이 건 양도소득세 부과처분이 위법·부당하다는 청구주장의 당부

토지거래허가구역 지정기간 중에 쟁점토지에 관하여 청구인과

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◇ 외 1법인 간에 매매계약이 체결되어 허가구역 지정이 해제될 때까지 위 계약이 해제되거나 무효가 된 바 없고 그 대금지급까지 모두 완료된 상태에서 허가구역 지정이 해제되었다면, 쟁점토지 매매계약은 허가구역 지정해제와 함께 확정적으로 유효가 된 것이고 그 양도소득 산정의 기준이 쟁점토지의 양도시기는 매매계약의 대금청산일로 보는 것이 타당하다고 할 것인바, 양도소득 산정의 기준이 되는 이 건 쟁점토지의 양도시기는 잔금청산일로 보아야 함에도 처분청이 이와 다른 전제에서 청구인에게 20◎◎년 귀속 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2007.3.28. OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)외 1법인과 OOO 대 306㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 양도하는 매매계약을 체결한 후, 쟁점토지가 2010.12.15. 토지거래허가구역 지정에서 해제됨에 따라 2017.6.13. 소유권이전등기를 경료하였다[등기권리자 : OOO 유한회사(이하 “OOO”라 한다)].

나. 처분청은 청구인이 쟁점토지 양도소득에 대하여 양도소득세 신고를 하지 아니하자 소유권이전등기일인 2017.6.13.을 양도일로 보아 2019.1.10. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.3.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 이 건 양도소득세 부과처분은 청구인의 양도소득에 대한 귀속연도를 오해하여 내려진 위법한 처분으로 취소되어야 한다. 처분청은 청구인의 쟁점토지 양도로 인한 소득의 귀속연도를 소유권이전등기일이 속한 2017년으로 보고 청구인에게 이 건 부과처분을 하였으나, 토지거래허가구역 내의 토지에 관하여 대금청산 후 허가를 받아 소유권이전등기를 한 경우 양도소득 산정의 기준이 되는 양도시기는 대금청산일이다(대법원 2000.6.27. 선고 98두3174 판결 등). 따라서 쟁점토지 양도시기는 OOO가 청구인에게 잔금OOO을 지급한 2008.5.15.로 보아야 하므로 해당 양도소득의 귀속연도는 2017년이 아닌 2008년이다.

(2) 이 건 처분은 국세부과제척기간을 도과한 위법한 처분으로 무효라 할 것이다. 구「소득세법」(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것) 제110조 제1항은 토지거래계약의 허가를 받은 경우 허가일이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 양도소득세 과세표준을 확정신고하도록 규정하고 있다. 이에 따라 토지거래계약의 허가를 받은 경우 양도소득세의 국세부과제척기간은 허가일의 다음 연도 6월 1일부터 5년이고, 무신고의 경우는 허가일의 다음 연도 6월 1일부터 7년이다. 한편 토지거래계약의 허가를 받기 이전에 허가구역에서 지정해제된 경우에 관하여 「소득세법」제110조 가 2017.12.19. 법률 제15225호로 개정되면서, 아래와 같이 토지거래허가구역 지정해제일이 속한 다음 연도 6월 1일을 부과제척기간으로 하는 규정이 비로소 신설되었다.

소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것)

제110조(양도소득과세표준 확정신고)

① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지[제105조 제1항 제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일(토지거래계약허가를 받기 전에 허가구역의 지정이 해제된 경우에는 그 해제일을 말한다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지] 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

