GovBrief 국세심판결정

쟁점농지를 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 처분의 당부

사건번호 조심 2017중5163의결일 2018.05.14재결청 조세심판원주문 분류 기각결정 후 개정
1. 처분 쟁점쟁점농지를 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 보아 자경농지에 대한 양도소득세2. 공식 주문기각3. 연결 회신0건 직접 · 12건 조문 연결4. 현행 조문11개 근거 링크
공식 주문 · 조세심판원 2018.05.14

심판청구를 기각한다.

쟁점농지 인근주민들은 일관되게 청구인의 경작사실을 부인하고 있는 점,쟁점농지 등의 실경작자가 청구인에게 농지사용료(도지)를 지불하고 위 농지를 경작한 것을 조사된 점,이 건 세무조사와 관련하여 과세처분을 취소할 만한 중대한 오류나 하자가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어쟁점농지의 양도에 대해 자경농지에 대한 양도소득세 감면의 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음

결정문이 인용한 법령이 의결 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 의결 이후 개정 시행: 국세기본법(2026.08.11 시행), 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2026.07.01 시행), 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법(2026.07.01 시행), 도시개발법(2026.07.01 시행), 소득세법(2026.07.01 시행), 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법(2026.09.08 시행), 조세특례제한법(2026.07.01 시행), 한국농어촌공사 및 농지관리기금법(2026.07.07 시행) 이 표시는 결정문에 인용된 법령의 법령 단위 변경 신호이며 결정의 효력이나 현재 사건의 결론을 판정하지 않는다.

탐색 분야

사건명·공식 주문·재결요지·관련 법령에 실제로 나온 문자열로 붙인 탐색용 분류다.

재결요지

쟁점농지 인근주민들은 일관되게 청구인의 경작사실을 부인하고 있는 점,쟁점농지 등의 실경작자가 청구인에게 농지사용료(도지)를 지불하고 위 농지를 경작한 것을 조사된 점,이 건 세무조사와 관련하여 과세처분을 취소할 만한 중대한 오류나 하자가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어쟁점농지의 양도에 대해 자경농지에 대한 양도소득세 감면의 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음

이유

1. 처분개요

가. 청구인은 2000.4.2. 조부(祖父) OOO으로부터 증여받은 OOO 외 4필지의 농지 4,774㎡(이하 “쟁점농지”라 한다) 를 2014.7.14. OOO에 양도 하고, 양도소득세 신고시「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 의한 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 신청하였다.

나. 처분청은 2016.6.7.부터 2017.4.28.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 2017.8.7. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2017.10.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점농지 및 그 인근에 소재한 다른 농지를 15년 이상 40여년간 보유하였고, 2002.2.18. 쟁점농지 소재지로 전입하여 양도시까지 12년 이상 쟁점농지를 경작한 사실이 농지원부, 면세유 사용대장, 농자재 구입내역, 사실확인서, 지장물 보상계약서, 농산물 판매명세서 및 구매자 확인서 등에 의하여 나타난다. 청구인은 비록 타인의 영농기계를 빌려 농업에 사용하였고, 법령상의 제한 때문에 쌀 직불금 을 수령하지 못했으나, 2006년 이후 관리기를 사용하면서 농약, 비료 등 농자재를 구입하였고, 특히 밭농사에 주력하면서 쟁점농지를 8년 이상 경작하였다.

(2) 처분청은 이 건 과세처분 및 불복과정에서 일반 개인들의 사실에 반하거나 논리적으로도 사리에 맞지 않는 진술을 여과 없이 수용하였고, 조사자료의 진정성과 문서의 내용에 대하여 명백히 잘못된 판단을 함으로써 진실에 반하는 타당성 없는 결론에 도달하였으며, 편견과 억지논리에 의존하여 불공정한 조사로 일관하면서 정당한 사유없이 조사중지 기간을 7회 반복하는 등 세무조사 기간을 위법하게 연장하였고, 명확한 근거없이 공적 문서의 추정력을 무시하고 진실성을 폄하하여 과세한바, 이러한 과세처분은 위법·부당하므로 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점농지 인근 주민들은 일관되게 청구인의 경작사실을 부인하고 있고, 청구인은 1995년부터 근로소득이 발생하고 있는바, 처분청은 청구인에 대한 문답서 내용, 타인이 계속적으로 쌀 직불금을 수령한 내역 등 객관적인 자료에 근거 하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(2) 처분청은 조사 당시 청구인이 쟁점농지의 쌀 직불금 수령자인 OOO으로부터 받은 확인서가 거짓으로 작성된 사실을 확인하였고, 청구인이 당초 조사기간 중 출석하여 작성한 문답서에 서명날인을 거부하는 등 정상적으로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에 해당하여 「국세기본법」제81조의 8 의 규정에 따라 세무조사를 중지하였다. 이후 처분청은 청구인과 일정을 조율하여 조사중지 중인 사실을 청구인이 알 수 있었고, 청구인 또한 조사중지 기간에 수차례 임의출석하여 조사 내용을 상의 한바, 위법하게 조사기간을 연장하였다는 청구주장은 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점농지를 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 보아 자경농지에 대한 감면을 배제한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면]

