청구법인이 주주로부터 쟁점자기주식을 액면가에 취득한 것과 관련하여, 이를 특수관계자간 거래로 상증법상 보충적 평가액 보다 저가 취득한 것으로 보아 그 차액 상당액에 대하여 법인세를 부과한 처분의 당부

청구법인은 쟁점주식이 대여금에 대한 담보로 제공되었다는 주장과 관련한 계약서 등 관련 증빙을 제시하지 못하였고, 이사회 회의록에도 이를 취득한 것으로 기재된 점 등에 비추어 특수관계인으로부터 쟁점자기주식을 저가 취득한 것에 해당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 2015.6.25. 서울특별시 강남구 OOO에서 특수운수업을 주업으로 하여 설립된 법인이다.

나. 청구법인은 2019.9.30. 청구법인에서 감사로 재직한 A으로부터 청구법인 주식 166,667주(이하 “쟁점자기주식1”이라 한다)를 1주당 액면가(OOO원)에 양수하였고, 2020.12.28. 청구법인의 주주인 B으로부터 청구법인 주식 500,000주(이하 “쟁점자기주식2”라 하고, 쟁점자기주식1·2를 합하여 “쟁점자기주식”이라 한다)도 1주당 액면가(OOO원)로 인수하였다.

다. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2022.3.21.부터 2022.4.19.까지 청구법인에 대하여 쟁점자기주식 취득과 관련한 법인세 부분조사를 실시한 결과 쟁점자기주식 거래 당시 청구법인과 A 및 B이 특수관계인에 해당하는 것으로 보는 동시에,라. 쟁점자기주식1의 시가를 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 보충적평가액인 1주당 OOO원으로 하고, 쟁점자기주식2의 시가도 보충적평가액인 1주당 OOO원으로 하여 청구법인이 쟁점자기주식을 저가 양수한 것으로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 2022.7.12. 청구법인에게 법인세 2019사업연도분 OOO원 및 2020사업연도분 OOO원을 각 경정·고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2022.10.7. 이의신청을 거쳐 2023.7.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점자기주식은 청구법인이 A과 B에게 대여금에 대한 양도담보로 제공한 것으로 이를 반환받은 거래에 대하여 저가취득으로 보아 법인세를 부과한 처분은 취소되어야 한다.(가) 청구법인이 쟁점자기주식을 취득하게 된 경위는 다음과 같다.

1) A은 청구법인 설립 시부터 청구법인의 사내이사로 근무하며 특수물류부문의 실무 및 영업을 담당하였던 자이고 B은 청구법인의 비상근감사로 근무한 자이다. 청구법인과 같은 물류회사의 경우 창고와 창고부지 등 대규모 인프라가 필요하여 초기 비용이 많이 필요하였고 이에 청구법인의 대표 C과 택배물류업을 하며 안면이 있던 B·A이 각각 OOO원과 OOO원을 청구법인에 대여하였다.

2) 청구법인은 A으로부터 차입한 금전을 담보할 목적으로 2018년말까지 쟁점자기주식1을 A에게 제공하였으나, 2019년 9월 경 A이 건강상 문제로 퇴사하면서 쟁점자기주식1을 반환받고 대여금 원금인 OOO원을 상환하였다.

3) 쟁점자기주식2의 경우도 위와 유사하게 B으로부터 차입한 금전을 담보하기 위하여 이를 제공하였고, 2020.12.28. B으로부터 쟁점자기주식2를 반환받고 대여금 원금인 OOO원을 상환하게 된 것이다.(나) 청구법인은 A·B에게 사업자금을 차입할 당시 2016사업연도 결산 이후부터 매년 1회 양도담보로 제공된 대여금의 10%에 해당하는 이자를 지급할 것을 약정하였고, 이에 따라 B에게 2017.5.31. OOO원, 2018.4.25. OOO원, A에게 같은 시기에 각 OOO원씩을 지급하였다. A·B이 청구법인에게 미지급된 2018·2019년 이자를 지급할 것을 독촉하자 청구법인은 미지급 이자를 지급할 것을 약속하며 급여형식으로 이를 지급한 사실이 있다.(다) 청구법인의 대표 C 또한 세무조사 당시 쟁점자기주식이 A·B으로부터 차입한 금전에 대한 담보성격으로 A·B에게 제공하였고 청구법인이 이를 취득한 거래는 쟁점자기주식을 반환받은 것이라고 답변하였다.

