쟁점아파트의 양도가 1세대 1주택 비과세 규정의 적용대상인지 여부

쟁점건물과 그 부속토지의 소유자가 동일하지 않더라도 쟁점건물이 주택으로 사용되고 있다면 쟁점건물을 주택으로 볼 수 있음

1. 처분개요

가. 청구인은 2007.12.28. 서울특별시 서대문구 OOO(OOO, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 취득하여 2024.7.25 OOO원에 양도하고, 2024.9.23. 쟁점아파트의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 적용대상으로 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점아파트의 양도 당시 청구인의 배우자 A(이하 “A”이라 한다)이 경기도 양평군 OOO 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 소유하여 같은 세대인 청구인과 A이 1세대 2주택이므로 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 없다고 보아, 2025.1.17. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점아파트의 양도 당시, A이 쟁점건물을 소유하였으나, 청구인은 2012년경 파킨슨 진단을 받았고, 질병의 진행을 완화하기 위하여 2014년경부터 경기도 양평군으로 이주하였다가 2024년부터는 병환이 악화하여 2025년부터 장기요양을 인정받아 질병 치료 및 요양을 하고 있으며, 이는 1년 이상의 치료나 요양을 위하여 부득이한 사유이므로 쟁점아파트의 양도는 1세대 1주택 비과세를 적용되어야 한다.

(2) 주택이란 세대원의 구성원이 장기간 독립된 거주 생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하는데, 주택이 되기 위해서는 건축물과 그 부속토지가 동일인 소유여야 한다. 청구인이 쟁점아파트를 양도할 당시, A이 쟁점건물을 소유하였으나, 쟁점건물만 A의 소유이고, 그 부속토지는 학교법인 A이 소유하였으므로, 쟁점건물은 주택으로 볼 수 없고, 쟁점건물을 주택임을 전제로 한 처분청의 과세처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 ‘질병 등 부득이한 사유’로 양도소득세가 비과세되어야 한다고 주장하나, 이는 기존 주거환경에서는 질병의 치료나 요양이 불가하고, 새로운 주거환경에서만 비로서 치료나 요양이 가능한 특별한 사정이 있는 경우에만 예외적으로 적용하는 것이다. 청구인은 ‘장기요양 인정서’를 제출하였으나, 인정기간이 2025.1.24.∼2027.1.23.로 기재되어 있고, 이는 청구인의 주거이전 시점인 2017년과 상당한 차이가 있으며, 위 규정을 적용받기 위해서는 ‘새로운 주거환경에서만 요양이 가능하다’는 입증을 하여야 하는데도 청구인이 제출한 증거만으로는 이를 인정할 수 없으므로, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(2) 「소득세법」상 주택이란 건물의 공부상 용도나 건축허가 여부와 관계없이 실제 주거용으로 사용된 경우 주택으로 보고, 건물의 용도가 불분명한 경우에는 건축물대장 등 공부상 용도에 따라 주택 여부를 판단하고 있다. 청구인은 쟁점건물을 주택으로 볼 수 없다고 주장하나, 「주택법」상 주택을 ‘건축물 및 그 부속토지’라고 규정하였을 뿐 건축물과 토지를 모두 소유하여야만 주택으로 볼 수 있다고 해석하는 것은 자의적인 해석이고, 부속토지 소유권이 없더라도, 그 지상 건축물의 전부 또는 일부를 거주용으로 사용하였다면 이는 주택으로 보아야 한다고 해석하는 것이 자연스럽다. 설령, 청구인이 주장대로 「주택법」상 토지 소유권이 있어야만 주택으로 보더라도, 실질과세의 원칙에 따라 「주택법」상 정의와 관계없이 사실상 주거용으로 사용하였다면 주택으로 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점아파트의 양도가 1세대 1주택 비과세 규정의 적용대상인지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법제14조(실질과세)

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

(3) 소득세법 시행령제154조(1세대1주택의 범위)

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간건설임대주택이나 「공공주택 특별법」에 따른 공공건설임대주택 또는 공공매입임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 임대주택의 임차일부터 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상인 경우

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우나. 「해외이주법」에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

다. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

3. 1년 이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우

(4) 소득세법 시행규칙제71조(1세대1주택의 범위)

③ 영 제154조 제1항 제1호 및 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유”란 세대의 구성원 중 일부(영 제154조 제1항 제1호의 경우를 말한다) 또는 세대전원(영 제154조 제1항 제3호의 경우를 말한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시(특별시, 광역시, 특별자치시 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)ㆍ군으로 주거를 이전하는 경우(광역시지역 안에서 구지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우와 특별자치시, 「지방자치법」 제7조 제2항에 따라 설치된 도농복합형태의 시지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시 안에서 동지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)를 말한다.

