조정대상지역 내에 소재한 주택 3채(쟁점종전주택, 쟁점임대주택 및 쟁점신규주택)를 보유하다 쟁점종전주택을 양도하는 경우, 쟁점종전주택의 비과세 양도차익(9억원) 초과분에 대하여 쟁점임대주택 및 쟁점주택을 주택 수에 포함하여 3주택 이상 중과세율을 적용하여야 하는지 여부

처분청이 쟁점종전주택의 비과세 양도차익(9억원) 초과분에 대하여 3주택 이상 중과세율이 적용되는 것으로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인들은 아래 OOO과 같이 2011.9.16. OOO(청구인들 지분 각 1/2씩이고, 이하 ‘쟁점종전주택’이라 한다)를, 2017.9.11. OOO(청구인 AAA 소유이고, 이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를, 2018.3.26. OOO(청구인들 지분 각 1/2씩이고, 이하 “쟁점신규주택”이라 한다)를 각각 취득하였는바, 청구인들은 쟁점임대주택에 대하여 2018.3.30. 처분청에 「소득세법」제168조 에 따른 사업자등록 및 2018.3.28. OOO에 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 에 따른 민간임대주택등록을 하여 2018.3.28. 쟁점임대주택의 임대를 개시하였다.

나. 청구인들은 쟁점종전주택 양도 시까지 쟁점종전주택에 거주하다 2020.11.24. 쟁점종전주택, 쟁점임대주택 및 쟁점신규주택을 보유한 상태에서 쟁점종전주택을 제3자에게 OOO원에 양도하였는바, 쟁점임대주택에 대하여 「소득세법 시행령」제167조의3 (1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) 제1항 제2호 가목을 적용하고, 쟁점신규주택에 대하여 같은 영 제167조의10(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위) 제1항 제8호를 적용하여 이를 각각 주택 수에서 제외하였으며, 양도소득과세표준에 「소득세법」제55조 제1항에 따른 기본세율을 적용하여 처분청에 2020년 귀속 양도소득세 OOO원(청구인들 각 OOO원씩)을 신고·납부하였다.

다. 이에 대해 처분청은 쟁점종전주택의 양도가액 OOO원 중 OOO원 초과분은 양도소득세 중과배제대상에 해당하지 아니한다는 사유로 청구인들에게 양도소득세 수정신고를 안내하였고, 청구인들은 2021.3.30. 처분청에 쟁점종전주택의 양도가액 OOO원 중 OOO원 초과분에 대하여 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대한 중과세율을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원(청구인들 각 OOO원씩)을 수정신고·납부하였다.

라. 이후 청구인들은 쟁점임대주택이 2017.8.2. 주택시장 안정화 방안(이하 “8.2.대책”이라 한다)에 따라 주택 수에서 제외되는 임대주택에 해당하고, 쟁점임대주택을 제외한 나머지 2주택도 일시적 2주택 비과세대상에 해당하므로 쟁점종전주택의 양도가액 OOO원 중 OOO원 초과분에 대하여도 기본세율을 적용하여야 한다고 주장하며 2021.5.25. 처분청에 양도소득세 OOO원(청구인들 각 OOO원씩)의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 이에 대해 처분청은 쟁점종전주택이 양도 당시 조정대상지역에 포함되어 있었고, 청구인들이 쟁점종전주택을 포함하여 3주택 이상의 주택을 보유한 것으로 보아 2021.8.2. 청구인들의 경정청구를 거부하였다.

마. 청구인들은 이에 불복하여 2021.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 정부는 8.2.대책을 통해 다주택자가 임대주택으로 부동산을 등록한 경우 양도소득세 중과대상에서 제외하는 혜택을 제공함으로써 적극적으로 임대주택의 등록을 장려하였다.

(2) 청구인들은 8.2.대책에 따라 부동산임대사업을 위해 부동산을 취득하게 되더라도 해당 부동산을 임대사업 대상 부동산으로 등록하면 중과세 부과조건에 해당하지 않으리라고 신뢰하였고, 이에 청구인 AAA이 쟁점임대주택을 취득하여 임대사업자등록 및 임대주택등록을 하게 된 것이다.

