청구법인이 쟁점부동산을 시가보다 고가로 매입한 것으로 보아 시가 초과분에 상당하는 쟁점매입세액을 불공제한 처분의 당부

쟁점부동산과 비교부동산은 서로 상이하고, 쟁점부동산 거래가액은 감정평가액과 인근 부동산의 시세를 감안하여 합의한 것이라는 청구주장이 설득력이 있어 보이며 그 시가를 적정하게 반영하지 못하였다고 볼 만한 증빙이 제시되지 아니한 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 1986.10.6. 설립되어 모피가공 및 모피제품제조업을 영위하는 법인으로, 2015.6.30. OOO공장용지 9,919.8㎡ 및 공장 6,829.5㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 특수관계법인인 주식회사 OOO(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 대물변제로 OOO에 취득한 후, 건물분에 해당하는 공급가액 OOO원의 세금계산서 1매를 교부받아 관련 매입세액OOO을 매출세액에서 공제하여 2015년 제1기 부가가치세 환급신고를 하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대하여 부가가치세 환급신고 현지확인을 실시하여 청구법인이 2015.4.30. 주식회사 OOO에게 양도한 OOO 공장용지 9,942㎡ 및 건물 8,547.57㎡(이하 “비교부동산”이라 한다)의 양도가격OOO에 토지 및 건물의 기준시가 비율을 면적에 적용하여 환산한 가액OOO을 쟁점부동산의 시가로 산정하고, 매입금액OOO과의 차액OOO 중 건물분 매입세액 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 불공제하여 2015.11.6. 청구법인에게 2015년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.1.20. 이의신청을 거쳐 2016.5.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 비교부동산을 매각할 당시 관계회사인 주식회사 OOO의 금융차입금에 대한 보증금액이 OOO원인 상태에서 회계감사 결과, 차입금잔액 기준으로 지급보증충당부채로 OOO원을 적립하여야 된다는 감사인의 지적에 따라 자본잠식에 따른 관리종목 지정위기와 은행에서 차입금 상환청구가 있을 가능성에 대비하여 자금마련이 시급하였고, 신발용 제품의 생산공장 기계설비를 해외로 이전함에 따라 비교부동산이 유휴상태로 기회비용만늘어가는 상황에서 마침 주식회사 OOO에서 매입의사를 표시하여 비교부동산을 시세보다 저렴한 OOO원에 급하게 양도한 것이다.

(2) 처분청은 비교부동산과 쟁점부동산의 매각액을 공시지가비율로 단순 비교하여 부당행위계산의 부인규정을 적용하여 쟁점부동산을 고가매입한 것으로 보아 쟁점부동산의 건물가액 중 차액상당의 매입세액을 불공제하였으나, 청구법인이 쟁점부동산의 시가를 파악하기 위해 쟁점부동산에 대하여 감정평가를 의뢰한 결과, 감정가액이 OOO원에 이르렀으나 특수관계자인 청구외법인에 대한 막대한 대여금의 환수가능성이 전혀 없고 그 당시 전반적인 부동산가격이 폭락하면서 거래가 거의 없었던 점을 감안하여 감정가액보다 낮은 금액인 OOO원을 대물변제가액으로 합의한 것이다.

(3) 청구법인은 쟁점부동산을 대물변제로 취득하기 6개월 전에 유동성자금의 확보를 위하여 급매물의 형태로 비교부동산을 양도하였고, 일반적으로 토지가격은 개별성이 매우 강하여 연접된 토지라도 그 지목, 위치 및 품위 등에 따라 가격이 다를 수 있는 점, 동일한 지번에서 분할된 토지의 매매사례가액이 있다고 하더라도 현황이 다른 경우에는 이를 다른 분할된 토지의 시가로 평가할 수 없는 점, 일반적인 양도계약이 아닌 대물변제로 대여금의 회수지연에 따른 여러 기회비용 등을 감안하여 매매가액을 결정한 점 등에 비추어 처분청이 부당행위계산의 부인규정을 적용한 것은 부당하다.

