매출액 기준 초과로 중소기업 유예기간 중에 있는 청구법인이 관계기업 기준을 초과하게 된 경우 잔여 유예기간이 실효되는지 여부

조특법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것)에는 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 관계기업에 속하는 기업으로서의 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에 언제부터 유예기간이 실효되는지에 대한 명확한 규정이 없어 이미 진행 중이던 청구법인의 중소기업 유예기간이 실효된다고 해석하기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인을 중소기업에 해당하지 아니한 것으로 보아 2012∼2013사업연도 법인세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있음

1. 처분개요

가. 청구법인은 1999.4.2. 설립되어 OOO 제조업을 영위하는 법인으로 2010사업연도의 매출액이 OOO원을 초과하여「조세특례제한법 시행령」(2012.2.2. 개정되기 전의 것, 이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제2조 제2항본문 규정에 따라 2013사업연도까지 중소기업 유예기간 중에 있는 기업에 해당하는 것으로 보아 2012사업연도에 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 등을 적용하여 법인세를 신고·납부하였다.

나. 처분청이 2013년 8월 중조특법 시행령 제2조제2항 단서 규정에 따라 2012사업연도에 관계기업과의 매출액 합계액이 OOO원을 초과하므로 중소기업 유예기간이 적용되지 아니한다고 하여 수정신고할 것을 통지함에 따라, 청구법인은 2012사업연도에 적용한 중소기업특별세액감면에 대하여 법인세 수정신고를 하였다.

다. 청구법인은중소기업 유예기간 중에는 2012년부터 적용되는조특법 시행령 제2조제2항 단서 및 제3호에 의한 ‘관계기업에 속하는 기업’에 해당하더라도 그 유예기간이 실효되지 아니한다는 대법원 판례(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결 및 대법원 2017.1.12. 선고 2016두5392 판결)에 따라 2012～2013사업연도에 대하여 중소기업특별세액감면을 적용하여 법인세 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 처분청은 2017.2.27.조특법 시행령 제2조제2항 본문에 따라 중소기업 유예기간을 적용받던 기업이유예기간 중 같은 영 제2조 제2항 제3호에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다’는 예규(기획재정부 조세특례제도과-97, 2017.1.19.)를 이유로 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2017.4.27. 이의신청을 거쳐 2017.7.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결은 청구법인의 청구사건과 최초 매출액 OOO원 초과시점 및 적용되는 유예기간까지 완전히 동일한 것임데도 이를 부인한 것은 부당하다.

(2) 처분청은 기획재정부의 질의회신(중소기업 유예기간 중 관계기업 해당시 잔여 유예기간 적용 여부, 2017.1.19.)을 근거로 ‘청구법인이조특법 시행령 제2조제1항 제3호의 관계기업에 속하는 기업에 해당되는 2012사업연도부터조특법 시행령 제2조제2항 단서 및 제3호의 규정에 의거 중소기업 유예기간을 배제함이 타당함’을 처리사유로 하여 청구법인의 경정청구를 기각하였는데, 해당 처리사유는 상기의 대법원 판결을 완전히 부인하는 해석이고, 위 기획재정부의 질의회신 내용도 별다른 근거 없이 단순히 ‘유예기간을 적용하지 않는다.’고 회신하였으므로 경정청구 거부처분의 근거가 될 수 없다.

(3) 대법원 2017.1.12. 선고 2016두53920 판결에서 다시 한번 ‘관계기업 적용과 관련한 중소기업 유예기간 적용’ 사건이 심리불속행으로기각되어 다음과 같이 심리불속행 기각되어 법리상 더 이상 다툴 여지가 없는 것이 명백하다.

(4) 따라서, 청구법인의 2012～2013사업연도 중소기업특별세액감면 관련 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)조특법은「중소기업기본법」의 독립성기준과, 유예기간제도에 대한 기본 개념도 준용하고 있는바,이에 대하여 중소기업청은 ‘유예기간 중에 있는 기업’도 유예기간적용배제 사유에 해당하는 경우 잔여 유예기간이 소멸되는 것으로 보고 있다.

(2) 청구법인의주장과 같이 ‘유예기간 중인 기업’에게 유예 배제를 적용하지 않는다면, 독립성기준 위배 사유가 동일하게 발생하였는데도그 사유발생시점에 따라 중소기업 적용 배제 여부가 달라지는 불합리한 문제가 발생하고,기획재정부 및 국세청 예규 등에서는 규모 확대 등으로 중소기업 유예기간 적용 중에 있는 기업이 조특법 시행령제2조 제1항 제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 된 경우에는 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간을 적용받을 수 없는 것으로 일관되게 해석하고 있으며, 최근 기획재정부 예규(조세특례제도과-97, 2017.1.19.)도 동일하게 해석하고 있다.