(3) 세무공무원은 쟁점종전주택에 대한 양도소득세를 산정함에 있어 「국세기본법」,「소득세법」및 8.2.대책을 준수하여 적절한 양도소득세를 산정하여야 한다.

(4) 청구인들은 총 3채의 주택을 보유하고 있었으나, 쟁점임대주택은 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 제2호 가목에 따라 주택 수에서 제외되는바, 청구인들은 1세대 2주택자가 되고, 2주택에 대해서도 같은 영 제167조의10 제1항 제8호에 따른 일시적 2주택자에 해당하여 중과세 대상에 해당하지 아니하게 된다. 따라서 청구인들에게 3주택 중과세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

(5) 또한 8.2.대책은 임대주택으로 등록된 경우 일괄적으로 양도소득세 중과대상에서 제외한다고 되어 있을 뿐, OOO원을 초과하는 경우에는 위와 같은 혜택을 부여하지 않겠다고 제시되어 있지 아니하므로 처분청은 8.2.대책의 목적과 내용을 문언 그대로 해석하여 청구인들에게 기본세율을 적용하여야 함에도 임의적으로 중과대상 제외범위를 축소해석하였다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점임대주택이 양도소득세 중과대상에서 제외되므로 쟁점종전주택의 양도가액 중 OOO원 초과분에 대하여도 기본세율을 적용하여야 한다는 청구주장에 대하여 살펴보면, 8.2.대책에서 중과배제혜택의 취지는 해당 임대주택을 양도할 경우 중과세율을 배제한다는 의미일 뿐, 임대주택 외의 주택을 양도할 경우에도 주택 수 계산에서 배제한다는 의미가 아니다. 또한 일시적 2주택에 대한 비과세 특례는 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항에서 규정한 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택범위의 제외대상에도 포함되어 있지 아니하다. 이에 정부는 법령상 미비점을 보완하기 위하여 다음과 같이 2021년에 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 제13호를 신설하여 중과제외대상 주택으로 “1세대 1주택 특례 또는「조세특례제한법」특례적용으로 비과세되는 주택”을 추가하였는데, 개정된 시행령은 2021.2.17. 이후 양도분부터 적용하므로 2020.12.30. 양도한 쟁점종전주택에는 개정된 시행령을 적용할 수도 없다. ＜ 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 제13호 개정내용＞

(2) 8.2.대책에 임대주택을 일괄적으로 중과대상에서 제외한다고 되어있을 뿐, OOO원 초과분을 배제하겠다고 제시되어 있지 아니하다는 청구주장에 대하여 살펴보면, 이는 해당 임대주택을 양도할 경우 중과세율을 배제한다는 의미로서 양도 시 임대료상한, 의무임대기간 등 일정요건을 충족하면 중과배제혜택이 계속 유지되게 되는데, 쟁점종전주택은 임대주택이 아니라 일시적 2주택 비과세 대상이 되는 종전주택이자 거주주택이므로 8.2.대책과는 관계가 없다.

(3) 이와 같이 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점종전주택을 포함하고 있지 아니하고, 같은 항에서 임대주택을 주택 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는바, 처분청이 쟁점종전주택의 비과세 양도차익 초과분에 대하여 3주택 이상 중과세율이 적용되는 것으로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조정대상지역 내에 소재한 주택 3채(쟁점종전주택, 쟁점임대주택 및 쟁점신규주택)를 보유하다 쟁점종전주택을 양도하는 경우, 쟁점종전주택의 비과세 양도차익(OOO원) 초과분에 대하여 쟁점임대주택 및 쟁점신규주택을 주택 수에 포함하여 3주택 이상 중과세율을 적용하여야 하는지 여부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점종전주택, 쟁점임대주택, 쟁점신규주택의 취득 및 양도와 관련된 사항, 쟁점임대주택이「소득세법 시행령」제167의조3 제1항 제2호에 따른 1세대 3주택 이상에서 제외되는 장기임대주택의 요건을 충족한다는 사실 및 쟁점종전주택이 일시적 2주택 비과세 대상에 해당한다는 사실에 대하여는 청구인들 및 처분청 간 이견은 없다.

