조세심판원의 재조사 결정에도 불구하고 처분청이 별도의 조사 없이 당초처분을 유지한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

처분청의 우리 원의 재조사 결정 취지에 따라 관리처분계획인가일 현재의 시가를 확인하기 위해 쟁점부동산 소재지의 지가상승률을 조회하고, 기존감정가액과 쟁점소급감정가액의 감정평가 내용을 비교.분석한 후 관련 자료를 요청하는 등 재조사 관련 후속절차를 이행한 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구법인은 조합원들로부터 현물출자 받은 OOO 일대 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 취득가액을 사업시행인가일(2015.9.2.) 기준 감정평가액 OOO원(이하 “기존감정가액”이라 한다)으로 계상한 후 법인세를 신고·납부하였다가, 쟁점부동산의 취득일을 사업시행인가일이 아닌 관리처분계획인가일(2016.2.24.)로 보아 재감정평가액 OOO원(이하 “쟁점소급감정가액”이라 한다)으로 취득가액을 수정하고 2020.4.28. 2017.2018사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 쟁점부동산의 취득일은 사업시행인가일에 해당하고, 취득일을 관리처분계획인가일로 보더라도 쟁점소급감정가액은 취득가액으로 인정할 수 없다고 보아 2020.7.2. 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.1. 심판청구(이하 “1차 심판청구”라 한다)를 제기하였고, 우리 원은 2021.2.22. ‘관리처분계획인가일을 기준으로 쟁점부동산의 시가(취득가액)를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.’고 결정하였다.

라. 처분청은 쟁점부동산의 취득가액에 대한 재조사를 실시하여 관리처분계획인가일의 시가를 기존감정가액으로 보아 2021.4.23. 청구법인에게 당초 처분을 유지하는 내용의 재조사결과를 통지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2021.6.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 조세심판원의 재조사 결정(OOO)에 따라 관리처분계획인가일(2016.2.24.)을 기준으로 쟁점부동산의 시가를 재조사하여 과세표준과 세액을 결정해야 함에도 불구하고, 재조사과정 없이 당초 결정과 동일하게 처분한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청은 관리처분계획인가일을 기준으로 쟁점부동산의 시가를 재조사한 결과, 쟁점소급감정가액은 관리처분계획인가일로부터 3년 4개월이 지난 시점에 소급감정된 가액으로, 쟁점부동산 소재지의 지가상승률에 비해 과다하게 평가되어 시가로 인정하기 어렵고, 「법인세법」 제89조 제2항에서 시가가 불분명한 경우로서 감정가액이 없는 경우 「상속세 및 증여세법」에 따라 시가를 평가하도록 규정하고 있으나 이에 따라 쟁점부동산을 평가(토지 : 개별공시지가, 건물 : 기준시가)하면 오히려 기존감정가액보다 낮은 금액으로 산정된다.

(2) 또한 기존감정가액은 관리처분계획인가일로부터 6개월 이내인 2015.9.2.을 평가기준일로 하여 2015.11.9.에 작성한 감정평가액으로, 관리처분계획인가일의 시가와 크게 차이가 나지 않는 것으로 보아 처분청이 당초 결정과 동일하게 처분한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조세심판원의 재조사[관리처분계획인가일의 쟁점부동산 시가(취득가액)를 재조사]결정에도 불구하고 처분청이 별도의 재조사 없이 당초처분을 유지한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산의 세부내역은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 쟁점부동산 현황 ㆍㆍㆍ

(2) 1차 심판청구 결정서(OOO)를 보면, 우리 원은 「법인세법 시행령」 제68조 제1항 제3호에 따라 쟁점부동산의 취득일을 사업시행인가일(2015.9.2.)이 아닌 관리처분계획인가일(2016.2.24.)로 보는 것이 타당하다는 취지로 결정하면서, 기존감정가액은 취득일(2016.2.24.)과 평가기준일(2015.9.2.)이 달라 청구법인의 쟁점부동산 취득가액으로 보기 어렵고, 쟁점소급감정가액은 기존 감정평가일로부터 약 6개월 후 평가하면서 감정가액이 OOO원 가량 증가하였으나 청구법인은 이러한 차이가 발생한 이유에 대해 합리적인 설명을 하지 못하고 있으므로 제시된 정황만으로는 객관적이고 합리적으로 평가된 시가로 인정하기 어렵다고 보아 관리처분계획인가일을 기준으로 쟁점부동산의 시가(취득가액)를 재조사할 것을 결정한 것으로 나타난다.

