공사의 수입금액 등을 얼마로 보아야 하는지 여부(경정)

누락한 공사수입금액에 대응되는 공사원가는 인정하여 법인세 과세표준을 경정하는 것이 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 2002.1.12. 개업하여 OOO OOO OOOO OOO OO OOOOO OOOO에서 ‘농산물 가공업’을 영위하다가 2004.12.30. 폐업한 법인으로, 2002.5.16. OOO의 배우자인 OOO과 OOO 소유의 OOO OOO OOOO OOO OOO외 4필지 8,451㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 지상에 버섯재배사 12개동을 3억원에 건축하기로 하는 내용의 공사계약(이하 “쟁점공사”라 한다)을 체결하고, 2002년 제2기 부가가치세 과세기간에 공사를 완료하였으나 쟁점공사의 수입금액에 대하여 부가가치세 및 법인세 신고를 하지 아니하였다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 신고누락한 공사수입금액을 2억5천만원(이하 “쟁점금액”이라 한다)으로 보아 2009.7.22. 청구법인에게 2002년 제2기 부가가치세 56,465,900원과 2002사업연도 법인세 88,249,760원을 각각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.10.19. 이의신청을 거쳐 2010.2.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 대표자 OOO은 명의상 대표자일 뿐 청구법인의 실질사업자는 OOO이므로 2002.5.16. 청구법인과 OOO이 체결한 ‘버섯재배사 시공 및 토지매각 약정’은 OOOO OOO이 체결한 약정으로 보아야 할 것인 바,「국세기본법」 제14조제1항은 “과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다”고 규정하고 있으므로 처분청은 이 건 법인세 및 부가가치세를 OOO에게 부과하여야 한다.

(2) 설사, 쟁점공사의 실지시공자를 청구법인으로 본다 하더라도, 청구법인과 OOO이 작성한 ‘버섯재배사 시공 및 토지매각 약정서’에서 청구법인이 쟁점토지 지상에 건축하는 버섯재배사 12개동의 공사금액 3억원 중 1억5,000만원을 부담하기로 약정한 것은 버섯재배사의 건축을 통하여 쟁점토지의 가격을 상승시켜 매각을 용이하도록 하여 평당가액이 34만원 및 35만원 이상으로 매각될 경우 그 차익을 향유하기 위한 것으로 이는 「부가가치세법」상의 자가공급에 해당하는 바, 청구법인의 매출누락액은 쟁점금액 전액이 아니라 쟁점금액의 2분의 1에 해당하는 1억2,500만원으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 쟁점토지의 소유자인 OOO의 배우자 OOO과 쟁점공사를 시공하기로 약정하였을 뿐만 아니라 입금표도 작성하여 교부하였고, 청구법인의 대표자 OOO이 건설업을 영위한 경험이 있는 반면, OOO O OOO이 작성하여 제출한 쟁점공사의 시공자가 OOO이라는 확인서외에 쟁점공사를 OOO이 시공하였다는 사실을 입증할 수 있는 객관적이고 신빙성이 있는 자료를 제시하지 못하고 있는 점 등을 감안할 때, 쟁점공사의 시공사는 청구법인으로 볼 수 밖에 없다.

(2) 청구법인과 OOO이 작성한 ‘버섯재배사 시공 및 토지매각 약정서’ 및 OOO의 양도소득세 취득가액 결정시 작성된 ‘OOO의 양도소득세 보충조서’에 의하면, 쟁점토지 위에 버섯재배사 10개동이 건축된 것은 사실이고, 1개동의 건축단가는 2,500만원(버섯재배사 시설 포함가액)인 것으로 확인되므로 총 공사금액은 2억5,000만원이며, 공사계약은 쌍방의 약정에 의하여 대금이 결정되고 이에 따른 대가의 채권채무가 발생하는 것으로 「부가가치세법」상 과세표준과 「법인세법」상 수입금액은 대금의 지급을 기준으로 결정하는 것이 아니라 공사용역 제공의 완료를 기준으로 결정하는 것인 바, OOO이 제출한 공사대금에 대한 증빙은 쟁점공사계약에 대한 근거로서 제출한 것일 뿐, 청구법인이 쟁점공사 자체를 부인하거나 쟁점공사계약의 변경이 있음을 주장하지 아니하면서 대가의 수수 사실만을 들어 청구법인의 매출누락액을 쟁점금액인 2억5,000만원이 아닌 1억2,500만원으로 보아야 한다는 청구주장은 근거가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점공사의 시공사가 청구법인인지 아니면 OOO인지 여부

② 쟁점공사의 수입금액 등을 얼마로 보아야 하는지 여부

나. 관련법령

(1) 국세기본법(2002.12.29. 법률 제6782호로 개정되기 전의 것) 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

(2) 부가가치세법(2002.7.1. 법률 제6539호로 개정되기 전의 것) 제7조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.제9조 【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