(2) 처분청이 산정한 쟁점자기주식의 시가는 적정하지 않다.(가) 청구법인 쟁점자기주식을 취득한 거래에 경제적 합리성이 결여 되어 있는지 여부나 특수관계인인 상대방에게 부당하게 이익을 분여할 의도가 있었는지 여부를 살펴보아야 할 것인데, 쟁점자기주식을 1주당 OOO원에 거래한 것은 실질적으로 특수관계가 없는 자와의 거래라고 보아야 하고 적정한 시가가 반영된 것으로 보아야 한다.(나) A은 쟁점자기주식1 거래 당시 청구법인의 임직원이 아니었고 A의 지분율이 1%를 초과하지도 아니하였다. 그리고 쟁점자기주식1 거래 이후 1년 3개월이 지난 후 이루어진 쟁점자기주식2 거래도 쟁점자기주식1을 매매사례로 보아 주당 OOO원으로 거래하였으므로 이 또한 시가를 준용한 것으로 보아야 한다.(다) 설령 A·B 모두 청구법인과 특수관계에 있다고 보더라도 이는 A·B이 건강상의 사유와 타 사업 투자를 위한 목적 등을 위하여 이해관계를 달리하는 대등한 당사자간에 이루어진 거래이므로 거래가격을 담합하거나 이익을 상대방에게 분여한 거래로 볼 수 없다.(라) 처분청이 산정한 쟁점자기주식의 시가는 순손익가치를 적정하게 반영하지 못하여 과다 산정한 것이다. 청구법인과 같이 사업 초기단계에 있거나 외부에서의 급격한 환경변화 등이 있는 경우 직전 3개년의 순손익가치를 기반으로 결정된 주식가치가 주식거래 시점의 법인의 주식 가치를 객관적으로 반영하지 못할 가능성이 매우 높다. 청구법인은 2015년 설립되어 2022년 현제 겨우 8기 사업연도에 진입하였을 뿐이고 연도별 매출 변동도 매우 심한 상황이다. 그러므로 상증세법에 따른 보충적평가액을 시가로 보아 과세하기 위해서는 처분청이 시가에 대한 입증책임을 다하여야 한다.

(3) 청구법인이 쟁점자기주식2를 취득한 거래는 법원판결(서울중앙지방법원 2023.5.26. 선고 20022가단OOO 판결)에 따라 「상법」을 위반하여 무효인 거래로 확정(2023.6.14.)되었고, 이에 따라 청구법인이 쟁점자기주식2를 다시 B에게 반환하였고, B도 청구법인에게 주식매도 대금 OOO원을 반환하였으므로 이에 대한 법인세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 A·B에게 쟁점자기주식을 담보로 제공하였다는 주장은 사실관계에도 부합하지 않는 주장이다.(가) A·B은 청구법인의 실질 주주로서 쟁점자기주식을 취득하였고, B의 경우 일부 주식을 제3자에게 양도한 사실도 있으며, 주주 지위에서 배당금도 수령한 사실이 있다.(나) 청구법인의 이사회 회의록에도 쟁점자기주식이 담보로 제공되었다는 내용이 없으므로 쟁점자기주식은 담보의 반환이 아닌 자기주식 취득에 해당한다.

(2) 청구법인이 쟁점자기주식을 1주당 OOO원에 거래한 것은 주식의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하였다고 볼 근거가 없고, 특히 특수관계에 해당하는 경우 「법인세법」상 시가로 볼 수 없다.(가) 조사청은 「법인세법」에서 준용하는 상증세법상 유가증권의 평가규정에 근거하여 시가를 산정하였고, 퇴직임원인 A의 쟁점자기주식1 거래는 상증세법 시행령 제49조에 근거하여 시가로 인정되는 매매가액에서 제외된다.(나) B이 제기한 서울중앙지방법원 2022가단OOO의 주주명부 명의개서 사건에서 제출된 소 청구이유를 보면 B은 쟁점자기주식2가 1주당 정당한 가격이 반영되지 않은 OOO원에 거래되었기 때문에 쟁점자기주식2 매매계약의 취소를 구한다고 기재되어 있어 청구법인의 거래 상대방 또한 쟁점자기주식의 가치를 1주당 OOO원으로 한 거래도 정당한 거래가 아님을 주장하고 있다.

