조특법 시행령 제40조 제1항 산식에서 분모의 취득당시의 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가로 보아 양도소득세 감면소득을 산정한 것이 적법한지 여부

조특령 제40?

① 산식에서 분자의 “취득당시 기준시가”는 쟁점주택의 신축당시 기준시가로, 분모의 “취득당시 기준시가”는 종전주택의 취득당시 기준시가로 보아 쟁점주택의 감면대상 소득금액을 계산하는 것이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 1996.6.29. OOO아파트 23동 404호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 주택재건축사업에 의하여 2004.9.30. OOO아파트 103동 1303호(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 이를 2008.3.25. 양도하고 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가 2008년 10월 「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례, 이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 종전주택 취득시점부터 양도일까지의 양도소득금액 전부를 감면신청하는 경청청구를 하였다.

나. 이에 대하여 처분청은 경정청구를 받아들였다가 OOO지방국세청장의 기획점검계획에 따라 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득후 양도시점까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 쟁점규정에 따른 감면대상 소득으로 인정한 반면, 종전주택 취득일(1996.6.29.)부터 신축주택 취득일 전일(2004.9.29.) 까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 쟁점규정의 과세특례 적용을 배제하고 2013.4.23. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2013.5.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

종전주택 부수토지에 대하여는 환지법을 적용(「소득세법」 제88조 제2항)하여 감소되는 토지를 체비지로 건축비에 충당하므로 환지법에 따라 비과세되어야 하고,「조세특례제한법」제99조의3 조합원의 신축주택 취득에 따른 양도소득세 감면규정에 ‘청구인과 같이 정비사업의 조합원이 환지처분으로 분양받은 신축주택을 양도할 경우 신축주택 취득전 양도소득금액에 대한 양도소득세는 감면되지 않는다’는 내용이 규정되어 있지 아니하므로 같은 법 시행령 제40조 제1항을 적용함은 잘못이며, 같은 법 시행령 제40조 제1항을 적용한다 하더라도 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 산식에 있어 분자와 분모에서 “취득당시 기준시가”라는 동일한 용어를 사용하고 있으므로 그에 대한 의미도 동일하게 신축주택 취득당시의 기준시가로 해석하여야 함에도 처분청이 분자를 신축주택의 취득당시 기준시가로, 분모를 종전주택의 취득당시 기준시가로 적용한 것은 근거가 없어 부당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3은 신규주택의 수요를 촉진하여 주택건설경기를 부양하고자 도입된 조항으로 신축주택을 취득 후 양도시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면해 주는 조항일 뿐 당초부터 보유하던 주택에서 발생한 양도소득금액까지 감면대상으로 하는 것은 아니며, 「조세특례제한법」제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에 따라 신축주택에서 발생한 감면소득금액을 계산할 때 감면대상 자산 전체에서 발생한 양도소득금액 중 신축주택 취득 후 5년 이내 발생한 양도소득금액을 산출하여야 하므로 분모는 양도자산 전체의 기준시가 변동내용이 반영되어야 하고 분자는 신축주택 취득 후 양도시까지의 기준시가 변동내용이 반영되어야 함에 따라 분모의 “취득당시의 기준시가”는 양도주택의 최초 취득당시의 기준시가로 해석함이 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 양도소득세 감면적용대상인지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이「소득세법」제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.2.자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 (2003.5.29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙) : 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.{양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 － 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 － 취득당시의 기준시가)}제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(3) 소득세법제90조【양도소득세액의 감면】제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있을 때에는 제92조 제2항에 따른 양도소득과세표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액에, 해당 감면소득금액에서 제103조 제2항에 따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

(4) 소득세법 시행령제166조【양도차익의 산정 등】

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익"이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 "기존건물분양도차익"이라 한다)

관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금

(=청산금납부분

양도차익)

기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금

+

관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액

(=기존건물분

양도차익)

