「조세특례제한법」제99조의3 을 적용함에 있어 감면소득금액을 청산금 납부분과 종전주택분으로 구분하여 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

「소득세법 시행령」제166조 는 주택재개발사업 등에 따라 청산금을 납부하고 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 양도차익 산정에 관한 규정으로, 「조세특례제한법」제99조의3 에 따라 감면되는 양도소득금액을 산정함에 있어 이 조문을 준용하는 규정이 없는바, 감면대상 양도소득금액은 「소득세법 시행령」제166조 에 따라 산출한 전체 양도소득금액 중 「조세특례제한법 시행령」제40조 산식의 분모의 ‘취득당시의 기준시가’는 종전주택의 기준시가를, 분자의 ‘취득당시의 기준시가’는 신축주택의 기준시가를 각 적용하여 쟁점신축주택의 감면대상 소득금액을 계산하는 것이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 2001.7.9. 서울특별시 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 재건축사업을 통해 2002.3.26. OOO재건축주택조합으로부터 같은 번지 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 최초로 취득하는 매매계약을 체결하여 2004.10.22. 신축주택을 취득(2004.8.27. 사용승인)한 후 2011.2.28. 이를 양도하고, 2011.4.28. 산출세액을 OOO원, 감면세액을 OOO원, 총결정세액을 OOO원으로 하여 양도소득 과세표준예정신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내용 중 감면세액을 OOO원으로 감액하여 2013.5.14. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원(감면세액 감소에 따른 농어촌특별세액 환급세액 상당액을 양도소득세의 기납부세액으로 공제)을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.8.28. 이의신청을 거쳐 2013.11.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법 시행령」 제40조제1항을 적용하여 감면대상 양도소득금액을 산정할 때 처분청과 같이 분모의 ‘취득당시의 기준시가’는 종전주택의 기준시가를, 분자의 ‘취득당시의 기준시가’는 신축주택의 기준시가를 적용하여 계산할 경우 분모에 청구인이 이 사건 신축주택 취득을 위해 납부한 추가부담금이 포함되지 않아 분모금액이 과대산정되고 그 결과 감면되는 양도소득금액이 과소산정되는 위법이 있으므로, 전체 양도소득금액을 종전주택분과 청산금납부 취득분으로 구분하여 청산금납부 취득분 양도소득금액을 위 산식의 양도소득금액으로 하고, 분모 및 분자의 ‘취득당시의 기준시가’를 신축주택의 기준시가로 하여 감면대상 양도소득금액을 산정하여야 한다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3및 같은 법 시행령 제99조의3은 신축주택의 양도소득에 대한 과세특례를 규정하고 있는 것으로 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 위 규정에 따른 감면대상에 해당하지 아니하고, 감면대상 양도소득금액은「조세특례제한법 시행령」 제40조제1항의 산식을 적용하여 산정하도록 명문으로 규정하고 있으므로, 위 산식의 양도소득금액은「소득세법 시행령」제166조제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 전체 양도소득금액으로 하고, 분모의 ‘취득당시의 기준시가’에 ‘종전주택 취득당시의 기준시가’를, 분자의 ‘취득당시의 기준시가’에 ‘신축주택 취득당시의 기준시가’를 적용하여 감면되는 양도소득금액을 계산하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(「조세특례제한법」제99조의3, 같은 법 시행령 제40조 제1항)를 적용함에 있어 감면소득금액을 청산금 납부분과 종전주택분으로 구분하여 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이「소득세법」 제89조제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법 시행령제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은「소득세법」 제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는「법인세법」 제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 서울특별시, 과천시 및「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

②법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3제1항제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(「도시 및주거환경정비법」 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는「주택법」 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

(3) 소득세법 시행령제166조【양도차익의 산정 등】 ②법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이조에서 “청산금납부분양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 부동산등기부등본, 건축물대장 등 제출된 심리자료에 따르면, 청구인은OOO을 통해 이를 멸실한 후 OOO주택조합으로부터 2004.10.22. 신축주택을 OOO원(무상지분금액 OOO원, 추가분담금 OOO원)에 최초로 취득하였고, 2011.2.28. OOO원에 양도한 것으로 나타나며, 위 주택조합은 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간 중 조합원외의 자와 잔여주택에 대한 매매계약을 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있음을 확인할 수 있다.

(2) 양도소득 과세표준신고서 등에 따르면, 청구인은「조세특례제한법 시행령」제40조제1항 산식을 적용할 때 양도소득금액은「소득세법 시행령」제166조에 따라 산정한 청산금 납부분 양도소득금액으로 하고, 분자와 분모의 “취득당시의 기준시가”는 “신축주택 취득당시의 기준시가”로 하여 청산금 납부분 양도소득금액 중 감면대상 양도소득금액을 계산한 이후 2011.4.28. 양도소득금액을 OOO원, 산출세액을 OOO원, 감면세액을 OOO원, 총결정세액을 OOO원으로 하여 양도소득 과세표준예정신고를 한 것으로 나타난다.OOO

(3) 처분청은 위 산식을 적용할 때 양도소득금액은「소득세법 시행령」제166조에 따라 산정한 전체 양도소득금액으로 하고, 분모의 ‘취득당시의 기준시가’는 종전주택의 기준시가를, 분자의 ‘취득당시의 기준시가’는 신축주택의 기준시가를 적용하여 전체 양도소득금액 중 감면대상 양도소득금액을 계산한 이후 2013.5.14. 양도소득금액을 OOO원, 산출세액을 OOO원, 감면세액을 OOO원, 총결정세액을 OOO원(납부불성실 가산세 OOO원 포함)으로 하고, 기납부세액 OOO원(양도소득세 기납부세액 OOO원, 농어촌특별세 기납부세액 OOO원)을 차감하여 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.OOO

(4) 살피건대, 청구인은 전체 양도소득금액을 종전주택분과 청산금납부 취득분으로 구분하여 청산금납부 취득분은 소득금액을 100% 감면하여야 함에도 전체 양도소득금액을 대상으로 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항 산식을 준용하여 감면대상소득을 계산한 것은 불합리하다고 주장하나,「소득세법 시행령」 제166조는 주택재개발사업 등에 따라 청산금을 납부하고(또는 지급받고) 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 양도차익 산정에 관한 규정으로,「조세특례제한법」 제99조의3에 따라 감면되는 양도소득금액을 산정함에 있어 이 조문(「소득세법 시행령」제166조)을 준용하는 규정이 없고, 구체적 산정방법에 있어서도 청산금납부분 양도차익만을 독립된 양도차익으로 구분하여 산출하는 규정도 아니므로, 이 규정을 적용하여 청산금납부분양도차익을 개별적으로 산출한 다음,「조세특례제한법 시행령」 제40조제1항 산식의 양도소득금액에 대입할 수도 없다 할 것이므로, 감면대상 양도소득금액은「소득세법 시행령」 제166조에 따라 산출한 전체 양도소득금액에「조세특례제한법 시행령」 제40조산식을 적용하되, 분모의 ‘취득당시의 기준시가’는 종전주택의 기준시가로, 분자의 ‘취득당시의 기준시가’는 신축주택의 기준시가로 하여 산정하여야 할 것으로 판단된다.

따라서, 처분청이 전체 양도소득금액 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면 배제하여 청구인에게 한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다.