(3) 처분청의 ‘심판청구 재조사 결정에 따른 경정청구 재검토 보고서’에 의하면, 청구법인이 현물출자받은 쟁점부동산의 취득가액을 관리처분계획인가일(2016.2.24.) 기준으로 재조사한 결과 쟁점소급감정가액은 지가상승률에 비해 과다하게 산정된 것으로 보이고, 관리처분계획인가일 전? 후 6개월 이내의 합리적인 감정평가가액이 불분명하여 「법인세법」상 시가적용 원칙에 따라 「상속세 및 증여세법」상 평가방법을 적용(토지 : 개별공시지가, 건물 : 기준시가)하여야 하나, 이 경우 오히려 청구법인이 기신고한 기존감정가액보다 낮게 평가될 수 있으므로 「국세기본법」제79조 및 제80조에 따라 기존감정가액을 쟁점부동산의 시가로 보는 것이 적정하다는 내용이 나타난다. (가) 청구법인이 ㈜AAA감정평가법인과 ㈜BBB감정평가법인으로부터 평가받은 기존감정가액과 쟁점소급감정가액은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 쟁점부동산의 기존감정가액과 쟁점소급감정가액 ㆍㆍㆍ (나) 기존감정가액 산정과 관련하여 2개 감정가액의 평균액은 OOO원임에도 이를 청구법인이 OOO원으로 산정하였고, 처분청은 청구법인에게 2021.4.14. 토지가액 산정이 감정평가금액 평균보다 낮게 산정된 사유에 대해 확인 요청하였으나 세무대리인의 변동으로 인해 정확한 사유는 확인되지 않았다고 답변하였다. ＜표3＞ 청구법인이 실시한 쟁점부동산의 감정평가액 ㆍㆍㆍ (다) 처분청이 조사한 지가상승률 조회자료를 보면, 2015년 9월(사업시행인가일)부터 2016년 2월(관리처분계획인가일)까지 쟁점부동산 소재지의 지가상승률은 1.308%이나, 쟁점소급감정가액은 OOO원에서 OOO원으로 증가하여 쟁점소급감정가액이 기존감정가액 대비 14.05% 상승한 것으로 나타난다.

＜표4＞ 처분청이 제시한 지가상승률 조회자료 ㆍㆍㆍ (라) 감정평가액은 쟁점부동산의 인근 지역 내 가격형성요인이 같거나 유사한 물건의 거래사례(이하 “비교거래사례”라 한다)와 비교하여 산정되었으며, 처분청은 쟁점소급감정가액 산정시 기존감정가액과 다른 비교거래사례를 선정하여 면적당 단가가 상승한 것으로 보인다고 답변하였다. ＜표5＞ 비교거래사례 산정 ㆍㆍㆍ

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 우리 원의 재조사 결정 취지에 따라 관리처분계획인가일 현재의 시가를 확인하기 위해 쟁점부동산 소재지의 지가상승률을 조회하고, 기존감정가액과 쟁점소급감정가액의 감정평가내용을 비교·분석한 후 관련 자료를 요청하여 청구법인에게 기존감정가액(OOO원)과 2개 감정평가액의 평균가액(OOO원) 간의 차이를 해명할 것을 요구하는 등 재조사 관련 후속절차를 이행한 것으로 보이는 점, 사업시행인가일과 관리처분계획인가일 사이의 6개월 동안 공시지가는 1.308% 상승한 반면, 쟁점소급감정가액은 특별한 사정이 없이 ＜표5＞와 같이 비교거래사례 선정에 차이를 두는 등 기존감정가액보다 14.05%가 증가한 것으로 나타나고, 이에 대한 청구법인의 합리적인 해명이 부족한 점, 쟁점소급감정가액은 쟁점부동산의 관리처분계획인가일(2016.2.24.)로부터 3년 4개월 이상 경과한 2019.7.8.을 작성일로 하여 소급감정한 가액인 반면, 기존감정가액은 관리처분계획인가일로부터 4개월 이내인 2015.11.9.에 작성한 감정평가액에 해당하는 점, 「법인세법」 제89조 제2항은 시가가 불분명한 경우

