쟁점부동산 양도에 대하여 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니하였다고 하여 청구교회에게 7년의 부과제척기간을 적용하여 부과처분 할 수 있는지 여부

청구교회는 유지재단의 지점 명단에 속해 있지 않은 것으로 나타나고, 유지재단과는 별개로 ‘수익사업을 하지 않는 비영리 단체’로 고유번호를 발급받은 것으로 확인되는 점, 청구교회는 「국세기본법」제13조 의 제2항의 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 않으므로 「소득세법」상 1거주자로 보아야 하고, 설령 청구교회가 유지재단의 소속이라고 하더라도 쟁점부동산은 청구교회의 명의로 등기되어 있으므로 쟁점부동산에 대한 양도소득에 대하여 청구교회가 「소득세법」에 따른 양도소득세를 신고하는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구교회가 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 무신고한 것으로 보아 이에 대하여 7년의 국세 부과제척기간을 적용한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구교회는 1981.6.7. 설립된 종교단체로, 2006.12.6. AAA으로부터 증여받은 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2014.5.30. BBB에게 OOO원에 양도하고 2014년 귀속 양도소득세를 무신고하였다.

나. 처분청은 청구교회가「국세기본법」 제13조에 따른 법인으로 보는 단체가 아니라 「소득세법」에 따른 1거주자에 해당한다고 보아 2021.9.14. 청구교회에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정.고지하였다.

다. 청구교회는 이에 불복하여 2021.11.4. 이의신청을 거쳐 2022.2.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구교회 주장 및 처분청 의견가. 청구교회 주장

(1) 청구교회는 (재)CCC재단(이하 “CCC재단”이라 한다)의 지(支)교회이고, CCC재단은 OOO 소재에 주사무소를 두고 모든 지교회의 법인세를 합산하여 신고하고 있다.

(2) CCC재단은 2014.5.30. 쟁점부동산이 양도된 후 2015.3.31.까지 양도소득에 대한 법인세 등을 신고·납부하였어야 하나, 착오로 인해 쟁점부동산에 대한 법인세 신고를 하지 못하였고, 이와 관련하여 청구교회의 부과제척기간은 2015.4.1.부터 5년이 경과한 시점인 2020.3.31.까지로 보아야 함에도 불구하고, 처분청이 청구교회를 법정신고 기한까지 과세표준을 제출하지 아니한 경우로 보아 7년의 부과제척기간을 적용하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) CCC재단의 사업자등록번호 중 가운데 숫자 ‘82’는 비영리법인의 본·지점(법인격 없는 사단, 재단, 기타단체 중 법인으로 보는 단체 포함)에 부여되는 것으로, CCC재단의 지점은 폐업법인을 포함하여 총 214개 모두 ‘82’로 되어 있으나 청구교회는 ‘89’로 확인되고, 청구교회는 CCC재단의 지점 명단에 속해 있지 않는 것으로 나타나며, 「국세기본법」에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받지도 않은 것으로 나타난다.청구교회가 발급받은 고유번호증의 유의사항에는 “이 고유번호증의 부여로 인해 「민법」 기타 특별법에 의한 법인격이 부여되는 것이 아닙니다”라고 기재되어 있는바, 청구교회는 법인이 아닌 「소득세법」 상의 1거주자로서 법인세가 아닌 양도소득세로 과세함이 타당하고, 양도소득세를 무신고한 이 건의 부과제척기간은 7년(만료일 : 2022.5.31.)이 적용되어야 한다.

(2) 설령 청구교회가 CCC재단 소속 지교회라고 하더라도 OOO교회 총회 헌법을 살펴보면, 지교회가 조성하는 재산 중 종교 고유목적에 사용하는 담임목사 사택 등은 CCC재단 명의로 등기하여야 하고, 종교 고유목적에 사용하지 않는 지교회의 기타 부동산은 각 지교회의 명의로 자체 소유·관리한다고 되어 있는바, 쟁점부동산은 CCC재단의 기본재산이 아니라 청구교회가 자체 소유·관리하였던 것으로 판단되고, 쟁점부동산은 등기부등본상 청구교회 소유로 기재되어 있으므로 쟁점부동산을 CCC재단의 법인세 과세대상으로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산 양도에 대하여 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니하였다고 하여 청구교회에게 7년의 부과제척기간을 적용하여 부과처분 할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2018.12.31., 법률 제16097호로 개정되기 전의 것)제13조(법인으로 보는 단체)

① 법인(「법인세법」 제1조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 CCC되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.

⑦ 법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 부여 및 승인취소에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제26조의2(국세 부과의 제척기간)

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

(2) 국세기본법 시행령(2019.2.12., 대통령령으로 개정되기 전의 것)제8조(법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등)

① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(「법인세법」 제1조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에「부가가치세법 시행령」 제12조제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서「법인세법」 제111조에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(3) 소득세법(2018.12.31., 법률 제16104호로 개정되기 전의 것)제2조(납세의무) ③「국세기본법」 제13조제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 거주자로, 그 밖의 경우에는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다.

(4) 법인세법(2018.12.24., 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)제1조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

다.「국세기본법」 제13조제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구교회는 ‘수익사업을 하지 않는 비영리단체’로 고유번호(117-89-0****)를 발급받은 것으로 확인되며, 고유번호증에는 유의사항으로 ‘이 고유번호증의 부여로 인해 「민법」 기타 특별법에 의한 법인격이 부여되는 것이 아닙니다’라고 기재되어 있다.

(2) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점토지는 청구교회의 전 대표자인 AAA이 2003.11.17. 매수하여 보유하다가 2006.12.14. 청구교회에 증여하였고, 2014.5.30. BBB에게 OOO원에 양도한 것으로 나타난다.

(3) CCC재단의 사업자등록증에 따르면, CCC재단은 1981.9.18. OOO을 사업장 소재지로 하고, 업태는 비영리, 부동산, 도소매, 서비스, 종목은 교회CCC재단, 임대, 출판, 도서, 웹호스팅으로 기재되어 있으며, CCC재단의 지점으로 등록된 교회는 폐업교회를 포함하여 총 214개의 지점으로 확인되고, 청구교회는 포함되어 있지 않은 것으로 나타난다.

(4) 청구교회는 다음과 같은 소속증명서(2021.7.2.)를 제출하였다.OOO

(5) OOO교회 총회의헌법 제77조및 제78조의 내용은 아래와 같다.OOO

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구교회는 CCC재단의 지교회로서, 매년 지교회의 법인세를 합산하여 신고하는 CCC재단이 착오로 쟁점부동산의 양도소득에 대한 법인세 신고를 누락한 것이므로 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다고 주장하나, 청구교회는 CCC재단의 지점 명단에 속해 있지 않은 것으로 나타나고, CCC재단과는 별개로 ‘수익사업을 하지 않는 비영리 단체’로 고유번호(117-89-0****)를 발급받은 것으로 확인되는 점, 청구교회는「국세기본법」 제13조의 제2항의 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 않으므로 「소득세법」상 1거주자로 보아야 하고, 설령 청구교회가 CCC재단의 소속이라고 하더라도 쟁점부동산은 청구교회의 명의로 등기되어 있으므로 쟁점부동산에 대한 양도소득에 대하여 청구교회가 「소득세법」에 따른 양도소득세를 신고하는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구교회가 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 무신고한 것으로 보아 이에 대하여 7년의 국세부과제척기간을 적용한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.