신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위 등

「조세특례제한법」 제99조의3 소정의 과세특례규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화를 도모”하는데 그 입법취지가 있고, 같은 법 제1항에 의하면 신축주택에 대한 감면대상은 “신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하므로 이 건 과세처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO아파트 310동 103호(이하 “종전주택”이라 한다)를 1985.1.1. 취득하여 보유하다가, 종전주택에 대한 (구)「주택건설촉진법」에 의한 재건축사업에 따라 2005.1.28.(사용승인) OOO 102동 1702호(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득(사용승인) 하였으며, 2009.7.3. 신축주택을 양도하고 「조세특례제한법」 제99조의3 에 따른 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 양도소득세(산출세액 OOO원)를 전액 감면신고하였다.

나. 처분청은 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액에 대해 양도소득세 감면을 배제하고 2012.7.17. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년이내 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 100% 감면한다고 규정하고 있는 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항의 본문의 문언에 따라 신축주택 취득일부터 5년이내 양도하는 경우 준공(2005.1.28.)전 양도소득을 포함하여 100% 감면함이 타당하며 처분청이 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지 양도소득금액을 감면되는 양도소득금액에서 배제한다면 법문에서 규정한 내용을 잘못 해석한 것이고, 신고안내책자에서도 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면에 대해 취득일로부터 5년 이내 양도하는 경우에는 양도소득세 전액을 감면한다고 설명 등을 하였음에도 공적인 견해표시에 반하는 처분을 하는 것은 신의성실의 원칙에 위반되는 등, 이 건 처분은 부당하다.

(2) (보충적 청구) 청구인은 1980.5.8. 분양계약을 통해 종전주택을 취득하고 종전주택의 재건축사업이 2001.4.28. 승인되어 종전주택을 OOO 고층아파트 재건축조합(이하 “조합”이라 한다)에 출자하고 조합원이 되었으며, 조합이 2001.8.13. 주택건설사업자와 조합원분양공급계약을 체결하면서 청구인은 분담금 OOO천원을 추가로 조합에 납부하였고, 2005.1.28. 신축주택이 준공되어 이에 이주하여 거주하면서 2005.3.16. 소유권보존등기를 완료하였는바, 청구인이 종전주택을 2001.8.13. 조합에 출자하여 청구인의 종전주택에 대한 권리의무가 조합으로 이전되었으므로 양도에 해당하여 청구인의 종전주택은 1세대 1주택의 양도로 비과세되어야 한다. 청구인은 신축주택을 2001.8.13. 주택건설사업자와 조합원분양공급계약을 체결하면서 조합원인 청구인이 신규로 취득한 것으로 처분청에서 종전주택 보유기간분과 신축주택 보유기간별로 안분하여 과세한다 하더라도 종전주택의 납세의무성립일은 조합에 출자한 때이므로 출자한 날에 양도소득세를 과세하고, 청구인이 2009.7.3. 양도한 신축주택은 조합원 자격으로 새로이 취득한 것으로 양도소득금액을 계산하여 「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 따라 100% 감면되어야 하는바, 따라서 종전주택은 조합에 출자로 발생한 소득으로 1세대 1주택으로 비과세되어야 하고 청구인이 양도한 신축주택은 조합원 자격으로 신규로 취득한 것으로 양도소득은 「조세특례제한법」 제99조 의3 규정에 따라 100% 감면되어야 하므로 당초 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 신축주택 취득일부터 5년이내 양도시 전체소득금액에 대하여 100% 감면을 적용할지 여부와 관련하여, 국세청 예규(법규과-3845, 2008.9.9, 재산세과-227, 2009.1.20외 다수) 등은 「조세특례제한법」 제99조의3 입법취지가 신규주택의 수요를 촉진하여 입법 당시 침체된 주택경기를 부양하겠다는 목적에서 입법된 것으로 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면하겠다는 취지를 고려해 보면 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면대상 소득이 아니라고 해석하고 있는 등, 「조세특례제한법」 제99조의3 규정 적용시 감면대상은 신축주택 취득일부터 5년이내 양도일까지의 소득금액만 해당하므로 당초 처분은 정당하다.