따라서 위와 같이 법 개정 되기 이전에는 토지거래허가구역 지정해제의 경우 부과제척기간의 기산일이 문제될 수 있으나, 이에 관하여 대법원은 법 개정 이전에도 이미 토지거래허가구역 지정해제일의 다음 연도 6월 1일이 부과제척기간의 기산일이라고 판시하였다(대법원 2003.7.8. 선고 2001두9776 판결). 그렇다면 이 건에서 청구인의 쟁점토지 양도에 관한 토지거래허가구역 지정해제일은 2010.12.15.이므로 부과제척기간의 기산일은 2011. 6.1.인바, 2019.1.10.에 부과된 이 건 처분은 2011.6.1.로부터 7년의 국세부과제척기간을 도과하여 이루어진 것으로서 위법하다고 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인이 제출한 자료만으로는 대금청산일이 객관적으로 확인되었다고 볼 수 없어 처분청에서 등기접수일을 양도시기로 보아 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하다. 청구인이 추가로 제출한 부동산 매매계약서(이하 “추가계약서”라 하고, 동 계약을 “추가계약”이라 한다) 상단에는 “OOO”의 날인이 있는데 동 사업장은 2015년에 개업한 것으로 확인되는바, 추가계약서는 대금이 송금된 금융증빙 일자에 맞춰서 사후에 작성된 것으로 추정되므로 쟁점토지의 정확한 양도시기를 확정할 수 있는 근거로 보기는 어렵다. 처분청에서 청구인에게 제출 요구하여 받은 당초 작성된 계약서(이하 “원계약서”라 하고, 동 계약을 “원계약”이라 한다)를 보면, 해당 계약내용에 따라 대금지급이 이루어지지 않았고 제10조 기타사항에는 잔금 지급 후 양도소득세는 매수인(OOO 외 1법인)이 정산한다는 조건이 있는데 매수인이 매도인에게 양도소득세를 입금한 사항이 확인되지 아니한다. 또한 원계약서의 제4조에는 매매대금의 잔금을 수령함과 동시에 소유권이전등기에 협력해야 하고 부동산을 인도하여야 한다는 조항에 따라 소유권이 2017.6.13.에 이전되었는데, 잔금지급일이 언제인지 여부가 불분명하다.

(2) 위 (1)과 같이 잔금청산일이 확인되지 않아 등기접수일을 양도시기로 보는 이상, 예정신고기한 다음 날인 2017.9.1.을 기산일로 보아야 하므로 7년(무신고)의 부과제척기간이 만료되었다고 볼 수는 없다. 청구인은 쟁점토지가 토지거래계약허가구역으로 지정되어 있었으므로 해당 기간 소유권이전등기를 할 수 없었다고 주장하나, 쟁점토지의 토지거래허가구역이 해제된 후 소유권이전등기를 할 수 있었음에도 상당한 기간 동안 소유권이전등기를 하지 않은 점에 미루어 받아야 할 잔금이 더 있었을 것으로 추정되므로 청구인이 동 거래에 사용한 금융계좌의 2017년 거래 내역이 제시되어야 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 양도소득세 부과처분이 위법·부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제26조의2【국세의 부과제척기간】

① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. (단서 생략)

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 : 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우 : 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.

3. 납세자가 부정행위를 하여 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 : 해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년 가. 「소득세법」제81조의10 제1항 제4호 나. 「법인세법」제75조의8 제1항 제4호 다. 「부가가치세법」제60조 제2항 제2호, 같은 조 제3항 및 제4항

(2) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것) 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 제110조【양도소득과세표준 확정신고】

① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

(3) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심판청구서, 처분청 답변서, OOO 등의심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2007.3.28. OOO 외 1법인과 당시 토지거래허가구역이던 쟁점토지를 OOO원에 양도하는 매매계약을 체결하였고, 이후 OOO가 청구인에게 아래 ＜표＞와 같이 대금을 지급하였다. ＜표＞ OOO의 대금 지급내역(금융증빙) (나) 위 (가) 쟁점토지 양도와 관련하여 거래당사자가 관할 행정청으로부터 토지거래허가를 받은 사실은 없고, 쟁점토지는 2010.12.15. 토지거래허가구역 지정에서 해제되었다. (다) 쟁점토지가 토지거래허가구역 지정에서 해제됨에 따라 2007. 3.28. 매매를 원인으로 하여 2017.6.13. 청구인으로부터 OOO에게 소유권등기가 이전되었다(거래가액 OOO원).

