종전주택 취득일부터 재건축에 따른 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여 조특법 제99조의3(신축주택 취득자에 대한 과세특례) 규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

조특법 제99조의3 입법취지, 동 법령에서 신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세소득에서 차감하도록 규정하고 있는 점 등을 고려할 때, 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 2001.3.29. OOO동고층아파트 308동-403호(이하 “종전주택”이라고 한다)를 취득하여 보유하다가 재건축으로 인해 OOO 105동-1703호(이하 “신축주택”이라고 한다)를 2005.3.2. 취득하여 보유하다가 2009.8.26. 양도하고 2009.11.2.실지거래가액으로 양도차익을 계산한 후「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세를 감면신청하였다.

나. 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에의한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아2011.7.18.청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2011.10.13. 이의신청을 거쳐 2012.2.13. 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」제99조의3 제1항 본문은 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제한다고 명시하고 있는 바,쟁점아파트는 신축주택의 감면요건을 충족하고신축주택 취득일로부터 5년이내에 양도되었으므로양도소득에 대해서 100% 감면이 되어야 한다. 또한,「조세특례제한법」제40조제1항 산식에서 분모 및 분자에 동일하게 취득당시의 기준시가를 적용하도록 되어 있는 반면, 국세청 예규 등에서는 분모의 “취득당시의 기준시가”란 토지 취득당시 기준시가를 말하고 있는데 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득이 100% 감면되기 위해서는 분자 또한 토지 취득당시 기준시가를 적용하여야 계산과정에서 100% 감면이 가능하도록 산출됨에도 조문상 특별히 언급이없는데 동일한 조문을 놓고 분모와 분자의 적용내용을 달리 해석하는 것은과세요건 명확주의와 엄격해석의 원칙에도 위배되는 것이다. 따라서,처분청이 양도소득세 과세처분 과정에서 적용한 감면소득금액 산출방법은분모와 분자의 취득시 기준시가를 각각 달리 해석하여 분자의 취득당시기준시가는 건물취득당시의 기준시가로 분모의 취득당시 기준시가는 토지 취득당시 기준시가로적용한 것은법조문을 자의적으로 해석하여 납세자의 재산권을 침해한 것이므로 부당하다.

나. 처분청 의견

재개발 사업으로 인하여 조합원이 조합원용 주택을 취득하는 경우 사용승인이나사용검사를 받은 날이 취득일이 되는 것이고 양도소득세의 감면대상이 되는취득일로부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일부터양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것인 바,청구인이종전주택을 취득한 날은 2001.3.29.이고 청구인의 신축주택인 쟁점주택을 취득한날(사용승인일)은 2005.1.28.로 확인되며, 쟁점주택을 양도한 날은2009.8.27.로확인되므로「조세특례제한법」제99조의3 제1항의 신축주택의 취득일로부터5년이내에 발생하는 소득이라 함은 2005.1.28.부터 2009.8.28. 기간중에 발생한 소득을 의미하는 것이므로 청구인이 신고한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지 여부나. 관련법률(1)조세특례제한법제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만,해당 신축주택이 「소득세법」제89조제1항제3호에 따라 양도소득세의비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간중에 주택건설업자와 최초로매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택2.자기가 건설한 신축주택의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택(2)조세특례제한법 시행령제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한양도소득세의 감면 등】①법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간발생한 양도소득금액"이라 함은「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2001.3.29.종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축으로 인해 2005.3.2.신축주택을2005.3.2. 취득하여 보유하다가 2009.8.26. 양도하고 2009.11.2.실지거래가액으로 양도차익을 계산한 후「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세를 감면신청하였고, 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에의한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아이 건 양도소득세를 과세하였다. (나) 2001.3.29.청구인은 종전주택을 취득하였고, 2005.3.2. 종전주택을 멸실 후 신축주택(아파트)을 취득하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날은 2010.3.1.이고, 2009.8.26. 신축주택을 양도한 사실이 등기부등본 등에 의하여 확인된다. (다)종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는「조세특례제한법」제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다.

이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는「소득세법 시행령」제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 하고 있고, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일 : 2003.4.30.)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이라고 하고 있다.

(2) 위 사실관계를 근거로종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지이에 대하여 본다.(가) 청구인은처분청이 양도소득세 과세처분 과정에서 적용한 감면소득금액 산출방법은분모와 분자의 취득시 기준시가를 각각 달리 해석하여 분자의 취득당시기준시가는 건물취득당시의 기준시가로 분모의 취득당시 기준시가는 토지 취득당시 기준시가로적용한 것은법조문을 자의적으로 해석하여 납세자의 재산권을 침해한 것이므로 부당하다고 주장하고 있다.(나) 그러나,「조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면,신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2010서2935. 같은 뜻).

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.