조합원입주권 및 신규분양된 아파트로 양도된 경우 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면대상인지 여부(경정)

쟁점 아파트는 국민주택 규모를 초과하며 청구인이 공동소유자, 정

○수(10분의 2)의 지분을 취득하여 준공일 이후에 양도하였으므로 「조세특례제한법」제97조 에 규정한 양도소득세 감면대상 장기임대주택에 해당되지 아니하므로 이건 경정청구를 거부한 처분은 정당함

1. 처분개요

가. 청구인은 1996.7.22. 서울특별시 서초구 ○○동 1347-3 연립주택 14세대 [청구인의 지분은 10분의 5이고 박

○래(10분의

3) 및 정

○수(10분의 2)와 공동소유] 를 신축하여 그 중 분양 및 증여한 4세대를 제외한 10세대(이하 "종전주택"이라 한다)를 소유하던 중 2004.6.16. 종전주택이 주택재건축사업으로 철거되면서 공동소유자들과 함께 위 같은 동 1347

○○○○○

아파트의 조합원입주권 10호를 취득하였고, 2006.3.20. 2006.4.1. 및 2006.6.3. 위 입주권 중 3채(101동 103호, 102동 701호, 102동 202호이고, 이하 "쟁점 입주권"이라 한다)를 양도하고, 2006.12.20. 청구인 단독명의로 소유권보존등기한 위 같은 동 1347

○○○○○

아파트 101동 701호(이하 "쟁점 아파트"라 한다)를 2008.12.28. 양도한 후 쟁점 입주권 및 쟁점 아파트에 대한 양도소득세 140,371,220원을 예정신고 자진납부하였다가, 2009.2.10. 쟁점 입주권 및 쟁점 아파트의 양도에 대하여「조세특례제한법」제97조의 규정에 의한 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면대상에 해당된다 하여 기납부한 양도소득세의 100%를 감면하여 줄 것을 경정청구하였다.

나. 이에 처분청은 쟁점 입주권 및 쟁점 아파트의 양도가 양도소득세 감면대상이 아니라고 하여 2009.3.18. 청구인에게 경정청구 거부통지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.4.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 1996.7.22. 종전주택을 신축하여 박

○래 및 정

○수와 공동(청구인, 박

○래 및 정

○수 지분은 각각 5/10, 3/10 및 2/10임)으로 소유하면서 주택재건축사업으로 종전주택이 철거될 때(2004.6.16.)까지 8년간 임대주택으로 사용하였으므로 쟁점 입주권 및 쟁점 아파트를 취득하기 이전에 종전주택은 이미「조세특례제한법」제97조에 정한 건설임대주택으로서 장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면요건을 충족하였다.처분청은 종전주택이 재건축되어 입주권인 상태에서 양도하였기 때문에 장기임대주택에 대한 감면규정을 적용할 수 없다는 것이나, 청구인은 종전주택을 8년 이상 임대한 후 재건축으로 인하여 본인의 의사와 무관하게 기존주택이 철거됨으로써 그 주택에 대한 등기권리증을 소멸당하고 그에 상응하는 권리증서로서 입주권을 받은 것으로 이는 기존주택의 등기권리증에 해당하므로「조세특례제한법」상의 주택경기 활성화 조치로 인하여 장기임대한 주택의 양도소득세는 감면한다는 규정의 취지에 부합하고, 청구인이 쟁점 입주권을 받을 당시 이미 위 규정에 의한 감면규정에 정한 요건을 충족하였기에 그 이후 입주권 상태로 이를 양도하더라도 감면대상에 해당됨에는 변함이 없다 할 것이므로 이건 경정청구를 거부한 처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점 입주권은 임대중이던 종전주택이 재건축으로 인하여 입주권인 상태에서 양도하여 감면대상에 해당되지 아니하고(국세청 서면4팀-1046, 2008.4.29.), 쟁점 아파트는 국민주택 규모를 초과하며 청구인이 2006.5.15. 공동소유자인 박

○래(10분의 3), 정

○수(10분의 2)의 지분을 취득하여 준공일 이후인 2006.12.28. 양도하였으므로「조세특례제한법」제97조에 규정한 양도소득세 감면대상 장기임대주택에 해당되지 아니하므로 이건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

5년 이상 장기임대주택이 재건축으로 철거된 후 조합원입주권 및 신규분양된 아파트로 양도된 경우 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면대상인지 여부

나. 관련법령

(1)조세특례제한법 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면)

① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 동법에 의한 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택②「소득세법」제89조제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의한 임댁주택에 대한 임대기간의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2)조세특례제한법시행령 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면)

① 법 제97조 제1항 각호 외의 부분 본문에서 "대통령령이 정하는 거주자"라 힘은 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다.

