신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부 (쟁점2 관련)

신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 1984.12.15. OOO동 주택(이하 “구주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가 도시재개발사업으로 국가로부터 비점유국공유지를 조합으로부터 매입하고 구주택과 함께 환지받아1999.5.14. 임시사용승인된 OOOOO OOO OOO OOO OOOOOO아파트 117동 1502호(토지 42.99㎡, 건물 181.96㎡로 이하 “신축주택”이라 한다)를 신축취득하였다가 2006.4.28. 동 신축주택을 OOO원에 양도하고「조세특례제한법」제99조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면)의 규정에 따라 5년이 경과한 이후 발생한 양도소득금액에 대하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은「조세특례제한법」제99조의 감면규정에서 구주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액은 감면대상 양도소득금액이 아니라 하여, 당초 감면소득금액에서 차감하여 2012.5.4. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.1. 이의신청을 거쳐 2012.11.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다 할 것인 바(대법원 83누680, 1984.6.26. 같은 뜻), 처분청은「조세특례제한법 시행령」제40조제1항의 산식을 준용함에 있어 분모와 분자에 동일하게 명시된 취득당시 기준시가를 내부지침인 예규(부동산거래 관리과-127, 2011.2.10.)에 의하여 분모의 취득당시 기준시가는 구주택취득당시 기준시가로, 분자에 있는 취득당시의 기준시가는 신축주택의 취득당시 사용승인일 기준시가를 적용하여 감면금액을 계산하도록 하고 있어, 취득당시의 기준시가에 대한 처분청의 자의적 해석은 조세법률주의에 반하는 것이다.

(2)「소득세법 시행령」 제166조에서는 청구인과 같이 주택재개발사업의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 청산금을 납부한 경우 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산하는 산식을 정하고 있는 바, 신축주택 양도시 양도차익은 실지거래가에 의하여 계산하고 있으나, 감면소득의 계산에만 기준시가에 의하여계산하므로 실제 5년간 발생한 양도차익과는 상이한 결과가 발생하므로 처분청의 감면소득금액의 계산은 실지거래가액에 따라 계산되어야 한다.

(3) 청구인이 신축주택을 취득하기 위하여 지급한 실지거래가액은 구주택의 취득가액, 국공유지 취득가액 및 청산금 납입금액이나, 처분청은 감면소득 계산 시 청구인의 취득가액 중 하나인 구주택만을 취득당시 기준시가에 반영하여 청구인의 감면세액을 축소계산하고 있는 바, 감면대상 소득금액 계산 시 분모에서 구하는 전체 양도차익에는 청구인이 취득한 국공유지 매입분과 청산금 납입분 해당액도 기준시가로 계산하여 취득당시 기준시가 계산에 반영하여야 한다.

(4)「조세특례제한법」 제99조에서 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우, 그에 따른 양도소득세 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여 하는바(대법원 2010두3725, 2012.6.28. 같은 뜻) 청구인의 감면소득의 계산은 소득금액 차감방식으로 산정되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1)「조세특례제한법」 제99조에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 구주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액은 감면소득금액에 해당하지 아니하는 것이고, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득을 계산함에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고 분모에 적용 되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이므로 청구인의 주장을 받아들일 수 없으며(조심 2010부415, 2010.9.17. 등 다수, 같은 뜻)구주택을 취득하여 보유하다가 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우,「조세특례제한법」제99조에 따른 양도소득세를 감면함에 있어신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면 대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 구주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며(조심 2012서121, 2012.2.23. 같은 뜻),또한, 처분청은 청구인에게 신축주택 양도에 대한 감면에 대하여 공적인 견해를 표명한 사실이 없고, 일부 감면결정은 당해 사건에 한하여 기속력이 있는 것으로서 “일반적으로 납세자에게 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행에 의해 정당한 것으로 보는 행위 또는 계산”으로 볼 수 있을 정도에 이른 것은 아니므로 처분은 정당하다.

(2)「조세특례제한법」 제99조및 같은 법 시행령 제99조의 감면대상 양도소득금액에 대하여 같은 법 시행령 제40조의 산식을 준용 하여 산출하도록 명시되어 있어 처분은 정당하다.

(3) 청산금납입금 등은 신축주택의 취득당시에 지급한 금액이므로 분모에서 차감하는 구주택의 취득당시 기준시가에서 청산금납입금 해당액을 포함하여 차감하여 달라는 청구주장은 타당하지 아니하다.

(4) 양도소득세액의 감면은 감면소득금액이 있는 경우「소득세법」제90조에 의거 감면세액을 산출하도록 명시하고 있으므로 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점①「조세특례제한법」 제99조의 양도소득세 감면을 위하여 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어, 분모 및 분자의취득당시의 기준시가를 다르게 적용하여 과세한 처분이 조세법률주의에 위배되는지 여부

② 양도소득세 감면금액을 기준시가 비율이 아닌 실지거래가액을 산정하여 계산하여야 하는지 여부

③ 신축주택 취득당시의 청산금납부금액 등을 구주택의 취득당시 기준시가에 포함하여 계산하여야 하는지 여부

④ 신축주택 취득일로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우, 양도소득세 감면 시 과세대상 소득금액에서 5년간 발생한 감면대상 양도 소득금액을 차감 후, 과세표준을 계산하는 방식으로 할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법제99조 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면]

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5연간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이「소득세법」 제89조제1항제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

④ 제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등]

① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법 제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법 제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.｛양도소득 금액 ×([취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가] - [취득당시의 기준시가])/([양도당시의 기준시가] - [취득당시의 기준시가])｝제99조 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면]

① 법 제99조 제1항 본문에서 "당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

(3) 소득세법제90조 [양도소득세액의 감면] 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.

