쟁점법인이 공매를 통하여 취득한 쟁점주택을 “공사대금으로 받은 미분양주택”으로 보아 종합부동산세 합산배제 대상에 해당한다고 볼 수 있는지 여부

쟁점법인이 공매를 통하여 쟁점주택을 취득하였다 하더라도 미회수 공사대금 채권자로서 변제받은 부분은 사실상 공사대금으로 받은 미분양주택과 다르지 않다 할 것이므로 쟁점규정이 적용된다고 할 것인데, 쟁점법인은 제*순위 채권자로서 결과적으로 공매를 통하여 미회수 공사대금 중 ***억원을 다시 변제 받았으므로, 쟁점법인이 지급한 낙찰대금 중 ***억원은 실질적으로 미회수 공사대금으로 지급한 것과 다를 바 없다 할 것인 점, 다만, 쟁점주택 중 미회수 공사대금 채권 ***억원에 대응하는 주택을 어떤 주택으로 볼 것인지 여부를 확인할 수 있는 자료가 제출되지 아니하였으므로 이를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.6.21. 설립되어 OOO를 본점 소재지로 하여 부동산 담보신탁업 등을 영위하는 법인으로, 2017년 12월 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)와 부동산 담보신탁계약을 체결하여, OOO 소재 공동주택 총 258세대(이하 “쟁점주택”이라 한다)의 소유권을 이전받아 2018.12.6. 2018년 귀속 종합부동산세 OOO을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2019.12.23. 쟁점주택은「종합부동산세법 시행령」 제4조제1항 제5호(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 주택의 시공자인 쟁점법인이「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 얻은 자로부터 ‘해당 주택의 공사대금으로 받은 미분양주택’에 해당한다고 보아 종합부동산세 과세표준 합산배제 대상이라는 이유로 2018년 귀속 종합부동산세 OOO을 환급해달라는 취지의 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 2020.2.24. 쟁점법인이 쟁점규정을 적용받기 위해서는 시행사로부터 공사대금을 상환 받는 대신 쟁점주택을 ‘대물변제’로 취득해야 하나, 쟁점법인은 공매로 쟁점주택을 취득한 것으로, ‘매매’의 형식을 취했기에 동조항에 속하는 합산배제 대상에 해당하지 않는다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건은 쟁점규정의 요건 중 ‘해당 주택의 공사대금으로 받은 미분양주택’에 해당하는지 여부가 쟁점인데, 처분청은 쟁점법인이 공사대금을 상환 받는 대신 ‘대물변제’로 쟁점주택을 취득한 경우에만 쟁점규정을 적용할 수 있다는 의견이나, 쟁점규정은 문언상 ‘공사대금으로 받은 미분양주택’이라고 규정하고 있으므로 대물변제로만 한정하여 해석할 이유가 없고 쟁점법인이 쟁점주택을 ‘공매’를 통해 취득한 경우에도 적용된다고 해석하여야 하므로, 쟁점주택은 종합부동산세 과세표준 합산배제 주택에 해당한다고 보아야 한다.(가) 쟁점법인은 공사대금과 미분양주택을 직접 상계하는 대물변제의 형식으로 쟁점주택을 취득한 것은 아니지만, 쟁점주택의 잔여 공사대금을 회수하기 위한 목적으로 부득이하게 공매에 참여하여 미분양주택인 쟁점주택을 취득하였으므로, 쟁점주택은 공사대금으로 받은 미분양주택에 해당한다고 보아야 한다.(나) 관련 유권해석을 보더라도, 반드시 ‘대물변제’ 형식일 것을 요건으로 하지 않고, 공사대금 정산을 위하여 미분양주택을 취득하는 경우 예컨대 신탁처분 후 공사대금 상계(질의회신, 종합부동산세과-16, 2010.4.23.), 공매유찰 후 신탁자와 수의계약(질의회신, 법인세과-1179, 2009.10.26.), 공매참여로 부동산 낙찰 후 공사대금 정산(질의회신, 부동산거래관리과-686, 2012.12.21.) 등의 경우에도 ‘공사대금으로 받은 미분양주택’에 해당한다고 보아 관련 세금을 경감하는 것이 타당하다고 해석하고 있다.