② 법 제97조 제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는「소득세법 시행령」제32조제3항 및 제4항의 규정을 준용한다.

③ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 재정경제부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다.1.「임대주택법」제6조의 규정에 의한 임대사업자등록증

2. 임대차계약서 사본

3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본

5. 기타 재정경제부령이 정하는 서류

⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 "주택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것

4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

⑥ 법 제97조 제3항에 따라 세액의 감면신청을 받은 납세지관할세무서장은「전자정부 구현을 위한 행정업무 등의 전자화촉진에 관한 법률」제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 임대주택에 대한 등기부 등본 또는 토지 및 건축물대장 등본을 확인하여야 하며, 신청인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 첨부하도록 하여야 한다.

(3)조세특례제한법시행규칙 제44조(주택임대기간의 계산) 영 제97조 제5항 제5호에서 "재정경제부령이 정하는 기간"이라 함은 기존 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까지의 기간으로서 3월 이내의 기간을 말한다.

(4)임대주택법 제6조(임대사업자의 등록)

① 대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택을 임대하려는 자는 시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

(5)소득세법 시행령 제166조(양도차익의 산정 등)

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우[양도가액－(기존건물과 그 부수토지의 평가액＋납부한 청산금)－법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비]＋[(기존건물과 그 부수토지의 평가액－기존건물과 그 부수토지의 취득가액)－법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비

2. 청산금을 지급받은 경우[양도가액－(기존건물과 그 부수토지의 평가액－지급받은 청산금)－법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비]＋[(기존건물과 그 부수토지의 평가액－기존건물과 그 부수토지의 취득가액－법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비)×(기존건물과 그 부수토지의 평가액－지급받은 청산금)÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다.기존건물과 취득일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조그 부수토지×제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가의 평가액 ────────────────────────관리처분계획인가일 현재 기존건물과 그 부수토지의법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가

③ 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제2항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이라 함은「도시 및 주거환경정비 법」에 의한 관리처분계획에 의하여 정하여진 가격에 의한다. 이 경우 그 가격이 변경되는 때에는 변경된 가격에 의한다.

④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는「부가가치세법 시행령」제48조의 2제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다.

⑤ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익: 관리처분계획인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)－기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가－기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조 제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에 서 같다)

2. 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일(제162조 제1항 제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익: 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가－관리처분계획인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가

3. 신축건물의 준공 일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익: 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가－신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조 제1항 제1호 다목 및 라목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가)－신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비

다. 사실관계

(1) 이건 과세자료 등에 의하면, 종전주택은 1996.7.22. 신축하여 사용승인되었고, 1996.9.21. 청구인(10분의 5), 박

○래(10분의 3), 정

○수(10분의 2)의 공동명의로 소유권보존등기되었으며, 2003.6.30. 주택재건축사업계획이 승인되어 조합원입주권을 취득하였고, 2004.6.16. 종전주택이 철거되어 말소등록되었는바, 종전주택 내역과 쟁점 입주권 및 쟁점 아파트 취득 및 양도내역은 아래 (표)와 같고, 쟁점 아파트는 2006.5.15. 청구인이 공유자의 지분을 인수하여 2006.12.20. 단독명의로 소유권보존등기한 것으로 나타난다.

