청구인은 쟁점주식(비상장 중소기업 발행주식)양도 당시 소득세 법령에 따른 ‘대주주’에 해당되지 아니하므로 양도소득세율 10%를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

쟁점주식 양도 당시의 「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 ‘대통령령으로 정하는 대주주’의 범위를 제3장 전체에서 모두 동일한 의미로 해석하도록 규정하였으므로 문언해석상 동 규정의 “대주주”는 주권상장법인은 물론 주권비상장법인도 포함하는 것으로 봄이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 비상장 중소기업인 OOO 주식회사 발행주식 OOO를 2016.6.20. OOO원에, OOO 주식회사 발행주식 OOO(OOO 주식회사 발행주식 OOO와 합하여 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2016.6.24. OOO원에 각각 양도한 후 「소득세법」(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제11호 다목에 따른 OOO의 양도소득세율을 적용하여 양도소득세 신고를 하였다.

나. 이후 2018.1.3. 청구인은 당시 「소득세법」에서 주권상장법인 대주주만을 규정하고 있으므로 비상장 중소기업의 경우 대주주 여부에 관계없이 OOO가 아니라 OOO의 양도소득세율을 적용하여야 한다고 주장하면서 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 「소득세법」제94조 에 규정된 ‘대주주’를 주권상장법인만을 의미하는 것으로 볼 수 없다는 이유로 2018.3.21. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.6.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 구 「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목은 그 입법목적이 주권상장법인인 대주주의 양도로 발생하는 소득에 대한 과세근거 규정으로서 그 중 대주주의 범위만을 주권비상장법인에게까지 차용·적용하는 것은 조세법률주의에 위배한다. (가) 주식 양도소득세율을 규정한 「소득세법」제104조 제1항 제11호 나목은 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되면서 중소기업의 주식으로서 대주주가 아닌 자가 양도하는 주식에 한정하여 양도소득세율 OOO를 적용하는 것으로 변경되었다. 그런데, 주식 양도소득의 범위를 규정한 「소득세법」제94조 제1항 제3호는 2015.12.15. 법률 제13558호로 함께 개정되지 아니함에 따라 같은 호 가목에서는 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 주권상장법인의 주식등이지만 증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것”을, 나목은 “주권상장법인이 아닌 주식등을 양도하는 것”으로 주식 양도소득의 범위를 규정하고 있다.

(나) 이에 대해 처분청은 위 「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목에서 정하는 대주주는 「소득세법」제3장(거주자의 양도소득에 대한 납세의무)에서 모두 적용되는 것으로 규정하고 있고, 그 범위에 대하여는 구체적으로 「소득세법 시행령」(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제157조 제4항에서 규정하는 것이므로 주권비상장법인의 대주주에게도 적용된다는 의견이나, (다) 구 「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목은 애초부터 상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와 과세형평을 기하기 위한 목적으로 상장주식을 양도소득세 과세대상으로 규정하고, 다만 모든 상장주식 등의 양도차액에 대하여 과세하는 것은 기업의 다양한 자금조달을 어렵게 하고 투자자의 다양한 자금운용기회를 상실하게 함으로써 증권시장의 육성에 부정적인 결과를 초래할 우려가 있다는 이유로 대주주(주주 1인 및 그와 특수관계가 있는 기타 주주)가 상장주식 등을 거래하는 경우로 과세대상을 한정한 것인바(대법원 2014.6.26. 선고 2012두20694 및 2006.11.10. 선고 2006두4394 판결, 참조), 통상인이라면 주권상장법인 대주주의 양도소득에 대한 과세근거 규정이라고 예측할 수가 있을 뿐 그 중 대주주의 범위에 대해서는 주권비상장법인에게까지 확대하여 적용되는 것이라고는 예측할 수 없으며, 그마저도 모법이 아닌 시행령으로 위임하고 있는바 이를 통해 행한 이 건 경정청구 거부처분은 과세요건 법정주의 및 명확주의를 내용으로 하는 조세법률주의나 포괄위임입법금지원칙에 위배된 부당한 처분이다.

(2) 2017년 개정 소득세법령에 비로소 주권비상장법인 대주주의 범위가 확정된 것이다. (가) 주권비상장법인 대주주에 대한 과세요건이 불분명한 점이 문제되자 과세당국은 2016.12.20. 개정된 「소득세법」(법률 제14389호) 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령이 정하는 대주주”를 “대통령령이 정하는 주권상장법인의 대주주”로 변경하였고, 같은 법 제104조 제11항 가목에 비로소 양도소득세율이 달리 적용되는 대주주 범위를 명확히 시행령에 위임하였는바, 이에 따라 2017.2.3. 개정된 「소득세법 시행령」(대통령령 제27829호) 제157조 제4항에서 주권상장법인의 대주주를, 제167조의8 제1항에서 주권상장법인 대주주와 구분되는 주권비상장법인 대주주의 범위를 규정하게 된 것이다. (나) 처분청 의견대로 구 「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목에서 규정하는 대주주가 모든 경우의 대주주로 위임한 것이 명확하다면 굳이 여러 개의 법령을 개정할 이유가 없다. 통상인으로서는 개정 전 「소득세법」의 규정과 입법목적으로 볼 때 대주주의 범위가 주권상장법인에 대한 것인지 아니면 주권비상장법인을 포함한 것인지를 파악할 수 없었으므로 이에 기초한 이 건 경정청구 거부처분은 명백히 조세법률주의에 위배된 것이다.