(3)따라서, 청구법인이조특법 시행령 제2조제1항 제3호의 ‘관계기업에속하는 기업’에 해당되는 2012사업연도부터는 같은 영 제2조 제2항단서 및 제3호의 규정에 따라 중소기업 유예기간이 배제됨이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

매출액 기준 초과로 중소기업 유예기간 중에 있는 청구법인이 관계기업 기준을 초과하게 된 경우 잔여 유예기간이 실효되는지 여부

나. 관련 법령

: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은2010사업연도 매출액이 OOO원을 초과하여 조특법 시행령 제2조제1항 단서에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되었으나,조특법 시행령 제2조제2항에 따라 2010사업연도부터 2013사업연도까지는 중소기업 유예기간에 해당하며, 연도별매출액(손익계산서)은 아래 <표1>과 같다.

(2) 청구법인은조특법 시행령 제2조제2항에 따라 중소기업 유예기간 중에 있음을 이유로 2012사업연도 법인세를 신고하면서 조특법 제7조에 따라 중소기업특별세액감면을 적용하여 신고하였다.

(3) 청구법인은 2012사업연도 말 아래 법인의 주식을 취득하였으며, 이는「중소기업기본법 시행령」제2조및 제3조의2에따른 관계기업에 해당한다.

(4) 처분청은 청구법인에게 2013년 8월 중에 2012년말 관계법인 주식을 보유한 상태에서 매출액 합계가 OOO원을 초과한다는 이유로2012사업연도 법인세를 수정신고할 것을 통지하였고, 이에 따라 청구법인은 2013.8.26.중소기업특별세액 감면 적용세액 OOO원과 관련가산세를 포함한법인세 OOO원를 수정신고하고 2013.8.30. 납부하였으며, 2013사업연도 법인세 신고시에는 중소기업특별세액감면을 적용하지 않았다.

(5) 청구법인이 2010사업연도 매출액 OOO원을 초과하여 조특법 시행령 제2조 제1항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하였으나,조특법 시행령 제2조제2항에 따라 2010사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용받은 사실과 유예기간 중인 2012사업연도에 주식회사 OOO 외 3개 법인의 발행주식을 보유하게 됨에 따라 조특법 시행령 제2조제1항 제3호에 해당되어 중소기업요건을 갖추지 못하게 된 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이없다.

(6)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은중소기업 유예기간 중에 있는 청구법인이 관계기업 기준을 초과하게 된 경우, 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다는 의견이나, 조특법 시행령에는 이미 유예기간 중에 있는 기업이 ‘관계기업에 속하는 기업’으로서 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없는 점,조특법 시행령 제2조제2항 단서 및 제2호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있으며, 위 단서는 제2호 사유 외에는 중소기업이 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로, ‘유예기간 중에 있는 기업’이 제1항 제3호 규정에 의한 기업에 해당하지 아니하는 경우 이미 진행 중인 유예기간이 실효된다고 해석하기 어려운 점(조심 2016중2352, 2017.6.21. 조세심판관합동회의, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 중소기업 유예기간이 실효되었다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.

<별지>

관련 법령

(1) 조세특례제한법 시행령(2014.1.14. 대통령령 제25079호로 개정되기 전의 것) 제2조【중소기업의 범위】

① 「조세특례제한법」(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(괄호 생략), 하수ㆍ폐기물 처리(재활용을 포함한다)ㆍ원료재생 및 환경복원업, 건설업, (중략)「도시가스사업법」 제2조제4호에 따른 일반도시가스사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것3.실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 “별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는”은 “「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다.

②제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다.다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우3.제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호가목·나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.부칙(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제1조【시행일】이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제2조 제1항 제3호 전단(「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다.

(2) 중소기업 기본법 시행령(2013.12.30. 대통령령 제25050호로 개정된 것) 제2조【정의】 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “관계기업”이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다.제3조【중소기업의 범위】「중소기업기본법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사나. (생 략)다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 “상시근로자수등”이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업제3조의2【지배 또는 종속의 관계】

① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 “지배기업”이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 “종속기업”이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.

1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인나. 가목에 해당하는 개인의 친족

2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 “자회사”라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우