시가초과금액인 쟁점금액에 대하여 양도소득세를 납부하였음에도 불구하고 기타소득에 따른 소득세를 과세하는 것은 이중과세에 해당한다는 청구주장의 당부

청구인이 특수관계에 있는 ＊＊곡산㈜에 쟁점주식을 1주당 5,500원에 양도한 것은 다른 주주들이 쟁점주식과 같은 주식을 1주당 5,000원에 양도한 것에 비하여 고가양도에 해당되고 이는 「법인세법」제52조 제1항에서 규정한 부당행위계산의 부인 대상에 해당하는 점, 쟁점금액은 시가초과금액으로서 ＊＊곡산㈜에서 청구인에게로 사외유출되어 청구인의 기타소득으로 소득처분된 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점금액은 기타소득에 해당된다 할 것이어서 쟁점금액에 대한 처분청의 소득금액 변동통지는 적법한 것으로 판단되고, 이 건 종합소득세와 청구인이 신고?납부한 양도소득세는 과세근거가 다르므로 이중과세로 보기 어려움

1. 처분 개요

가. 청구인은 2008.8.5. 주식회사 OOO의 주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 청구인과 특수관계에 있는 OOO주식회사에 OOO에 양도하고, 2008.8.11. 그 양도소득을 OOO원으로 하여 산출한 양도소득세 OOO원을 신고하였다.

나. OOO지방국세청장은 OOO주식회사에 대한 세무조사를 통하여 청구인이 특수관계에 있는 OOO주식회사에 쟁점주식을 시가보다 고가로 양도하였다고 보아 쟁점주식의 시가초과금액인 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을「법인세법」제52조제1항과 제67조의규정에 따라 청구인의 기타소득으로 소득처분하고 청구인의 주소지 관할세무서인 OOO세무서장에게 그 사실을 통보하였다.

다. OOO세무서장은 2013.1.10. 청구인에게 소득금액변동통지를 하였으며, 청구인은 쟁점금액을 기타소득으로 보아 2013.3.31. 처분청에 2008년 귀속 종합소득세 OOO원(이하 “이 건 소득세”라 한다)을 추가로 신고하였다.

라. 청구인은 2013.4.19. 쟁점금액을 시가초과금액으로 볼 경우 쟁점주식의 양도에 따른 소득세와 부당행위계산 부인에 따른 이 건 소득세가 이중으로 과세된다는 취지로 처분청에 이 건 소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2013.6.17. 청구인에게 이 건 소득세의 환급을 거부하는 뜻을 통지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2013.9.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) OOO세무서장의 OOO주식회사에 대한 세무조사 있기 전에 이미 쟁점주식의 양도에 따른 양도소득세를 신고·납부하였음에도OOO세무서장이「법인세법」의 관련 규정에 의하여 쟁점금액을 청구인의기타소득으로 소득처분하고 소득금액변동통지를 하여 청구인이 이 건 소득세를 추가로 납부하였는바, 이는 쟁점금액을 양도소득으로 보아 소득세를 납부한 후, 다시 기타소득으로 보아 소득세를 납부한 것으로서 동일한 과세대상에 대한 사실상 이중과세이므로 이 건 소득세는 환급되어야 한다(소득 46011-3350, 1999.8.24.).

(2) 쟁점금액을 청구인의 기타소득으로 보아 소득세를 부과하는 것이 현행 세법상 적법하다고 하더라도 청구인은 이미 시가초과금액인 쟁점금액에 대하여 양도소득세를 납부하였고 쟁점주식의 취득가액과 양도 당시 시가가 사실상 동일하므로 쟁점주식에 대한 양도소득세는 환급되어야 하고, 설령 쟁점주식의 양도소득세 경청청구 기간이 경과되었다고 하더라도 관할세무서장은 과세표준과 세액의 신고 내용에 명백한오류로 과다 신고·납부한 사실이 확인되는 경우 부과제척기간 내 경정할수 있으므로 청구인이 신고·납부한 양도소득세는 경정되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1)「소득세법」제96조제3항 제1호에서「법인세법」제52조에 따른특수관계인에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자에게시가로 하여 소득처분된 것이 있을 때에는 제52조에 따른 시가를 양도가액으로 한다고 규정되어 있고, 청구인은 쟁점주식을 특수관계 있는 OOO주식회사에게 고가로 양도하여 OOO세무서장으로부터 쟁점금액을 기타소득으로 하는 소득금액 변동통지를 받고 그에 해당하는 이 건소득세를 추가로 신고·납부하였는바, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