(2) OOO는 아파트 분양사업 등을 목적으로 매입한 쟁점토지 등 318필지에 대하여 장기간 소유권이전등기를 신청하지 아니하였다는 이유로「부동산실권리자 명의등기에 관한 법률」제10조 위반으로 평택시 송탄출장소장으로부터 2015.9.3. 과징금OOO을 부과받자 동 부과처분의 취소를 구하는 행정심판을 제기하여 2016.5.11. 일부인용결정(OOO 감경)을 받았는데, 위 경기도행정심판위원회의 재결서(2015 ­1907, 2016.5.11.)상의 인정사실 중 이 건 심판청구와 관련된 사실관계는 다음과 같다. (가) OOO는 OOO이 OOO 출자하여 공동주택사업시행 및 분양판매업을 목적으로 설립된 회사로, OOO 일원에 공동주택사업과 아파트 분양사업을 진행하기 위하여 2005. 3.21.부터 2008.3.26.까지 쟁점토지를 비롯한 318필지를 매입하고 해당 매매대금을 각 지급하였다. (나) 위 (가)와 관련하여 OOO는 부족한 토지취득자금은 OOO으로부터 OOO원의 PF대출을 받고 OOO로부터 약 OOO원을 차입하여 진행하였는데, OOO은 OOO가 받은 OOO원의 PF대출에 대해 병존적 채무인수를 하였다. (다) OOO의 PF대출에 대한 연대채무자인 동시에 OOO 출자자인 OOO이 국내 건설경기의 급격한 불황으로 인해 2009.3.31. 워크아웃에 들어가게 되자, OOO 및 OOO의 모든 자금집행이 채권단의 통제 하에 들어가게 되었다.

(3) 쟁점토지 매매와 관련하여 작성된 원계약서와 추가계약서상 차이는 다음과 같다. (가) 계약당사자를 보면, 원계약서상 기재된 매수인은 OOO 외 1법인으로 나타나는 반면, 추가계약서상 매수인은 OOO로 나타난다. (나) 매매대금 지급방법을 보면, 원계약서상 계약금은 별첨도면의 토지 및 건물이 OOO 이상 계약될 때, 중도금은 계약금 지급 후 3개월 후에 OOO를, 잔금은 중도금 지급 후 3개월 후 각 지급하는 것으로 기재되어 있고, 추가계약서상 매매매금 지급방법은 위 ＜표＞ 지급내역과 동일한 것으로 확인된다(매매대금은 OOO원으로 양 계약서가 같다). (다) 특약사항을 보면, 원계약서에는 잔금지급 후 양도소득세(주민세 포함)는 매수인(OOO외 1법인)이 부담하기로 하는 특약이 나타나고, 추가계약서에는 매매대금은 원계약서의 매매대금지급으로 갈음하고 추가계약서 이외의 사항은 원계약서에 따른다는 내용의 특약이 기재되어 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점토지의 양도시기에 대하여 본다. (가) 「소득세법」제98조 는 자산의 양도차익을 계산할 때 대금청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날을 그 취득시기 및 양도시기로 한다고 정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일로 한다고 규정하고 있다. 한편 허가구역 지정기간 중에 허가구역 안의 토지에 대하여 토지거래허가를 받지 아니하고 토지거래계약을 체결한 후 허가구역 지정해제 등이 된 때에는 그 토지거래계약이 허가구역 지정이 해제되기 전에 확정적으로 무효로 된 경우를 제외하고는 더 이상 관할 행정청으로부터 토지거래허가를 받을 필요가 없이 확정적으로 유효로 되고(대법원 1999.6.17. 선고 98다40459 전원합의체 판결 참조), 토지거래허가지역 내의 토지에 관하여 장차 토지거래허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 대금을 청산한 다음 토지거래허가를 받아 소유권이전등기를 한 경우 비록 그 매매계약은 토지거래허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 효력이 발생하지 아니하지만 나중에 허가를 받으면 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로 양도소득 산정의 기준이 되는 토지의 양도시기는 그 대금청산일이 된다(대법원 1998.2.27. 선고 97누12754 판결 참조).