(표) 종전주택 내역과 입주권 취득 및 양도내역(단위: ㎡)┌──────────┬────────┬─────────────────┬──────┐│ 종전주택 │입주권 취득내역 │ 양도내역 │ │├──┬───┬───┼────┬───┼──────┬───┬──────┤ 비고 ││호수│ 면적 │청구인│ 호수 │ 면적 │ 양도일 │ 양도 │ 양도세 │ ││ │ (㎡) │ 지분 │ │ (㎡) │ │ 형태 │ 신고일 │ │├──┼───┼───┼────┼───┼──────┼───┼──────┼──────┤│101 │40.56 │ 5/10 │102-1002│ 84.39│ 2005.3.15. │입주권│ 2006.5.31. │ │├──┼───┼───┼────┼───┼──────┼───┼──────┼──────┤│102 │ 32.49 │ 5/10 │101-602 │ 84.39│ 2004.7.10. │입주권│ 2004.9.30. │ │├──┼───┼───┼────┼───┼──────┼───┼──────┼──────┤│103 │33.32 │ 5/10 │101-603 │ 84.39│ 2004.7.10. │입주권│ 2004.9.30. │ │├──┼───┼───┼────┼───┼──────┼───┼─ ────┼──────┤│201 │40.56 │ 5/10 │102-902 │ 84.39│ 2004.8.4. │입주권│2004.10.30. │ │├──┼───┼───┼────┼───┼──────┼───┼──────┼──────┤│202 │33.26 │ 5/10 │101-103 │ 84.39│ 2006.2.17. │입주권│ 2007.5.31. │쟁점 입주권 │├──┼───┼───┼────┼───┼──────┼───┼──────┼──────┤│204 │47.64 │ 5/10 │ 101-701│133.28│ 2006.12.28.

│아파트│ 2007.5.31. │쟁점 아파트 │├──┼───┼───┼────┼───┼──────┼───┼──────┼──────┤│301 │ 67.82 │ 5/10 │102-701 │120.27│ 2006.5.17. │입주권│ 2007.5.31. │쟁점 입주권 │├──┼───┼───┼────┼───┼──────┼───┼──────┼──────┤│302 │ 42.74 │ 5/10 │102-703 │ 84.39│ 2005.3.15. │입주권│ 2006.5.31. │ │├──┼───┼───┼────┼───┼──────┼───┼──────┼──────┤│303 │ 42.74 │ 5/10 │101-501 │133.28│ 2004.8.4. │입주권│ 2004.10.31. │ │├──┼───┼───┼────┼───┼──────┼───┼──────┼──────┤│B01 │78.57 │ 5/10 │102-202 │ 84.39│ 2006.6.3. │입주권│ 2007.5.31. │쟁점 입주권 │└──┴───┴───┴────┴───┴──────┴───┴──────┴──────┘

(2) 청구인이 제출한 증빙자료 중 종전주택의 (말소)집합건축물대장을 보면, 2007.6.1. ○○구청장이 발급한 것으로 서울특별시 서초구 ○○동 1347-3 대지 395.05㎡, 건축연면적 866.31㎡의 지하1층 지상4층 연립주택으로, 건축허가일 및 사용승인일은 1995.12.8. 및 1996.7.22.이고, 2004.6.16. 철거에 의해 말소등록되었고, 등기부등본을 보면, 1996.9.21. 청구인(10분의 5), 박

○래(10분의

3) 및 정

○수(10분의 2)의 공동명의로 소유권보존등기되었으며, 2003.11.12. ◎◎빌라재건축주택조합에 신탁된 것으로 나타나고, 임대사업자등록증을 보면, 2003.8.28. ◎◎구청장이 청구인, 박

○래, 정

○수에게「임대주택법」제6조에 의하여 중전주택에 대한 임대사업자 등록증을 교부한 것으로 나타나며, 종전주택에 대한 주택임대차계약서 10부를 보면, 청구인, 박

○래, 정

○수가 1999.8.28.∼2003.6.6. 기간중 종전주택(10세대)에 대하여 임차인 이

○정 외 9명에게 임대보증금을 4천만원∼1억1,200만원으로 하여 임차계약일부터 2년간 임대하는 것으로 임대차제약을 체결한 것으로 되어 있다.청구인의 주민등록초본을 보면, 청구인은 1990.11.16.∼1992.11.16. 기간중 서울특별시 강남구 △△동 63 ○○아파트 6-1203호에서 거주하였고, 1992.12.24. 같은 동 66 △△아파트 2-708호로 전입하였으며, 2003.10.30. 무단전출 사유로 직권말소되었다가 2003.11.21. 재등록된 후 현재까지 서울특별시 서초구 ○○동 1630-4

