최저한세 적용대상인 임시투자세액공제와 처저한세 적용대상이 아닌 외투법인세액감면이 동시에 적용되는 경우 세액공제를 먼저 적용하고 세액감면을 나중에 적용하여 법인세 및 농어촌특별세를 부과한 처분의 당부(기각)

처분청이 ‘최저한세 대상 공제감면’인 임시투자세액공제 등을 ‘최저한세 배제 공제감면’인 외국인투자법인법인세감면보다 우선 적용하여 농어촌특별세를 부과한 처분에는 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 1991.12.7. 반도체 및 TFT-LCD용 정밀화학제품 등의 제조·판매를 주된 사업목적으로 설립된 외국인투자법인으로, 2005.12.1. OOOOOOO 주식회사(이하 “OOOOOOO”라 한다)를 합병하였는바, OOOOOOO는 2004사업연도 중 농어촌특별세가 부과되지 않는「조세특례제한법」제121조의2제1항에 따른 법인세 감면(이하 “외국인투자법인법인세감면”이라 한다)을 농어촌특별세가 부과되는 임시투자세액공제 등보다 먼저 적용하여 법인세 및 농어촌특별세 신고를 하였다.

나. 처분청은 OOOOOOO가 공제감면의 적용순서를 잘못 적용하여 농어촌특별세를 과소납부한 것으로 보고, 2010.3.5.OOOOOOO의합병법인인청구법인에게2004사업연도농어촌특별세 1,640,612,300원을 경정·고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2010.6.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

외국인투자법인법인세감면은 다른 조세지원에 우선하여 적용하는 특례로서「법인세법」제59조제1항에서 세액감면이 세액공제에 우선하여 적용하도록 명백하게 규정하고 있고, 「법인세법」과「조세특례제한법」등 다른 법률에서 그 적용순서에 관하여 달리 규정하지 아니하고 있음에도 처분청이 최저한세 대상 공제감면이라고 하여 임시투자세액공제 등을 외국인투자법인법인세감면에 우선하여 적용하여 농어촌특별세를 과세한 처분은 법적근거가 없는 부당한 처분이다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제132조에 규정한 최저한세의 입법취지 및 계산방법 등을 고려할 때, 동 규정은 최저한세 대상 공제감면을 최저한세 배제 공제감면보다 먼저 적용하는 것을 전제로 한 것이므로,「법인세법」제59조의별도규정이라고 보아야 하며,「법인세법 시행규칙」제82조및 별지 제3호 서식에도 최저한세 대상 공제감면을 우선 적용하도록 되어 있으므로, 최저한세 대상 공제감면인 임시투자세액공제 등을 최저한세 배제 공제감면인 외국인투자법인법인세감면보다 우선 적용하여 농어촌특별세를 과세한 처분청의 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

최저한세 대상 공제감면과 최저한세 배제 공제감면이 중복될 경우 적용순서

나. 관련법령

(1)법인세법 제59조(2003.12.30. 법률 제7005호로 개정된 것)【감면 및 세액공제액의 계산】

① 이 법 및 다른 법률을 적용할 때 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 다음 각 호의 순서에 따른다. 이 경우 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(괄호 생략)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)

2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제

3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.제60조【과세표준 등의 신고】

② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다)

(2) 법인세법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18174호로 개정된 것)제97조【과세표준의 신고】

③ 법 제60조 제2항 제2호의 규정에 의한 세무조정계산서는 재정경제부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액조정계산서로 한다.

(3)법인세법 시행규칙(2004.3.5. 재정경제부령 제356호로 개정된 것)제82조【서식】

① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각호와 같다. 후단 생략

3. 영 제97조 제3항의 규정에 의한 별지 제3호 서식의 법인세 과세표준 및 세액조정계산서[별지 제3호 서식] : 법인세 과세표준 및 세액조정계산서

④

납

부

할

세

액

계

산

?????? ?????? ?????? )

?????? 공 제 감 면 세 액 (ㄱ)

17

?????? 차 감 세 액

18

?????? 공 제 감 면 세 액 (ㄴ)

19

?????? 가 산 세 액

20

?????? ?????? ?????? ?????? )

21

※ 작성요령????????????합계란의 금액(최저한세 적용대상 공제감면세액) 기재????????????합계란의 금액(최저한세 적용제외 공제감면세액) 기재