(2) 시공사가 부득이하게 쟁점주택을 취득하게 된 사정을 고려하면, 시행사에 준하여 종합부동산세를 비과세하고자 하는 쟁점규정의 개정취지에도 부합하므로, 대물변제 뿐만 아니라 공매를 통해 취득한 쟁점주택도 종합부동산세 합산배제 주택에 해당한다고 보아야 한다.(가) 기획재정부 2008년 세제개편안 문답자료에 의하면, 2009.2.14. 쟁점규정 개정을 통해 미분양주택에 대한 종부세 합산배제 규정을 신설한 이유는 ‘미분양주택의 증가에 따라 시행사가 미분양주택을 판매한 대금으로 시공사에게 공사대금을 지급할 여력이 없어 미분양주택으로 변제하는 사례가 발생하였고, 이 경우 이공사가 보유한 미분양주택은 실질적으로 시행사가 보유하는 미분양주택과 유사함에도 시공사에게 세부담이 발생하는 문제점이 있어, 시공사에게도 시행사에 준하여 종부세를 비과세함’에 입법취지가 있다.(나) 이 건의 경우 쟁점주택은 OOO에 위치하고 있고, OOO는 지역경제의 어려움이 지속되고 있어 지역산업 위기극복을 위한 지원이 필요한 ‘산업위기대응특별지역’으로 지정되었고, 준공이후에도 지속적인 미분양이 해소되기 어려웠다. 이에 따라 시행사의 기한이익상실사유가 발생하여 청구법인은 쟁점주택에 대한 공매를 진행할 수밖에 없었다. 이에 따라 쟁점법인은 시행사에 대한 공사대금의 회수를 위하여 부득이하게 공매에 참여하여 쟁점주택을 취득하였으므로, 시행사에게 부여하고 있던 미분양주택의 종합부동산세 합산배제 혜택은 시공사에게도 동일하게 적용하는 것이 위 입법취지에 부합한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점주택은 쟁점법인이 공사대금으로 받은 미분양주택에 해당한다고 볼 수 없으므로 이 건 처분은 정당하다.(가) 쟁점규정은 ‘해당 주택의 공사대금으로 받은 미분양주택’이라고 규정하고 있으므로, 이는 시공사가 시행사로부터 공사대금을 상환 받는 대신에 주택을 지급받아야 함을 의미하는 것으로, 이 건과 같이 시공사가 공매에 참여하여 ‘매매’의 형태로 취득한 경우에는 쟁점규정의 요건에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.(나) 즉 쟁점법인은 청구법인이 진행한 공매에 참여하여 쟁점주택을 낙찰받은 것으로, 쟁점주택의 대가를 지급하고 매수한 것이다. 이에 대하여 청구법인은 형식적으로 쟁점법인이 공매에 참여하여 낙찰대금을 모두 지급하고 쟁점주택을 취득하기는 하였으나, 쟁점법인은 공매 낙찰자인 동시에 2순위 채권자에 해당하고, 낙찰자로서 채무를 2순위 채권자로서 미회수 공사대금 채권과 상계한 것으로 회계처리하였으므로, 쟁점주택은 공사대금을 대신해 받은 미분양주택에 해당한다고 주장한다. 그러나 공사대금 채권의 상계는 쟁점법인의 내부적인 회계처리일 뿐이며, 실제 거래의 형태가 매매였다는 사실에는 변함이 없으므로, 이는 쟁점규정이 규정하고 있는 “공사대금으로 받은 미분양주택”에 해당한다고 볼 수 없다.(다) 특히 쟁점규정은 「종합부동산세법 시행령」이 2009.2.4. 제21293호로 개정되면서 신설된 규정인데, 개정세법해설에는 ‘주택건설업자(시공사)가 주택신축판매업자(시행사)로부터 미분양주택을 대물변제로 취득하는 경우 해당 주택’이라고 기재하고 있다. 따라서 쟁점규정은 ‘대물변제’를 통하여 취득한 경우에 한하여 적용된다고 할 것이므로, 이 건과 같이 ‘공매’를 통하여 취득한 경우에는 적용되지 않는다 할 것이다.

(2) 대법원은 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세 감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 판시(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결)하고 있으므로, 청구주장과 같이 쟁점규정을 ‘대물변제’가 아닌 ‘공매’의 경우에도 확장하여 적용할 수는 없다. 따라서 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점법인이 공매를 통하여 취득한 쟁점주택을 “공사대금으로 받은 미분양주택”으로 보아 종합부동산세 합산배제 대상에 해당한다고 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 종합부동산세법(2020.6.9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것)제8조(과세표준)

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항의 규정에 의한 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령이 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택

2. 제1호의 주택외에 종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사 및 사원용 주택, 주택건설사업자가 건축하여 소유하고 있는 미분양주택, 가정어린이집용 주택,「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 외 지역에 소재하는 1주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 것으로서 대통령령이 정하는 주택. 이 경우 수도권 외 지역에 소재하는 1주택의 경우에는 2009년 1월 1일부터 2011년 12월 31일까지의 기간 중 납세의무가 성립하는 분에 한한다.