◇

◇

◇빌 301호에서 거주한 것으로 나타나는바, 청구인은 직권말소된 사유에 대하여 2003.10. 전출지인 △△동사무소에 전출신고를 한 후 업무상 바빠 전입한 동사무소에 10일 이내에 전입신고를 하지 아니한 관계로 ○○동사무소에서 청구인의 주민등록관련 서류를 다시 전출지인 △△동사무소로 반송함에 따라 △△동사무소에서 단순히 무단전출로 주민등록 말소를 한 것이나, 추후 이를 확인하고 전입신고 후 재등록한 것으로 등록말소 기간은 약 1월 정도로 주민등록상 거주지와 실제 거주지가 같음을 사실확인하고 있다.청구인이 증빙자료로 제출한 기획재정부 예규(재산세제과-283, 2010.3.29.)를 보면, 2009.10.15. 이건 심판청구대리인(이

○우 세무사)의 질의에 대한 회신으로 그 내용은 "「조세특례제한법」제97조에 따른 장기임대주택을 2000.12.31. 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 재건축 등으로 당해 장기임대주택이 조합원입주권으로 전환되어 양도하는 경우에도 위의 규정에 의한 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 적용받을 수 있는 것이며, 이 경우 동 주택을 양도함으로써 발생하는 소득은 장기임대주택의 재건축사업계획승인일 현재의 양도차익을 말하는 것입니다"라고 되어 있다.

나. 판단

(1) 먼저, 종전주택이 주택재건축사업으로 철거되기 전까지「조세특례제한법」제97조의 규정에 의한 양도소득세가 감면되는 장기임대주택으로서 요건을 충족한 것으로 볼 것인지에 대하여 본다.위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 종전주택은 그 면적이 33.26㎡∼78.57㎡로서, 1996.7.22. 신축되어 1996.9.21. 청구인 등의 명의로 소유권보존등기된 국민주택 규모(85㎡) 이내인 10호의 주택으로 청구인은 그 소유지분이 50%이므로 5호의 주택을 보유한 것으로 볼 수 있고(재정경제부 재산-771, 2006.7.3. 참조), 1996.9.부터 주택재건축사업으로 철거된 2004.4.까지 약 7년여 동안 계속하여 임대에 사용한 것은 사실로 보여진다.다만, 청구인이 종전주택에 대하여 소유권보존등기 이전까지「임대주택법」에 의한 임대사업자로 등록하지 아니하고 주택재건축사업계획승인일 이후인 2003.8.28. 임대사업자로 등록한 사실이 확인되므로 종전주택은「조세특례제한법」제97조제1항 단서에 정한 건설임대주택에는 해당되지 아니한 것으로 보여진다(건설교통부 공동주택팀-4076, 2007.2.6. 참조). 따라서, 종전주택은 재건축사업계획승인일 당시 위같은법 제97조제1항 본문의 규정에 의하여 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되는 장기임대주택의 요건을 충족하였던 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(2) 다음으로,「조세특례제한법」제97조의 규정에 의한 양도소득세가 감면되는 장기임대주택으로서 요건을 충족한 주택이 주택재건축사업으로 조합원입주권 또는 분양아파트로 전환된 상태에서 양도된 경우에도 양도소득세 감면규정을 적용받을 수 있는지 여부에 대하여 본다.(가) 살피건대,「조세특례제한법」제97조는 중산ㆍ서민층의 주거생활 안정과 장기적으로 소형 임대주택건설을 촉진하기 위하여 1986.12.26. 신설된 규정인바, 동 규정에 정한 양도소득세 감면요건을 충족한 장기임대주택이 주택재건축사업 등에 따라 조합원입주권 또는 아파트로 전환된 상태에서 양도되는 경우에도 당해 장기임대주택에 대한 주택재건축사업계획 승인일 현재까지 발생한 양도차익에 대하여는 위의 규정에 의한 양도소득세 감면을 적용하는 것이 동 규정의 입법취지 및 법적안정성 측면에 부합된다고 할 것이다(기획재정부 재산세제과-283, 2010.3.29. 참조)(나) 따라서, 처분청이 쟁점 입주권 및 쟁점 아파트의 양도로 인하여 발생하는 양도소득금액 중 청구인이 1996.9.21. 취득한 서울특별시 서초구 ○○동 1347-3 ○○빌리지 202호, 301호, B01호 및 204호에 대한 주택재건축사업계획승인일(2003.6.30.)까지의 청구인의 소유지분(10분의 5)에 해당하는 양도소득금액을 산정하고 그 중 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호에 의거 주문과 같이 결정한다.