쟁점조합의 쟁점주식에 대한 양도소득 등을 계산함에 있어 청구인의 조합 출자비율이 아니라 공동업무집행 조합원의 성과보수를 차감한 후의 손익분배비율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

공동업무집행 조합원은 청구인 등 일반 조합원의 출자금액을 투자하여 수익을 발생시킬 경우 그 용역의 대가로 수수료 명목인 성과보수를 받는 것인바, 청구인의 쟁점주식 양도와 직접적인 관련이 있다고 보기 어렵고 청구인의 양도차익 계산에 있어 성과보수는 감안할 대상이 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인 등은 2017.8.21. 총 출자금 OOO원[청구인의 출자금 OOO원(66.67%)]을 출자하여 서울특별시 강남구 강남대로 OOO에「여신전문금융업법」에 따른 A11호[대표자는 ㈜B이고, 이하 “쟁점조합”이라 한다]를 설립하였고, 쟁점조합은 투자업 등을 영위하다가 2021.7.27. 폐업하였다.

나. 쟁점조합은 위 출자금의 투자운용을 공동업무집행 조합원(운용사)에게 위임하여 2017.8.24. 한국은행 강남본부에 증권취득신고서를 제출하고 2017.8.25. 승인을 받은 후 미국 소재 C의 비상장된 전환우선주 1,388,888주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO원(1주당 OOO원)에 취득.보유하다가 2021. 7.12. ㈜D와 그 전량을 총 OOO원(1주당 OOO원)에 양수도하는 계약을 체결하였고, 청구인 등은 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점주식에 대한 양도소득세 예정신고를 하였다.

＜표1＞

조합원별 쟁점주식에 대한 양도소득세 예정신고 내용(단위 : 천원, %, 주)OOO* 조합운영비(OOO원) 및 관리보수비(OOO원)다. 청구인은 위 쟁점주식에 대한 양도소득세 예정신고 시 쟁점조합의 규약 제29조에 따라 공동업무집행 조합원에게 기준수익률(8%) 초과 수익의 20% 상당액 OOO원[총 지급액(OOO원) × 청구인의 출자비율(66.67%)]을 지급한 후의 손익분배비율(아래 ＜표2＞ 참조)이 아니라 단순 출자비율을 적용함으로써 이미 신고납부한 양도소득세 OOO원 중 OOO원을 과다납부한 것으로 보아, 2023.4.27. 이를 환급해 달라는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2023.6.27. 동 경정청구를 거부하였다.

＜표2＞

청구인이 제시한 조합원별 손익분배비율(단위 : 천원, %)OOO* 양도가액 - 취득가액 - 조합운영비(OOO원)라. 청구인은 이에 불복하여 2023.9.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점조합이 양도한 쟁점주식의 양도소득세에 대하여는「소득세법」제43조가 적용되어야 한다.(가)「소득세법」제43조는 공동사업에 대한 소득금액 계산의 특례를 정하고 있고, 같은 법 제118조 제1항은 양도소득세에 대하여는 제43조를 준용한다고 규정하고 있다.조합은 2인 이상이 서로 출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정하고, 그 지분 또는 손익분배의 비율 등을 정하여 당사자 전원이 그 사업의 성공 여부에 대하여 직접적으로 이해관계를 가지는 동업형태를 의미한다(「민법」제703조).쟁점조합은「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합으로, 쟁점조합의 조합원들은 서로 출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정하였고(‘조합 규약’ 제1조), 그 지분 또는 손익분배 비율 등을 정하여 조합원 전원이 그 사업의 성공여부에 대하여 직접적으로 이해관계를 가지게 되는바(‘조합 규약’ 제1조, 제28조, 제29조 및 제34조), 쟁점조합이 얻은 소득이 양도소득이라고 하더라도「소득세법」제43조가 적용되어야 한다.

