당해 수목장의 원활한 운영과 관리를 위하여 고용된 위탁운영자이다. 청구법인은 2003.3.13. D(주지스님)를 대표자로 하여 사업자등록한 법인으로 보는 단체로, 대한불교 조계종 산하 종교단체(사찰)로 등록되어 있어서 승려만 대표자가 될 수 있다. 또한, 청구법인은 법인으로 보는 단체로서 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리하고, 조직과 운영을 대표자나 관리인에게 선임하는 독립된 법인격으로 실제 사찰, 수목장, 납골당 등 청구법인이 소재하는 부동산을 청구법인 명의로 보유하고 있다.

(2) 쟁점수목장은 명백히 청구법인이 관할 시청으로부터 종교단체 자연장지로 허가를 받았고 이에 대한 최종 운영권한과 책임은 청구법인에게 있다. 비록 수목장 운영이 청구법인의 수익사업으로 대표자(주지)가 그 운영에 관여하지 않고 개인에게 위탁할 수 있을지라도 그 결과에 대한 최종적인 책임은 청구법인이 부담하여야 한다. 또한 쟁점운영자가 개인적으로 자금을 조달하여 운영하였다고 하더라도 이는 법인의 수익사업 회계상 차입금 또는 가수금 등으로 처리할 사항이지 이러한 사유로 수목장 사업을 개인사업으로 주장할 수는 없다.

(3) 한편, 청구법인은 2019년부터 2023년까지 쟁점운영자에게 급여를 지급하고 지급명세서를 제출하였으며, 2023년 8월 퇴직한 것으로 하여 퇴직소득 지급명세서를 제출한 사실도 있는 등 청구법인 스스로 쟁점운영자를 근로소득자로 인정하였음에도 쟁점운영자는 청구법인의 직원 또는 임원이 아닐 뿐만 아니라 쟁점수목장을 쟁점운영자가 운영하는 개인사업장이라는 상반된 주장을 하고 있다. 청구법인은 현재에도 인근 토지를 개발하여 수목장림을 확장·분양하면서 이 건 조사로 인해 고지된 법인세 등을 분납하고 있으며, 쟁점운영자도 계속하여 쟁점수목장을 관리·운영하고 있는 점 등을 고려할 때 쟁점운영자는 청구법인의 사업장을 운영하는 임원 또는 직원으로 보아야 할 것이며, 쟁점운영자 스스로도 쟁점수목장을 실제 운영한 사업자라고 인정하고 있다.

(4) 청구법인이 쟁점운영자로부터 쟁점금액에 대한 근로소득세 등을 원천징수하기 어려운 사정은 원천징수의무자인 청구법인과 쟁점운영자 간의 사법상 채권·채무로 보아 당사자 간 구상권 행사로 상계하여야 할 문제이고, 이는 과세관청이 쟁점운영자에게 소득세를 직접 부과·징수하는 상황과 크게 다르지 않다. 따라서 쟁점운영자에게 납세의무를 부여하기보다는 관련 법령에 따라 청구법인에게 원천징수의무를 부여하여 해당 근로소득세를 징수함이 타당하다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점금액을 쟁점운영자에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 원천징수분 근로소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법제80조【결정과 경정】

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

2. 제137조, 제137조의2, 제138조, 제143조의4, 제144조의2, 제145조의3 또는 제146조에 따라 소득세를 원천징수한 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우로서 원천징수의무자의 폐업ㆍ행방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우제85조【징수와 환급】

③ 납세지 관할 세무서장은 원천징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기한까지 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 경우에는 그 징수하여야 할 세액에 「국세기본법」 제47조의5 제1항에 따른 가산세액을 더한 금액을 그 세액으로 하여 그 원천징수의무자로부터 징수하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 「국세기본법」 제47조의5 제1항에 따른 가산세액만을 징수한다.

2. 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액에 대해서 납세의무자의 관할 세무서장이 제80조 및 제114조에 따라 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과ㆍ징수하는 경우제127조【원천징수의무】

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

4. 근로소득(단서 생략)제128조【원천징수세액의 납부】

① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.제135조 【근로소득 원천징수시기에 대한 특례】

④ 「법인세법」 제67조에 따라 처분되는 상여에 대한 소득세의 원천징수시기에 관하여는 제131조 제2항을 준용한다.제192조【소득처분에 따른 소득금액변동통지서의 통지】

① 「법인세법」에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분(「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제25조 제6항에 따라 처분된 것으로 보는 경우를 포함한다)되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일 내에 기획재정부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다.