(3) 청구법인은 쟁점자기주식2 거래가 「상법」에 위반되어 무효이므로 이에 대한 매매계약 또한 무효라고 주장하나, 쟁점자기주식2 거래가 당사자간에 자기결정의사에 따라 유상으로 이루어졌고, 조사청의 세무조사 이전까지 청구법인과 B이 이에 대하여 다투지 않는 등 설령 쟁점자기주식2가 B 명의로 명의개서되고 매매대금이 반환되었다 하더라도 이는 이 건 부과처분을 회피하기 위한 목적이므로 이에 대한 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 A·B으로부터 취득한 자기주식은 양도담보로 제공된 주식의 환원이므로 이를 저가에 양수한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

② A과 B이 청구법인과 특수관계에 있지 않으므로 상증세법에 따른 보충적평가방법으로 산정된 가액을 시가로 볼 수 없다는 청구주장의 당부

③ 청구법인이 B으로부터 자기주식을 취득한 거래는 법원으로부터 무효판결을 받아 확정되었으므로 이에 대한 부과처분은 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

12. “특수관계인”이란 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.제15조(익금의 범위)

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

1. 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조 제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액제52조(부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령 제2조(정의)

⑧ 법 제2조 제12호에서 “경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

2. 제50조 제2항에 따른 소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자(이하 “비소액주주등”이라 한다)와 그 친족

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 및 이들과 생계를 함께하는 친족가. 법인의 임원ㆍ직원 또는 비소액주주등의 직원(비소액주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)나. 법인 또는 비소액주주등의 금전이나 그 밖의 자산에 의해 생계를 유지하는 자제50조(업무와 관련이 없는 지출)

② 제1항 제1호 및 제2호에서 “소액주주등”이란 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식등을 소유한 주주등(해당 법인의 국가, 지방자치단체가 아닌 지배주주등의 특수관계인인 자는 제외하며, 이하 “소액주주등”이라 한다)을 말한다.제89조(시가의 범위 등)

① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2 제2항에 따른 거래소(이하 “거래소”라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우(해당 주식이 「상속세 및 증여세법 시행령」 제53조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식인 경우는 제외한다)에는 그 가액의 100분의 20을 가산한다.

1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2제4항제1호에 따른 증권시장 외에서 거래하는 방법

2. 대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

(3) 상속세 및 증여세법 제63조(유가증권 등의 평가)

① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(이하 이 호에서 “상장주식”이라 한다)은 평가기준일(평가기준일이 공휴일 등 대통령령으로 정하는 매매가 없는 날인 경우에는 그 전일을 기준으로 한다) 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 거래소허가를 받은 거래소(이하 “거래소”라 한다) 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액(평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다). 다만, 제38조에 따라 합병으로 인한 이익을 계산할 때 합병(분할합병을 포함한다)으로 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인이 보유한 상장주식의 시가는 평가기준일 현재의 거래소 최종 시세가액으로 한다.

나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

(4) 상속세 및 증여세법 시행령 제49조(평가의 원칙등)

① 법 제60조 제2항에서 “수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것”이란 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다. 이하 이 항에서 “평가기간”이라 한다)이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조 및 제49조의2에서 “매매등”이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 않는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중에 매매등이 있거나 평가기간이 경과한 후부터 제78조 제1항에 따른 기한까지의 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자(이하 이 조 및 제54조에서 “납세자”라 한다), 지방국세청장 또는 관할세무서장이 신청하는 때에는 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.

1. 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 특수관계인과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우제54조(비상장주식등의 평가)

① 법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 “비상장주식등”이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」 제94조제1항제4호다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.1주당가액＝1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액÷3년 만기 회사채의 유통수익률을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)

(5) 상법 제341조(자기주식의 취득)

① 회사는 다음의 방법에 따라 자기의 명의와 계산으로 자기의 주식을 취득할 수 있다. 다만, 그 취득가액의 총액은 직전 결산기의 대차대조표상의 순자산액에서 제462조 제1항 각 호의 금액을 뺀 금액을 초과하지 못한다.

1. 거래소에서 시세(時勢)가 있는 주식의 경우에는 거래소에서 취득하는 방법

2. 제345조 제1항의 주식의 상환에 관한 종류주식의 경우 외에 각 주주가 가진 주식 수에 따라 균등한 조건으로 취득하는 것으로서 대통령령으로 정하는 방법

② 제1항에 따라 자기주식을 취득하려는 회사는 미리 주주총회의 결의로 다음 각 호의 사항을 결정하여야 한다. 다만, 이사회의 결의로 이익배당을 할 수 있다고 정관으로 정하고 있는 경우에는 이사회의 결의로써 주주총회의 결의를 갈음할 수 있다.

1. 취득할 수 있는 주식의 종류 및 수

2. 취득가액의 총액의 한도

3. 1년을 초과하지 아니하는 범위에서 자기주식을 취득할 수 있는 기간

③ 회사는 해당 영업연도의 결산기에 대차대조표상의 순자산액이 제462조 제1항 각 호의 금액의 합계액에 미치지 못할 우려가 있는 경우에는 제1항에 따른 주식의 취득을 하여서는 아니 된다.