(2) 청구인의 경정청구 시 양도소득금액 계산방식은「소득세법」제43조 문언에 대한 충실한 해석을 바탕으로 한 것일 뿐이고, 사업소득의 계산방식을 따르거나 성과보수를 필요경비 명목으로 공제하지 않았다.(가)「소득세법」제43조는 공동사업의 경우 공동사업장을 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한 후(제1항), 약정된 손익분배비율을 기준으로 각 공동사업자별로 분배하여야 한다(제2항)고 규정하고 있다.(나) 먼저「소득세법」제43조 제1항에 따라 쟁점조합을 1거주자로 보아 쟁점주식의 양도로 인한 양도소득금액은 같은 법 제92조 제2항 제2호의 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액이고, 같은 항 제1호의 양도차익은 양도가액에서 필요경비를 공제한 금액이다.이 건에서 장기보유 특별공제액은 존재하지 않고, 쟁점주식의 양도로 인한 양도소득금액은 양도가액 OOO원에서 필요경비 취득가액 OOO원 및 조합운용비용 OOO원을 공제한 OOO원이 된다.(다) 다음으로「소득세법」제43조 제2항에 따라 위 양도소득금액을 약정된 손익분배비율에 의하여 각 공동사업자별로 분배하면 위 ＜표2＞와 같다.(라) 따라서 청구인은「소득세법」제43조와 같이 계산함에 있어 쟁점주식의 양도에 따른 소득이 양도소득임을 전제로 하여 양도소득금액 계산방식을 따랐고, 성과보수를 필요경비로 공제하지는 않았다.

(3) 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건은 ‘소득세법 기본통칙’ 및 선행 예규에 비추어 반한다.(가) 공동사업에 있어 공동업무집행 조합원이 지급받는 보수는 해당 조합원에 대한 분배소득에 해당한다(‘소득세법 기본통칙’ 43-1 외 다수, 아래 참조).

＜소득세법 기본통칙 및 예규의 주요내용＞

○ 소득세법 기본통칙 43-1(공동사업자 중 경영참가자에 지급한 보수의 처리)

공동사업자 중 1인에게 경영에 참가한 대가로 급료명목의 보수를 지급한 때에는 당해 공동사업자의 소득분배로 보고 그 공동사업자의 분배소득에 가산한다.

○ 소득46011-3317, 1996.11.28.

거주자가 사업을 공동으로 경영하는 경우에는 소득세법 제43조의 규정에 의하여 당해 공동사업장을 1거주자로 보고 그 소득금액을 계산하는 것이며, 각 거주자에 대하여는 그 지분 또는 손익분배의 비율에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 그 소득금액을 계산하는 것임. 상기와 같이 여러 명의 거주자가 학원을 공동으로 경영하는 경우 당해 학원에서 강의용역을 제공한 공동사업자에게 지급한 강의수당은 당해 공동사업장의 소득금액계산에 있어서 필요경비에 산입하지 아니하는 것이며, 동 강의수당은 이를 지급받은 공동사업자에 대한 소득분배로 보고 당해 공동사업자의 분배소득에 가산하는 것임.

○ 소득46011-1797, 1997.7.3.

공동사업자에 해당하는 주택재건축조합이 당해 조합에서 근로를 제공하는 조합원인 조합장 및 총무(이하 “조합장 등”이라 함)에게 조합의 보수규정에 따라 급여를 지급하는 경우 당해 조합장 등이 받는 급여 중 일반분양세대에 해당되는 부분의 급여는 당해 조합장 등의 주택신축판매공동사업에 대한 소득분배액에 해당하는 것이며, 조합원세대에 해당되는 부분의 급여는 소득세법 제20조의 규정에 의하여 당해 조합장 등의 근로소득에 해당하는 것임.

○ 소득46011-407, 2000.3.30.

소득세법 제87조에 규정하는 공동사업장에 대한 소득금액계산은 당해 공동사업장을 1거주자로 보아 그 지분 또는 손익분배의 비율에 따라 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 거주자별로 계산하는 것이므로, 출자지분에 따라 분배되는 소득금액 외에 추가로 투자금액에 일정 금리를 적용하여 지급받는 약정이자는 당해 공동사업장의 소득금액계산에 있어서 필요경비에 산입하지 아니하는 것이며, 동 약정이자는 이를 지급받은 공동사업자에 대한 소득분배로 보고 당해 공동사업자의 소득분배금액에 가산하는 것임.

○ 서면1팀-1531, 2006.11.9.

1. 거주자가 사업을 공동으로 경영하는 경우에는 소득세법 제43조의 규정에 의하여 당해 공동사업장을 1거주자로 보고 그 소득금액을 계산하는 것이며, 각 거주자에 대하여는 그 지분 또는 손익분배비율에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 그 소득금액을 계산하는 것임.

2. 공동사업자 중 1인에게 경영에 참가한 대가로 급료 명목의 보수를 지급한 때에는 당해 공동사업자의 소득분배로 보고 그 공동사업자의 분배소득에 가산하는 것임.

