청구인은 쟁점주식(비상장 중소기업 발행주식) 양도 당시 소득세법령에 따른 ‘대주주’에 해당되지 아니하므로 양도소득세율 10%를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

개정된 「소득세법」제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”와 동일한 것으로 보아야 할 것이고, 위 「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율?시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있으므로 동 규정의 “대주주”는 상장법인뿐만 아니라 비상방법인의 대주주를 포함하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 쟁점주식 양도의 경우 20%의 양도소득세율 적용대상으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 2016.6.27. 비상장 중소기업인 OOO 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다) 발행주식 OOO(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO에 양도하고 「소득세법」(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제11호 다목에 따른 OOO의 양도소득세율을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고.납부하였다.

나. 이후 2018.4.25. 청구인은 비상장 중소기업의 경우 대주주 여부에 관계없이 양도소득세율을 OOO가 아니라 OOO(「소득세법」제104조제1항 제11호 나목)를 적용하여야 한다고 취지로 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은「소득세법」제94조에 규정된 ‘대주주’를 주권상장법인만을 의미하는 것으로 볼 수 없다는 이유로 2018.6.12. 이에 대한 거부처분을 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.9.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)「소득세법」제94조제1항 제3호 가목은 그 입법목적이 상장법인인 대주주의 양도로 발생하는 소득에 대한 근거규정으로서 그 중 대주주의 범위만을 비상장법인에게까지 차용. 적용하는 것은 조세법률주의에 위배한다. (가) 주식 양도소득세율을 규정한「소득세법」제104조제1항 제11호 나목은 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되면서 중소기업의 주식으로서 대주주가 아닌 자가 양도하는 주식에 한정하여 양도소득세율 OOO를 적용하는 것으로 변경되었다. 그런데, 주식 양도소득의 범위를 규정한「소득세법」제94조제1항 제3호는 2015.12.15. 법률 제13558호에서 함께 개정되지 아니함에 따라 같은 호 가목에서는 상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율. 시가총액 등을 고려하여 대통령령이 정하는 대주주가 양도하는 것과 상장법인의 주식 등이지만 증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것을, 나목은 상장법인이 아닌 주식 등을 양도하는 것으로 주식 양도소득의 범위를 규정하고 있다.

(나) 이에 대해 처분청은 위「소득세법」제94조제1항 제3호 가목에서 정하는 대주주는 「소득세법」제3장(거주자의 양도소득에 대한 납세의무)에서 모두 적용되는 것으로 규정하고 있고, 그 범위에 대하여는 구체적으로 「소득세법 시행령」(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제157조 제4항에서 규정하는 것이므로 비상장법인의 대주주에게도 적용된다는 의견이나,(다)「소득세법」제94조제1항 제3호 가목은 애초부터 상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와 과세형평을 기하기 위한 목적으로 상장주식을 양도소득세 과세대상으로 규정하고, 다만 모든 상장주식 등의 양도차액에 대하여 과세하는 것은 기업의 다양한 자금조달을 어렵게 하고 투자자의 다양한 자금운용기회를 상실하게 함으로써 증권시장의 육성에 부정적인 결과를 초래할 우려가 있다는 이유로 대주주(주주 1인 및 그와 특수관계가 있는 기타 주주)가 상장주식 등을 거래하는 경우로 한정한 것인바(대법원 2014.6.26. 선고 2012두20694 및 2006.11.10. 선고 2006두4394 판결, 참조), 통상인이라면 상장법인 대주주의 양도소득에 대한 근거규정이라고 예측할 수가 있을 뿐 그 중 대주주의 범위에 대해서는 비상장법인에게까지 확대하여 적용되는 것이라고는 예측할 수 없으며, 그마저도 모법이 아닌 시행령으로 위임하고 있는바 이를 통해 행한 이 건 경정청구 거부처분은 과세요건 법정주의 및 명확주의를 내용으로 하는 조세법률주의나 포괄위임입법금지 원칙에 위배된 부당한 처분이다.

(2) 2017년 개정 소득세법령에 비로소 비상장법인 대주주의 범위가 확정된 것이다.(가) 비상장법인 대주주에 대한 과세요건이 불분명한 점이 문제되자 과세당국은 2016.12.20. 개정 「소득세법」(법률 제14389호) 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령이 정하는 대주주”를 “대통령령이 정하는 상장법인의 대주주”로 변경하였고, 같은 법 제104조 제11항 가목에 비로소 양도소득세율이 달리 적용되는 대주주 범위를 명확히 시행령에 위임하였는바, 이에 따라 2017.2.3. 개정 「소득세법 시행령」(대통령령 제27829호) 제157조 제4항에서 상장법인의 대주주를, 제167조의8 제1항에서 상장법인 대주주와 구분되는 비상장법인 대주주의 범위를 규정하게 된 것이다.(나) 처분청 의견대로「소득세법」제94조제1항 제3호 가목에서 규정하는 대주주가 모든 경우의 대주주로 위임한 것이 명확하다면 굳이 여러 개의 법령을 개정할 이유가 없다. 통상인으로서는 개정 전 「소득세법」의 규정과 입법목적으로 볼 때 대주주의 범위가 상장법인에 대한 것인지 아니면 비상장법인을 포함한 것인지를 파악할 수 없었으므로 이에 기초한 이 건 경정청구 거부처분은 명백히 조세법률주의에 위배된 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 중소기업인 비상장법인의 대주주 주식양도에 대한 양도소득세율은 아래 ＜표1＞과 같이 「소득세법」(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제11호 나목에 따라 OOO의 양도소득세율을 적용하여야 한다.