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대 통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나「도시개발법」또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2014.9.11. 대통령령 제25590호로 개정되기 전의 것) 제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면]

① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년 [제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를「한국 농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것 을 말한다.

⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 「소득세법」제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 「소득세법」제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

(3) 국세기본법(2017.12.19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제81조의8[세무조사 기간]

④ 세무공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있다. 이 경우 그 중지기간은 제1항부터 제3항까지의 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니한다.

⑥ 세무공무원은 제1항 단서에 따라 세무조사 기간을 연장하는 경우에는 그 사유와 기간을 납세자에게 문서로 통지하여야 하고, 제4항 및 제5항에 따라 세무조사를 중지 또는 재개하는 경우에는 그 사유를 문서로 통지하여야 한다.

(4) 국세기본법 시행령(2017.7.26. 대통령령 제28211호로 개정되기 전의 것) 제63조의10[세무조사의 중지] 법 제81조의8 제4항에서 "납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하여 세무조사를 정상적으로 진행하기 어려운 경우 가. 납세자의 소재가 불명한 경우 나. 납세자가 해외로 출국한 경우 다. 납세자가 장부ㆍ서류 등을 은닉하거나 그 제출을 지연 또는 거부한 경우 라. 노동쟁의가 발생한 경우 마. 그 밖에 이와 유사한 사유가 있는 경우

(5) 쌀소득 등의 보전에 관한 법률(2009.3.25. 법률 제9531호로 개정되기 전의 것) 제6조[쌀소득등보전직접지불금 지급대상자] 쌀소득등보전직접지불금의 지급대상이 될 수 있는 자는 제5조의 규정에 의한 쌀소득등보전직접지불금의 지급대상 농지에서 논농업에 종사(휴경하는 경우를 포함한다)하는 농업인등으로 한다. 다만, 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 그러하지 아니하다.

1. 논농업에 이용하는 농지면적이 1천제곱미터 미만인 자

(6) 쌀소득 등의 보전에 관한 법률(2009.3.25. 법률 제9531호로 개정된 것) 제6조[쌀소득등보전직접지불금 지급대상자]

① 쌀소득등보전직접지불금의 지급대상이 될 수 있는 자는 제5조에 따른 쌀소득등보전직접지불금 지급대상 농지에서 논농업에 종사(휴경하는 경우를 포함한다)하는 농업인등으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자여야 한다.

1. 후계농업경영인, 전업농업인 등으로서 농림수산식품부령으로 정하는 요건에 해당하는 자

2. 2005년 1월 1일부터 2008년 12월 31일까지의 기간 중 쌀소득등보전직접지불금을 1회 이상 정당하게 지급받은 자

② 제1항 제2호에 해당하는 자 중「농업ㆍ농촌 및 식품산업기본법」 제3조 제5호의 농촌 외의 지역에 주소 또는 주된 사무소를 둔 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업을 주업으로 하는 자여야 한다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 쌀 소득등보전직접지불금의 지급대상자가 될 수 없다. 다만, 제3호와 제4호 의 경우는 해당하는 농지분에 한하여 지급대상자가 될 수 없다.