1. 「초ㆍ중등교육법」에 따른 학교(초등학교 및 중학교를 제외한다) 및 「고등교육법」에 따른 학교에의 취학

2. 직장의 변경이나 전근등 근무상의 형편

3. 1년 이상의 치료나 요양을 필요로 하는 질병의 치료 또는 요양

4. 「학교폭력예방 및 대책에 관한 법률」에 따른 학교폭력으로 인한 전학(같은 법에 따른 학교폭력대책자치위원회가 피해학생에게 전학이 필요하다고 인정하는 경우에 한한다)

(5) 주택법제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “주택”이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구인과 A은 법률상 부부관계이고, 이들은 2008.4.10. 쟁점아파트에 전입하였으나, 2008.6.27. 강원특별자치도 원주시 OOO로 이주하였고, 2014.4.28. 경기도 양평군 OOO으로 전입하였으며, 2017.8.14. 쟁점건물에 전입하여 현재까지 함께 거주하고 있다.(나) 청구인은 2007.12.28. B으로부터 쟁점아파트를 매수였고, 2024.5.18. C에게 쟁점아파트를 OOO원에 양도하는 계약을 체결하였으며, 2024.7.25. 소유권이전등기를 경료하였다. A은 2017.8.14. D로부터 쟁점건물을 양수하였는데, 그 부속토지는 학교법인A이 소유하여 쟁점건물과 부속토지의 소유자가 다르다.(다) 청구인은 2024.9.23. 처분청에 1세대 1주택 비과세 규정이 적용된다고 보아 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 2025.1.17. 청구인에게 ‘쟁점아파트의 양도 당시, 배우자가 이미 1주택을 소유하고 있어 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 없다’고 보아 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 아래 ＜표1＞과 같이 경정·고지하였다.

＜표1＞

2024년 귀속 양도소득세 경정내역

ㅇ

ㅇ

ㅇ(라) 청구인의 장기요양이용계획서에 따르면, 청구인은 장기요양등급이 4등급이고, 2025.1.24.∼2027.1.23. 월 OOO원 상당의 장기요양급여를 지급받고 있으며, 주 6회, 방문당 180분 이상의 방문요양을 받는다고 기재되어 있다. 청구인이 제출한 복지용구 급여확인서에 의하면, 청구인은 이동변기, 목욕의자 등을 구입할 수 있으며, 현재 제공받은 복지용구는 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 질병 등 요양을 목적으로 쟁점아파트를 양도하였으므로 1세대 1주택 비과세 규정이 적용되어야 한다고 주장하나, 청구인이 질병의 치료나 요양이 필요한 부득이한 사유가 있다고 보더라도, 청구인은 2008.6.27. 강원특별자치도 원주시 OOO로 이주하였고, 2014년에는 경기도 양평군으로 다시 이주한 뒤, 쟁점아파트를 2024년에 양도하였는데, 질병의 발병일과 쟁점아파트의 양도일 사이에 12년의 차이가 나는 점, 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 단서규정은 질병의 요양 등 부득이한 사유를 원인으로 주거를 이전하여 주택을 양도한 경우에 한하여 거주기간의 제한을 받지 않고 1세대 1주택으로 보아 양도소득세를 비과세한다는 것일 뿐 주택은 양도하지 않은 채 주거만을 이전한 경우까지 포함하는 의미는 아닌 것인 점, 쟁점건물과 그 부속토지의 소유자가 동일하지 않더라도 쟁점건물이 주택으로 사용되고 있다면 쟁점건물을 주택으로 볼 수 있는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.