④ 세무서장 또는 지방국세청장이 제1항에 따라 해당 법인에게 소득금액변동통지서를 통지한 경우 통지하였다는 사실(괄호 생략)을 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 알려야 한다.

(2) 법인세법제67조【소득처분】다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

(3) 법인세법 시행령제106조【소득처분】

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(괄호 생략)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것(단서 생략)가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 직원인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

다. 사실관계 및 판단

(1) 조사청은 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점수목장 매출누락액 등을 익금산입하는 한편, 그 대응원가 등을 손금산입하여 청구법인에게 2019~2021사업연도 법인세를 각 경정·고지하고, 위 익금산입액 중 쟁점금액의 귀속이 불분명한 것으로 보아 쟁점운영자에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였으나, 청구법인이 쟁점금액에 대하여 쟁점운영자에게 근로소득세를 원천징수하지 아니함에 따라 처분청은 청구법인에게 이 건 원천징수분 근로소득세를 아래 ＜표1＞과 같이 각 결정·고지하였는바, 쟁점금액의 사업연도별 소득금액변동통지 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표1＞

이 건 원천세 결정 내역000＜표2＞ 소득금액변동통지 내역000

(2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 조사청은 쟁점수목장업 매출누락액 등 OOO원 및 그 대응원가 OOO원 등을 확인하여 청구법인에게 법인세를 경정ㆍ고지하면서 위 익금산입액 중 아래 ＜표3＞과 같이 수입금액 누락액, 사적채무 변제액, 가지급금 인정이자에서 모집중개수수료를 차감한 쟁점금액을 쟁점수목장의 위탁운영자인 쟁점운영자에 대한 상여로 소득처분을 하였고, 쟁점금액이 쟁점운영자에게 귀속된 사실에 대하여는 청구법인과 조사청 간에 다툼이 없다.

＜표3＞

쟁점금액 산정 내역000(나) 청구법인은 2003.3.19. 대한불교조계종에서 사찰등록증을 교부받은 종교단체로서, 2003.3.13. 처분청으로부터 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받았고, 묘지관리 및 수목장업의 수익사업을 영위하고 있는바, 국세청의 국세통합시스템에 의하면 청구법인의 사업자등록 기본사항은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞

청구법인의 사업자등록 기본사항

상호

개업일

법인성격

업태/종목

대한불교조계종A B

2003.3.13.

승인법인

(법인으로 보는 단체)

서비스/

묘지관리, 수목장업

(다) 청구법인이 제시한 ‘종교단체 자연장지 조성(변경) 허가증’에 의하면, 청구법인은 2013.6.7. 경상남도 밀양시장으로부터 경상남도 밀양시 OOO 종교단체 자연장지(수목장림) 조성 허가를 받은 것으로 확인되고, 이후 수목장림 조성단계에서 자금조달과 관련하여 각종 분쟁이 진행되다가 2019년 4월부터 쟁점운영자와 청구법인 간의 합의를 통해 쟁점운영자가 쟁점수목장의 운영과 관리를 맡고 있는 것으로 나타난다.(라) 청구법인이 법인세 신고 시 제출한 부속서류에 의하면, 청구법인의 2022ㆍ2023사업연도 손익 및 재무현황은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞

청구법인의 손익 및 재무현황000(마) 국세청의 국세통합시스템에 의하면 2019년~2023년 기간 동안 소득자를 쟁점운영자로 하여 청구법인이 제출한 근로소득 지급명세서는 아래 ＜표6＞과 같고, 청구법인은 아래 ＜표7＞과 같이 쟁점운영자가 2023.8.30.자로 중도 퇴직한 것으로 하여 퇴직소득 지급명세서를 제출한 것으로 나타난다.

＜표6＞

근로소득 지급명세서 제출 내역000＜표7＞ 퇴로소득 지급명세서 제출 내역000(바) 청구법인은 이 건 조사로 인하여 발생한 고지세액 OOO원 중 심리일 현재까지 OOO원(2020사업연도 법인세 일부납부)을 납부하였고, 이 건 근로소득세를 포함한 OOO원(가산세 포함)을 납부하지 아니한 것으로 나타난다.(사) 한편, 국세청의 국세통합시스템에 의하면 쟁점운영자는 아래 ＜표8＞과 같이 청구법인과 동일 소재지에서 개인사업 등을 사업자등록한 것으로 확인된다.

＜표8＞

쟁점운영자의 사업자등록 이력

상호

업태

개업일자

폐업일자

비고

E 주식회사

서비스/

분양대행업

2016.11.28.