① 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액),

② 「상속세 및 증여세법」 제61조 부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액을 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다고 규정하고 있는바, 감정가액이 없는 경우 차례로 「상속세 및 증여세법」에 따라 시가를 평가하면 되고 반드시 감정평가가 의무적인 것이라고 볼 수 없으며, 그렇다면 이 건의 경우 감정가액이 없는 경우로 볼 수 있어 「상속세 및 증여세법」 제61조 에 따라 쟁점부동산을 평가하는 것이 타당하나, 이 경우 쟁점부동산을 평가(토지 : 개별공시지가, 건물 : 기준시가)시 오히려 기존감정가액보다 낮은 금액으로 산정되므로 처분청은 당초 결정과 동일하게 처분한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 처분청이 조세심판원의 심판결정과 관련한 별도의 재조사 없이 당초처분을 유지한 것이 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제41조(자산의 취득가액)

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제52조(부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제72조(자산의 취득가액 등)

② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 합병·분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액 나. 그 밖의 경우 : 해당 자산의 시가

④ 제2항을 적용할 때 취득가액에는 다음 각 호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

3. 제88조 제1항 제1호 및 제8호 나목의 규정에 의한 시가초과액 제88조(부당행위계산의 유형 등)

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 제89조(시가의 범위 등)

① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

(3) 상속세 및 증여세법 제61조(부동산 등의 평가)

① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 토지 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지(구체적인 판단기준은 대통령령으로 정한다)의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.

2. 건물 건물(제3호와 제4호에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

(4) 상속세 및 증여세법 시행령 제49조(평가의 원칙 등)

① 법 제60조 제2항에서 “수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것”이란 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다. 이하 이 항에서 “평가기간”이라 한다)이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조 및 제49조의2에서 “매매등”이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 않는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중에 매매등이 있거나 평가기간이 경과한 후부터 제78조제1항에 따른 기한까지의 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자(이하 이 조 및 제54조에서 “납세자”라 한다), 지방국세청장 또는 관할세무서장이 신청하는 때에는 제49조의2제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다

2. 해당 재산(법 제63조 제1항 제1호에 따른 재산을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 기획재정부령이 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 “감정기관”이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외하며, 해당 감정가액이 법 제61조ㆍ제62조ㆍ제64조 및 제65조에 따라 평가한 가액과 제4항에 따른 시가의 100분의 90에 해당하는 가액 중 적은 금액(이하 이 호에서 “기준금액”이라 한다)에 미달하는 경우(기준금액 이상인 경우에도 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 감정평가목적 등을 감안하여 동 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다)에는 세무서장(관할지방국세청장을 포함하며, 이하 “세무서장 등”이라 한다)이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되, 그 가액이 납세자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그러하지 아니하다.

가. 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 당해 재산을 평가하는 등 상속세 및 증여세의 납부목적에 적합하지 아니한 감정가액 나. 평가기준일 현재 당해 재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액

② 제1항을 적용할 때 제1항 각 호의 어느 하나에 따른 가액이 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다) 이내에 해당하는지는 다음 각 호의 구분에 따른 날을 기준으로 하여 판단하며, 제1항에 따라 시가로 보는 가액이 둘 이상인 경우에는 평가기준일을 전후하여 가장 가까운 날에 해당하는 가액(그 가액이 둘 이상인 경우에는 그 평균액을 말한다)을 적용한다. 다만, 해당 재산의 매매등의 가액이 있는 경우에는 제4항에 따른 가액을 적용하지 아니한다.

2. 제1항 제2호의 경우에는 가격산정기준일과 감정가액평가서 작성일

(5) 국세기본법 제79조(불고불리, 불이익변경금지)

① 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.

② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다. 제80조(결정의 효력)

① 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속한다.

② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.