청구인이 쟁점토지를 임차하여 주택부수토지로 사용한 기간을 보유기간으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 있는지 등

청구인이 쟁점토지를 20년 이상 임차하여 사용하였더라도 소유권이전 후 2년이 안된 상태에서 양도한 이상 위의 비과세 요건을 충족하였다고 보기는 어려운 점, 청구인에게 「국세기본법」 제48조 제1항의 납세의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 것으로도 보이지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지의 양도소득을 과세소득으로 하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 1985.1.1.(의제취득일) OOO대 202㎡, 같은 동 708-678 대 24㎡를 취득하고, 1994년 위 지상 건물 297.42㎡를 신축하여 보유하다가 2017.3.27. 같은 동 708-928 대 68㎡(국유지로서 20년 이상 임차하여 사용하였고 이하 “쟁점토지”라 하며, 이상의 토지 및 건물을 합하여 이하 “쟁점주택이라 한다)를 취득한 후 2017.6.30. OOO일괄 양도하였으며, 양도소득세를 2017.11.3. 기한 후 신고하면서 쟁점주택의 양도가액은 일괄 양도가액 OOO개별주택가격 OOO대하여 3필지 토지의 개별 기준시가와 건물의 기준시가로 안분하여 계산하였으며, 쟁점토지를 포함한 위 3필지의 양도소득을 1세대 1주택에 해당하는 쟁점주택의 부수토지로 보아 비과세 소득으로 신고하였다.

나. OOO지방국세청장(감사관실)은 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토한 바, 청구인이 양도소득세 신고시 적용한 개별주택가격 OOO양도일 이후인 2017.9.29. 고시된 개별주택가격으로 일괄양도가액 안분계산을 잘못한 사실[양도일(매매계약 체결일인 2017.3.18.) 현재 고시된 개별주택가격은 OOO2017.3.27. 취득한 쟁점토지는 개별주택가격 고시에 포함되지 아니함]을 확인하고, 청구인이 쟁점토지를 2017.3.27. 취득하여 2017.6.30. 양도함에 따라 보유기간이 2년 미만임에도 1세대 1주택인 쟁점주택의 부수토지로서 비과세로 잘못 신고하였다고 보아 양도소득금액을 재계산하고 양도소득세를 경정.고지하도록 지시하였으며, 처분청은 이에 따라 2019.8.6. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO경정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.11.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) (주위적 청구) 쟁점토지는 당초 국유재산이었으나 청구인이 1994년 쟁점주택 신축시부터 국유재산 임대료를 납부하며 쟁점주택 부수토지로 사용하였고, 여러 번 매입을 시도하였으나 이루지 못하였다가 2017.3.27. 청구인 앞으로 소유권이전된 것인바, 1세대 1주택 비과세의 취지가 국민의 주거생활 안정에 있는 점, 쟁점토지는 청구인의 소유기간이 2년 미만이나 쟁점주택의 부수토지로 20년 이상 사용된 점 등을 고려할 때, 1세대 1주택에 포함되는 것으로 보아 양도소득세 비과세를 적용하여야 한다.

(2) (예비적 청구) 처분청은 이 건 양도소득세를 과세하면서 신고불성실(무신고)가산세 및 납부불성실가산세를 부과하였는바, 청구인이 쟁점토지의 양도소득을 비과세 소득으로 잘못 구분하여 계산함에 따라 양도소득세가 과세되었으므로 납부불성실가산세는 부과하더라도 신고불성실가산세는 제외하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) (주위적 청구) 양도소득에 대한 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하기 위해서는 보유기간 2년 이상이어야 하는바, 쟁점주택의 부수토지인 쟁점토지는 청구인이 2017.3.27. 국유재산을 매매로 취득하여 2017.6.30. 양도한 것으로 보유기간 2년 이상의 요건을 충족하지 못하고, 청구인은 국유재산을 20년 이상 임차하여 주택부수토지로 사용한 것을 이유로 1세대 1주택의 부수토지라고 주장하나, 보유기간 요건을 충족하지 않음에도 임차하여 사용한 기간이 2년 이상이라 하여 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 있는 특별규정이 없으므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

(2) (예비적 청구) 청구인이 당초 양도소득세 기한후 신고시 일반신고불성실(무신고)가산세(20%)를 적용하고 신고기한 후 1개월 초과 6개월 이내에 신고함으로써 20%를 감면(16%)하여 신고하였는바, 쟁점토지의 양도소득을 과세 소득으로 경정함에 따른 과소신고된 납부세액에 대하여도 일반신고불성실가산세(16%)를 적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적 청구) 청구인이 쟁점토지를 임차하여 주택부수토지로 사용한 기간을 보유기간으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 있는지 여부

② (예비적 청구) 신고불성실가산세 부과의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제89조[비과세 양도소득]

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

(2) 소득세법 시행령 제154조[1세대 1주택의 범위]

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다.(단서 생략).

(3) 국세기본법 제45조의3[기한 후 신고]

① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다.

② 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 세법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 그 세액을 납부하여야 한다. 제47조의2[무신고가산세]

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조 에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」 및 「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우 : 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위인 경우에는 100분의

60)

2. 제1호 외의 경우 : 100분의 20 제48조[가산세 감면 등]

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다.

2. 법정신고기한이 지난 후 제45조의3에 따라 기한 후 신고를 한 경우(제47조의2에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 결정할 것을 미리 알고 기한후과세표준신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액 가. 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 기한 후 신고를 한 경우 : 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액 나. 법정신고기한이 지난 후 1개월 초과 6개월 이내에 기한 후 신고를 한 경우 : 해당 가산세액의 100분의 20에 상당하는 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 국가가 2016.10.28. 체결한 국유재산 매매계약서를 보면, 청구인은 2017.3.27. 쟁점토지를 OOO에 국가(기획재정부)로부터 취득한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 국유재산 임대료 수납내역을 제시하며, 쟁점토지를 20년 이상 쟁점주택의 부수토지로 사용하였다고 주장한다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 주위적 청구인 쟁점①에 대하여 살피건대, 「소득세법」제89조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제154조 제1항에서 규정하는 비과세 양도소득인 1세대 1주택의 양도로 발생하는 소득은 주택(건물)과 부수되는 토지의 보유기간이 2년 이상인 것을 요건으로 하고 있는바, 청구인이 쟁점토지를 20년 이상 임차하여 사용하였더라도 소유권이전 후 2년이 안된 상태에서 양도한 이상 위의 비과세 요건을 충족하였다고 보기는 어려우므로 쟁점토지의 양도소득을 과세 소득으로 하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 예비적 청구인 쟁점②에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며, 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고.

납부의무를 이행하지 아니하였다고 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다 할 것(대법원 2002.4.12. 선고 2000두5944 판결 등 같은 뜻임)인바, 청구인은 쟁점주택을 양도하고 「국세기본법」제45조의3 에 따라 기한 후 신고를 하면서 신고불성실(무신고)가산세를 적용(20% 감면)하여 신고납부한 점, 청구인에게 「국세기본법」제48조 제1항의 납세의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 것으로도 보이지 아니하는 점 등에 비추어 이 건 양도소득세 과세처분시 신고불성실가산세를 제외 또는 전액 감면하여야 한다는 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.