(4) 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것) 제121조의2【외국인투자에 대한 법인세등의 감면】

① 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」제2조제1항 제4호의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항에 규정하는 바에 따라 법인세·소득세·취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업②「외국인투자촉진법」제2조제1항 제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세년도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세년도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세년도)부터 5년 이내에 종료하는 과세년도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 각호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세년도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.제132조【최저한세】

① 내국법인(제72조 제1항의 규정을 적용받는 조합법인 등을 제외한다)의 각 사업연도의 소득과「법인세법」제91조제1항의 규정을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(「법인세법」제55조의2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세·가산세 및 대통령령이 정하는 추징세액을 제외하며, 대통령령이 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산함에 있어서 다음 각호의 1에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호의 규정에 의한 준비금을 관계규정에 의하여 익금에 산입한 금액을 포함한다)에 100분의 15(중소기업의 경우에는 100분의 10)를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 제4조, 제8조의2, 제9조, 제17조, 제28조, 제30조, 제55조, 제55조의2제1항, 제75조, 제104조의3, 법률 제4806호「조세감면규제법」중 개정법률 부칙 제11조, 법률 제4666호「조세감면규제법」개정법률 부칙 제14조, 법률 제4285호「조세감면규제법」중 개정법률 부칙 제22조 및 법률 제3865호「조세감면규제법」중 개정법률 부칙 제14조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금으로 산입하는 특별감가상각비 및 준비금

2. 제13조, 제14조, 제49조, 제55조, 제55조의2 제4항, 제60조 제2항, 제61조 제3항, 제63조의2 제5항, 법률 제4666호「조세감면규제법」개정법률 부칙 제15조 및 법률 제5584호「조세감면규제법」개정법률 부칙 제12조 제3항의 규정에 의한 소득공제금액·익금불산입금액 및 비과세금액

3. 제5조, 제7조의2, 제10조(중소기업이 아닌 자의 당해 과세연도세액공제대상금액에서 대통령령이 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 차감한 금액에 한한다. 이하 이 조에서 같다), 제10조의2, 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제94조, 법률 제4666호「조세감면규제법」개정법률 부칙 제14조, 법률 제3865호 「조세감면규제법」중 개정법률 부칙 제14조 및 법률 제5584호「 조세감면규제법」개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의한 세액공제금액

4. 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제21조, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제63조, 제64조, 제68조, 제102조, 법률 제4806호「조세감면규제법」개정법률 부칙 제14조, 법률 제4666호「조세감면규제법」개정법률 부칙 제13조 및 제16조와 법률 제5584호「조세감면규제법」개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제2항(종전 제35조의 개정규정에 한한다)·제4항의 규정에 의한 법인세의 면제 및 감면제144조【세액공제액의 이월공제】

① 제5조, 제7조의2, 제10조 내지 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제94조, 제104조의8 및 법률 제5584호「조세감면규제법」개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일로부터 5년 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다.

(5) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제132조【최저한세】

③ 이 법을 적용할 때 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등을 먼저 적용한다.부칙(2010.1.1. 법률 제9921호) 제1조【시행일】이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다. 이하 생략

(6) 조세특례제한법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18207호로 개정된 것) 제126조【최저한세】

② 법 제132조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 세액공제 등”이라 함은 법인세 감면 중 동조 동항 제3호 및 제4호에 열거되지 아니한 세액공제ㆍ세액면제 및 감면을 말한다.

⑤ 납세의무자가 신고(「국세기본법」에 의한 수정신고 및 경정 등의 청구를 포함한다)한 소득세액 또는 법인세액이 법 제132조의 규정에 의하여 계산한 세액에 미달하여 소득세 또는 법인세를 경정하는 경우에는 다음 각호의 순서(동일한 호안에서는 법 제132조 제1항 및 제2항 각호에 열거된 조문순서에 의한다)에 따라 다음 각호의 감면을 배제하여 세액을 계산한다.

1. 법 제132조 제1항 제1호 및 동조 제2항 제1호의 규정에 의한 특별감가상각비

2. 법 제132조 제1항 제1호 및 동조 제2항 제1호의 규정에 의한 준비금의 손금산입2의

2. 법 제132조 제1항 제2호에 따른 손금산입 및 익금불산입

3. 법 제132조 제1항 제3호 및 동조 제2항 제3호의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 동일 조문에 의한 감면세액 중 이월된 공제세액이 있는 경우에는 나중에 발생한 것부터 적용배제한다.

