쟁점공사비가 중소기업 투자세액공제 대상에 해당하는지 여부

쟁점공사로 투자된 항목의 실제 구성이 건축.소방.기계설비.전기 공사 등 건물 부속설비의 일부로서 「조세특례제한법 시행규칙」별표1의 투자세액공제대상에서 제외되는 건축물 등 사업용 유형자산에 해당하는 것으로 보이므로 처분청에서 쟁점공사비를 투자세액공제 대상에 해당하지 않는다는 사유로 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 2007.7.1. 개업하여 OOO에서 병원업(상호 : OOO)을 영위하다가, 2016년 11월 OOO소재 건물(지하 1층부터 지상 7층까지의 본관건물 3,697.2㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)로 사업장을 임차·이전하면서 쟁점건물에 대한 내부시설·설비공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 진행하고 공사비로 OOO(이하 “쟁점공사비”라 한다)을 지출하였다.

나. 청구인은 이후 쟁점공사비에 대하여 중소기업이 사업용자산에 투자하는 경우로서 「조세특례제한법」제5조 에 따른 투자세액공제대상에 해당한다는 이유로 2018.7.12. 처분청에 2016년 귀속 종합소득세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2018.8.30. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.11.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2007년부터 병원을 운영하던 중 2016년 11월 알콜중독 치료와 알콜성치매 치료를 위하여 새로운 건물을 임차하고 의료기관의 종류별 시설기준에 맞게 검사실·방사선실·상담실·일반병실 등 각종 시설을 완비하고 사업장을 이전하였고, 이는 단순인테리어 또는 건축물이 아니라 임차건물의 임대기간 만료시 원상복구해야 하는 시설장치(「법인세법 시행규칙」 별표6의 업종별자산)에 해당하고, 「의료법」에 따라 병원업을 영위하기 위해 필수적으로 갖춰야 하는 사업용자산이며, 국세청에서는 의료기기 뿐만 아니라 시설장치도 사업용자산에 포함된다고 해설하고 있으므로 쟁점공사비는 「조세특례제한법」제5조 에 따른 적법한 세액공제대상에 해당한다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법 시행규칙」 제3조 제1항 제1호는 같은 법 시행규칙 별표1의 건축물 등 사업용 유형자산을 투자세액공제 대상에서 제외한다고 규정하고 있고, 쟁점공사로 투자된 항목의 실제 구성이 건축·소방·기계설비·전기 공사 등 건물 부속설비의 일부인바, 이는 규칙 ＜별표1＞의 건축물에 해당하므로 쟁점공사비를 중소기업 투자세액공제 대상으로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점공사비가 중소기업 투자세액공제 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2016년 11월 쟁점건물로 사업장을 이전하고, 검사실, 방사선실, 상담실, 일반병실 등 의료기관 종류별 시설기준에 맞는 각종 시설을 완비하기 위해 건축·소방·기계설비·전기 공사 등을 진행하고 다음 ＜표1＞과 같이 쟁점공사비OOO를 지출하였다. ＜표1＞ 공사비용 내역(세금계산서, 공급가액) (단위 : 원) (나) 견적서에 나타나는 쟁점공사의 주요내용은 다음 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 견적서상 주요 공사내용 및 금액 (단위 : 원, 부가가치세 제외) (다) 임대차계약서에는 청구인이 2016.4.11. 쟁점건물을 보증금 OOO백만원, 월 임대료 OOO백만원에 10년간 임차하였고, 계약기간의 종료 및 해지시에는 임대차목적물을 원상회복하여 명도하기로 약정한 사실이 나타난다. (라) 재무제표(2016년 귀속)에 따르면, 청구인은 재무상태표의 유형자산 과목에 다음 ＜표3＞과 같이 OOO을 계상한 것으로 나타난다. ＜표3＞ 재무상태표 주요내용 (단위 : 원) (마) 청구인은 쟁점공사비에 대하여 중소기업이 사업용자산에 투자하는 경우로서 「조세특례제한법」제5조 에 따른 투자 세액공제대상에 해당한다는 이유로 2018.7.12. 처분청에 다음 ＜표4＞와 같이 경정청구를 하였으나, 처분청은 2018.8.30. 이를 거부하였다. ＜표4＞ 종합소득세 당초 신고 및 경정청구 내역 (단위 : 원)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등, 같은 뜻임) 할 것인데, 「조세특례제한법」제5조 제2항 제1호는 중소기업 등이 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산에 투자하는 경우를 투자세액공제 대상으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 및 시행규칙에서 중소기업 등 투자세액공제 대상인 사업용자산을 구체화하여 “제조업 등 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산(토지와 별표1의 건축물 등 사업용 유형자산은 제외한다)”이라 규정하고 있으며, 그 별표1에서 제외되는 건축물 등 사업용 유형자산에 관하여 차량·운반구·공구·기구·비품·모든 건물(부속설비를 포함)과 구축물 등으로 규정하면서 별표1의 2호에서 건물과 구축물을 적용할 때 “부속설비에는 해당 건물과 관련된 전기설비, 급배수·위생설비, 가스설비, 냉방·난방·통풍 및 보일러설비, 승강기설비 등 모든 부속설비를 포함하고, 구축물에는 하수도, 굴뚝, 경륜장, 포장도로, 교량, 도크, 방벽, 철탑, 터널 그 밖에 토지에 정착한 모든 토목설비나 공작물을 포함한다”고 규정하고 있는바, 쟁점공사로 투자된 항목의 실제 구성이 건축·소방·기계설비·전기 공사 등 건물 부속설비의 일부로서 「조세특례제한법 시행규칙」 별표1의 투자세액공제대상에서 제외되는 건축물 등 사업용 유형자산에 해당하는 것으로 보이므로 처분청에서 쟁점공사비를 투자세액공제대상에 해당하지

