청구법인의 대주주이자 임원에게 지급된 쟁점보상금을 연구 및 인력개발비에 해당하는 조특법 시행령 제9조 제2항 및 [별표6] 제1호 라목 소정의 직무발명 보상금으로 인정할 수 있는지 여부(기각)

처분청이 청구법인에게 한 회신은 “법인의 임원이 직무발명 보상금을 지급받은 경우에도 연구 및 인력개발비에 포함된다.”라는 공적인 견해를 표명하였다고 인정하기 보다는 일반적인 의미로 연구 및 인력개발비와 관련한 법규를 해석한 것으로 이해함이 합리적임

1. 처분개요

가. 청구법인은 조경공사 시공 설계업 등을 영위하는 내국법인으로 2006, 2007사업연도 중 청구법인의 최대주주(발행주식 30.1% 보유)이자 등기이사인 OOO에게 직무발명 보상금으로 1,366,046,830원(2006년 : 367,807,830원, 2007년 : 998,239,000원으로 이하 “쟁점보상금”이라 한다)을 지급한 다음, 2006· 2007사업연도 법인세 신고당시 당해 과세연도의 이전 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균 발생액을 초과한 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 연구 및 인 력개발비로 보아 해당 세액의 공제를 신청하였다.

나. 처분청은 청구법인의 임원이 지급받은 쟁점보상금이「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조, 같은 법 시행령 제9조 및 [별표6] 제1호 라목 소정의 직무발명 보상금에 해당하지 아니한다고 보아, 쟁점보상금에 대한 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인하여 2010.1.15. 청구법인에게 2006～2007사업연도 법인세 726,590,010원 (2006사업연도 : 239,902,650원, 2007사업연도 : 486,687,360원)을 경정 ·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점보상금의 직무발명 보상금 해당 여부 관련 조특법 제2조 제1항 제1호는 “내국인”이라 함은「소득세법」에 의한 거주자 및「법인세법」에 의한 내국법인을 말한다고 규정하였고, 같은 법 제10조 제1항은 “내국인”에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 인정하고 있는바, 개인사업자에 대한 국세청 예규(서면1팀-396, 2004.3.16., 소득 46011-2504, 1993.8.23.)는 청구법인에게도 동일하게 적용되어야 하는 점, 쟁점보상금이 조특법 시행령 [별표6]

1. 기술개발란 라목 소정의 “직무발명 보상금”이므로 연구 및 인력개발비에 해당한다고 주장함에 대하여, 처분청은 위 조항과 관련이 없는 같은 란 가목 소정의 “자체기술 개발” 관련 요건의 미비를 과세사유로 제시한 것은 부당하다고 보이는 점, 2008 간추린 개정세법에서 2008.10.7. 같은 법 시행령 [별표6]

1. 기술개발란 라목의 개정사유를 “연구개발비의 범위를 합리적으로 조정”하였다고 명시하고 있는바, 이는 임원에게 직무발명 보상금을 지급한 경우에도 연구 및 인력개발비에 포함됨을 확인적으로 규정한 것에 불과하다고 해석되 는 점 등을 종합하였을 때, 쟁점보상금은 연구 및 인력개발비에 해당한 다고 해석함이 합리적이다.

(2) 신의성실의 원칙 위배 관련 국세청 예규(서면1팀-396, 2004.3.16.)에서 “당해 기업이 그 종업원에게 직무발명으로 지출한 금액”의 종업원에는 법인의 임원도 포함된다고 보았던 점, 이후 청구법인도 2006.9.14. 국세종합상담센터에 위 조항의 해석이 종전과 동일한지 여부에 대하여 질의하였던바, 국세종합상담센터장은 2006.9.26. 기존의 위 예규를 참고하라고 답변(서면인터넷방문상담1팀-1356)하였던 점, 청구법인은 그 회신을 신뢰하여 법인세 신고당시 쟁점보상금을 연구 및 인력개발비에 포함하였던 점, 그런데 이후 2008.10.7. 조특법 시행령 제9조 제2항 관련 [별표6]