나. 처분청 의견

중소기업인 비상장법인의 대주주 주식양도에 대한 양도소득세율은 구 「소득세법」(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제104조 제1항 제11호 나목에 따라 OOO의 양도소득세율을 적용하여야 한다. <표> 주식 또는 출자 지분에 대한 양도소득세율

(1) 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 「소득세법」제104조 제1항 제11호 나목에서 중소기업의 주식등 중 OOO 세율 적용대상이 대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정됨에 따라 중소기업 대주주의 양도소득세율이 OOO에서 OOO로 상향되었다.

(2) 또한, 국회의 법률 개정이유를 보면, 위 「소득세법」제104조 제1항 제11호가 개정되기 이전에는 중소기업 주식의 양도소득에 대해서는 대주주인지 여부와 무관하게 양도소득세 세율이 적용되고 있었으나, 중소기업의 대주주인 경우에는 주식양도소득 과세에 있어서도 우대하여야 할 필요성은 낮은 점을 고려하여 주식양도세율을 OOO에서 OOO로 조정하게 된 것이다.

(3) 더구나 조세심판원(조심 2018서1671, 2018.5.16. 외 다수)은 이미 청구인과 같은 취지의 주장에 대하여 이유 없다고 판단하였고, 법원(부산지방법원 2018.1.19. 선고 2017구합23415 판결)도 대주주의 비상장 중소기업 주식양도의 경우에도 OOO 양도소득세율을 적용하여 한다고 판단하고 있다.

(4) 따라서 중소기업 “대주주의 주식 양도소득세율”은 주권발행법인이 상장이던 비상장이던 따로 구분하지 아니하고 OOO로 상향된 것이므로, 상장법인의 중소기업 대주주에게만 OOO의 양도소득세율을 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 입법취지 등을 오해한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인은 쟁점주식(비상장 중소기업 발행주식) 양도 당시 소득세법령에 따른 ‘대주주’에 해당되지 아니하므로 양도소득세율 OOO를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정된 것) 제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주 (이하 이 장에서 "대주주"라 한다) 가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 제104조(양도소득세의 세율)

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30 나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20

(2) 소득세법 시행령(2016.3.31. 대통령령 제27074호로 일부개정된 것) 제157조(증권예탁증권 및 대주주의 범위)

④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자( 이하 이 장에서 "대주주"라 한다 )를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주 . (후단 생략) 가. 주주 1인 및 그와 「법인세법 시행령」 제43조 제8항 제1호에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 "주주 1인등"이라 한다)의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우 : 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1) 「국세기본법 시행령」제1조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자

2) 「국세기본법 시행령」제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자 나. 주주 1인등의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대가 아닌 경우 : 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1) 직계존비속

2) 「국세기본법 시행령」제1조의2 제1항 제3호 또는 제4호에 해당하는 자

3) 「국세기본법 시행령」제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 25억원 이상인 경우 의 해당 주주 1인 및 기타주주

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 2016.6.20. 주식의 포괄적 교환에 따라 OOO(주) 보유주식 OOO를 OOO(주)에, 2016.6.24. OOO(주) 보유주식 OOO를 (주)OOO에 각각 매도한 사실, 쟁점주식 발행법인인 OOO(주)와 OOO(주)가 모두「중소기업기본법」상 ‘중소기업’에 해당하고, ‘비상장법인’이라는 사실, 쟁점주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도(2015년) 종료일 현재 청구인 보유주식 비율이 OOO(주) OOO, OOO(주) OOO라는 사실 등에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(2) 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 「소득세법」제104조 제1항 제11호 나목은 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 OOO의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였다가 2015.12.15. 개정되면서 중소기업 주식 중 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우”에만 OOO의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였고, 이와 관련하여 「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 2015.12.15. 개정 전·후 모두 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 하여 “대주주”에 대하여 규정하면서 “제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무”에서 사용하고 있는 “대주주”는 모두 위 제94조 제1항 제3호 가목의 “대주주”와 동일한 의미로 사용하는 것으로 규정하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주식 양도 당시의 「소득세법」에서 주권상장법인 대주주만을 규정하고 있으므로 비상장법인으로서 중소기업 주식인 쟁점주식의 경우 대주주 여부에 관계없이 OOO가 아니라 OOO( 「소득세법」제104조 제1항 제11호 나목)의 양도소득세율을 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점주식 양도 당시의 「소득세법」(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정된 것) 제94조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령(2016.3.31. 대통령령 제27074호로 일부개정된 것) 제157조 제4항에서 ‘대통령령으로 정하는 대주주’의 범위를 제3장 전체에서 모두 동일한 의미로 해석하도록 규정하였으므로 문언해석상 동 규정의 “대주주”는 주권상장법인은 물론 주권비상장법인도 포함하는 것으로 봄이 타당하다. 따라서 처분청이 대주주가 양도한 비상장 중소기업의 주식인 쟁점주식의 경우에도 「소득세법」제104조 제1항 제11호 다목에 의한 OOO의 양도소득세율 적용대상이라고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.