않는다는 사유로 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 일부개정되기 전의 것) 제5조(중소기업 등 투자 세액공제)

① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 및 2015년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장(이하 이 조에서 "증권시장"이라 한다)에 최초로 신규 상장한 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "신규상장 중견기업"이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2018년 12월 31일까지[중소기업 중 2015년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 증권시장에 최초로 신규 상장한 중소기업(이하 이 조에서 "신규상장 중소기업"이라 한다)과 신규상장 중견기업의 경우는 상장일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지] 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3(중소기업 중 신규상장 중소기업과 신규상장 중견기업의 경우는 100분의 4)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[사업소득( 「소득세법」 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다. 제122조의3, 제126조의2, 제126조의6 및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

1. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산(이하 "사업용자산"이라 한다)

2. 「유통산업발전법」에 따른 판매시점 정보관리 시스템설비(이하 "판매시점 정보관리 시스템설비"라 한다)

3. 「국가정보화 기본법」 제3조 제6호에 따른 정보보호시스템에 사용되는 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 "정보보호 시스템설비"라 한다)

② 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용받을 수 있다.

③ 제2항에 따른 투자금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

④ 제1항과 제2항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 일부개정되기 전의 것) 제4조(중소기업 등 투자세액공제)

② 법 제5조 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사업용자산"이란 제조업 등 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산 중 기획재정부령으로 정하는 것(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)을 말한다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙(2017.3.10. 기획재정부령 제606호로 일부개정되기 전의 것) 제3조(사업용자산의 범위)

① 영 제4조 제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 말한다.

1. 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산(토지와 별표 1의 건축물 등 사업용 유형자산은 제외한다)

2. 운수업을 주된 사업으로 하는 중소기업(영 제2조 제1항에 따른 중소기업을 말한다. 이하 이 조에서 "중소기업"이라 한다)이 해당 사업에 주로 사용하는 차량 및 운반구( 「개별소비세법」 제1조 제2항 제3호에 따른 자동차로서 자가용인 것을 제외한다)와 선박

3. 어업을 주된 사업으로 하는 중소기업이 해당 사업에 주로 사용하는 선박

4. 중소기업이 해당 업종의 사업에 직접 사용하는 소프트웨어. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소프트웨어는 제외한다.

가. 인사, 급여, 회계 및 재무 등 지원업무에 사용하는 소프트웨어 나. 문서, 도표 및 발표용 자료 작성 등 일반 사무에 사용하는 소프트웨어 다. 컴퓨터 등의 구동을 위한 기본 운영체제(Operating System) 소프트웨어

② 제1항에 따른 사업용자산에는 운휴중에 있는 것을 제외한다.

[별표 1] ＜신설 2009.4.7＞

건축물 등 사업용 유형자산(제3조 제1항 관련)

구분

구조 또는 자산명

1

차량 및 운반구, 공구, 기구 및 비품

2

선박 및 항공기

3

연와조, 블록조, 콘크리트조, 토조, 토벽조, 목조, 목골모르타르조, 기타 조의 모든 건물(부속설비를 포함한다)과 구축물

4

철골·철근콘크리트조, 철근콘크리트조, 석조, 연와석조, 철골조의 모든 건물(부속설비를 포함한다)과 구축물

1. 제1호를 적용할 때 취득가액이 거래단위(취득한 자가 그 취득한 자산을 독립적으로 사업에 직접 사용할 수 있는 것)별로 20만원 이상으로서 그 고유업무의 성질상 대량으로 보유하고 그 자산으로부터 직접 수익을 얻는 비품은 제1호의 비품에 포함하지 아니한다.

