GovBrief 국세 › 자주 묻는 질문 › 양도소득세
상장주식 양도에 부당행위계산을 적용하나?
취득일이 확인되면 그날을 적용하며 법인세법상 부인이 없으면 소득세법상 부당행위계산도 적용하지 않는다.
주식 취득시기와 상장법인 대주주의 특수관계 법인 양도에 대한 부당행위계산을 물었다. 취득일이 확인되면 그날을 적용하며 법인세법상 부인이 없으면 소득세법상 부당행위계산도 적용하지 않는다. 다만 취득시기가 불명확하면 선입선출하고 부정한 방법으로 세액을 줄인 경우에는 예외로 한다.
회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.
인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법 시행령(2026.02.27 시행), 법인세법(2026.07.01 시행), 소득세법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.
회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다
GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.
인용 조문·항·호 중 5곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.
- 문구 변경회신 당시 시행본 2008.01.01 → 현재 시행본 2026.07.01
소득세법 제101조 제1항: 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 1개로 바뀌었다(수정 1개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상①납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.
- 문구 변경회신 당시 시행본 2008.01.01 → 현재 시행본 2026.07.01
소득세법 제98조: 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 1개로 바뀌었다(수정 1개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.
- 문구 변경회신 당시 시행본 2008.01.01 → 현재 시행본 2026.07.01
소득세법 제162조: 회신 당시 3개 문장·단위에서 현재 3개로 바뀌었다(수정 2개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상①사업자로서 대통령령이 정하는 자가 금전등록기를 설치ㆍ사용한 경우에 총수입금액의 계산은 제24조제1항의 규정에 불구하고 당해연도에 수입한 금액의 합계액에 의할 수 있다.
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)① 사업자로서 대통령령으로 정하는 자가 금전등록기를 설치ㆍ사용한 경우에 총수입금액은 제24조제1항에도 불구하고 해당 과세기간에 수입한 금액의 합계액에 따라 계산할 수 있다.
- 문구 변경회신 당시 시행본 2007.02.28 → 현재 시행본 2026.02.27
법인세법 시행령 제89조: 회신 당시 11개 문장·단위에서 현재 16개로 바뀌었다(수정 8개 · 신설 5개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상①법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인 및 코스닥상장법인이 발행한 주식을 「한국증권선물거래소법」에 따른 한국증권선물거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국증권선물거래소 최종시세가액)에 의한다.
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)①법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2제2항에 따른 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 재정경제부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우(해당 주식이 「상속세 및 증여세법 시행령」 제53조제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식인 경우는 제외한다)에는 그 가액의 100분의 20을 가산…
- 문구 변경회신 당시 시행본 2008.01.01 → 현재 시행본 2026.01.02
법인세법 제52조: 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 5개로 바뀌었다(수정 1개 · 신설 4개).
무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.
종전: 삭제·수정 대상제52조(부당행위계산의 부인) ①납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "特殊關係者"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "不當行爲計算"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ②제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(料率ㆍ利子率ㆍ賃貸料 및 交換比率 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 條에서 "時價"라 한다)을 기준으로 한다. ③내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와…
현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.
표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.
사실관계
주권상장법인의 대주주인 거주자가 다른 법인에 해당 상장법인이 발행한 주식 일부를 양도한다. 그 대가는 법인세법 시행령상 가액에 해당하여 해당 법인 거래에 부당행위계산 부인규정이 적용되지 않는 경우이다.
질의요지
상장법인의 대주주가 다른 법인에게 당해 법인이 발행한 주식의 일부를 양도하는 경우 그 대가가 「법인세법」에 의하여 부당행위 계산의 부인규정이 적용되지 않는 경우「소득세법」제101조 제1항의 부당행위계산 규정을 적용하지 아니하는 것임.
본문(원문)
1. 소득세법 제98조 및 동법시행령 제162조의 규정에 의한 양도자산의 취득시기를 판정함에 있어 주식의 취득시기가 각각 다른 경우로서 양도주식의 주권발행번호, 증권거래법에 의한 증권회사가 발행한 거래명세서, 별도의 독립된 증권계좌에 의한 거래 등을 통하여 취득시기를 확인할 수 있는 경우에는 그 확인되는 날이 취득시기가 되는 것이며, 양도자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 보는 것입니다.
2. 귀 질의의 경우, 「증권거래법」에 의한 주권상장법인의 대주주에 해당하는 거주자가 다른 법인에게 당해 주권상장법인이 발행한 주식의 일부를 양도하는 경우로서 그 대가가 「법인세법 시행령」제89조의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 「법인세법」제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 「소득세법」제101조 제1항의 규정에 따른 양도소득의 부당행위계산 규정을 적용하지 아니하는 것이나, 다만 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하는 것이며, 이에 해당하는지 여부는 구체적인 거래의 실질내용에 따라 판단하는 것입니다. 끝.
정제 정리
질의
취득시기가 다른 주식의 취득일을 어떻게 판정하며, 상장법인 대주주가 다른 법인에 주식을 양도할 때 부당행위계산을 적용하는지.
회답
1. 주권발행번호, 증권회사의 거래명세서, 별도의 독립된 증권계좌 등을 통해 취득시기를 확인할 수 있으면 확인되는 날이 취득시기입니다. 취득시기가 분명하지 않으면 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 봅니다.
2. 양도대가가 「법인세법 시행령」제89조의 가액에 해당하여 법인 거래에 「법인세법」제52조가 적용되지 않으면 「소득세법」제101조 제1항의 양도소득 부당행위계산 규정을 적용하지 않습니다. 다만 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 감소시킨 경우에는 그러하지 않으며, 구체적인 거래의 실질내용에 따라 판단합니다.
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- 소득세법 제101조제1항 (양도소득의 부당행위계산) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 소득세법 제98조 (양도 또는 취득의 시기) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
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- 법인세법 시행령 제89조 (시가의 범위 등) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
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이 답을 인용할 때
국세청 법령해석 서면인터넷방문상담4팀-327 (<time datetime="2008-02-05">2008.02.05</time> 회신), "상장주식 양도에 부당행위계산을 적용하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000046230/
출처·편집 정보
- 원문
- 국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000046230)
- 원 제목
- 주식의 취득시기 및 상장법인의 대주주가 특수관계있는 법인에게 주식양도시 부당행위 계산 적용여부
- 공개 등급
- 공개 후보 · 검색 색인 대상
- 편집
- 질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
- 갱신
- 2026-09-10