기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금

+

관리처분계획인가전양도차익

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 경정결의서 등에 의하면, 청구인은 1996.6.29. 취득한 종전주택이 재건축됨에 따라 2004.9.30. 신축주택을 취득하였다가 2008.3.25. 양도하고 양도소득세를 신고·납부하였다가 2008년 10월 「조세특례제한법」상 쟁점규정에 따라 종전주택 취득시점부터 양도일까지의 양도소득금액 전부를 감면신청하는 경청청구를 하였고, 이에 대하여 처분청은 경정청구를 받아들였다가 OOO지방국세청장의 기획점검계획에 따라 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득후 양도시점까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 쟁점규정에 따른 감면대상 소득으로 인정한 반면, 종전주택 취득일(1996.6.29.)부터 신축주택 취득일 전일(2004.9.29.) 까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 쟁점규정의 과세특례 적용을 배제하고 2013.4.23. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 부과한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 종전주택 부수토지에 대하여는 환지법을 적용(「소득세법」 제88조 제2항)하여 감소되는 토지를 체비지로 건축비에 충당하므로 환지법에 따라 비과세 되어야 하고, 「조세특례제한법」제99조의3 조합원의 신축주택 취득에 따른 양도소득세 감면규정에 ‘청구인과 같이 정비사업의 조합원이 환지처분으로 분양받은 신축주택을 양도할 경우 신축주택 취득전 양도소득금액에 대한 양도소득세는 감면되지 않는다’는 내용이 규정되어 있지 아니하므로 같은 법 시행령 제40조 제1항을 적용함은 잘못이며, 같은 법 시행령 제40조 제1항을 적용한다 하더라도 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 산식에 있어 분자와 분모에서 “취득당시 기준시가”라는 동일한 용어를 사용하고 있으므로 그에 대한 의미도 동일하게 신축주택 취득당시의 기준시가로 해석하여야 함에도 처분청이 분자를 신축주택의 취득당시 기준시가로, 분모를 종전주택의 취득당시 기준시가로 적용한 것은 근거가 없어 부당하다는 주장이다.

(3) 처분청은「조세특례제한법」제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 종전주택 또는 나대지의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득금액에 해당하지 아니하는 것이고, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득을 계산함에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’ 이며, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택 또는 종전 나대지의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이므로 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액이 차지하는 비율만큼 감면양도소득금액을 계산하여 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.

(4) 살피건대, 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 신축주택에 대한 감면소득금액은 주택의 전체 보유기간의 양도소득금액 중에서 종전주택에 대한 양도소득금액을 차감한 금액으로 하여야 할 것인바, 처분청이 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항 산식 중 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “종전주택 취득당시의 기준시가”로 적용한 것이 부당하고, 5년 이내 신축주택을 양도하는 경우에는 위 산식을 적용할 수 없다는 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다(조심2012서2839, 2012.8.27., 조심2012서3124, 2012.9.18., 조심2012서4675, 2012.12.18. 참조).

또한, 청구인은「소득세법 시행령」 제166조에서 준공 전 소득과 준공 후 소득이 명백히 구분되므로 각 소득금액에 따라 감면소득을 적용하여야 하고, 종전주택 부수토지에 대하여는 감소되는 토지가 체비지로 건축비에 충당되어 비과세 된다고 주장하나, 「조세특례제한법」 제99조의3에 이에 대한 명문의 규정이 없어 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하기는 어렵고(조심 2013서730, 2013.5.9. 및 조심 2012서1750, 2012.12.31. 참조), 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 따른 감면소득금액 계산에 관하여는 「조세특례제한법 시행령」 제99조의3 제1항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하도록 규정하고 있고, 이에 따라 처분청이 관련 법령에서 규정한 방법으로 감면소득금액을 산정한 것으로 나타나므로, 관리처분계획인가 후 양도소득을 전액 감면대상으로 적용하고 종전주택 부수토지에 대하여도 비과세하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다(조심 2013서2670, 2013.9.6. 참조).

따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 「조세특례제한법」 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.