신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위 등

「조세특례제한법」 제99조의3 소정의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화를 도모”하는데 그 입법취지가 있고, 같은 법 제1항에 의하면 신축주택에 대한 감면대상은 “신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하므로 이 건 과세처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 2001.4.29. OOO 1524-11 302호(이하 “종전주택”이라 한다)를취득하여 보유하다가 같은 동 1529 OOO아파트 203동 801호(이하 “신축주택”이라 한다)을 분양받고 2005.2.24. 사용승인을 받은 후, 2009.10.15. 신축주택을 이상원에게 OOO원에 양도하고신축주택 준공 후 5년 이내 양도소득금액에 대하여는「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다)제99조의3 규정에 의해100% 감면이적용된다고 보아 2009.11.11. 양도소득세 감면신청 및 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인의 신축주택 감면에 대한 양도소득세 신고내용에 대하여조특법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에 의한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아2012.9.1. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.9.27. 이의신청을 거쳐 2013.1.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면을 적용함에 있어 질의회신 내용(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)과 같이조특법 시행령 제40조제1항 계산산식에 의한 분모의 취득당시 기준시가를 종전예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에 의하여 사용승인일로 볼 것인지 아니면 변경된 예규(재산-220, 2009.1.20.)에 따라 종전주택의 취득시기로 볼 것인지를 가리는데 있는 바, 조문상 특별한 언급이 없음에도 동일한 조문을 놓고 분모와 분자의 적용내용을 달리 해석하는 것은 과세요건 명확주의와 엄격해석의 원칙에 위배된다. 따라서 처분청이 양도소득세 과세처분 과정에서 적용한 감면소득금액 산출방법은 분모와 분자의 취득시 기준시가를 각각 달리 해석하여 적용하였고, 이는 법조문을 자의적으로 해석하여 납세자의 재산권을 침해한 것이므로 신축주택을 그 취득일로부터5년 이내 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 100% 감면한다고 규정하고 있는조특법제99조의3 제1항의 본문 내용에 따라 신축주택 취득일로부터 5년 이내 양도하는 경우 신축주택 취득일전까지의 양도소득을 포함하여 100% 감면하여야 한다.

나. 처분청 의견

재개발 사업으로 인하여 조합원이 조합원용 주택을 취득하는 경우 사용승인이나사용검사를 받은 날이 취득일이 되는 것이고 양도소득세의 감면대상이 되는취득일로부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일부터양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것인 바,청구인이 신고한 감면소득 중 종전주택의취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다(국세청 재산세과-227, 2009.1.20., 같은 뜻).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종전주택 소유자가 재개발사업으로 신축주택을 취득하였다가 양도한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이조특법 제99조의 3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상인지 여부나. 관련법률(1)조세특례제한법제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이「소득세법」제89조제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간중에 주택건설업자와 최초로매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택2.자기가 건설한 신축주택의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택(2)조세특례제한법 시행령제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한양도소득세의 감면 등】①법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간발생한 양도소득금액"이라 함은「소득세법」제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는「법인세법」제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2001.4.29.종전주택을취득하여보유하던 중 재건축으로 인해2005.2.24.신축주택을취득하여 보유하다가2009.10.15.양도하고실지거래가액으로 양도차익을 계산한 후조특법 제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 2009.11.11. 양도소득세를 감면신청하였고, 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용에 대하여조특법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에의한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아이 건 양도소득세를 과세하였다. (나)청구인은 2001.4.29. 종전주택을 취득하였고, 종전주택 멸실 후 2005.2.24. 신축주택(아파트)을 취득하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날은 2010.2.23.이고, 신축주택을 2009.10.15. 양도한 사실이 등기부등본 등에 의하여 확인된다. (다)종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는「조특법」제99조제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다.

이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는「소득세법 시행령」제162조제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일 : 2001.11.7.)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조특법」제99조의3규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 되어 있다.

(2) 위 사실관계를 근거로종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이조특법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지에 대하여 본다.(가) 청구인은처분청이 양도소득세 과세처분 과정에서 적용한 감면소득금액 산출방법은분모와 분자의 취득시 기준시가를 각각 달리 해석하여 분자의 취득당시기준시가는 건물취득당시의 기준시가로, 분모의 취득당시 기준시가는 토지 취득당시 기준시가로하여 과세하였는바, 양도일로부터 3년이 경과한 시점에서 2009년도의 새로운 예규를 소급하여 적용하는 것은 신뢰의 원칙에 위배되며, 부과제척기간이 임박한 시점에서 과세하는 것은 청구인의 적정절차보장권을 침해하는 부당한 과세처분임을주장한다.(나) 그러나,조특법 제99조의3소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,조특법 제99조의3제1항에 의하면,신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조특법 제99조의3규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2010서2935, 2011.6.30. 같은 뜻).

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.