＜표1＞

주식 또는 출자 지분에 대한 양도소득세율

(2) 2015.12.15. 법률 제13558호로「소득세법」제104조제1항 제11호 나목이 개정되어 아래 ＜표2＞와 같이 중소기업의 주식 등 중 OOO 세율 적용대상이 대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정됨에 따라 중소기업 대주주의 양도소득세율이 OOO에서 OOO로 상향되었다.

＜표2＞

「소득세법」104조 제1항 제11호 나목 개정내용

(3) 또한, 국회의 법률 개정이유를 보면, 위「소득세법」제104조제1항 제11호가 개정되기 이전에는 중소기업 주식의 양도소득에 대해서는 대주주인지 여부와 무관하게 OOO의 양도소득세의 세율이 적용되고 있었으나, 중소기업의 대주주인 경우에는 중소기업과는 별개로 주식양도소득 과세에 있어서도 우대하여야 할 필요성은 낮은 점을 고려하여 일부 중소기업의 대주주에게 주식양도세율을 OOO에서 OOO로 조정하게 된 것이다.

(4) 따라서 중소기업 “대주주의 주식 양도소득세율”은 주권 발행 법인이 상장이던 비상장이던 따로 구분하지 않고 OOO로 상향한 것이므로, 상장법인의 중소기업 대주주에게만 OOO의 세율을 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 입법취지 등을 오해한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 중소기업 비상장주식인 쟁점주식 양도에 대하여 OOO의 양도소득세율을 적용해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것)제94조[양도소득의 범위]

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득가.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등제104조[양도소득세의 세율]

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식 등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등 양도소득 과세표준의 100분의 30나. 중소기업의 주식 등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10다. 그 밖의 주식 등 양도소득 과세표준의 100분의 20

(2) 소득세법 시행령제157조[증권예탁증권 및 대주주의 범위]

④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 2(괄호 안 생략) 이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. (후문 생략)

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 50억원(괄호 안 생략) 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2015.12.15. 개정된「소득세법」제104조제1항 제11호가목 및 나목의 대주주의 범위를 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목이 “상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주”라고 규정하고 있는바, 같은 법 시행령 제157조 제4항의 “「소득세법」제94조제1항 제3호 가목에서 대통령령으로 정하는 대주주”는 상장법인의 대주주만을 의미한다고 주장하고 있는 반면, 처분청은「소득세법」제94조제1항 제3호 가목에서 양도소득의 범위에 대하여 “대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”으로 규정하면서 대주주의 요건을 같은 법 시행령 제157조 제4항에 위임하고 있고, 같은 법 시행령 제157조 제4항 제1호 및 제2호는 상장법인과 비상장법인을 구분하고 있지 아니하므로 이때 대주주는 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 것으로 봄이 타당하다는 의견이다.

(2) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인은 2016.6.27. 비상장 중소기업인 쟁점법인 발행주식 OOO를 OOO에 양도한 사실, 쟁점법인이 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일(2015.12.31.) 현재「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업요건을 충족하여 중소기업이자 비상장법인이라는 사실, 청구인의 쟁점주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도(2015년) 종료일 현재 청구인 보유주식 비율이 대주주에 해당하는 사실 등이 나타난다.

(3) 2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전「소득세법」제104조제1항 제11호 나목은 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 OOO의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였다가, 2015.12.15. 개정되면서 중소기업 주식 중 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우”에만 OOO의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였고, 이와 관련하여「소득세법」제94조제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 2015.12.15. 개정 전ㆍ후 모두 “상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 하여 “대주주”에 대하여 규정하면서 “제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무”에서 사용하고 있는 “대주주”는 모두「소득세법」제94조제1항 제3호 가목의 “대주주”와 동일한 의미로 사용하는 것으로 규정하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 2015.12.15. 개정된「소득세법」제104조제1항 제11호 나목의 “대주주”는 “상장법인 중 중소기업의 대주주”를 의미하는 것으로 보아야 할 것이므로 비상장법인이자 중소기업의 주식인 쟁점주식에 대하여는 OOO의 양도소득세 세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 2015.12.15. 개정된「소득세법」제104조제1항 제11호 나목의 “대주주”는 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”와 동일한 것으로 보아야 할 것이고, 위「소득세법」제94조제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있으므로 동 규정의 “대주주”는 상장법인 뿐만 아니라 비상장법인의 대주주를 포함하는 것으로 보이는 점(조심 2017서3402, 2017.10.24. 등 다수 같은 뜻임), 청구인은「소득세법 시행령」제157조제4항 제1호에 따른 쟁점법인의 대주주의 요건(지분율 OOO 이상)을 충족한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 쟁점주식 양도의 경우 OOO의 양도소득세율 적용대상으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.