청구인이 함께 양도한 이 사건 토지 및 쟁점건물의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 감정가액으로 안분계산하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

이 사건 토지 및 쟁점건물의 매매계약서에는 영업권 내용이 기재되어 있지 않고 감정평가법인의 감정평가서상 이 사건 토지 및 쟁점건물에 대한 감정평가내용만 있을 뿐 그 영업권에 대한 내용은 없는 점 등에 비추어 처분청이 이 사건 토지 및 쟁점건물의 각 양도가액이 이 사건 감정평가액에 따라 안분계산한 가액과 30% 이상 차이가 남을 이유로 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2002.8.1. OOO 대 2,194㎡ 외 2필지 합계 3,236㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 증여로 취득하고, 2011.4.25. 이 사건 토지 상에 지하1층ㆍ지상2층의 노유자시설(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축한 후, 2011.4.30.부터 2022.5.1.까지 쟁점건물을 사업장소재지로 하여 노인요양원업(이하 “이 사건 요양원”이라 한다)을 영위하였다.

나. 청구인은 2022.3.25. AAA에게 이 사건 토지를 OOO원으로, 쟁점건물을 OOO원으로 구분책정해서 함께 매도한 후, 2022.4.13. 이 사건 토지 및 쟁점건물을 위 구분책정가액으로 양도한 것으로 하여 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다(이후 청구인은 2022.9.23. 기타필요경비 계산시 중개수수료 등 컨설팅비용에 대한 안분계산 오류를 수정하여 OOO원의 양도소득세를 수정신고ㆍ납부하였음).

다. 처분청은 2023.4.12.부터 2023.5.1.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사(이하 “이 사건 조사”라 한다)를 실시한 결과, 이 사건 토지 및 쟁점건물의 구분ㆍ신고 양도가액과 「부가가치세법 시행령」제64조 에 따른 안분가액이 100분의 30 이상 차이가 난다고 보아 「소득세법」제100조 제2항 및 제3항에 따라 이 사건 토지 및 쟁점건물에 대한 2022.3.17.자 감정평가액(이하 “이 사건 감정평가액”이라 한다)으로 이 사건 토지의 양도가액을 OOO원, 쟁점건물의 양도가액을 OOO원으로 안분계산하여 이를 기초로 2023.6.21. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지(이하 “이 사건 처분”이라 한다)하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2023.8.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 이 사건 토지 및 쟁점건물의 매매계약서에 기재된 매매대금 총 OOO원에는 이 사건 요양원의 인허가권과 물적ㆍ인적 시설 포괄양수도에 따른 인허가 등 영업권가액 OOO원이 포함되어 있고, 청구인과 AAA은 이를 쟁점건물의 양도가액에 가산하여 매매계약서를 작성하였는바, 위 매매대금을 이 사건 토지, 쟁점건물, 위 영업권에 대한 것으로 각각 구분하여 양도가액을 안분하면 기준시가 등으로 안분한 가액과 100분의 30 이상 차이가 나지 않는다. (가) 요양원은 비영리법인으로서 입소자들로부터 지급받는 본인부담금 수입과 건강보험공단으로부터 지원받는 장기요양급여, 시군구로부터 지급받는 각종 보조금을 수입원으로 하고 있으며, 요양원 운영자가 매년 수입에 맞추어 원장 본인 및 시설장(가족) 등의 인건비 형태로 회계처리하기 때문에 요양원 원장과 시설장 등 가족 종사자가 가져가는 총 인건비가 곧 당기순이익이다. 따라서 이 사건 요양원의 가족 종사자였던 청구인, 사무국장(남편), 시설장(아들)이 매년 수령하는 급여는 약 OOO원으로 요양원이 최소 10년간만 유지될 경우에도 OOO원은 보장받을 수 있는 권리로 생각하여 최초 이 사건 요양원의 영업권 가액을 OOO원으로 정하였다. 이후 코로나로 인하여 정식 계약이 계속 연기되다가 매수인이 하자보수를 부담하는 조건으로 변경하면서 이 사건 요양원의 영업권 가액을 OOO원으로 낮추었다.