(나) 이 건의 경우 토지거래허가구역 지정기간 중인 2007.3.28. 쟁점토지에 관하여 청구인과 OOO 외 1법인 간에 매매계약이 체결되어 허가구역 지정이 해제될 때까지 위 계약이 해제되거나 무효가 된 바 없고 ＜표＞에서 확인된 바와 같이 그 대금지급까지 모두 완료된 상태에서 허가구역 지정이 해제되었다면, 위 (가)에서 살펴본 바와 같이 쟁점토지 매매계약은 허가구역 지정해제와 함께 확정적으로 유효가 된 것이고 그 양도소득 산정의 기준이 쟁점토지의 양도시기는 매매계약의 대금청산일로 보는 것이 타당하다고 할 것이다. (다) 그러나 처분청은 쟁점토지의 매매계약서가 2가지 형태로 존재하고 있는 점 등에서 청구인이 제출한 증빙만으로는 쟁점토지의 잔금청산일이 명확하게 확인되지 아니한다는 의견이나, 원계약서상 매수인을 ‘OOO 외 1법인’으로 표기한 이유는 아파트 분양사업을 진행함에 있어 OOO이 사업 전반을 추진하고 그 자회사인 OOO가 해당 토지의 매입 등 실제 업무를 수행하는 사업구조임을 나타내기 위한 것이고 그러한 계약상 매수인의 지위에 대하여 매도인인 청구인과의 의사합치가 이루어진 것으로 보이는 점, 원계약서 체결 이후 작성된 추가계약서는 부동산 등기용으로 사후적으로 작성된 것은 사실이나, 매매대금은 원계약서의 매매대금지급으로 갈음하고 추가계약서 이외의 사항은 원계약서에 따른다는 내용의 특약이 기재되어 있는 점에서 추가계약은 계약당사자 등 계약의 중요한 요소가 변경된 것이 아니라 원계약의 연장선상에서 매매대금 지급방식 등 절차적인 내용 일부가 수정된 형태의 계약으로 봄이 타당하다고 하겠다.

(라) 따라서 양도소득 산정의 기준이 되는 이 건 쟁점토지의 양도시기는 잔금청산일(2008.5.15.)로 보아야 함에도 처분청이 이와 다른 전제에서 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(5) 다음으로 이 건 양도소득세 부과처분이 국세부과제척기간이 도과하였는지 여부에 대하여 본다. (가) 자산의 양도에 따른 양도소득세 부과의 제척기간은 원칙적으로 그 과세표준 확정신고기한이 종료하는 시점의 다음날인 자산의 양도시기 다음 연도 6월 1일부터 진행하지만, 토지거래허가지역 내의 토지거래계약이 허가를 받지 아니하여 무효의 상태에 있다면 단지 매매대금이 먼저 지급되어 양도인이 이를 보관하고 있다 하여도 이를 두고 양도소득세 과세대상인 자산의 양도에 해당한다거나 자산의 양도로 인한 소득이 있었다고 할 수 없으므로 이와 같은 경우의 양도인은 구「소득세법」(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조 제1항 소정의 당해 연도의 양도소득금액이 있는 거주자가 아니어서 과세표준 확정신고의무가 없고 이후 토지거래허가지역의 지정이 해제되는 등의 사유로 토지거래계약이 확정적으로 유효가 된 때 양도인에게 비로소 자산의 양도로 인한 소득이 있게 되는 것이므로 양도인은 토지거래계약이 확정적으로 유효가 된 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 같은 법 제110조 제1항 소정의 과세표준 확정신고를 하여야 하고 양도소득세 부과의 제척기간은 그 다음날부터 진행한다(대법원 2003.7.8. 선고 2001두9776 판결 등 참조).

(나) 이 건의 경우 2007.3.28. 토지거래허가구역 내에 있던 쟁점토지에 관한 매매계약이 체결되고 대금을 수령한 이후인 2010.12.15. 쟁점토지에 관한 토지거래허가구역지정이 해제되었으므로 청구인은 그 해제일이 속하는 연도의 다음 연도인 2011.5.1.부터 2011.5.31.까지 구 「소득세법」제110조 제1항 소정의 과세표준 확정신고를 하여야 하고 양도소득세 부과제척기간은 그 다음날인 2011.6.1.부터 진행한다고 할 것인바, 청구인이 「국세기본법」제26조의2 제2항 제1호에 따라 법정신고기한(2011.5.31.)까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 이 건의 경우 양도소득세 부과처분은 이를 부과할 수 있는 날인 2011.6.1.부터 2018.5.31.까지 7년 내에 하여야 함에도 처분청에서 2019.1.10.에야 비로소 양도소득세를 부과한 점에 비추어 위법하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.