○ 서면법규과-974, 2014.9.5.

귀 서면질의의 경우, 행정수도 후속대책을 위한「연기ㆍ공주지역 행정중심 복합도시 건설을 위한 특별법」에 따른 행정중심복합도시 건설사업의 시행과 관련한 이주대책으로 한국토지공사로부터 공동주택건설용지를 공급받은 거주자들이 당해 거주자들을 조합원으로 하여 세종주민아파트건축조합을 설립(법인등기는 하지 아니함)한 후 조합 경영에 참가한 조합장에게 지급하는 보수는「소득세법」제43조 및 같은 법 기본통칙 43-0…1에 따라 조합으로부터 분배받는 분배소득으로 보는 것이며, 동 보수는 해당 조합의 필요경비에 산입할 수 없는 것임.

(나) 쟁점조합의 공동업무집행 조합원은 ‘조합 규약’ 제28조 및 제29조에 따라 관리보수와 성과보수를 추가로 지급받은바, 이는 해당 조합원의 분배소득에 해당함이 명확하다.(다) 따라서 성과보수가 전혀 고려되지 않은 당초의 출자비율에 따라 각 조합원의 분배소득금액을 계산하여야 한다는 것은 위 ‘소득세법 기본통칙’ 및 선행 예규에 비추어 명백히 반한다 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점조합이 쟁점주식의 양도와 관련하여 약정된 손익분배비율 53.45%[공동업무집행 조합원에게 지급한 관리보수(OOO원) 및 성과보수(OOO원)를 차감한 비율]이 존재하고,「소득세법」제43조를 인용하여 청구인 등 조합원을 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산하면 실제 분배받은 금액인 OOO원이라고 주장하나,세법상 양도소득은 총수입금액(양도가액)-필요경비(취득가액+자본적 지출액+양도비), 사업소득은 총수입금액-필요경비(매입가액+부대비용)로 계산하는 것이다.쟁점조합은 개인투자조합으로 조합원들의 비상장주식 양도와 관련한 수입금액은 양도소득으로 분류되고,「소득세법」제95조에 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(양도가액)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고 그 금액(양도차익)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정되어 있는바, 청구인 등 조합원의 쟁점주식 총 양도가액은 2021.7.12. ㈜D으로부터 수취한 OOO원이고, 청구인의 양도가액은 총 양도가액에 청구인의 출자비율(66.67%)을 곱한 OOO원이다.

(2)「소득세법」제118조 제2항은 외국법인이 발행하였거나 외국에 있는 시장에 상장된 주식등의 양도로 발생하는 소득은 같은 법 제118조의2부터 제188조의4까지 및 제118조의6을 준용한다고 규정하고 있는바, 쟁점조합이 쟁점주식을 양도하여 발생한 소득은 양도소득으로 양도소득세의 신고납부의무는 청구인 등 조합원에게 있고, 쟁점주식의 양도차익 등을 계산함에 있어 공동업무집행 조합원의 관리보수 및 성과보수는 쟁점주식을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용에 해당하지 않으므로 필요경비 등으로 공제할 수 없다.

(3) 쟁점조합의 ‘조합 규약’ 제34조는 조합원에게 배분하는 재산의 원천은 조합 재산에서 다음 각 호(조합운용비용, 관리보수, 성과보수)의 비용과 보수를 공제한 잔여재산으로 하여 조합원에게 출자좌수에 비례하여 배분한다”고 규정하고 있고, 공동업무집행 조합원은 청구인 등 일반 조합원의 출자금액을 투자하여 수익을 발생시킬 경우 그 용역의 대가로 수수료 명목인 성과보수를 받는다는 것이므로 쟁점주식의 양도차익 등을 계산함에 있어 성과보수는 고려대상이 아니다.쟁점조합은「여신전문금융업법」에 따라 설립된 조합으로 같은 법 제14의5에는 신기술사업금융업자가 조합자금을 관리ㆍ운용하고, 같은 법 제41조의 신기술사업금융업자의 업무영역에 신기술사업자에 대한 투자, 융자, 경영 및 기술의 지도 및 조합의 설립이며, 같은 법 제44조에 신기술사업투자조합은 그 자금을 관리ㆍ운용함에 따라 생긴 투자수익의 100분의 20을 넘지 아니하는 범위에서 규약으로 정하는 바에 따라 조합의 업무를 집행하는 신기술사업금융업자에게 그 업무집행에 대한 대가로서 투자수익의 일부를 배분할 수 있다고 명시하고 있다.「소득세법」상 규정하고 있지 않은 비용은 필요경비에서 배제하는 열거주의를 채택하고 있고, 같은 법 제97조 제1항 제3호에 필요경비는 ‘취득가액, 자본적 지출액으로서 대통령령이 정하는 것, 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것’ 등으로 규정하고 있으며, 주식등의 양도자산 필요경비는「소득세법 시행령」제163조 제5호 제1호 가목 내지 마목 및 같은 법 시행규칙 제79조에 구체적으로 열거하여 직접 대응경비만을 인정하고 있다.