④ 해당 영업연도의 결산기에 대차대조표상의 순자산액이 제462조 제1항 각 호의 금액의 합계액에 미치지 못함에도 불구하고 회사가 제1항에 따라 주식을 취득한 경우 이사는 회사에 대하여 연대하여 그 미치지 못한 금액을 배상할 책임이 있다. 다만, 이사가 제3항의 우려가 없다고 판단하는 때에 주의를 게을리하지 아니하였음을 증명한 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인에 대한 이 건 부과처분 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞

경정내역(나) 청구법인은 쟁점①과 관련하여 쟁점자기주식이 A·B으로부터 대여한 금액에 대한 양도담보라고 주장하면서도 대여와 관련한 차용증이나 계약서 등을 제출하지는 아니하였다.(다) 국세청 전산자료와 이의신청결정서에 따르면 청구법인이 A과 B에게 지급한 근로소득과 배당소득 및 A의 사업소득 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞

A·B의 근로소득 등 내역(라) 청구법인의 이사회 회의록(2019.9.4., 2020.12.8.)의 주요 내용은 아래 ＜표3＞, ＜표4＞와 같다.

＜표3＞

2019.9.4. 이사회 회의록 중 주요 내용＜표4＞ 2020.12.8. 이사회 회의록 중 주요내용(마) 청구법인의 주식지분 현황은 아래 ＜표5＞와 같고, 쟁점자기주식 거래 전후로 청구법인의 주식이 거래된 내역은 확인되지 않는다.

＜표5＞

청구법인의 주식지분 현황(바) 쟁점③과 관련하여 청구법인이 제출한 서울중앙지방법원 2022가단OOO(주주명부 명의개서) 판결의 주요 내용은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞

판결 주요 내용(사) 청구법인이 제출한 청구법인 주주명부와 D은행 전표를 보면 2023.12.11. 위 판결에 따라 B이 쟁점자기주식2의 매매대금 OOO원을 청구법인에게 송금한 내역과 주주명부에 B의 쟁점자기주식2가 환원된 사실이 확인된다.(아) A의 퇴직일자는 2019.8.12.로 확인되고, 조사청의 조사종결보고서를 보면 ⅰ) 청구법인이 쟁점자기주식을 저가로 취득한 것으로 보아 OOO원과 OOO원을 각각 익금산입하고, ⅱ) B에 대하여는 부당행위계산부인 규정을 적용하여 양도소득 OOO원에 대하여 부과하며, ⅲ) A에 대하여는 거래일 현재 퇴직하여 특수관계에 해당하지 않는 것으로 보아 양도소득 부당행위계산부인 대상이 아니라고 기재된 사실이 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①·②에 대하여 살피건대, 청구법인은 청구법인이 쟁점주식을 A과 B로부터 취득한 거래는 당초 E과 B에게 담보로 제공한 주식을 반환받은 것이고, 청구법인과 E·B이 특수관계에 해당하지도 않는다고 주장하나,청구법인은 쟁점주식이 대여금에 대한 담보로 제공되었다는 주장과 관련한 계약서나 이자지급 내역 등 관련 증빙을 제시하지 못하였고, 청구법인의 이사회 회의록에도 청구법인이 쟁점주식을 A과 B으로부터 반환받는 것이 아닌 취득하기 위해 이사회를 개최한 것으로 나타나는 점, 쟁점주식을 양도한 A과 B 모두 청구법인의 특수관계인에 해당하는 것으로 보이는 점, 쟁점자기주식의 상증세법상 보충적평가액 이외에 달리 시가로 볼만한 금액은 확인되지 않는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 B으로부터 쟁점자기주식2를 취득한 거래는 당사자간 자기결정의사에 따라 유상으로 이루어진 거래이므로 이를 저가양수로 보아 과세한 처분은 정당하다는 의견이나, 법원 판결(서울중앙지방법원 2023.5.26. 선고 2022가단OOO 판결)에서 해당 거래가 「상법」을 위반하여 무효라고 선고·확정되었으며, 이에 따라 청구법인은 B에게 2023.12.11. 쟁점자기주식2 매매대금 OOO원을 반환하였고, 쟁점자기주식2도 B 명의로 환원(명의개서)된 사실이 확인되는 점 등에 비추어 쟁점자기주식2를 청구법인이 특수관계인으로부터 저가 양수한 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.