4. 법 제132조 제1항 제4호 및 동조 제2항 제4호의 규정에 의한 법인세 또는 소득세의 면제 및 감면

5. 법 제132조 제1항 제2호 및 동조 제2항 제2호의 규정에 의한 소득공제 및 비과세

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인은 1991.12.7. 반도체 및 TFT-LCD용 정밀화학제품 등의 제조·판매를 주된 사업목적으로 설립된 외국인투자법인(100%)이고, OOOOOOO는 2002.4.25. LCD관련 컬러필터의 제조·판매를 주된 사업목적으로 설립된 외국인투자법인(95%)인바, 2005.12.1. 청구법인이 OOOOOOO를 합병한 것으로 국세청 전산자료 등에 나타난다.

(2)OOOOOOO는 2002사업연도부터 2005사업연도까지 <표1>과같이 최저한세가 적용되지 않고 농어촌특별세가 부과되지 않는 외국인투자법인법인세감면을 최저한세가 적용되고 농어촌특별세가 부과되는 임시투자세액공제 등보다 우선 적용하여 법인세 및 농어촌특별세 신고를 하였다.

<표1>

OOOOOOO 법인세 공제감면 등 신고내역(OO O OO)

(3) 처분청은 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제 등이 최저한세가 적용되지 않는 외국인투자법인법인세감면보다 우선 적용하여야 한다고 보고, <표2>와 같이 OOOOOOO의 공제감면세액을 수정하여 <표3>과 같이 OOOOOOO의 농어촌특별세를 합병법인인 청구법인에게 과세한 것으로 처분청의 과세자료에 나타난다.

(3) 처분청은 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제 등이 최저한세가 적용되지 않는 외국인투자법인법인세감면보다 우선 적용하여야 한다고 보고, <표2>와 같이 OOOOOOO의 공제감면세액을 수정하여 <표3>과 같이 OOOOOOO의 농어촌특별세를 합병법인인 청구법인에게 과세한 것으로 처분청의 과세자료에 나타난다.

<표2>

처분청의 OOOOOOO 공제감면 적용내역(OO O OO)<표3> OOOOOOO 농어촌특별세 과세 내역(OO O OO)(4)「법인세법」제59조에는 법인세 감면과 세액공제가 동시에 적용되는 경우 별도의 규정이 없으면 법인세 감면을 세액공제보다 우선하여 적용하도록 규정하고 있는바,처분청과 청구법인은「조세특례제한법」제132조최저한세 규정이「법인세법」제59조의 별도규정에 해당하는지에 대하여 다음과 같이 다투고 있다. (가)처분청은 「조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것)」제132조는 조세감면의 한도를 제한하는 특별규정으로 최저한세 대상 공제감면을 우선하여 적용하여야 하고 그렇지 않으면 국민개납주의에 기반한 최저한세의 입법목적을 달성할 수 없다고 하고, 청구법인은 외국인투자법인법인세감면은 외국인투자의 유치 및 외국인투자자의 고도기술 도입을 통하여 고용창출 및 국민경제발전을 증대하고자 하는 입법목적에서 다른 어떤 조세지원보다 우선 적용하여야 하고 이러한 취지에서 외국인투자법인법인세감면은 최저한세, 농어촌특별세 부과대상 등에서 제외되고 있다고 주장한다. (나)처분청은「조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것)」제132조 제1항에 최저한세 계산의 기초가 되는 법인세를 최저한세 배제공제감면을 적용하기 전의 법인세로 규정하고 있는바, 이는 최저한세 대상 공제감면을 먼저 적용하여야 한다는 취지라고 하고, 청구법인은 동 규정은 최저한세의 계산방법을 규정한 것이지 적용순서를 규정한 것은 아니라는 의견이다.