(나) 이 사건 요양원의 영업권 가액을 쟁점건물 양도가액에 포함하여 기재한 이유는 첫째 요양원 인허가권이 적법하게 승계되기 위해서는 「노인복지법」및 같은 법 시행규칙 규정에 따라 건물에 대한 시설기준을 충족하여야만 인허가권이 승계되기 때문이고, 둘째는 매수인 입장에서도 위 영업권 가액을 쟁점건물 가액에 포함시켜 놓을 경우, 나중에 양도할 때 이를 온전히 보장받을 수 있기 때문이었다. (다) 「소득세법」제100조 제3항 및 같은 법 시행령 제166조 제6항, 「부가가치세법 시행령」제64조 제1항 단서 등에 따르면 토지 및 건물의 양도가액을 감정평가가액으로 안분계산한 가액과 당초 구분신고한 가액이 100분의 30 이상 차이가 날 경우 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 것으로 보는 것인데, 이 사건 감정평가액을 기준으로 이 사건 토지, 쟁점건물, 이 사건 요양원 영업권의 양도가액을 안분하면, 청구인이 당초 구분신고한 가액과 100분의 30 이상 차이가 나지 않음을 알 수 있다. ＜표1＞ 당초 안분신고금액과 이 사건 감정평가액으로 안분한 금액

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(2) 이 사건 토지 및 쟁점건물의 매매계약서, 이 사건 관련조사 과정 등에서 이 사건 요양원의 영업권에 대하여 언급하지 않았던 이유는 다음과 같다. 청구인과 AAA 간 이 사건 토지 및 쟁점건물을 거래하면서 영업권을 평가하거나 영업권을 특정하면서 가액을 결정한 사실은 없으나, 당초 매매계약을 추진하면서 일반건축물의 가액보다는 노인요양시설 건축물의 가액이 더 높은 가액으로 거래된다는 것은 거래관행이면서 상호 인지하고 있었기 때문에 매매계약체결 당시에는 명시적으로 매매계약서에 기재하지는 않았으나, 뒤늦게나마 사후적으로 이를 인정받기 위하여 심판청구과정에서 작성하여 제출하였던 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 이 사건 토지 및 쟁점건물의 매매대금에는 이 사건 요양원의 영업권 가액이 포함되어 있고, 그 영업권 가액을 쟁점건물 가액에 포함하여 기재한 것이라고 주장하나, 청구인과 AAA 간에 작성된 매매계약서에는 이 사건 토지 및 쟁점건물의 양도가액만 구분ㆍ기재되어 있을 뿐 영업권의 내용은 기재되어 있지 아니하며, 이 사건 조사과정에서도 청구인은 이 사건 감정평가액을 기준으로 토지ㆍ건물의 양도가액을 계산하였다고 주장할 뿐 영업권에 대한 언급은 없었다. 그리고 청구인이 영업권이라고 주장하며 증빙자료로 제출한 AAA의 확인서는 사후 작성된 것으로 청구인이 산정한 영업권의 가액 OOO원은 결국 AAA 간의 의사합치에 의한 가액으로 객관적인 평가가액으로 볼 수 없다.

(2) 설령, 청구인의 주장을 받아들여 이 사건 토지 및 쟁점건물과 함께 양도한 영업권의 가액이 OOO원이라고 하더라도 영업권은 「소득세법」제94조 4호에 규정하는 기타자산에 해당하는 것으로 유상으로 취득한 사실이 없는 자가창설영업권의 경우 취득가액 및 필요경비는 OOO원이 되고 장기보유특별공제도 적용받을 수 없게 되므로 오히려 처분청이 결정한 이 사건 토지 및 쟁점건물의 양도소득금액보다 더 증가하게 된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 함께 양도한 이 사건 토지 및 쟁점건물의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 감정가액으로 안분계산하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제2조 (납세의무)

③ 「국세기본법」 제13조 제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 1거주자로, 그 밖의 경우에는 1비거주자로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 소득구분에 따라 해당 단체의 각 구성원별로 이 법 또는 「법인세법」에 따라 소득에 대한 소득세 또는 법인세[해당 구성원이 「법인세법」에 따른 법인(법인으로 보는 단체를 포함한다)인 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다]를 납부할 의무를 진다.

1. 구성원 간 이익의 분배비율이 정하여져 있고 해당 구성원별로 이익의 분배비율이 확인되는 경우

2. 구성원 간 이익의 분배비율이 정하여져 있지 아니하나 사실상 구성원별로 이익이 분배되는 것으로 확인되는 경우 제21조(기타소득)

① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권ㆍ어업권ㆍ양식업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품 제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 사업에 사용하는 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다) 나. 이용권ㆍ회원권, 그 밖에 그 명칭과 관계없이 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 약정한 단체의 구성원이 된 자에게 부여되는 시설물 이용권(법인의 주식등을 소유하는 것만으로 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 시설물 이용권을 부여받게 되는 경우 그 주식등을 포함한다) 제96조(양도가액)

① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 제99조(기준시가의 산정)

① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

6. 제94조 제1항 제4호에 따른 기타자산 양도자산의 종류, 규모, 거래상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 가액 제100조(양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령 제41조 (기타소득의 범위 등)

③ 법 제21조 제1항 제7호에 따른 영업권에는 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함하되, 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도되는 영업권은 포함되지 않는다. 제166조(양도차익의 산정 등)

⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 「상속세 및 증여세법」 제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 「부가가치세법 시행령」 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

(3) 부가가치세법 제29조 (과세표준)

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다.

