고정자산처분이익을 고유목적사업준비금 손금산입 후 정기예금에 전출하였다가 수익사업용 부동산 취득하는 경우 익금산입 여부

고유목적사업준비금의 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것은 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액으로 한정하고 있어 수익사업용 부동산을 취득하는 것은 고유목적사업준비금의 사용범위에 포함되지 않는 것으로 되어 있고, 청구법인이 쟁점토지처분이익을 정기예금으로 예치하여 비영리사업회계(정기예금)로 전출한 것은 명목뿐인 경우로 고유목적사업 지출로 볼 수 없다 할 것이므로, 고정자산처분이익을 금원으로 하여 수익용 부동산을 취득하는데 지출한 비용은 그 지출한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 「사립학교법」에 따른 학교법인으로서 1965.10.8. 경기도 OOO외 46필지 토지 141,745.6㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 출연하여 법인의 수익용 기본재산으로 보유하여 오던 중 2009.12.31. 경기도교육청의 승인을 받아 2010.1.18. 수용처분함에 따라 OOO원의 고정자산처분이익이 발생하였으며, 이를 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 2009.3.1.～2010.2.28. 사업연도 법인세 신고를 하였고, 설정된 고유목적사업준비금을 예금으로 편입한 후 2011.6.30. 이중 OOO원을 수익사업용 부동산인 서울특별시 OOO 소재 토지 및 건물을 취득하는데 사용하였다.

나. 처분청은 청구법인이 수익사업용 부동산을 취득하는데 사용한 OOO원은 고유목적사업에 사용되지 아니한 것으로 보아 2011.3.1.～2012.2.28. 사업연도에 이를 익금산입하여 2013.3.4. 청구법인에게 법인세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.6.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 수익사업을 영위한 사실이 없고, 비영리사업회계에 속한 쟁점토지처분이익은 대금수령 즉시 비영리사업회계의 정기예금으로 예치하였으며, 다만 법인세신고를 위해 세무조정절차상 결산조정에 의한 고유목적사업준비금을 설정한 후 당해 소득이 발생한 비영리사업회계에 귀속하였으므로 2009.3.1.～2010.2.28. 사업연도 말 현재 쟁점토지 처분으로 인한 고유목적사업준비금은 없음에도, 처분청이 고유목적사업준비금의 사용으로 수익사업용 부동산을 취득하였다고 봄은 부당하고, 사후관리 대상이 되는 고유목적사업준비금 설정액은 수익사업회계에서 손익거래로부터 발생한 과세이익에 한한다고 보아야 한다.또한, 학교법인이 출연받은 기부금인 수익용 기본재산을 매각하고 그 매각대금으로 대체수익용 기본재산을 취득하는 경우 직접 공익목적 등에 사용한 금액이고, 그 과정에서 모두 경기도 교육청의 승인을 받은 점,「상속세 및 증여세법」제48조제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제38조 제4항, 같은 법 기본통칙 48-38…2 등에서 최초로 출연받은 재산은 다른 수익용 재산으로 재투자가 가능한 것으로 규정하고 있는 점, 교육이라는 공익목적을 위한 재원 마련을 위하여 수익용 기본재산을 매각하고 수익용 재산을 대체 취득한 것에 대하여 법인세가 과세된다면 과세액 만큼 향후 수익원을 추가로 창출해야 하는 불합리가 존재하는 점 등을 종합하여 보면, 처분청이 수익용 부동산을 취득하는데 사용한 OOO원을 고유목적사업준비금의 임의환입으로 보아 익금산입하여 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「법인세법 시행령」제2조제2항에서 비영리법인의 경우 고유목적 사업에 직접 사용하지 아니하는 고정자산의 처분으로 인한 수입은 과세소득으로 규정하고 있고,「법인세법」제29조제1항에서 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위한 경우 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입 할 수 있는 것으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제56조 제6항에서 고유목적사업준비금의 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것은 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액으로 한정하고 있고, 수익용 부동산을 취득하는 것은 사용범위에 규정하고 있지 아니하므로 수익사업용 부동산 취득에 지출한 비용을 익금산입함이 타당하며,최초로 출연받은 재산에 대하여 다른 수익용 재산으로 재투자가 가능한 것은 「상속세 및 증여세법」에 따른 것이지, 「법인세법」상의 고유목적준비금의 사용의무와는 별개인 점, 쟁점토지의 처분금액을 정기예금으로 비영리사업회계 전출한 후에 이를 재원으로 수익용 대체부동산을 취득한 것은 전출행위가 명목뿐인 경우에 해당하여 고유목적사업 지출로 볼 수 없을 뿐 아니라 고유목적사업준비금의 임의환입에 해당되는 점 등을 종합하여 보면, 청구법인이 수익사업용 부동산을 취득하는데 지출한 비용 OOO원을 그 지출된 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산시 익금에 산입하여 법인세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