(2) 종합부동산세법 시행령제4조(합산배제 사원용주택등)

① 법 제8조 제2항 제2호 전단에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 사원용주택등"이라 한다)을 말한다.

3. 과세기준일 현재 사업자등록을 한 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 자가 건축하여 소유하는 주택으로서 기획재정부령이 정하는 미분양 주택가.「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 얻은 자나.「건축법」 제11조에 따른 허가를 받은 자

5. 주택의 시공자가 제3호 가목 또는 나목의 자로부터 해당 주택의 공사대금으로 받은 제3호에 따른 미분양 주택(해당 주택을 공사대금으로 받은 날 이후 해당 주택의 주택분 재산세의 납세의무가 최초로 성립한 날부터 5년이 경과하지 아니한 주택만 해당한다). 다만, 제3호 나목의 자로부터 받은 주택으로서「주택법」 제54조에 따라 공급하지 아니한 주택인 경우에는 자기 또는 임대계약 등 권원을 불문하고 타인이 거주한 기간이 1년 이상인 주택은 제외한다.

(3) 농어촌특별세법제3조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

6. 「종합부동산세법」에 따른 종합부동산세의 납세의무자제5조(과세표준과 세율)

① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

8. 「종합부동산세법」에 따라 납부하여야 할 종합부동산세액100분의 20

(4) 법인세법 시행규칙제26조(업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위)

① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 "기획재정부령이 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)을 말한다.

⑤ 영 제49조 제1항 제1호 각 목 외의 부분 단서에서 "기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말한다.

11. 저당권의 실행 기타 채권을 변제받기 위하여 취득한 부동산 및 청산절차에 따라 잔여재산의 분배로 인하여 취득한 부동산으로서 취득일부터 5년이 경과되지 아니한 부동산

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO(이하 “OOO”라 한다)는 2013.11.6. OOO로부터 OOO 공동주택 개발사업(이하 “OOO”이라 한다)의 주택건설사업계획승인을 받은 사업시행사이고, 쟁점법인과 OOO는 2014.9.25. OOO와 OOO 건설공사도급계약을 체결한 시공사들이다. 청구법인은 2014.9.26. OOO와 관리형토지신탁계약을 체결한 수탁자로서, 신탁재산의 분양 및 관리·운용하여 신탁이익을 수익자에게 지급하는 업무를 수행하였다.

(2) OOO의 내용은 아래 ＜표1＞과 같고, 해당사업의 진행경과는 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표1＞

OOO 공동주택 개발사업 사업승인계획 내용＜표2＞ OOO 공동주택 개발사업 진행내용

(3) OOO는 2014.9.26. 대주인 OOO(이하 “금융기관”이라 한다)로부터 OOO을 진행하기 위하여 위 사업의 제1순위 우선수익증서는 금융기관에게, 제2순위 우선수익증서는 쟁점법인 등 시공사에게 담보로 제공하고, 이자율 5.3%, 2017.9.30.에 대출금 전액을 상환하기로 하고 총 OOO을 대출하는 계약을 체결하였다.

(4) 쟁점법인과 OOO는 시공사로서 2017년 5월 OOO에 따른 공사를 완공하고 사용승인을 받았다. 그러나 OOO에 따른 분양율이 저조하자 OOO는 위 대출계약 만기일까지 금융기관에 대한 채무 총 OOO 중 약 OOO을 상환하지 못하였고, 이에 따라 금융기관은 2017.11.13. 청구법인에게 쟁점주택의 공매를 요청하는 공문을 발송하였으며, 청구법인은 아래와 같이 OOO 등에게 공매요청 공문 접수 통지를 하였다.

＜공매요청 공문 접수 통지 및 채무이행 최고통보의 건＞

(5) 청구법인은 2017.11.27. 쟁점주택에 대한 공매공고를 하였고, 쟁점법인은 위 공매에 입찰하여 OOO에 쟁점주택을 경낙 받아 2017.12.21. 쟁점주택에 대한 잔금을 완납하여 소유권을 취득하였다. 공매내역 및 정산내역은 아래 ＜표3＞, ＜표4＞와 같다. 한편 아래 ＜표4＞에서 확인되는 바와 같이 쟁점법인이 경매 입찰을 통하여 미회수 공사대금 채권 중 실제 회수한 금액은 OOO이다. 이와 관련된 쟁점법인의 당시 회계처리 내용은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표3＞

쟁점주택 공매내역＜표4＞ 공매 낙찰금 정산내역＜표5＞ 쟁점법인의 쟁점주택 공매 관련 회계처리 내역

(6) 쟁점법인이 공매참가 당시 내부 의사결정 과정에서 작성한 이사회 회의자료 내용은 아래와 같다.