따라서, 쟁점부동산은 비교부동산과 거래상황이나 경제적 여건이 상이하여 공시지가로 환산한 가액을 시가로 볼 수 없고, 쟁점부동산의 매입가액은 감정평가액보다 낮게 거래되어 조세를 부당하게 회피한 사실이 없으므로 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 주식회사 OOO의 금융차입금에 대한 보증이 OOO원에 달하여 차입금잔액 기준으로 지급보증충당부채를 적립하여야 한다는 감사인의 지적과 제품의 생산공장 기계설비를 해외로 이전함으로써 비교부동산이 유휴상태로 기회비용만 늘어가는 상태에서 급하게 양도하여 시세보다 저렴한 OOO원에 처분하였다고 주장하나,2015.3.31. 금융감독원에 제출한 감사보고서에 청구법인에 대한 감사지적 사항은 나타나지 아니하고, 비공식적인 감사인의 지적사항이 있었다고 해도 법인의 내부사정을 모르는 제3자와의 거래에서 시세보다 저렴하게 매각하였다는 것은 일반적인 상거래에서 있을 수 없는 일이며, 양도 당시 시세가 얼마인지에 대한 구체적인 근거도 없다.

(2) 청구법인은 특수관계자인 청구외법인에 대한 대여금의 회수지연으로 인한 여러 가지 기회비용을 감안하여 OOO원에 대물변제받은 것으로 합리적인 가격결정이라고 주장하나,감정평가액이 OOO원에 달하는 쟁점부동산을 OOO원으로 결정한 구체적인 근거가 없고, 대금결제 조건도 청구외법인이 차입한 OOO원 중 OOO원을 차입금에서 변제하며, 나머지 OOO원은 청구외법인에 구조개선을 위해 지급하였다는 것은 청구법인이 유동성 자금확보를 위해 비교부동산을 급하게 양도하였다는 주장과 회수불능대여금을 대물변제 받은 것이라는 주장과 상반된 것으로 청구법인이 당초 신고한 매입가액은 쟁점부동산의 시가를 적정하게 반영한 가액이라고 인정할 수 없다.그리고, 쟁점부동산과 비교부동산의 양도시기는 2개월 밖에 차이나지 아니하고, 바로 인접하여 울타리도 없어 사실상 동일 지번처럼 보이며, 동일한 공업단지 조성시기에 철근콘크리트의 같은 구조로 건설되었고, 또한 대로변과 접근성으로 볼 때 비교부동산은 출입구도양쪽으로 있어 실질적인 부동산가치로 판단할 때 가치가 훨씬 높다는 것은누구라도 알 수 있음에도 쟁점부동산을 비교부동산의 매각금액보다 고가로 매입한 행위는 합리적인 경제인의 선택이라 할 수 없다.

(3) 쟁점부동산 취득과 관련하여 이 건 부가가치세를 과세한 것은 부당행위계산의 부인규정을 적용하여 매입세액을 불공제한 것이 아니고「부가가치세법」제29조및「부가가치세법 시행령」제62조에 의하여 금전 외의 대가를 받은 것에 대하여 시가보다 고가로 매입한 것으로 보아 매입세액을 불공제한 것이다.또한, 청구법인은 쟁점부동산의 매입대가를 금전으로 지급하지 아니하고 대여금과 상계하였는바, 이는「부가가치세법」제29조제3항 제2호에 규정한 금전 외의 대가를 받은 것에 해당하여 쟁점부동산의 시가를 과세표준으로 보는 것이 타당하므로, 비교부동산 거래가액과 공시지가의 비율을 쟁점부동산 공시지가에 적용하여 환산한 가액을 쟁점부동산의 시가로 산정하고, 쟁점부동산 거래금액과의 차액 중 건물분 쟁점매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점부동산을 시가보다 고가로 매입한 것으로 보아 시가 초과분에 상당하는 쟁점매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법제29조【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액2.금전 외의 대가를 받는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

④ 제3항에도 불구하고 특수관계인에게 공급하는 재화 또는 용역에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 공급한 재화 또는 용역의 시가를 공급가액으로 본다.1.재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 아무런 대가를 받지 아니한 경우