(2) 청구인은 쟁점주식의 양도가액을 시가보다 쟁점금액이 더 많은 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였고, 쟁점금액은「법인세법 시행령」제106조의 규정에 따라 청구인의기타소득으로 처분되었으므로 쟁점금액에 대하여 이중과세 문제가 발생할 수 있으나, 이는 청구인이 쟁점주식의 양도가액을 실지 양도가액이 아닌 시가로 감액하여 양도소득세 경정 청구를 하는 경우 이를 심리할 수 있는 것으로서 청구인은 쟁점주식에 대한 양도소득세 경정청구 기간 내에 경정청구를 하지 않았으므로 청구인이 신고 납부한 양도소득세가 부당하다고 볼 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점시가초과금액인 쟁점금액에 대하여 양도소득세를 납부하였는데, 기타소득에 따른소득세를 납부하도록 하는 것은 이중과세에 해당하므로 기타소득세를 환급하거나 양도소득세를 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 OOO주식회사에 30/100을 출자하고 있는 OOO주식회사의 임원으로서 청구인과 OOO주식회사는 특수관계에 해당하고 이에 대하여 청구인과 처분청 사이에 다툼 없다.

(2) 청구인은 2007.3.2. 쟁점주식을 OOO에 취득하여 소유하다가 2008.8.5. OOO주식회사에서 OOO에 양도한 후, 그 양도차익에 대하여 양도소득세를 신고하였다.OOO주식회사는 특수관계인인 청구인으로부터는 쟁점주식을 1주당OOO원에 매입하였으나, 비슷한 시기에쟁점주식과 동일한 주식을특수관계인이 아닌 강OOO외 7인으로부터는 1주당 OOO원에 매입한 것으로 나타난다.

(3) OOO지방국세청장은 2012.10.15.부터 2012.11.28.까지 OOO주식회사를 조사하여 OOO주식회사가 청구인으로부터 쟁점주식을 시가보다 1주당 OOO원 높게 양수하였음을 확인하였으며, OOO주식회사는 청구인으로부터 쟁점주식을 고가로 양수하였다는 확인서를 중부지방국세청장에게 제출하였다.

(4) OOO지방국세청장은 쟁점주식의 시가초과금액인 OOO원을「법인세법」제52조제1항과 제67조의규정에 따라 청구인의 기타소득으로 소득처분하고 청구인의 주소지 관할세무서인 OOO세무서장에게그 사실을 통보하였으며, OOO세무서장은 2013.1.10. 청구인에게 아래와같이 소득금액변동통지를 하였다.

<청구인에 대한 소득금액 변동 통지>

(5) 청구인은 2013.3.31. 위 소득금액변동통지에 따라 2008년 귀속종합소득세를 산출하여 처분청에 2008년 귀속 종합소득세 OOO원을추가로 신고·납부하고 2013.4.19. 종합소득세 경정청구를 하였으나, 처분청은 2013.6.17. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

(6)「법인세법」제52조제1항에서 납세지 관할 세무서장 등은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고,제2항에서 같은 조 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 시가를 기준으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제67조 및 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호에서 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액 중 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 한다고 규정하고 있다.한편,「소득세법」제96조제3항 본문 및 제1호에서 거주자가특수관계인에 자산을 양도한 경우로서「법인세법」제67조에 따라 해당 거주자의 상여·배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 같은 법 제52조에 따른 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다고 규정하고 있다.

(7) 살피건대, 청구인이 특수관계에 있는 OOO주식회사에 쟁점주식을 OOO에 양도한 것은 다른 주주들이 쟁점주식과 같은 주식을 1주당 OOO원에 양도한 것으로 보아 고가양도에해당되고 이는「법인세법」제52조제1항에서 규정한 부당행위계산 부인대상에 해당하는 점, 쟁점금액은 시가초과금액으로서 OOO주식회사에서 청구인에게 사외유출되어 청구인의 기타소득으로 소득처분된것인 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점금액은 기타소득에 해당된다 할 것이어서 쟁점금액에 대한 처분청의 소득금액변동통지 및 청구인의 종합소득세(기타소득세) 신고납부는 적법한 것으로 판단되고, 이 건 종합소득세와 청구인이 2008.8.11. 신고한 양도소득세는 서로 과세근거가 다르므로이중과세를 이유로 이 건 종합소득세를 취소하거나 기 납부한 양도소득세 상당액을 환급하여야 한다는 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.