1. 농업 외의 종합소득금액이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 자

2. 논농업에 이용하는 농지면적이 1천제곱미터 미만인 자

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2000.4.2. 조부로부터 증여받은 쟁점농지를 14년간 보유 하다가 2014.7.14. OOO에 양도한 후, 쟁점농지를 8년 이상 자경한 농지로 보아 양도소득세 감면신청을 하였다. OOO

(2) 처분청의 2017년 5월 양도소득세 조사복명서 등에 의하면 과세근거는 아래와 같다. (가) OOO이 발행한 쟁점농지 등에 대한 쌀 직불금 실수령자 내역에 의하면, 아래 <표1>과 같이 2008년을 제외하고 청구인의 작은할아버지 OOO 등 타인이 수령한 것으로 나타난다. OOO (나) 청구인은 2009년 이후 쌀 경작면적이 3,000평 이상이어야 쌀 직불금을 신청할 수 있는바, 면적미달로 위 직불금 수령이 불가하여 받지 않은 것이라고 주장하나, 청구인 소유 농지 중 쌀직불금을 수령한 농지는 10,812㎡가 넘고, 관련 법령에 의하면 청구인이 실제로 논 1천㎡ 이상을 경작하였다면 쌀 직불금을 신청할 수 있는 자격이 있으므로 경작관련 규정의 제약 때문에 쌀 직불금을 신청할 수 없었다는 청구주장은 타당성이 없다. (다) 쟁점농지에 대한 쌀 직불금 수령자인 OOO은 청구인에게 농지사용료(도지)를 지불하고 OOO 본인이 쟁점농지를 경작한 것으로 진술하였고, 마을주민인 이

ㅇ, 정

ㅇ 등은 청구인 소유의 농지를 쌀 직불금 수령인인 OOO이 경작하였음을 확인하고 있다. (라) 청구인의 문답서 주요 내용 OOO (마) 국세통합전산망 자료에 의하면, 청구인은 쟁점농지 보유기간 중 근무처가 원거리(OOO 등)인 기간이 상당하고, 1995년부터 쟁점농지 양도시까지 근로소득이 계속적으로 발생하고 있다. (바) 조사결과 처분청은 마을주민들이 일관되게 청구인이 농사짓지 않았다고 진술한 내용, 청구인에 대한 문답내용, 청구인이 최소 1995년 부터 계속적으로 근로소득이 발생하고 있는 사실, 타인이 계속적으로 쌀 직불금을 수령한 내역 등을 근거로 8년 이상 자경감면을 배제하여 양도소득세를 과세하고 조사종결하였다.

(3) 청구인 쟁점농지를 8년 이상 경작한 것으로 주장하며 그 증빙 으로 주민등록표(초본), 농지원부, 농업경영체 등록확인서, 영농자재 구매 내역서(OOO, 거래기간 : 2010.1.1.~2014.9.4. 거래금액 : OOO원) , 면세유류관리대장, 경작사실확인서(OOO), 지장물보상계약서, 농사용 전력 사용내역서 등을 제출하였다. (가) 주민등록표(초본)에 의하면, 청구인은 2002.2.18. OOO에 전입한 이래 쟁점농지 양도시까지 같은 곳 OOO에서 거주한 것으로 나타난다. (나) 경기도 OOO이 2014.9.4. 발급한 농지원부에는 최초 작성일자가 2004.3.2.이고, 청구인이 쟁점농지를 자경하고 있는 것으로 기재되어 있다. OOO (다) 2016.5.30. OOO이 발행한 농업경영체 등록확인서에는 최초 등록일자가 2009.9.14.이고, 청구인이OOO필지의 농지를 자경하고 있는 것으로 기재되어 있고, 청구인의 농기계 등록 및 면세유 사용내역, 경작사실확인서는 아래 <표4>, <표5>와 같다. OOO (라) 청구인은 아래와 같은 이유로 이 건 과세처분이 부당하다고 주장한다.

1) 처분청이 과세근거로 제시한 쌀 직불금 수령 내역에 포함된 경기도 OOO1,402㎡는 벼농사를 지은 적이 전혀 없고, 청구인 외 타인이 영농한 적이 없는 데도 불구하고OOO이 위법하게 관계기관을 기망하여 쌀 직불금을 수령한 것이다. 따라서, 쌀 직불금 수령자료의 신뢰성에 대한 처분청의 위 논리는 타당성이 없고, 위법한 행위를 한 OOO의 진술을 근거로 한 처분은 부당하다.

2) 처분청은 OOO 1,438㎡를 벼 재배 면적에 포함하여 청구인 소유의 벼 경작 농지가 3,000㎡를 초과하는 것으로 계산하였고, 그 결과 “벼 농사 면적미달로 직불금 수령자격이 없어 직불금을 받지 못한 것이다”라는 청구주장을 전면 부정한바, 쌀 직불금을 수령하지 않은 것을 자경의 근거로 하는 것은 부당하다.