2. 제3호 및 제4호를 적용할 때 부속설비에는 해당 건물과 관련된 전기설비, 급배수·위생설비, 가스설비, 냉방·난방·통풍 및 보일러설비, 승강기설비 등 모든 부속설비를 포함하고, 구축물에는 하수도, 굴뚝, 경륜장, 포장도로, 교량, 도크, 방벽, 철탑, 터널 그 밖에 토지에 정착한 모든 토목설비나 공작물을 포함한다.

(4) 법인세법 시행령 제24조(감가상각자산의 범위)

① 법 제23조 제1항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산"이란 다음 각 호의 유형자산 및 무형자산(제3항의 자산은 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 유형자산 가. 건물(부속설비를 포함한다) 및 구축물(이하 "건축물"이라 한다) 나. 차량 및 운반구, 공구, 기구 및 비품 다. 선박 및 항공기 라. 기계 및 장치 마. 동물 및 식물 바. 그 밖에 가목부터 마목까지의 자산과 유사한 유형자산

(5) 의료법 제36조(준수사항) 제33조 제2항 및 제8항에 따라 의료기관을 개설하는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 사항을 지켜야 한다.

1. 의료기관의 종류에 따른 시설기준 및 규격에 관한 사항

2. 의료기관의 안전관리시설 기준에 관한 사항

3. 의료기관 및 요양병원의 운영 기준에 관한 사항

4. 고가의료장비의 설치ㆍ운영 기준에 관한 사항

5. 의료기관의 종류에 따른 의료인 등의 정원 기준에 관한 사항

6. 급식관리 기준에 관한 사항

7. 의료기관의 위생 관리에 관한 사항

8. 의료기관의 의약품 및 일회용 주사 의료용품의 사용에 관한 사항

9. 의료기관의 「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」 제41조제4항에 따른 감염병환자등의 진료 기준에 관한 사항

(6) 의료법 시행규칙 제34조(의료기관의 시설기준 및 규격) 법 제36조 제1호에 따른 의료기관의 종류별 시설기준은 별표 3과 같고, 그 시설규격은 별표 4와 같다. 제35조(의료기관의 안전관리시설) 의료기관을 개설하는 자는 법 제36조 제2호에 따라 환자, 의료관계인, 그 밖의 의료기관 종사자의 안전을 위하여 다음 각 호의 시설을 갖추어야 한다.

1. 화재나 그 밖의 긴급한 상황에 대처하기 위하여 필요한 시설

2. 방충, 방서(防鼠), 세균오염 방지에 관한 시설

3. 채광ㆍ환기에 관한 시설

4. 전기ㆍ가스 등의 위해 방지에 관한 시설

5. 방사선 위해 방지에 관한 시설

6. 그 밖에 진료과목별로 안전관리를 위하여 필수적으로 갖추어야 할 시설

[별표 3] ＜개정 2015.5.29.＞

의료기관의 종류별 시설기준(제34조 관련)

시설

종합병원

병원

요양병원

치과병원

한방병원

의원

치과

의원

한의원

조산원

1. 입원실

입원환자 100명 이상(병원·요양병원의 경우는 30명 이상)을 수용할 수 있는 입원실

입원환자 30명 이상을 수용할 수 있는 입원실

입원실을 두는 경우 입원환자 29명 이하를 수용할 수 있는 입원실

의원과 같음

의원과 같음

1

(분만실 겸용)

5. 임상

검사실

1

(요양병원의 경우 관련 치과 진료과목이 있는 경우에만 갖춘다)

1

1

(관련 의과 또는 치과 진료 과목이 있는 경우에만 갖춘다)

6. 방사선

장치

1

(요양병원의 경우 관련 치과 진료과목이 있는 경우에만 갖춘다)

1

1

(관련 의과 또는 치과 진료 과목이 있는 경우에만 갖춘다)

12. 의무

기록실

1

1

1

13. 소독시설

1

1

1

1

(외래환자를 진료하지 아니하는 의원은 제외한다)

1

1

1

18. 자가발전시설

1

1

1

20. 그 밖의 시설

가. 탕전실, 의무기록실, 급식시설, 세탁처리시설 및 적출물소각시설은 의료기관이 공동으로 사용할 수 있다.

나. 요양병원은 거동이 불편한 환자가 장기간 입원하는 데에 불편함이 없도록 식당, 휴게실, 욕실, 화장실, 복도 및 계단과 엘리베이터(계단과 엘리베이터는 2층 이상인 건물만 해당하고, 층간 경사로를 갖춘 경우에는 엘리베이터를 갖추지 아니할 수 있다)를 갖추어야 한다.

다. 탕전실은 의료기관에서 분리하여 따로 설치할 수 있다.

라. 종합병원, 병원, 한방병원, 요양병원은 해당 병원에서 사망하는 사람 등의 장사 관련 편의를 위하여 「장사 등에 관한 법률」 제29조에 따른 장례식장을 설치할 수 있다.