따라서 공동업무집행 조합원의 성과보수는 쟁점주식을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용에 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점조합의 쟁점주식에 대한 양도소득 등을 계산함에 있어 청구인의 조합 출자비율이 아니라, 공동업무집행 조합원의 성과보수를 차감한 후의 손익분배비율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법제43조(공동사업에 대한 소득금액 계산의 특례)

① 사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 공동사업[경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 대통령령으로 정하는 출자공동사업자(이하 “출자공동사업자”라 한다)가 있는 공동사업을 포함한다]의 경우에는 해당 사업을 경영하는 장소(이하 “공동사업장”이라 한다)를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다.

② 제1항에 따라 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당 공동사업을 경영하는 각 거주자(출자공동사업자를 포함한다. 이하 "공동사업자"라 한다) 간에 약정된 손익분배비율(약정된 손익분배비율이 없는 경우에는 지분비율을 말한다. 이하 "손익분배비율"이라 한다)에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다.제87조(공동사업장에 대한 특례)

① 공동사업장에서 발생한 소득금액에 대하여 원천징수된 세액은 각 공동사업자의 손익분배비율에 따라 배분한다.

② 제81조, 제81조의3, 제81조의4, 제81조의6 및 제81조의8부터 제81조의11까지의 규정과「국세기본법」제47조의5에 따른 가산세로서 공동사업장에 관련되는 세액은 각 공동사업자의 손익분배비율에 따라 배분한다.

③ 공동사업장에 대해서는 그 공동사업장을 1사업자로 보아 제160조제1항 및 제168조를 적용한다.

④ 공동사업자가 그 공동사업장에 관한 제168조 제1항 및 제2항에 따른 사업자등록을 할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공동사업자(출자공동사업자 해당 여부에 관한 사항을 포함한다), 약정한 손익분배비율, 대표공동사업자, 지분·출자명세, 그 밖에 필요한 사항을 사업장 소재지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.제88조(정의)

① 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상(有償)으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여(負擔附贈與)의 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.제94조(양도소득의 범위) ①양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등 (이하 생략)나.주권비상장법인의 주식등.(이하 생략)다. 외국법인이 발행하였거나 외국에 있는 시장에 상장된 주식등으로서 대통령령으로 정하는 것제95조(양도소득금액) ①양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.제97조(양도소득의 필요경비 계산) ①거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것제104조(양도소득세의 세율)

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

12. 제94조 제1항 제3호 다목에 따른 자산나. 그 밖의 주식 등 : 양도소득 과세표준의 100분의 20제118조(준용규정)

① 양도소득세에 대해서는 제24조·제27조·제33조·제39조·제43조·제44조·제46조·제74조·제75조 및 제82조를 준용한다.

② 다음 각 호의 소득에 대한 양도소득세액의 계산에 관하여는 제118조의2부터 제118조의4까지 및 제118조의6을 준용한다.

1. 제94조 제1항 제3호 다목의 양도로 발생하는 소득제118조의4(국외자산 양도소득의 필요경비 계산)

① 국외자산의 양도에 대한 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제하는 필요경비는 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 취득가액 : 해당 자산의 취득에 든 실지거래가액. 다만, 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 양도자산이 소재하는 국가의 취득 당시의 현황을 반영한 시가에 따르되, 시가를 산정하기 어려울 때에는 그 자산의 종류, 규모, 거래상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 취득가액을 산정한다.