학교법인이 고정자산처분이익에 대해 고유목적사업준비금을 설정하여 손금계상한 후 이를 고유목적사업회계인 정기예금으로 전출하고, 당해 정기예금으로 수익사업용 부동산을 취득한 경우 그 취득비용을 지출된 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1)법인세법 제3조【과세소득의 범위】

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

④ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

⑤ 제4항 제4호에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 해당 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다제113조【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(2)법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액(3)법인세법 시행규칙 제76조【비영리법인의 구분경리】

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우「조세특례제한법」 제74조제1항제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

(4)조세특례제한법 제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지「법인세법」제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인가. 「사립학교법」에 따른 학교법인(5)상속세 및 증여세법 제48조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등은 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우(6)상속세 및 증여세법 시행령 제38조【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】

④ 법 제48조제2항제4호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우"란 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 해당 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 해당 매각대금 중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제시한 법인세 신고서 및 결산서 등에 따르면, 쟁점토지의 처분과 수익사업용 부동산 취득시 회계처리한 내용은 아래와 같이 나타난다.OOO

(2) 청구법인은 2010년 5월 2009.3.1.～2010.2.28.사업연도 법인세 신고시 유형고정자산처분이익 OOO원을 계상하고, 전액 고유목적사업준비금 설정 및 손금계상하였으며, 비영리사업회계인 정기예금으로 전출한 후 2011.7.5. 경기교육청의 허가를 받아 기본재산인 정기예금으로 수익사업용 부동산을 취득하였고, 2011.7.11. 부동산 임대를 업종으로 지점 사업자등록(120-82-10***)을 하여 부가가치세 OOO원을 환급받은 사실이 있다.

(3) 위의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면,「법인세법」제3조제3항 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에서 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산을 제외한 모든 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 과세소득으로 삼고 있어 쟁점토지의 처분으로 인한 수입도 과세소득에 해당하고, 같은 법 제29조 제1항에서 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위한 경우 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입할 수 있으며, 같은 법 시행령 제56조 제6항에서 고유목적사업준비금의 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것은 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액으로 한정하고 있어 수익사업용 부동산을 취득하는 것은 고유목적사업준비금의 사용범위에 포함되지 않는 것으로 되어 있다.

(4) 청구법인은 비영리사업회계에 속한 쟁점토지처분이익은 대금수령 즉시 비영리사업회계의 정기예금으로 예치(전출)하였으며, 법인세신고를 위해 세무조정절차상 결산조정에 의한 고유목적사업준비금을 설정한 후 당해 소득이 발생한 비영리사업회계에 귀속하여 당해 사업연도 말 현재 쟁점토지 처분으로 인한 고유목적사업준비금은 없음에도 처분청이 고유목적사업준비금의 사용이나 임의환입으로 수익용 부동산을 취득하였다고 봄은 부당하다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지처분이익을 정기예금으로 예치하여 비영리사업회계로 전출한 것은 그 행위가 명목뿐인 경우로 고유목적사업 지출로 볼 수 없다 할 것이고(대법원 2012두690, 2013.3.28. 참조), 위에서 살펴본 바와 같이「법인세법」제29조제4항 제4호에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금을 5년 이내 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하도록 규정하고 있으므로, 청구법인이 고정자산처분이익을 금원으로 하여 수익용 부동산을 취득하는데 지출한 비용은 그 지출된 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하여야 하는 것으로 해석함이 타당하다 할 것이다.

또한,「상속세 및 증여세법」제48조제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제38조 제4항에서 학교법인이 출연받은 기부금인 수익용 기본재산을 매각하고 그 매각대금으로 대체수익용 기본재산을 취득하는 경우 증여세를 과세하지 않도록 규정하고 있다하더라도 이를 「법인세법」에 그대로 인용하여 법인세까지 과세하지 않는 것으로 보기는 어렵다 할 것이고, 청구법인이 취득한 수익사업용 부동산이 “수익용 부동산”이어서 청구법인이 고정자산처분이익을 고유목적사업에 사용한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인이 수익사업용 부동산을 취득하면서 과세사업인 부동산 임대업으로 지점 사업자등록을 하고 부가가치세를 환급받은 사실 등을 감안할 때 청구주장을 받아들이기 어렵다.

따라서, 청구법인이 수익사업용 부동산을 취득하는데 사용한 102억원에 대하여 처분청이 고유목적사업에 사용되지 아니한 것으로 보아 그 지출한 날이 속하는 사업연도에 익금산입하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.