＜쟁점법인 이사회 회의자료 내용 중 발췌＞

(7) 쟁점법인은 2012년 12월 청구법인과 공매를 통하여 낙찰받은 쟁점주택을 청구법인에게 신탁하는 부동산담보신탁계약을 체결하고, 쟁점주택의 소유권을 청구법인에게 이전하였다.

(8) 청구법인은 2018.12.6. 쟁점주택 보유에 따른 2018년 귀속 종합부동산세 OOO을 신고·납부하였다.

(9) 기획재정부 2008년 세제개편안 문답자료에 따른 쟁점규정의 신설취지는 아래와 같다.

＜쟁점규정 신설취지＞

(10) 청구법인이 쟁점규정의 해석과 관련하여 이 건의 경우에도 ‘주택의 공사대금으로 받은 미분양주택’에 해당하는 것으로 해석하여야 한다고 주장하며 제시한 질의회신 사례들은 다음과 같다.

＜질의회신, 종합부동산세과-16, 2010.4.23.＞

＜질의회신, 부동산거래관리과-686, 2012.12.21.＞＜질의회신, 법인세과-1179, 2009.10.26.＞

(11) 처분청은 쟁점법인의 쟁점주택 취득 당시 원인이 ‘대물변제’가 아닌 ‘매매’에 해당하므로 이 건 처분이 정당하다는 입장으로, 이와 관련하여 쟁점주택의 부동산 등기사항증명서 중 1개를 예시로 제시하였다.

＜쟁점법인 부동산 등기사항증명서 내용 중 일부 발췌＞

(12) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 시공사가 주택신축판매업자로부터 미분양주택을 대물변제로 취득한 경우에 한하여 적용되므로 이 건과 같이 시공사인 쟁점법인이 공매를 통하여 미분양주택을 취득한 경우에는 적용되지 않는다는 의견이나, 아래와 같은 점들을 고려하면 쟁점법인이 공매를 통하여 쟁점주택을 취득하였다 하더라도 미회수 공사대금 채권자로서 변제받은 부분은 사실상 공사대금으로 받은 미분양주택과 다르지 않다 할 것이므로 쟁점규정이 적용된다고 할 것이다. 쟁점법인이 공매에 참가하여 낙찰대금 OOO을 지급하고 쟁점주택을 취득한 것은 사실이나 쟁점법인은 제2순위 채권자로서 결과적으로 공매를 통하여 미회수 공사대금 중 OOO을 다시 변제 받았으므로, 쟁점법인이 지급한 낙찰대금 OOO은 실질적으로 미회수 공사대금으로 지급한 것과 다를바 없다 할 것이다. 또한 쟁점규정과 유사한 내용을 규정하고 있는「법인세법 시행규칙」 제26조제6항 제11호의 ‘채권을 변제받기 위하여 취득한 부동산’에 관한 국세청 유권해석도 ‘채권자인 시공사가 경락으로 취득하는 부동산이 채무자인 시행사에 대한 채권을 변제받은 것에 해당하는 경우 당해 부동산에 대하여는 업무무관부동산 5년의 유예기간이 적용된다고 해석(법인세과-1179, 2009.10.26. 참조)하고 있는 점 등에 비추어 보면, 쟁점법인이 공매를 통하여 취득한 쟁점주택 중 OOO에 대한 미회수 공사대금 채권을 변제받은 것에 해당하는 부분인 OOO에 해당하는 쟁점주택에는 쟁점규정이 적용된다고 할 것이다.

다만 쟁점주택 총 258채 중 미회수 공사대금 채권 OOO에 대응하는 주택을 어떤 주택으로 볼 것인지 여부를 확인할 수 있는 자료가 제출되지 아니하였으므로 이를 재조사하여 그 결과에 따라 청구법인의 2018년 귀속 종합부동산세의 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다. 그렇다면 처분청이 쟁점주택 중 쟁점법인의 미회수 공사대금 OOO에 대응하는 주택은 종합부동산세 합산배제 대상에 해당한다고 할 것임에도 불구하고 이 건 처분 중 위 부분에 대한 경정청구를 거부한 부분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.