2. 대통령령으로 정하는 자본적지출액

3. 대통령령으로 정하는 양도비

(2) 소득세법 시행령제163조(양도자산의 필요경비) ⑤법 제97조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용다. 공증비용, 인지대 및 소개비라.매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용마.가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로 기획재정부령으로 정하는 비용제178조의4(국외자산 양도소득의 필요경비) ①법 제118조의4 제1항제1호 본문의 규정에 의하여 취득에 소요된 실지거래가액을 산정하는 경우에는 제163조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.

③ 법 제118조의4 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 자본적 지출액"이란 제163조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

④ 법 제118조의4 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 양도비"란 제163조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

(3) 소득세법 시행규칙제79조(양도자산의 필요경비 계산등) ②영 제163조 제5항 제1호 마목에서 “기획재정부령으로 정하는 비용”이란 법 제94조 제1항 제3호에 따른 주식등을 양도하기 위해 직접 지출한 비용으로서 다음 각 호의 비용을 말한다.1.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제58조에 따른 수수료로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 비용가. 위탁매매수수료나.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제6조 제8항에 따른 투자일임업을 영위하는 같은 법 제8조 제3항의 투자중개업자가 투자중개업무와 투자일임업무를 결합한 자산관리계좌를 운용해 부과하는 투자일임수수료 중 다음의 요건을 모두 갖춘 위탁매매수수료에 상당하는 비용1) 전체 투자일임수수료를 초과하지 않을 것2) 주식등을 온라인으로 직접 거래하는 경우에 부과하는 위탁매매수수료를 초과하지 않을 것3) 부과기준이 약관 및 계약서에 적혀 있을 것2.「농어촌특별세법」 제5조제1항제5호에 따라 납부한 농어촌특별세

(4) 민법제703조(조합의 의의)

① 조합은 2인 이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

(5) 여신전문금융업법제2조(정의)

① 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

14. “신기술사업금융업”이란 제41조 제1항 각 호에 따른 업무를 종합적으로 업으로서 하는 것을 말한다.14의

2. “신기술사업자”란「기술보증기금법」제2조 제1호에 따른 신기술사업자와 기술 및 저작권ㆍ지적재산권 등과 관련된 연구ㆍ개발ㆍ개량ㆍ제품화 또는 이를 응용하여 사업화하는 사업(이하 “신기술사업”이라 한다)을 영위하는「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업,「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」제2조 제1호에 따른 중견기업 및「외국환거래법」제3조 제15호에 따른 비거주자를 말한다14의

3. “신기술사업금융업자”란 신기술사업금융업에 대하여 제3조 제2항에 따라 금융위원회에 등록한 자를 말한다.14의

4. “신기술사업금융전문회사”란 신기술사업금융업자로서 신용카드업ㆍ시설대여업ㆍ할부금융업, 그 밖에 대통령령으로 정하는 금융업을 함께 하지 아니하는 자를 말한다.14의

5. “신기술사업투자조합”이란 신기술사업자에게 투자하기 위하여 설립된 조합으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 조합을 말한다.

가. 신기술사업금융업자가 신기술사업금융업자 외의 자와 공동으로 출자하여 설립한 조합나. 신기술사업금융업자가 조합자금을 관리ㆍ운용하는 조합제41조(적용 범위)

① 이 절은 신기술사업금융업자가 하는 다음 각 호의 업무에 적용한다.

1. 신기술사업자에 대한 투자

2. 신기술사업자에 대한 융자

3. 신기술사업자에 대한 경영 및 기술의 지도

4. 신기술사업투자조합의 설립

5. 신기술사업투자조합 자금의 관리ㆍ운용제44조(신기술사업투자조합)

① 신기술사업투자조합(이하 이 조에서 "조합"이라 한다)의 규약(規約)에는 다음 각 호의 내용이 포함되어야 한다.

1. 신기술사업금융업자가 그 조합의 자금을 관리ㆍ운용한다는 내용. 이 경우 신기술사업금융업자는 조합과의 계약에 따라 조합자금 운용업무의 전부 또는 일부를 신기술사업금융업자 외의 자에게 위탁할 수 있다.

2. 조합의 자금은 신기술사업자에게 투자한다는 내용

② 조합은 그 자금을 관리ㆍ운용함에 따라 생긴 투자수익(投資收益)의 100분의 20을 넘지 아니하는 범위에서 규약으로 정하는 바에 따라 조합의 업무를 집행하는 신기술사업금융업자에게 그 업무집행에 대한 대가로서 투자수익의 일부를 배분할 수 있다.