(4) 부가가치세법 시행령 제64조 (토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산)

① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 : 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

② 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.

1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우

2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 사건 조사 종결보고서, 이 사건 토지 및 쟁점건물에 대한 매매계약서, 국세청통합전산망(NTIS) 상 청구인의 사업이력 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2002.8.1. 이 사건 토지를 증여로 취득하고, 2011.5.3. 이 사건 토지 상에 쟁점건물을 신축하여 그 소유권보존등기를 경료하였고, 쟁점건물을 사업장소재지로 하여 ‘OOO’이라는 상호로 노인요양원업을 영위하기 위하여 아래 ＜표2＞와 같이 고유번호증을 발급받았다. ＜표2＞ 청구인의 사업이력

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ㅇ (나) 청구인은 2022.3.20. AAA과 사이에 이 사건 토지 및 쟁점건물을 합계 OOO원에 양도하기로 하면서(매매대상 부동산으로 이 사건 토지 및 쟁점건물만이 명시되어 있음), 이 사건 토지의 양도가액을 OOO원으로, 쟁점건물의 양도가액을 OOO원으로 하여 매매계약을 체결(아래 ＜표3＞ 참조)하였고, 2022.3.25. AAA 앞으로 이 사건 부동산의 소유권이전등기를 경료하였다. ＜표3＞ 이 사건 토지 및 쟁점건물의 매매계약서 상 특약사항

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ㅇ (다) 청구인은 이 사건 토지 및 쟁점건물의 양도와 관련하여 2022.4.13. 위 계약서에 따라 이 사건 토지의 양도가액을 OOO원, 쟁점건물의 양도가액을 OOO원으로 하여 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. ＜표4＞ 청구인의 양도소득세 신고내역

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ㅇ (라) 처분청은 이 사건 조사 당시, 기준시가로 안분계산한 이 사건 토지 및 쟁점건물의 양도가액과 청구인이 구분신고한 양도가액이 100분의 30 이상 차이가 난다(아래 ＜표5＞ 참조)고 보아 청구인에게 그 소명을 요청하였고, 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지 및 쟁점건물에 대한 이 사건 감정가액을 근거로 양도가액을 안분계산하였다고 하면서 ㈜AAA의 2022.3.17.자 감정평가서(아래 ＜표6＞ 참조)를 제출하였다. ＜표5＞ 처분청의 이 사건 조사 당시 비교표

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ㅇ ＜표6＞ 이 사건 토지 및 쟁점건물에 대한 감정평가액

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ㅇ (마) 처분청은 이 사건 감정평가액을 기준으로 이 사건 토지 및 쟁점건물의 양도가액을 안분계산하여도 청구인의 당초 신고금액과 상이하다(아래 ＜표7＞ 참조)고 하면서 청구인의 소명을 받아들이지 않고, 대신 위 감정평가액을 기준으로 이 사건 토지 및 쟁점건물의 양도가액을 안분하여 이 사건 처분을 하였다. ＜표7＞ 이 사건 감정가액으로 안분한 가액과 비교

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(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보건대, 청구인은 쟁점건물의 양도가액으로 신고한 금액에는 이 사건 요양원의 영업권 가액 OOO원이 포함되어 있으므로 이를 제외할 경우 이 사건 토지 및 쟁점건물의 신고양도가액이 이 사건 감정평가액에 따른 안분가액과 100분의 30 이상 차이나지 않는다고 주장하나, 이 사건 토지 및 쟁점건물의 매매계약서에는 그 영업권 내용이 기재되어 있지 않고, OOO의 2022.3.17.자 감정평가서 역시 이 사건 토지 및 쟁점건물에 대한 감정평가내용만 있을 뿐 그 영업권에 대한 내용은 없으며, 청구인은 이 사건 영업권의 가액을 OOO원이라고 주장하면서도 그 구체적 산정내역 등을 제출하고 있지 못하고 있는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기 어려우며, 처분청이 청구인이 당초 신고한 이 사건 토지 및 쟁점건물의 각 양도가액이 이 사건 감정평가액에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 남을 이유로 「소득세법」제100조 제3항 및 같은 법 시행령 제166조 제6항 등에 따라 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.