(3) 부가가치세법 시행령(2002.10.28. 대통령령 제17766호로 개정되기 전의 것) 제22조 【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. (단서 생략)

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의 2 제1항ㆍ제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 등기부등본 및 사업자등록증과 버섯재배사 건축물대장 및 등기부등본 등에 의하면 다음의 사실이 인정된다.(가) 청구법인은 OOO을 대표이사로 하여 2002.1.12. 설립되어 2002.1.12.부터 2004.12.30.까지 업태를 제조업으로 하고 업종을 집단재배 및 부대사업, 농수산물가공업 등으로 하여 사업을 영위한 법인으로서 부가가치세 면제대상으로 사업자등록을 하였다.(나) 쟁점공사는 토지소유자 OOO이 2002.10.29 건축허가를 얻어서 버섯재배사 10개동을 2002.11.20. 건축하였고, 쟁점공사를 청구법인이 한 사실에 대하여 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다.

(2) 쟁점①에 대하여 살펴본다.(가) 청구법인은 쟁점공사의 실지 시공자가 OOO이라고 주장하면서, OOOO OOO의 확인서(2009.11.30. 작성) 및 이 건 공사대금이 입금되었다는 OOO의 배우자 OOO의 OO계좌 입금내역 등을 제시하였는 바, 그 내역은 아래와 같다.

1) OOO의 확인서에는 ‘OOO은 청구법인의 감사로 재직 중인 친구 OOO의 부탁으로 청구법인의 대표자 명의만 빌려 주었을 뿐, 청구법인의 업무에 대하여 전혀 관여하지 아니하였고, 쟁점공사에 대하여도 전혀 알지 못한다’는 취지의 확인내용이 기재되어 있고, OOO의 확인서에는 ‘OOO은 2002년 4월 초순경 OOO OOO OOOO OOO OOOOO에서 OOOO 사무실을 개소하여 버섯재배 준공 상담 및 버섯재배를 직영하던 중 OOO OOO OOO OOO OOOOO OOOOO OOOO OOOOO에 거주하는 OOO이 배우자 OOO 소유의 쟁점토지에 버섯재배사를 건립하여 달라는 공사의뢰가 있어 쟁점공사를 시공하였으며, 청구법인의 실질대표자는 OOO’이라는 취지의 확인내용이 기재되어 있다.

2) OOO의 배우자인 OOO 명의 OOOO계좌(OOOOOOOOOOO OOOOOO)의 거래내역, OOO의 영수증 등에 의하면, OOO이 2002.5.16. 30,000,000원을 OOO에게 이체하였고, OOO은 2004.2.3. OOO 앞으로 공사비 30,000,000원을 받은 영수증을 작성하였다.(나) 한편, 처분청 전산자료에 의하면, 청구법인의 대표자 OOO의 사업내역은 아래의 <표1>과 같고, OOO은 사업한 내역이 달리 확인되지 아니하고 있다.〈표1〉청구법인 대표자 OOO의 사업내역(다) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 청구법인은 청구법인의 대표자 OOOO OOO의 확인서 등에 근거하여 청구법인의 실질대표자를 OOO이라고 주장하나, OOO을 청구법인의 실질적인 대표자로 본다 하더라도 법인 대표자의 행위는 그 효과가 대표자 개인이 아닌 법인에게 미치는 점이 있고, 쟁점공사의 계약내용으로 보아 계약당사자가 청구법인으로 보이며, OOO 개인이 쟁점공사를 수행하였다고 볼만한 객관적인 증빙이 없으므로 쟁점공사의 실지시공자를 OOO으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(4) 쟁점②에 대하여 살펴본다.(가) 청구법인 대표이사인 OOO과 토지소유자 OOO의 배우자인 OOO이 2002.5.16. 체결한 버섯재배사 시공 및 토지매각 약정서, 관련 등기부등본·건축물대장 등의 심리자료에 의하면, 다음의 사실이 인정된다.

1) 청구법인은 OOO과의 사이에 OOO OOO OOOO OOO OOO 외 3필지에 1동당 건설단가가 25,000,000원인 버섯재배사 12동을 건설비의 2분의 1을 부담하여 신축함과 동시에 버섯재배사 신축토지 중 561, 561-2, 562 소재 1,900평은 평당 340,000원(건축비를 제외한 순수 땅값)에, 1188 소재 656평은 평당 350,000원에 각각 매각하여 OOO에게 입금하고, 위 단가 이외에 추가로 받는 금액은 청구법인이 수령하기로 하는 내용의 약정을 체결하였다.