1. 기술개발란 라목의 규정이 “종업원”에게 지출한 금액에서 “종업원 또는 종업원 외의 자”에게 지출한 금액으로 개정됨에 따라, 동 시행령 개정 전에 법인의 임원에게 지급된 직무발명 보상금은 연구 및 인력개발비에 해당하지 아니한다고 해석을 변경한 점 등을 종합하였을 때, 위와 같은 예규에 반하여 쟁점보상금이 연구 및 인 력개발비에 해당하지 아니한다고 보아 과세한 처분은 신의성실원칙에 위반되며, 또한 이 건은 적어도 청구법인에게는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로 가산세를 부과한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점보상금의 직무발명보상금 해당 여부 관련 구 조특법 시행령 제9조 제2항 [별표6]

1. 기술개발란의 가목에 의하면 세액공제가 가능한 연구 및 인력개발비는 ‘전담부서에서 근무하고 기획재정부령이 정하는 자’의 연구개발비용으로 한정되고, 조특법 시행규칙 제2조 제2항에서 주주인 임원을 종업원에서 제외하고 있는바, 종업원의 범위에 출자임원이 포함된다 보기는 어려운 점, 2008.10.7. 개정된 조특법 시행령 [별표6]

1. 기술개발란 라목은 직무발명 보상금으로 세액공제의 대상이 되는 범위를 “종업원”에서 “종업원 또는 종업원 외의 자”로 확장하면서, 그 적용시기를 2008. 10.7.이 속한 사업연도부터로 규정하고 있는바, 2007.12.31. 이전에는 ‘종업원’에게 지급된 직 무발명 보상금에 대하여만 세액공제가 인정된다고 해석하여야 하는 점 등을 종합하였을 때, 청구법인이 출자임원에게 지급한 쟁점보상금에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 인정하여서는 아니된다.

(2) 신의성실의 원칙 위배 관련 청구법인이 2006.9.26. 국세종합상담센터장으로부터 회신을 받은 질의답변서 에서 인용한 국세청 예규(서면1팀-396, 2004.3.16.)는「소득세법」에서 규정한 비과세소득과 관련된 내용으로 “연구 및 인력개발비” 세액공제와는 무관하며, 국세청 예규(법인세과-1255, 2009.11. 9.)에서도 2007.12.31. 이전에 내국법인이 임원에게 지급한 직무발명 보상금은 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상이 아니라고 답변하 였으므로 이 건 과세처분을 위법하다고 보아서는 아니된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인의 대주주이자 임원에게 지급된 쟁점보상금을 연구 및 인력개발비에 해당하는 조특법 시행령 제9조 제2항 및 [별표6] 제1호 라목 소정의 직무발명 보상금으로 인정할 수 있는지 여부

② 청구법인의 질의에 대하여 과세관청이 회신(서면인터넷방문상 담1팀-1356, 2006.9.26.)을 한 다음에 이루어진 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인(소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

(2) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. [별표 6] 연구.인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련)

구분

비용

1. 기술개발

가. 자체기술개발

① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비

라. 당해 기업이 그 종업원에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액

<참고>

2008.10.7. 개정 조세특례제한법 시행령 [별표 6]

1. 기술개발 라. 당해 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자 에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액 [부칙](2008.10.7. 대통령령 제21064호) 제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제4조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제에 관한 적용례】 별표 6의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 분 부터 적용한다.

(3) 조세특레제한법 시행규칙 제2조 【중소기업의 범위】

② 영 제2조 제1항 각호외의 부분 단서 및 동항 제1호에서 “상시 사용하는 종업원수”라 함은 당해 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자(주주인 임원, 「소득세법 시행령」제20조 의 규정에 의한 일용근로자 및 「기술개발촉진법 시행령」제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 연구전담요원을 제외한다)수로 한다. 이 경우 종업원수는 당해 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로 하여 계산한다.

(4) 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제12조【비과세소득】다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

5. 기타소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득 라. 종업원의 직무와 관련된 우수발명으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여 사용자로부터 받는 보상금

(5) 발명진흥법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "직무발명"이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원 (이하 "종업원 등 "이라 한다) 이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 "사용자등"이라 한다) 의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명 을 말한다.