(2) 구주택(종전주택) 양도소득세는 별개로 분리하여 처분해야 한다는 주장과 관련하여, 「 소득세법 시행령」 제166조 (양도차익의 산정) 제2항 제1호 청산금을 납부한 경우의 신축완성주택 양도차익 규정에 의거 「조세특례제한법」 제99조의3 규정 적용시 청산금 납부분을 새로운 취득으로 간주하여 감면대상 양도소득을 자의적으로 산정할 수 없는 등 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구인의 신축주택 양도에 대해 신축주택 취득자에 대한 과세특례규정 적용시, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액에 대해 감면을 배제하고 과세한 처분의 당부

(2) (보충적 청구) 종전주택을 재건축조합에 출자하여 양도되었으므로 종전주택은 1세대 1주택으로 비과세되고 신축주택은 조합원 자격으로 신규로 취득한 것으로 그 양도소득이 전액감면되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의 3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(3) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

양도소득금액

취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 － 취득당시의 기준시가

×

양도당시의 기준시가 － 취득당시의 기준시가

(4) 소득세법 제88조 (양도의 정의)

① 제4조제1항제3호 및 이 장에서 "양도"라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여( 「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

② 「도시개발법」 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항에서 규정하는 양도로 보지 아니한다 .

(5) 소득세법 시행령 제152조 (환지등의 정의)

① 법 제88조제2항에서 "환지처분"이라 함은 「도시개발법」에 의한 도시개발사업, 「농어촌정비법」에 의한 농업생산기반정비사업 기타 법률에 의하여 사업시행자가 사업완료후에 사업구역내의 토지소유자 또는 관계인에게 종전의 토지대신에 그 구역내의 다른 토지로 바꾸어주는 것(사업시행에 따라 분할·합병 또는 교환하는 것을 포함한다)을 말한다. ②법 제88조제2항에서 "체비지"라 함은 제1항의 규정에 의한 사업시행자가 해당 법률에 의하여 사업구역내의 토지소유자 또는 관계인에게 그 구역내의 토지로 사업비용을 부담하게 하는 경우의 당해 토지(해당 법률의 규정에 의한 보류지를 포함한다)를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 「 조세특례제한법 시행령」 제99조의3 제2항에서 ‘법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 제40조 제1항의 계산식은 ‘{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}’로 되어 있다.

(나) 살피건대, 청구인은 처분청이 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지 양도소득금액을 감면되는 양도소득금액에서 배제한다면 관련 규정 내용을 잘못 해석한 것으로 신축주택 취득일부터 5년이내 양도하는 경우 준공(2005.1.28.)전 양도소득을 포함하여 전액 감면함이 타당하다고 주장하나, 「조세특례제한법」 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화를 도모하는데 그 입법취지가 있었고, 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등을 감안할 때, 처분청이 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액에 대해 양도소득세 감면을 배제하고 과세한 처분은 정당한 것으로 보이고(조심 2012서83, 2012.3.13. 등 참조), 과세관청이 청구인에게 신축주택의 취득전 양도소득이 감면대상에 포함된다고 명백히 견해를 표명한 사실도 보이지도 아니하는 등, 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위반된 것으로 보이지도 아니한다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다. 청구인은 종전주택을 재건축조합에 출자하여 양도되었으므로 종전주택은 1세대 1주택으로 비과세되고 신축주택은 조합원 자격으로 신규로 취득한 것으로 그 양도소득이 전액감면되어야 한다고 주장하나, 양도의 정의에 대해 규정한 「소득세법」 제88조 제2항 등에 의할 때 (구)「주택건설촉진법」에 의해 재건축사업을 시행하는 경우 조합원이 소유한 토지·건물을 재건축조합에 현물출자하고 재건축한 주택을 분양받는 것이 양도에 해당하는 것으로 보기 어려워 보이는 점(재산 46014-978, 2000.8.9. 참조) 등에 비추어 위와 같은 청구주장 또한 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.