3) 쟁점농지 인근 거주자 중 청구인이 경작하는 것을 수시로 목격한 마을주민이 많음에도 불구하고 처분청은 그들을 교묘히 피해 가거나 고의로 누락하였고, 청구인에게 악의적인 허위의 진술만을 증거자료로 제출하였다.

4) 쟁점농지 중 지목이 전인 OOO에 대해서는 벼 경작 여부, 실제 경작자가 누구인지 여부에 대한 조사가 없었고, 또한 자경을 해도 타 작물 재배 또는 벼 경작 면적 등의 미달로 직불금이 지급되지 않는 경우가 있고, 이 건과 같이 OOO이 무관한 타인의 농지를 경작하였다고 기망하여 불법으로 직불금을 수령한 경우도 있음에도 이를 감안하지 아니한 처분청의 주장은 타당성이 없다.

5) 처분청은 양도소득세 신고일로부터 2년이 경과한 후 조사대상으 로 선정하였고, 조사개시후 조사중지기간을 위법하게 반복 설정하면서 정당한 사유없이 조사기간을 과도하게 연장시켜 청구인에게 시간적, 심리적 부담을 주었다.

6) 처분청은 청구인의 취업 및 근무지, 겸업농에 관한 편견과 오해가 있다. 전업농의 경우 영농수익이 적어 부득이 겸업해야 하는 것이 농촌 현실이고, 청구인도 전국 평균 근로자 임금을 약간 상회하는 급여를 받으면서 겸업으로 생활해야하는 상황이다. 처분청은 청구인이 2002년부터 쟁점농지 소재지에 거주하여 재촌 요건을 충족하고 있음에도 원거리에 근무한다는 이유로 자경 감면을 부인한바, 이는 2005년 전후로 주 40시간 근무제 및 5일제 근무를 하는 상황과 농업기계화 및 농업기술의 발전으로 단위 면적당 영농시간이 현저히 감소하는 상황을 고려하지 아니한 처분으로 부당하다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점농지를 8년 이상 자경하였다고 주장하나, 쟁점농지 인근주민들은 일관되게 청구인의 경작사실을 부인하고 있는 점, 쟁점농지 등의 실경작자인 OOO이 청구인에게 농지사용료(도지)를 지불하고 위 농지를 경작한 것으로 조사된 점, 최초 작성일이 2004.3.2.인 농지원부에는 쟁점농지 중 OOO 1,402㎡를 제외한 나머지 4필지의 농지는 실제 지목이 답(벼 경작)으로 기재되어 있는 점, 2008년도를 제외하고 쟁점농지 등에 대한 쌀 직불금을 청구인이 아닌 타인이 계속하여 수령한 점, 청구인은 처분청이 조사중지 기간을 위법하게 반복 설정하면서 정당한 사유없이 조사기간을 과도하게 연장시 켰다고 주장하나, 이 건 세무조사와 관련하여 과세처분을 취소할 만한 중대한 오류나 하자가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점농지의 양도에 대해 자경농지에 대한 감면 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

같은 법령·조문을 다룬 기관 회신

공통 조문에 따른 탐색 연결이며 동일 질문·동일 사실관계를 뜻하지 않는다. 검색 품질 기준을 통과한 회신은 12건이다.

같은 조문, 다른 주문 결과

조세특례제한법 제69조를 함께 인용했지만 주문 분류가 다른 결정이다. 사실관계가 같다는 뜻은 아니다.

이 결정을 인용할 때

조세심판원 조심 2017중5163 (<time datetime="2018-05-14">2018.05.14</time> 의결), "쟁점농지를 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 처분의 당부", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/decisions/tt/1007006/

출처·분류

공식 원문
국가법령정보센터 조세심판원 결정 (식별자 1007006)
게시 분류
국세 · 사건번호 규칙에 따른 결정적 분류
주문 분류
화면에 표시한 공식 주문에서 확인한 결과어: 기각
본문
공식 주문·재결요지·청구취지·이유를 새 문장 없이 표시
원문 출처: 국가법령정보센터(법제처)·국세청·조세심판원. 법령해석 요약은 원문에서 선별한 문장이고, 심판결정은 공식 주문·재결요지·이유를 그대로 싣는다. 현행성 표시는 인용 법령의 개정·폐지 여부를 법령 DB와 대조한 결과다. 편집 가공물은 법적 효력이 없다. · 전문가 연결 문의 · llms.txt · RSS · sitemap