③ 조합은 그 자금을 관리ㆍ운용함에 따라 투자손실이 생긴 경우에는 규약으로 정하는 바에 따라 신기술사업금융업자 외의 자에게 유리하도록 손실의 분배비율을 정할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(1) 국세청 전산자료에 의하면, 쟁점조합은 2017.8.17. 처분청으로부터 고유번호증[법인명 : ㈜A11호, 대표자 : ㈜B, 사업장 : 서울특별시 강남구 강남대로 OOO]을 발급받은 후 2021.7.27. 폐업한 것으로 나타난다.

(2) 처분청의 청구인에 대한 경정청구 처리결과통지(재산세2과- 12433, 2023.6.27.)상 거부사유에 “쟁점조합은 개인투자조합으로서 발생한 수입금액은 양도소득으로 분류되어 총 양도대가 OOO원에 청구인의 출자비율 66.67%를 곱해서 양도가액을 OOO원으로 결정함이 타당하며, 양도비는「소득세법 시행령」제163조 제5항 각 호의 경비를 말하는 것이며, 자산을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용에 해당하여야 하나, 성과보수는 양도비에 해당하지 않으므로 경정청구를 기각하고자 함”이라고 기재되어 있는 것으로 나타난다.

제1조(목적) 본 규약은 신기술사업투자조합의 운영, 관리 및 재산의 배분 등을 위하여 여신전문금융업법, 같은 법 시행령, 같은 법 시행규칙 및 관련 법령에서 위임한 사항과 그 세부운용 방법 등의 시행에 있어 업무집행조합원 및 일반 조합원 간에 합의된 사항을 정함을 목적으로 한다.

제4조(용어의 정의) 본 규약에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 항의 1과 같다.

4. 조합원이라 함은 조합 채무에 대하여 무한책임을 지는 업무집행조합원과 출자가액을 한도로 유한책임을 지는 일반조합원으로 구성한다.

제28조(관리보수)

1. 조합은 존속기간 중 업무집행조합원에게 조합의 결성총회일부터 조합만료일까지 결성총액의 연 1.5%에 해당하는 금액을 관리보수로 지급한다.

3. 공동업무집행조합원 ㈜B와 E(주)는 산정된 관리보수를 각각 5 : 5의 비율로 지급받는다.

제29조(성과보수) 본 규약 제4조 14항의 기준수익률 8%로 한다. 조합은 존속기간중 연수익율이 8% 이상인 경우에는 조합원총회의 승인을 거쳐 기준수익률 초과의 수익의 20%를 업무집행조합원에게 성과보수를 지급한다.

제34조(배분대상 재산) 조합원에게 배분하는 재산의 원천은 조합재산에서 다음 각 호의 비용과 보수 등을 공제한 잔여재산으로 하며, 각 조합원의 출자좌수에 비례하여 배분한다.

(3) 쟁점조합의 조합 규약상 주요내용은 다음과 같다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주식의 양도소득 등을 계산함에 있어 쟁점조합에 대한 출자비율이 아닌 손익분배비율을 적용하여야 한다고 주장하나,「소득세법」제118조 제2항은 외국법인이 발행하였거나 외국에 있는 시장에 상장된 주식등의 양도로 발생하는 소득은 같은 법 제118조의2부터 제188조의4까지 및 제118조의6을 준용한다고 규정하고 있는바, 쟁점조합이 쟁점주식을 양도하여 발생한 소득은 양도소득으로 양도소득세의 신고납부의무는 청구인 등 조합원에게 있고, 쟁점주식의 양도차익 등을 계산함에 있어 공동업무집행 조합원의 성과보수 등은「소득세법」제97조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제163조 제5항 각 호의 쟁점주식을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용에 해당하지 않는 점, 쟁점조합의 ‘조합 규약’ 제34조 및 청구인이 제시한 ‘소득세법 기본통칙’ 등에 의하면, 조합원에게 배분하는 재산의 원천은 조합 재산에서 조합운용비용, 관리보수, 성과보수 등의 비용과 보수를 공제한 잔여재산으로 하여 조합원에게 출자좌수에 비례하여 배분한다고 규정되어 있고, 공동업무집행 조합원은 청구인 등 일반 조합원의 출자금액을 투자하여 수익을 발생시킬 경우 그 용역의 대가로 수수료 명목인 성과보수를 받는 것인바, 쟁점주식의 양도차익, 필요경비 등을 계산함에 있어 성과보수는 감안할 대상이 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.