(2) 이 사건과 관련된 법령의 내용은 다음과 같다. (가) 「소득세법」제104조 제7항은 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다.”라고 규정하면서 제3호에서 “조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제167조의3 제1항은 “법 제104조 제7항 제3호에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.”라고 규정하면서 제1호부터 제12호까지의 주택을 열거하고 있는바, 1세대 3주택 이상에서 제외되는 주택으로 제2호에서 사업자등록과 임대사업자등록을 하고, 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 장기임대주택 등을 규정하고 있다.

(나) 「소득세법」제89조 제1항은 “다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니한다.”라고 규정하면서 제3호에서 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 주택부수토지의 양도로 발생하는 소득”을 규정하고 있고, 나목은 “1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택”을 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제156조 제1항은 “법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 ‘가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택’이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액이 9억원을 초과하는 것을 말한다.”라고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 쟁점종전주택의 비과세 양도차익(9억원) 초과분에 대하여 쟁점임대주택 및 쟁점신규주택을 주택 수에 포함하여 3주택 이상 중과세율을 적용한 처분은 부당하다고 주장하나, 임대사업자의 임대주택을 주택 수에 포함하지 아니한 취지는 임대사업자가 소유하는 거주주택이 1세대 1주택으로서 비과세 대상에 해당하는 경우 임대주택으로 인하여 비과세 혜택을 받지 못하는 것을 방지하고자 1세대 1주택 비과세규정을 적용하는 경우에 한하여 임대주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것이지 3주택 이상을 소유한 다주택자에게 실지거래가액으로 양도가액을 산정하고 중과세의 세율을 적용하는 경우에 있어서까지 임대주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다고 해석하는 것은 조세법규의 엄격해석원칙상 허용되지 아니하고(대법원 2006두16182, 2007.5.10. 같은 뜻임), 소득세법령상 ‘1세대 1주택 비과세 규정’과 ‘다주택자에 대한 중과세 규정’은 각각 그 입법취지가 달라 별개로 적용되어야 하는바, 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 제2호 가목은 장기임대주택을 포함한 1세대 3주택 이상을 보유한 자가 당해 장기임대주택을 양도하는 경우 1세대 3주택 중과세율을 배제하는 장기임대주택의 요건을 규정한 것으로서 설령 ‘1세대 1주택 비과세 규정’에서 장기임대주택과 일반주택을 보유한 자가 일반주택을 양도하는 경우 장기임대주택을 주택 수에서 제외하여 1세대 1주택 비과세를 적용하는 것으로 규정하고 있다 하더라도 이는 장기임대주택과 일반주택을 보유한 임대사업자가 일반주택을 양도하여 1세대 1주택 비과세규정을 적용하는 경우에 한하여 임대주택을 주택 수에서 제외하는 것이고, ‘다주택자에 대한 중과세 규정’ 적용 시 장기임대주택이 아닌 일반주택을 양도하는

경우에는 장기임대주택을 주택 수에 포함하여야 하는 것인 점, 「소득세법 시행령」제167조의3 은 주택 수의 계산방법으로 제1항 제1호에 해당하는 주택과 제2항의 다가구주택, 공동상속주택, 부동산매매업자가 보유하는 재고자산인 주택의 경우만을 규정하고 있을 뿐, 쟁점임대주택과 쟁점신규주택을 주택 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정은 두고 있지 아니하고, 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 각 호에서 쟁점종전주택을 중과배제주택으로 포함하고 있지 아니한 점, 「소득세법」제89조 제1항 제3호는 양도가액 9억원을 초과하는 고가주택에 대해서 1세대 1주택 비과세를 배제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제160조 제1항은 고가주택의 양도차익 및 장기보유특별공제의 계산에 관하여 별도의 산식을 규정하고 있는 등 관련 법령에서 고가주택을 일반주택과 구분하여 과세대상으로 삼고 있는바, 쟁점종전주택의 양도가액은 OOO원으로서 고가주택에 해당하여 비과세 양도차익 초과분에 대하여는 1세대 1주택 비과세 혜택이 배제되고, 청구인들이 쟁점종전주택을 포함하여 조정대상지역 내에 3주택을 보유하고 있으므로 3주택 이상 중과세율이 적용되는 것인 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점종전주택의 비과세 양도차익(9억원) 초과분에 대하여 3주택 이상 중과세율이 적용되는 것으로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.