3. "개인발명가"란 직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다. 제10조【직무발명】

① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 " 특허등"이라 한다)을 받 았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받 으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 " 특허권등"이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權) 을 가진다. ②제1항에도 불구하고 공무원의 직무발명에 대한 권리는 국가나 지방자치단체가 승계하며, 국가나 지방자치단체가 승계한 공무원의 직무발명에 대한 특허권등은 국유나 공유로 한다. 다만, 「고등교육법」제3조 에 따른 국·공립학교(이하 "국·공립학교"라 한다) 교직원의 직무발명에 대한 권리는「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」제11조 제1항 후단에 따른 전담조직(이하 "전담조직"이라 한다)이 승계하며, 전담조직이 승계한 국·공립학교 교직원의 직무발명에 대한 특허권등은 그 전담조직의 소유로 한다.

③ 직무발명 외의 종업원등의 발명에 대하여 미리 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키거나 사용자등을 위하여 전용실시권(專用實施權)을 설정하도록 하는 계약이나 근무규정의 조항은 무효로 한다. 제11조【직무발명보상제도의 실시와 지원시책】

① 정부는 종업원등의 직무발명을 장려하기 위하여 직무발명보상제도 등의 실시에 관한 지원시책을 수립·시행하여야 한다.

② 제1항에 따른 지원시책에는 다음 각 호의 내용이 포함되어야 한 다.

1. 표준이 되는 보상규정의 작성 및 보급

2. 보상과 관련된 분쟁을 해결하기 위한 합리적인 절차규정의 작성 및 보급

③ 정부는 직무발명에 대한 보상을 실시하는 사용자등에 대하여는 제3장과 제4장에 따른 발명의 권리화와 사업화를 촉진하기 위한 조치를 먼저 하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 발행주식총수 중 30.1%를 보유한 최대주주이자 청구법인의 등기이사이었던 OOO은 2006 및 2007사업연도 중 청 구법인에게 법면보호네트의 시공방법(특허번호 제190840호) 등 8개의 특허에 대한 전용실시권을 설정하여 주고, 직무발명 보상금으로 쟁 점 보상금(2006사업연도 : 367,807,830원, 2007사업연도 : 998,239,000원) 을 수령하였다.

(2) 구 조특법 시행령(2008.10.7. 대통령령 제21064호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항과 같은 항 관련 [별표6]

1. 기술개발란 라목 에서 “당해 기업이 그 종업원에게 직무발명 보상금으로 지출한 금 액”을 직무발명 보상금인 연구 및 인력개발비로서 세액공제의 대상이 된다고 규정하였고, 조특법 시행령(2008.10.7. 대통령령 제21064호로 개정된 것) [별표 6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용

1. 기술개발란 라목은 “ 당해 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액”으로 규정하여 “종업원 외의 자”에게 지급한 보상금 또한 직무발명 보상금의 범위에 포함하였으며, 2008간추린 개정세법(기획재정부)에서 그 개정사유를 “ 연구개발 및 인력개발에 필요한 비용 중 연구개발비 세액공제가 적용되는 연구개발비의 범위를 합리적으로 조정”하기 위함이라고 적시하였다.

(3) 「발명진흥법」제2조 제2호는 “직무발명이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명 을 말한다.”라고 규정하였다.

(4) 청구법인은 국세청장에게 “법인의 출자임원이 발명진흥법에 의한 직무발명을 하고 특허권을 취득하여 등록한 후, 법인으로부터 특허권 사용료를 지급받다가, 그 사용료 대신 당해 법인에게 특허권 존속기간까지의 전용실시권을 허용하고 그 대가로 직무발명 보상금을 일시에 지급받는 경우, 조특법 제10조 및 같은 법 시행령 제9조 제2항 [별표] 1.기술개발 라목에 해당하는지 여부 및 조특법 제10조 및 같은 법 시행령 제9조 제2항의 규정에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용할 때 임원에게도「소득세법」상 관련 규정의 해석을 적용하는지 여부”에 대하여 인터넷으로 질의를 하였던바, 국세청장은 “귀 질의의 경우 붙임의 우리 청 기질의회신문[서면1팀-396, 2004.3.16] 및 [소득46011-2504, 1993.8.23.]을 참고하시기 바랍니다.”라고 회신하였다.

