쟁점토지를 사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

청구인은 초등학교 교사로서 오랫동안 근로소득이 발생하고 있어서 쟁점토지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기 노동력에 의하여 경작 또는 재배하였다고 보기 어려운 점, 청구인은 경작일지, 경작사실확인원 등 외에는 양도일 직전 3년 중 2년 이상 쟁점토지를 자경하였음을 입증할 수 있는 객관적 증빙을 제시하지 못하고 있는 점, 쟁점토지를 경작하면서 수확물 대부분을 자가소비하였다는 것으로 미루어 볼 때 경작을 목적으로 보유한 것은 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 2004.10.1. OOO를 취득하여 2015.9.23. 환경부에 양도한 후, 2017.11.3. 2015년 귀속 양도소득세 기한 후 신고시「조세특례제한법」 제69조의 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 산출세액 OOO에 대하여 감면신청을 하였다.

나. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내역을 검토한 결과, 쟁점토지가 자경요건을 충족하지 아니하는 비사업용 토지에 해당한다고 보아자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 장기보유특별공제를 부인하여2018.1.8. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.2.5. 이의신청을 거쳐 2018.5.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법 시행령」 제66조가 2014.7.1. 개정됨에 따라 총급여액의 합계액이 OOO 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 경작기간에서 제외하고 있는데, 청구인은 쟁점토지 보유기간 중 OOO 이상의 급여가 발생하였으므로 처분청이 8년 이상 자경농지에대한 양도소득세 감면을 배제함은 타당하나, 청구인이 양도일 직전 3년중 2년 이상 쟁점농지를 실제로 경작하였으므로 쟁점토지는 사업용 토지에 해당되어 장기보유특별공제 대상으로 보아야 한다. 즉,「소득세법」 제104조의3에 따라 일정 기간 동안 농지를 자경한 경우는 비사업용 토지로 보지 아니하고, 양도당시 위 법령은「조세특례제한법 시행령」 제66조제14항을 준용하고 있지 아니하여 소득과 상관없이 자경 여부를 사실판단하도록 하고 있다. 따라서 청구인이 쟁점토지를 양도일 직전 3년 중 2년 이상 자경한 사실이 인정되므로 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 교사로서 업무에 전념하면서 여가 시간을 확보하여 쟁점토지를 경작하였기에 쟁점토지는 사업용 토지에 해당한다고 주장하나, 청구인이 제시한 경작일지는 사유발생일별로 작성된 것이 아니라 농작업을 연도별로 정리한 것에 불과하고, 굴착기 작업 확인을 위한 ‘건설기계 임대차계약 및 작업확인서’도 사유발생일에 각각 작성되었다기보다는 최근에 일괄작성된 것으로 보이며, 자경사실을 확인해 준확인자 중 일부는 동료 교사로 확인되는 등 청구인이 자경의 증빙으로제시한 자료 대부분이 신빙성이 없거나 객관적으로 확인할 수 없을뿐 아니라 3,866㎡에 달하는 쟁점토지를 10년 이상 경작하면서 농작물등을 판매하지 않고 자가소비하였다는 것은 경작을 목적으로 보유한 것이 아닌 것으로 보이고, 청구인이 자경을 하였다고 확신할 만한 증거가 부족하며 상시 근무를 필요로 하는 교사로서 업무에 전념하면서 자경을 하였다는 주장은 인정하기 어려우므로, 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점쟁점토지를 사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면]

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것)제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면]

⑬ 법 제69조 제1항본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의어느 하나에 해당하는 것을 말한다.1.거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것

⑭ 제4항제6항제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 「소득세법」 제19조제2항에 따른 사업소득금액(농업임업에서 발생하는소득,「소득세법」 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

(3) 부칙<제25211호, 2014.2.21.>제1조[시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조 제14항, 제66조의2 제13항, 제67조 제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의2 제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월1일부터 시행하며, 제63조 제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2 제4항 및 제100조의6 제2항 제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.제2조[일반적 적용례]

③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.

(4) 소득세법(2014.1.1. 법률 제12169호로 개정된 것)제95조[양도소득금액]

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기 양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(괄호 생략)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.(이하 생략)제104조의3[비사업용 토지의 범위]

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는토지를 말한다.

1. 논ㆍ밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

(5) 소득세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26067호로 개정된 것)제168조의6[비사업용 토지의 기간기준]법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간다.토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.제168조의8[농지의 범위 등]

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지아니하는 농지"라 함은 농지의 소재지와 동일한 시(괄호 생략)군구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시군구또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가「농지법」 제2조제5호의 규정에따른 자경(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다.