(4) 소득세법 시행령제166조 [양도차익의 산정 등]

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비]

⑤ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익 : 관리처분계획인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) － 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 － 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조 제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일(제162조 제1항 제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익 : 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 － 관리처분계획인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가

3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익 : 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 － 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조 제1항 제1호 다목 및 라목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) － 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.(가) 처분청은 감면대상 양도소득금액을 계산함에 있어「조세특례제한법 시행령」 제40조제1항의 산식을 준용하여 아래와 같이적용하였으며, 청구인의 신축주택 양도에 따른 양도소득세 신고에 대하여 아래와 같이 경정한 것으로 나타난다.

양도소득금액

×

취득일부터 5 년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택의 취득당시 기준시가

(양도당시 기준시가)

양도당시 기준시가 - 구주택의 취득당시 기준시가

(OO : O)(나) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하면, 청구인은「조세특례제한법 시행령」제40조제1항의 산식 중 분모의 취득당시 기준시가를 적용 함에 있어 일반분양자와 조합원의 취득당시 기준시가를 다르게 적용하는 것은 조세법률주의에 반한다고 주장하나,「조세특례제한법」 제99조의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면규정은 “신축 국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,「조세특례제한법」제99조제1항에서 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 감면대상 소득금액을 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 구주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 감면대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한양도소득금액을 계산함에 있어 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 준용하여 분모에 적용되는 취득당시 기준시가는 구주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 있는 점 등으로 볼 때, 조세법률주의를 위반 하였다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다(조심 2010서2935, 2011.6.30. 같은 뜻).

따라서, 처분청이 구주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일 까지의 양도소득금액을 감면대상금액에서 제외하여 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.(가) 청구인은「소득세법」 제96조및 제100조에서 양도가액이 실지거래가액인 경우 취득가액도 실지거래가액으로 계산하도록 되어 있고, 같은 법 시행령 제166조에서도 실지거래가액으로 양도차익을 계산하도록 하고 있으므로 신축주택을 취득한 날로부터 5년 시점의 환산 실지거래가액에서 신축주택 분양가액을 차감한 가액으로 감면 소득금액을 계산하여야 한다고 주장하고 있다.(나) 살피건대,「조세특례제한법」제99조제4항은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제99조 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 영 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있는 바, 감면대상 양도소득금액을 실지거래가액인 양도소득금액에서 같은 법 시행령 제40조의 산식을 준용하여 계산하도록 하고 있으므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 보인다.

(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다.(가) 청구인은 감면대상 양도소득금액의 산식 중 분모에서 양도 당시 기준시가에서 차감하는 취득당시 기준시가는 구주택의 취득당시 기준시가·국공유지 취득분 기준시가와 청산금 납입분 해당액에 따른 취득당시 기준시가의 합이 되어야 한다고 주장하고 있다.(나) 살피건대,「조세특례제한법 시행령」 제99조제1항에서 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 영 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있는 바, 산식을 준용함에 있어 분모의 양도당시 기준시가에서 구주택 취득 당시 기준시가를 차감하여 계산하고 있으므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(4) 쟁점④에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 대법원 판례(2010두3725, 2012.6.28.)와 같이「조세특례제한법」제99조에서 신축주택을 취득한 날로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우, 그에 따른 양도소득세 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 한다고 주장한다. (나) 처분청은「소득세법」 제90조에서 양도소득금액에 소득세법 또는 소득세법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 양도소득과세표준에 따른 산출세액에 당해 감면소득금액에서 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있으므로 양도소득세 계산방식이 정당하다는 의견이다. (다) 2010.5.14. 법률 제10285호로 개정된조세특례제한법은 제98조의5로 2010.2.11. 현재 수도권을 제외한 지방의 미분양 주택으로서 2011.4.30.까지 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 취득하는 주택에 대한 양도소득세 과세특례를 신설하면서 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 그 산출세액에 감면율을 곱하여 계산한 세액을 감면하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 감면율을 곱하여 계산한 감면소득금액을 해당 미분양주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼도록 규정하였고, 이에 대하여 기획재정부는 후단이 적용되는 경우 양도소득세 계산 시 양도소득금액에서 감면율에 따라 계산한 감면 소득금액을 직접 차감하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다는 취지의 보도자료를 배포(2010.4.22.)하였다.

(라) 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인 바(대법원 2002두9537, 2003.1.24. 등 참조),조세특례제한법 및 같은 법 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데,「조세특례제한법」제99조는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득 금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만「조세특례제한법」제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 보면,「조세특례제한법」제99조에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 동일하게 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니라 할 것이다(대법원 2010두3725, 2012.6.28. 같은 뜻).

따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감한 후, 과세대상 양도소득금액에 대하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.