2. 용역의 공급에 대하여부당하게 낮은 대가를 받는 경우

3. 용역의 공급에 대하여 대가를 받지 아니하는 경우로서 제12조 제2항 단서가 적용되는 경우제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2)부가가치세법 시행령 제62조【시가의 기준】법 제29조 제3항 및 제4항에 따른 시가(時價)는 다음 각 호의 가격으로 한다.1.사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 가격이 없는 경우에는 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격(공급받은 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 해당 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다)

3. 제1호나 제2호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는「소득세법 시행령」제98조제3항 및 제4항 또는「법인세법 시행령」제89조제2항 및 제4항에 따른 가격(3)법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.1.「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.2.「상속세 및 증여세법」 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우「상속세 및 증여세법」 제63조제1항제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며,「상속세 및 증여세법」 제63조제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 "원가"라 한다)과 원가에 당해 사업연도중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

(4) 상속세 및 증여세법제60조【평가의 원칙 등】

① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다.(후단 생략)

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.제61조【부동산 등의 평가】

① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 토지「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.

2. 건물건물(제3호와 제4호에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 청구외법인 간에 2015.6.30. 체결한 쟁점부동산의 대물변제계약서에 의하면, 총매매대금은 OOO원(건물분 부가가치세 별도)으로, 잔금지급일은 2015.6.30.로 기재되어 있고, 총매매대금 중 토지가액은 OOO원으로 각각 구분기재되어 있으며, 세부 특약사항 중 주요내용은 다음 <표1>과 같다.

<표1>

(2) 처분청이 제출한 부가가치세 현지확인보고서의 주요내용은 다음 <표2>와 같고, 부당행위계산의 부인규정을 적용하여 이 건 부가가치세를 과세한 사실이 나타난다.

<표2>

(3) 청구법인이 쟁점부동산의 시가를 파악하기 위해 2015.2.6. OOO에 의뢰하여 감정평가한 결과, 토지평가액은 OOO 등 쟁점부동산 총 평가액은 OOO원으로 산정된 사실이 청구법인이 제출한 감정평가서에 나타나며,청구법인은 쟁점부동산의 감정가액이 OOO원에 이르렀으나 특수관계자인 청구외법인에 대한 막대한 대여금의 환수가능성이 전혀 없고, 당시 전반적인 부동산가격이 폭락하고 거래가 없던 점을 감안하여 감정가액보다 낮은 금액인 OOO원으로 합의하였다고 주장하면서 인근 부동산의 거래내역서를 제출하였다.

(4) 비교부동산은 쟁점부동산과 연접하여 위치하고 있고, 처분청이 제시한 쟁점부동산의 시가 평가와 관련한 기준시가 등 비교자료는 다음 <표3>과 같다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점부동산의 매입 당시 시가를비교부동산의 거래금액을 토지와 건물의 기준시가 비율로 환산하는 방법으로 산정하였으나, 쟁점부동산과 비교부동산은 거래경위, 건물의 면적, 방향, 용도 및 개별공시지가 등이 서로 상이하여 단순히 인접한 위치에 있다는 이유만으로 매매사례로 보기는 어려운 점, 쟁점부동산보다 비교부동산의 위치가 우월하여 토지의 개별공시지가가 높음에도 건물의 시가 산정과 관련 없는 토지를 포함함에 따라 시가가 왜곡된 것으로 보이는 점,「부가가치세법 시행령」제62조제3호에서 시가가 불분명할 경우「법인세법 시행령」제89조제2항 및 이에 따른「상속세 및 증여세법」제61조내지 제66조에 의하여 산정하도록 규정하고 있어「상속세 및 증여세법」제60조에 의한 방법인 매매사례가액은 법적 근거가 없는 점,쟁점부동산 거래가액은 감정평가액과 인근 부동산의 시세를 감안하여 합의한 것이라는 청구주장이 설득력이 있어 보이고 그 시가를 적정하게 반영하지 못하였다고 볼 만한 증빙이 제시되지 아니한 점등에 비추어청구법인이 쟁점부동산을 시가보다 고가로 매입한 것으로 보아 초과분에 상당하는 쟁점매입세액을 불공제하고 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.