2019.4.5.

법인

B*

서비스/

화장, 묘지분양 관리

2013.1.1.

2019.4.30.

개인

A OOO

2012.2.5.

2019.5.9.

비영리법인

(불교단체)

* 당초 사업자를 미등록하였으나 처분청이 2018년 3월 일반과세자로 직권등록함(아) 쟁점운영자는 2019년 4월 개인사업장인 B과 E 주식회사에 대하여 폐업신고를 한 것으로 나타나는바, 처분청은 2020.5.19.~2020.8.14. 기간 동안 쟁점운영자에 대한 개인통합조사(조사대상기간 : 2017.1.1.~2019.6.30.)를 실시한 결과, 수목장 분양수입 신고누락을 사유로 쟁점운영자에게 종합소득세 및 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정·고지한 것으로 확인된다.(자) 그 밖에 조사청은 이 건 세무조사 관련하여 2023년 5월 쟁점운영자를 조세포탈 실행위자로서 「조세범 처벌법」 위반으로 창원지방검찰청 밀양지청에 고발하였고, 현재 공소 제기되어 창원지방법원 밀양지원에서 관련 재판이 진행 중인 것으로 확인된다(창원지방법원 밀양지원 OOO).

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점금액의 귀속자가 쟁점운영자이므로 이에 대한 과세처분은 청구법인이 아닌 쟁점운영자에게 이루어져야 한다고 주장하나, 「소득세법」 제127조 제1항에서 국내에서 거주자에게 근로소득 등을 지급하는 자는 그 거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제80조 제2항 제2호는 ‘관할 세무서장은 과세표준확정신고를 한 자(과세표준확정신고를 하지 아니한 자 포함)가 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 연말정산 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우로서 원천징수의무자의 폐업ㆍ행방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다고’ 규정하고 있으며, 같은 법 제85조 제3항에서는 ‘원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액에 대하여 납세의무자의 관할 세무서장이 「소득세법」 제80조에 따라 납세의무자에게 직접 소득세를 부과·징수하는 경우 「국세기본법」 제47조의5 제1항에 따른 가산세액만을 징수한다’고 규정하고 있는바,「소득세법」 규정과 원천납세의무자가 실체법상 부담하고 있는 납세의무의 이행을 절차법상 ‘원천징수’라는 간접적인 방법에 의하여 실현하려는 원천징수제도의 취지 등을 감안하면 원천징수의무자가 원천징수하여야 할 세액을 기한 내에 납부하지 않거나 미달하여 납부한 경우에는 과세관청으로서는 원칙적으로 당해 원천징수의무자에게 그 원천징수의 책임을 물어 미납된 세액 등에 대하여 징수처분을 하면 족한 것이지 원천납세의무자인 소득자에게 곧바로 과세처분을 하여야 하는 것은 아닌 점,다만, 예외적으로 원천납세의무자인 소득자가 그 납부하여야 할 정당한 세액을 이미 납부하였거나 관할 세무서장 등이

소득자에게 원천징수되지 아니한 소득세를 직접 부과ㆍ징수한 때에는 과세관청은 원천징수의무자에게 그 가산세만을 징수할 수 있는 것이며, 이는 원천납세의무자(소득자)가 신고 또는 부과된 소득세를 납부한 경우에만 적용된다고 봄이 타당하다 할 것인바(조심 2020서8173, 2021.2.9. 참조), 이 건의 경우 이 건 처분 시까지 소득자인 쟁점운영자가 원천징수되지 아니한 쟁점금액에 대한 소득세를 납부한 사실이 없고, 관할 세무서장도 쟁점운영자에게 관련 세액을 부과ㆍ징수하지 아니한 점,청구법인은 현재에도 인근 토지를 개발하여 수목장림을 확장·분양하며 매출이 발생하고 있는 계속사업자이고 이 건 조사로 인하여 고지된 세금을 분납하고 있는 점 등으로 보아 「소득세법」 제80조 제2항 제2호에서 규정한 “원천징수의무자의 폐업ㆍ행방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나 근로소득자의 퇴사로 원천징수 의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우”에 해당한다고 보기 어려우며, 쟁점운영자의 퇴사 등으로 인하여 원천징수하기 어려운 사정은 청구법인(원천징수의무자)과 쟁점운영자(납세의무자) 사이의 사법상 채권ㆍ채무로 보아 당사자 간 구상권 행사로 해결하여야 할 사안으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점금액에 대한 원천징수분 근로소득세를 청구법인에게 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.