쟁점주택이「조세특례제한법」제104조의19의 ‘주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례’ 적용대상이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

주택건설사업계획을 승인받은 후 3년이 지난 이 건 심리일 현재까지도 쟁점주택이 멸실 또는 철거되지 아니한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 법령에 따른 제한 등으로 쟁점주택의 멸실이 지연되거나 멸실하지 못한 정당한 사유를 달리 제시하지 못하는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.4.26. 설립된 후 부동산 개발.공급업 등을 영위하고 있고, 2021.9.10. 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지로서 그 취득일부터 5년 이내에「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받은 ‘서울특별시 양천구 OOO외 5개 필지(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 그 지상 주택 19개 호(이하 “쟁점주택”이라 한다)’를 각각 매입한 후 관할인 서울특별시 양천구청장으로부터 사업계획변경승인을 받았다.

나. 처분청은 재산세 부과내역에 따라 쟁점토지 및 쟁점주택을 종합부동산세 부과대상으로 보아, 청구법인에게 2022.11.24. 2022년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을, 2023. 12.8. 2023년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 각각 결정.고지하였다.

다. 청구법인은 2024.3.15. 쟁점토지 및 쟁점주택이「조세특례제한법」제104조의19 제1항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 과세표준 합산의 대상이 되는 범위에 포함되지 아니하는 것으로 보아, 위 종합부동산세 및 농어촌특별세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

라. 처분청은 쟁점토지에 대하여 쟁점규정상 과세특례대상에 해당하는 것으로 보아 청구주장을 받아들여 감액경정(2022년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원, 2023년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원)하였으나, 쟁점주택에 대하여는 과세특례대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 청구주장을 배제하여 2024.4.24. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점규정은「주택법」에 의한 주택건설사업자의 주택건설용 토지로서 사업계획승인을 받은 경우 종합부동산세 과세대상에서 제외한다고 규정하고 있다.쟁점토지 및 쟁점주택은 2003년경 주택건설을 위한 사업계획승인을 받은 것이고, 그 간 분양가 상한제 등으로 사업성이 악화되어 사업주체가 변경되었을 뿐 사업계획승인이 계속 유지되고 있으므로 청구법인의 경정청구(쟁점주택분)를 거부한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점규정은 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지로서 그 취득일부터 5년 이내에「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지에 대하여는「종합부동산세법」제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니한다고 규정하고 있다.건축물대장상 쟁점주택은 당초 주택건설사업자가 그 취득일부터 3년 이내에 멸실되지 아니한 것으로 나타나고, 처분청은 청구법인이 이 건 심판청구를 제기한 후 쟁점주택 소재지에 직접 출장하여 확인한 바, 쟁점주택이 주택으로서의 구조나 외형 그대로 유지되고 있을 뿐만 아니라, 쟁점주택인 서울특별시 양천구 OOO는 각 호마다 구분등기되어 있는 등 실제 거주용으로 사용되고 있는 것으로 확인하였다.또한 종합부동산세는 재산세의 후행 세목으로, 관할 지방자치단체장이 쟁점주택에 대한 재산세 부과취소 등의 경정을 하지 않았다.

따라서 처분청이 청구법인의 경정청구(쟁점주택분)를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택이「조세특례제한법」제104조의19의 ‘주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례’ 적용대상이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 “주택건설사업자”라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는「종합부동산세법」제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.1.「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자2.「주택법」제11조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체3.「도시 및 주거환경정비법」제24조부터 제28조까지 및「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제17조부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자

4. 제104조의31 제1항에 따른 법인

② 제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다.

③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.

(2) 종합부동산세법제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.

3. “주택”이라 함은「지방세법」제104조 제3호에 의한 주택을 말한다. 다만, 같은 법 제13조 제5항 제1호에 따른 별장은 제외한다.

4. “토지”라 함은「지방세법」제104조 제1호에 따른 토지를 말한다.

5. “주택분 재산세”라 함은「지방세법」제105조 및 제107조에 따라 주택에 대하여 부과하는 재산세를 말한다.

6. “토지분 재산세”라 함은「지방세법」제105조 및 제107조에 따라 토지에 대하여 부과하는 재산세를 말한다.제7조(납세의무자)

① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

②「신탁법」제2조에 따른 수탁자(이하 “수탁자”라 한다)의 명의로 등기 또는 등록된 신탁재산으로서 주택(이하 “신탁주택”이라 한다)의 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 조에 따른 위탁자(「주택법」제2조 제11호 가목에 따른 지역주택조합 및 같은 호 나목에 따른 직장주택조합이 조합원이 납부한 금전으로 매수하여 소유하고 있는 신탁주택의 경우에는 해당 지역주택조합 및 직장주택조합을 말한다. 이하 “위탁자”라 한다)가 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 이 경우 위탁자가 신탁주택을 소유한 것으로 본다.제8조(과세표준)

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액[과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제 한 금액]서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조 제2항 각호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

2. 제1호의 주택 외에 종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사 및 사원용 주택, 주택건설사업자가 건축하여 소유하고 있는 미분양주택, 가정어린이집용 주택,「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권 외 지역에 소재하는 1주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 것으로서 대통령령으로 정하는 주택제13조(과세표준)

① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

(3) 종합부동산세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32425호로 개정.신설된 것)제4조(합산배제 사원용주택등)

① 법 제8조 제2항 제2호 전단에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 다음 각 호의 주택(이하 "합산배제 사원용주택등"이라 한다)을 말한다.