2) 이후 청구법인은 OOO OOO OOOO OOO OOO(전 4,598㎡) 및 561-2(전 1,352㎡) 지상에 버섯재배사 10개 동을 신축(사용승인일 : 2002.10.29.)하였고, OOO이 2002.11.20. 이에 대한 소유권보존등기를 경료하였는 바, 위 1)의 약정서에 의하면 버섯재배사 10개 동의 건설비는 총 250,000,000원이 된다.(나) 한편, 처분청이 제출한 OOO의 양도소득세 보충조서, 과세자료 통보공문(처분청 OOOOOOOOO, 2009.5.6.) 등에 의하면, OOO은 버섯재배사 및 그 부속토지(561-2, 562)와 인근 토지(561번지 소재 창고용지 330㎡)를 합계 800,000,000원에 양도(등기접수일 : 2005.3.21. 잔금청산일 : 2004.5.20.)하였고, 그 취득가액과 관련하여 OOO은 버섯재배사 10개동 신축에 250,000,000원의 비용이 들었음을 주장하면서 그 대금지급 증빙으로 아래 <표2>와 같은 내용을 제시하였고, 처분청은 이에 따라 버섯재배사 공사대금 250,000,000원을 포함하여 OOO이 양도한 토지 및 건물의 취득가액을 665,796,310원으로 하여 양도소득세를 결정하였으며, 그 과정에서 청구법인이 공사수입금액에 대한 매출신고를 누락한 사실을 인지하고 이 건 과세처분을 하였다.

<표2>

OOO이 제출한 버섯재배사 대금지급 증빙(다) 이에 대하여 청구법인은 완공된 버섯재배사가 총 10개동이고 동 공사비(250,000,000원)의 2분의 1만을 청구법인이 부담하였으므로, 결국 신고누락한 금액은 총 공사비의 2분의 1 상당액인 125,000,000원이라고 주장하면서, 그에 대한 대금을 지급받은 증빙으로 청구법인이 작성한 뒤 OOOOOOO에게 발행·교부한 입금표 등을 제출하고 있는데, 그 내역을 보면 아래의 <표3>과 같다.청구법인은 위 <표2>의 버섯재배사 공사대금 지급증빙에 대하여

① 입금표와 자기앞수표가 중복되므로 이를 제외(2002.6.3./2002.7.3. 자기앞수표 64,000천원은 입금표상 2002.6.3. 지급분 40,000천원, 2002.7.3. 지급분 20,000천원, 2002.6.15. 지급분 35,000천원 중 4,000천원과 중복됨)하여야 하며,

② 2004.6.17. 지급받은 40,000천원은 약정서에서 정한 바와 같이 토지의 단가(평당 340,000원)를 초과하여 대가를 수취하는 것에 대한 사례금(버섯재배사를 건축하는 토지 1,900평을 평당 340,000원에 매각할 경우 토지의 가액으로 받게 되는 646,000천원을 초과하여 수령하는 금액)이라는 주장을 이 건과 관련 이의신청시 제시하였다.

<표3>

청구법인이 제출한 대금지급 증빙(마) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점공사로 인하여 청구법인이 받은 공사수입금액을 1억2,500만원으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인은 시공사의 입장에서 쟁점공사를 수행하였고, 쟁점공사의 계약금액은 3억원이나 당초 약정하였던 버섯재배사 12개동 중 10동만 2002년에 완공된 것으로 확인되며, 처분청이 제출한 증빙서류에 의하면 토지소유자가 2004.2.3. 3천만원, 2004.6.17. 4천만원 합계 7천만원을 청구법인에게 추가로 지급한 사실이 확인되지만, 동 금액은 위 약정서에 의하여 버섯재배사가 소재한 토지를 양도한 대가에서 지급된 것으로서, 동 금액을 쟁점공사와 관련된 공사수입금액으로 볼 수 있는지 의문인 점이 있으므로 처분청이 귀속연도를 달리하여 과세하는 것은 별론으로 하더라도, 이를 2002년 중에 발생한 쟁점공사의 공사수입금액에 포함하기는 어려워 보이므로, 결국 쟁점공사와 관련된 청구법인의 2002사업연도 공사수입금액은 위 완공된 버섯재배사 10동에 대응되는 공사수입금액 2억5천만원으로 볼 수 밖에 없다고 할 것이어서, 처분청이 위 2억5천만원을 쟁점공사와 관련된 청구법인의 2002사업연도 공사수입금액 신고누락액으로 보아 청구법인에게 이 건 부가가치세 등을 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

다만, 처분청은 청구법인에게 이 건 법인세를 과세하면서 위 공사수입금액 2억5천만원에 대응되는 공사원가를 전혀 인정하지 아니하였는 바, 공사원가가 전혀없이 청구법인이 쟁점공사를 수행하였다고 보기는 어려운 점이 있고, 청구법인이 쟁점공사를 수행하면서 공사에 직접 투입한 공사원가는 확인되지 아니하지만, 청구법인과 OOO이 체결한 쟁점공사의 약정서에 의하면 청구법인이 공사비의 2분의 1을 부담하기로 약정한 사실이 확인되므로, 위 공사수입금액의 2분의 1에 해당하는 1억2,500만원을 쟁점공사와 관련된 청구법인의 공사원가로 인정하여 이 건 법인세의 과세표준을 경정하는 것이 합리적이라고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.