(5) 국세청장의 질의회신문 중 서면1팀-396(2004.3.16.)은 “ 「소득세법」제12조 제5호 라목에 규정하고 있는 비과세소득에는 법인세법 시행령 제43조 제6항에서 규정하는 임원의 직무발명도 포함되는 것입니다.”라는 내용이고, 또한 소득46011-2504(1993.8.23.)는 “종업원이 직무와 관련하여 발명한 특허법 및 실용신안법에 규정된 직무발명에 대한 특허권 또는 특허를 받을 수 있는 권리를 사용자에게 승계를 시키거나 전용실시권을 설정하는 경우, 사용자로부터 받는 특허권 및 실용신안권과 관련된 보상금은 「소득세법」제5조 에 규정하는 비과세 기타소득에 해당되며, 사용자가 동 직무발명 보상금을 당해 과세연도에 현금으로 지출하는 때에는 「조세감면규제법」제17조 에 규정된 기술 및 인력개발비 세액공제대상(제목변경 : 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)이 되는 것이다.”라는 내용이다.

(6) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 직무발명 보상금의 지급과 관련된 「발명진흥법」제2조 제2호는 “직무발명”의 범위와 관련하여 종업원, 법인의 임원 또는 공무원이 그 직무에 관하여 발명한 것으로 규정하여 종업원 범위에 임원을 포함하지 아니한 점, 2008.10.7. 개 정되기 전의 조특법 시행령 제9조 제2항 관련 [별표6]

1. 기술개발란 라목은 “종업원”에게 지출한 직무발명 보상금만을 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 규정하였고, 2008.10.7. 개정된 조특법 시행령 제9조 제2항 관련 [별표6] 1.기술개발란 라목이 “종업원 또는 종업 원 외의 자”에게 지출한 금액으로 범위를 확대하면서 그 사유를 “연구개발비의 범위를 합리적으로 조정”이라고 하였는바, 이는 동 개정의 전후에 따라 연구 및 인력개발비의 적용범위가 달라지는 창설적인 입법으로 해석할 수 있는 점, 조특법 제96조 등은 종업원의 범위에 서 임원을 제외하고 있는 점 등을 종합하였을 때, 청구법인의 최대주주이자 등기이사인 OOO이 구 조특법 시행령(2008.10.7. 대통령령 제21064호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 관련 [별표6]

1. 기술개발란 라목 소정의 “종업원” 에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것이다.

(7) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인의 질의에 대하여 처분청은 기존의 질의회신문[서면1팀-396, 2004.3.16.] 및 [소득46011-2504, 1993.8.23.]을 참고하라고 답변하였는데, 그 중 서면1팀-396(2004.3.16.)은「소득세법」상 “비과세소득”의 범위에 대한 것으로 조특법상 연구 및 인력개발비의 성립 범위와 관 계가 없는 회신이고, 나머지 회신인 소득46011-2504(1993.8.23.)의 경우 연구 및 인력개발비의 성립 범위와 관련된 것이기는 하지만, 그 내용이 “종업원”이 직무발명과 관련하여 특허권을 승계시켜주고 그 대가로서 보상금을 지급받음을 전제하는 것이라, 이 건과 같이 “법인의 임원”이 직무발명 보상금을 지급받은 경우에 대한 명확한 회신이 아닌바, 그렇다면 처분 청이 청구법인에게 한 회신(서면인터넷방문상담 1팀-1356, 2006.9.26.) 은 “법인의 임원이 직무발명 보상금을 지급받은 경우에도 연구 및 인력개발비에 포함된다.”라는 공적인 견해를 표명하였다고 인정하기 보다는 일반적인 의미로 연구 및 인력개발비와 관련한 법규를 해석한 것으로 이해함이 합리적이라 하겠다.

(8) 따라서, 청구법인의 최대주주이자 등기이사이었던 OOO에게 지급된 쟁점보상금을 직무발명 보상금으로 보지 아니하고 가산세를 가산하여 과세한 이 건 처분은 정당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기 본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.