21. 다음 각 목의 자가 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하여 그 취득일부터 3년 이내에 멸실시키는 주택(기획재정부령으로 정하는 정당한 사유로 3년 이내에 멸실시키지 못한 주택을 포함한다)마.「주택법」에 따른 주택조합 및 같은 법 제4조 제1항 본문에 따라 등록한 주택건설사업자(같은 항 단서에 해당하여 등록하지 않은 자를 포함한다)

(4) 종합부동산세법 시행규칙제4조의4(주택을 멸실시키지 못한 정당한 사유) 영 제4조 제1항 제21호 각 목 외의 부분에서 "기획재정부령으로 정하는 정당한 사유"란 다음 각 호에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법령에 따른 제한으로 주택의 멸실이 지연되거나 주택을 멸실시킬 수 없는 경우

2. 천재지변이나 이에 준하는 재해로 주택의 멸실이 지연되거나 주택을 멸실시킬 수 없는 경우

3. 그 밖에 주택 취득 당시 예측할 수 없었던 사유가 발생하여 주택의 멸실이 지연되거나 주택을 멸실시킬 수 없는 경우로서 통상적인 주택건설사업 시행방식을 고려할 때 해당 사유가 발생하면 주택의 멸실이 곤란하다고 관할 세무서장이 인정하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.(가) 처분청은 아래 ＜표＞와 같이 청구법인이 경정청구한 2022년 및 2023년 귀속 종합부동산세(농어촌특별세 포함) 중 쟁점토지분에 한하여 그 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 보아 감액경정하고, 쟁점주택분에 대하여는 종합합산과세대상으로 보아 경정청구를 거부하였다.＜표＞ 종합부동산세 등의 부과내역, 경정청구 및 감액경정 등 내역(단위 : 원)(나) 건축물대장 등에 의하면, 쟁점주택은 이 건 심리일 현재까지 멸실 또는 철거되지 아니한 것으로 나타난다.(다) 처분청의 심리자료에 의하면, 처분청은 2024.7.5. 쟁점주택 소재지에 직접 출장하여 확인한바, 쟁점주택(대경연립)이 각 호마다 구분등기되어 있고, 실제 거주용으로 사용되고 있음을 확인한 것으로 나타난다.(라) 서울특별시 양천구청장이 발급한 사업계획승인서 등에 의하면, 쟁점주택OOO에 대한 재건축주택조합 및 a(주)는 2003.6.30.「주택건설촉진법」제33조 등에 따라 쟁점토지 및 쟁점주택을 취득한 후 서울특별시 양천구청장으로부터 주택건설사업계획을 승인받았고, 그 후 2005.4.28. b로, 2006.4.17. c로, 2011.7.11. d로, 2015.3.13. ㈜e, 2019.11.15. g로, 2020.9.27. f로, 2021.4.7. h 외 1인으로, 2021.9.10. 청구법인으로 각각 승인변경된 것으로 나타난다.(마) 서울특별시 양천구청장의 재산세 부과내역 등에 의하면, 쟁점주택에 대한 2022년 및 2023년 귀속분 재산세가 청구법인에게 부과된 후 취소 또는 경정 등의 이력이 없는 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은「종합부동산세 시행규칙」제4조의4에서 규정한 법령에 따른 제한 등으로 쟁점주택을 멸실시키지 못한 정당한 사유가 있었음을 입증하는 자료를 제시하지 아니하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점규정에서 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는「종합부동산세법」제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다고 규정하고 있고,「종합부동산세법」제7조 제1항은 “과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다”고 규정하고 있고, 같은 법 제8조 제2항 제2호는「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권 외 지역에 소재하는 1주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 것으로서 대통령령으로 정하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다고 규정하고 있으며, 그 위임을 받아 같은 법 시행령 제4조 제1항 제21호는「주택법」에 따라 등록한 주택건설사업자 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하여 그 취득일부터 3년 이내에 멸실시키는 주택(기획재정부령으로 정하는 정당한 사유로 3년 이내에 멸실시키지 못한 주택을 포함)을 규정하고 있고, 그 위임을 받아 같은 법 시행규칙 제4조의4는 정당한 사유로 ‘법령에 따른 제한으로 주택의 멸실이 지연되거나 주택을 멸실시킬 수 없는 경우’ 등을 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 2003년경 쟁점토지 및 쟁점주택이 주택건설을 위한 사업계획승인을 받은 것이고, 분양가 상한제 등으로 사업성이 악화되어 사업주체가 변경되었을 뿐 사업계획승인이 계속 유지되고 있으므로 쟁점주택분에 대한 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 쟁점규정은 ‘주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례’ 규정이므로 쟁점주택은 동 과세특례 적용대상에 해당하지 아니하는 점, 서울특별시 양천구청장이 발급한 사업계획승인서 등에 의하면, 쟁점주택OOO에 대한 재건축주택조합 및 공동시행사인 a(주)가 2003.6.30. 조합원 등으로부터 쟁점토지 및 쟁점주택을 취득(소유권이전)하고「주택건설촉진법」제33조 등에 따라 주택건설사업계획을 승인받은 후 3년이 지난 이 건 심리일 현재까지도 쟁점주택이 멸실 또는 철거되지 아니한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 법령에 따른 제한 등으로 쟁점주택의 멸실이 지연되거나 멸실하지 못한 정당한 사유를 달리 제시하지 못하는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.