(6) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 것)제168조의8[농지의 범위 등]

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지아니하는 농지"란 농지의 소재지와 동일한 시(괄호 생략)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하"재촌"이라 한다)하는 자가「조세특례제한법 시행령」 제66조제13항에따른 직접 경작(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는「조세특례제한법 시행령」 제66조제14항을 준용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2004.10.1. 쟁점토지를 취득하여 2015.9.23. 양도한 후 2017.11.3. 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 2015년 귀속 양도소득세 기한 후 신고를 하였으나, 처분청은 청구인이 쟁점토지를8년 이상 자경하지 아니한 것으로 보아 자경농지에 대한 감면 및 장기보유특별공제를 배제하여 아래 <표1>과 같이 이 건 처분을 하였다.OOO

(2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구인이 쟁점토지를 취득하기 전부터 2014년까지 연 OOO이상의 근로소득이 발생하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면 적용대상에 해당되지 아니한다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.(나) 청구인의 주민등록초본상 주소변동 내역은 아래 <표2>와 같아서 쟁점토지 보유기간 동안 농지소재지 거주요건을 충족한것으로 확인된다.OOO(다)청구인이 제시한 쟁점토지의 농지원부OOO의주요 기재내용은 아래 <표3>과 같다.OOO(라) 국세청의 차세대시스템에 의하면, 청구인의 사업자등록 이력은없는 것으로 나타나고 근로소득 발생내역은 아래 <표4>와 같다.OOO

(3) 청구인이 쟁점토지를 양도일 직전 3년 중 2년 이상 자경하여 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 주장하며 제시한 증빙자료는 다음과 같다.(가) 청구인이 제시한 경작일지에 기재된 내용을 요약하면 아래 <표5>와 같다.OOO(나) 청구인이 제시한 ‘자경사실확인원’에 의하면, 육OOO 외 11인이 청구인이 2005년부터 2014년까지 쟁점토지를자경하였다는 내용의 위 확인원에 서명·날인한 것으로 나타난다.(다) 청구인은 최OOO이 쟁점토지에 매실나무 230그루, 감나무 20그루 및 대추나무 10그루를 식재하게 하고 그 대금으로OOO을 지급하였다고 주장하며 최OOO이 작성한 확인서(2018.4.9.) 및 통장사본을 제시하고 있고, 박OOO이 작성한 ‘사실확인서’에 의하면 박OOO은2005년부터 2011년까지 8차례 쟁점토지에 나무 식재, 농작물 수확 및 수해 복구를 위하여 굴착기 작업을 하였다는 내용이 기재되어 있다.(라) 국립농산물품질관리원장이 2018.7.17. 발급한 청구인의 ‘농업경영체 등록확인서’에 의하면, 청구인은 2011.7.29. 최초등록하여 쟁점토지에서 매실을 자경하는 것으로 등록되어 있다.

(4) 한편, 처분청은 청구인이 자경사실을 입증하기 위하여 제시한증빙 대부분이 신빙성이 없거나 객관적으로 확인할 수 없을 뿐 아니라3,866㎡에 달하는 쟁점토지를 10년 이상 경작하면서 수확한 농작물등을 판매하지 아니하고 자가소비한 것은 경작을 목적으로 보유한 것이아닌 것으로 보이며, 상시 근무를 필요로 하는 교사인 청구인이 업무에전념하면서 자경하였다고 보기 어려우므로, 쟁점토지를 비사업용 토지로 봄이 타당하다는 의견이다.

(5) 「소득세법」(2014.1.1. 법률 제12169호로 개정된 것) 제104조의3제1항 제1호, 같은 법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26067호로 개정된것) 제168조의6 제1호 및 제168조의8 제2항,「농지법」 제2조제5호에따르면, 농지 소유자가 일정한 기간 동안 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지를 비사업용 토지라고 하고,비사업용 토지에 대하여는「소득세법」 제95조제2항의 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세하도록 규정하고 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은쟁점토지를 양도일 직전 3년 중 2년 이상 자경하였으므로 사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나,‘자경’이라 함은 농업인이 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것 등을 말하고, 이 경우 직접 영농에 종사하는 이상 다른 직업을 겸업하더라도 자경에 해당할 것이지만 다른 직업에 전념하면서 간접적으로 경영하는 것에 불과한 경우에는 이에 해당한다고 볼 수 없다 할 것OOO인바, 청구인은 초등학교 교사로서 2004년부터2015년까지 근로소득이 발생하고 있어서 쟁점토지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 등 농업에 전념하였다고 보기 어려운 점,「소득세법 시행령」(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 것) 제168조의8 제2항에서 비사업용 토지 판정시 자경한 기간의 판정에 관하여「조세특례제한법 시행령」 제66조제14항을 준용하는 것은2016.2.17. 이후 양도하는 분부터라서 청구인에게 2014년까지 OOO이상의 근로소득이 발생하였다 하더라도 쟁점토지의 비사업용 토지판정은 소득의 크기와 관계없이 실제 자경여부에 따라 사실판단하여야하고, 쟁점토지를 직접 경작한 사실 등에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있음에도 청구인은 경작일지,경작사실확인원 등 사적 작성이 가능한 자료 및 농업경영체 등록확인서, 준조합원 가입증서 외에는 양도일 직전 3년 중 2년 이상 쟁점토지를자경하였음을 입증할 수 있는 객관적 증빙을 제시하지 못하고 있으며, 3,866㎡에 달하는 쟁점토지를 10년

이상 경작하면서 수확물 대부분을 자가소비하였다는 것은 경작을 목적으로 보유한 것이라기보다는 감면요건을 충족하기 위한 외관을 갖추고자 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지를 사업용 토지로 보기는 어렵다 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점토지를 양도일 직전 3년 중 2년 이상 자경하지아니한 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 청구인에게양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.