(다) 처분청은「법인세법 시행규칙」제82조및 별지 제3호 서식(법인세 과세표준 및 세액조정계산서)에도 최저한세 적용 공제감면을 먼저 적용하고, 최저한세 배제 공제감면을 나중에 적용하도록 규정하고 있다고 하고, 청구법인은 동 별지 제3호 서식에서 최저한세 대상 공제감면과 최저한세 배제 공제감면의 적용순서를 정하고 있다고 보기 어렵고, 오히려 그 적용순서를「법인세법」제59조제1항에 따라 하도록 규정하고 있다고 주장하는바,「법인세법 시행규칙」별지 제3호 서식은 (120)산출세액에서 (121)공제감면세액(ㄱ)을 차감하여 (122)차감세액을 구한 후, (123)공제감면세액(ㄴ)을 차감하고 (124)가산세액을 더하여 (125)가감계를 구하도록 되어있고, (121)공제감면세액(ㄱ)과 (123)공제감면세액(ㄴ)에는 같은 시행규칙 별지 제8호 서식의 (120)법인세 등 공제감면세액의 합계액과 (170)「조세특례제한법」공제감면세액 합계액을 각각 옮겨 적도록 되어 있는데, (120)법인세 등 공제감면세액의 합계액은 최저한세 배제 공제감면세액의 합계액에 해당하며, (170)「조세특례제한법」공제감면세액 합계액은 최저한세 대상 공제감면세액의 합계액에 해당하는 점으로 볼 때, 처분청의 의견과 같이「법인세법 시행규칙」별지 제3호 서식은 최저한세 대상 공제감면세액을 최저한세 배제 공제감면세액보다 우선하여 적용하도록 되어 있는 것으로 보인다.

(라) 처분청은2010.1.1. 개정된「조세특례제한법」제132조제3항은 확인적 규정이라는 의견이고, 청구법인은 창설적 규정이라고 주장하는바,기획재정부 2009년 개정세법 주요내용을 보면 동 규정의 개정이유를 “적용순서에 대한 명확한 규정이 없어 이를 명문화”라고 하고 있고, “명문화”라는 표기는 문자화하여 명확하게 한다는 것이므로,2010.1.1. 개정된「조세특례제한법」제132조제3항은이는 명백히 문자화 되어 있지는 않았지만 이미 시행되고 있었던 사항에 대하여 법에 문자화하여 명확하게 한다는 확인적 규정으로 보인다.

(5)위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보건대, 청구법인은2010.1.1. 법률 제9921호로「조세특례제한법」제132조제3항이 개정되기 전에는 최저한세 대상 공제감면을 최저한세 배제 공제감면보다 우선 적용하여야 한다는 명확한 규정이 없었으므로,「법인세법」제59조 제1항에 따라 세액감면을 세액공제보다 우선하여야 한다고 주장하나, 2010.1.1「조세특례제한법」제132조제3항이 개정되기 전부터최저한세 대상 공제감면세액을 최저한세 배제 공제감면세액보다 우선하여 적용하도록 되어 있는「법인세법 시행규칙」별지 제3호 서식이 시행되어 온 점,기획재정부의2009년 개정세법 주요내용을 보면 2010.1.1.개정된「조세특례제한법」제132조제3항 규정의 개정이유를 “적용순서에 대한 명확한 규정이 없어 이를 명문화”한 것이라고 하고 있는바, 이는 명백히 문자화 되어 있지는 않았지만 이미 시행되고 있었던 사항에 대하여 법에 문자화하여 명확하게 한다는 확인적 규정으로 보이는 점,「조세특례제한법」(2003.12. 30. 법률 제7003호로 개정된 것) 제132조 제1항에 최저한세 계산의 기초가 되는 법인세를 최저한세 배제공제감면을 적용하기 전의 법인세로 규정하고 있는바, 이는 최저한세 대상 공제감면을 우선 적용하여야 한다는 취지로 보이는 점 등을 고려할 때,「조세특례제한법」(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것) 제132조 규정은명문화 하고 있지는 않았지만,최저한세 대상 공제감면을 최저한세 배제 공제감면보다 우선 적용하는 것을 전제로 하고 있는 것으로「법인세법」제59조의별도규정이라고 보는 것이 타당하다고 판단된다.

따라서 처분청이 ‘최저한세 대상 공제감면’인 임시투자세액공제 등을 ‘최저한세 배제 공제감면’인외국인투자법인법인세감면보다 우선 적용하여 농어촌특별세를 부과한 처분에는잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.